사업내용, 매출구조 등에서 차이가 있는 비교업체의 동업자권형으로 소득금액 추계함은 불합리함

OOO세무서장이 2010.11.8. 청구법인에게 한 2004사업연도 법인세 OOO원의 환급, 2005사업연도 법인세 OOO,OOO,OOO원, 2006사업 연도 법인세 OOO원 의 부과처분은 청구법인의 각 사업연도 소득금액을 재계산함에 있어 법인세법 시행령제104조 제2항 제2호의 단서에서 규정한 ‘과세표준신고 후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때’에 해당하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 1996.11.22.부터 현재까지 ‘건설․강구조물공사업’을 영위하고 있는 법인으로, 2004～2006사업연도 법인소득금액 계산시 인건비 OOO원(2004사업연도 OOO원, 2005사업연도 OO OO,OOOO원, 2006사업연도 OOO원, 이하 ‘쟁점인건비’라 한다)을 손금으로 계상하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 2008년 1월 청구법인에 대한 법인제세 통합 조사를 실시한 결과, 청구법인이 비치․기장한 장부와 증빙자료의 주요부분이 허위 또는 미비인 것으로 보아 청구법인의 소득금액을 기준경비율에 의한 추계결정방법으로 산정함에 있어 쟁점인건비 중 일반근로자의 인건비 OOO원(2004사업연도 OOO원, 2005사업연도 OOO원, 2006사업연도 OOO원)만을 주요경비로 인정할 것을 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 OOO지방국세청장의 통보자료에 의해 2008.7.28. 청구법인에게 법인세 OOO원(2004사업연도 OOO원, 2005사업 연도 OOO원 2006사업연도 OOO원)을 과세할 것’이라는 취지의 과세예고통지서를 발송하였고, OOO지방국세청장은 과세전적부 심사에서 ‘처분청이 청구법인의 인건비 중 일반근로자의 인건비만 주요경비로 인정한 결과 공사원가 대비 노무비 비율이 1.9%에 불과하여 동종 업종의 그 비율 27.9%에 비하여 합리적이지 못한 점이 있으므로, 청구법인이 조사시 노무비대장 등을 추가로 제출한 일용 노무비 OOO원(2004사업연도 OOO원, 2005사업연도 OOO O,OOOO원, 2006사업연도 OOO원의 실제 지급여부와 기 인정된 인건비와의 중복 여부 등을 재조사하도록 재조사 결정을 하였다.
• 라. 처분청은 일용노무비에 대한 재조사 및 과세쟁점위원회의 자문을 거쳐 청구법인이 조사시 제출한 노무비대장상의 일용노무비 중 OOO원(2004사업연도 OOO원, 2005사업연도 OOO원, 2006사업연도 OOO원)은 주요경비로 인정하였으나, 하청노임 중 약정서 미징취자에 대한 현금지급분 OOO원 및 직영노임 중 현금지급분 OOO원 합계 OOO원(2004년 OOO원, 2005년 OOO원이며, 이하 “쟁점노무비”라 한다)은 주요경비로 인정하지 아니하고, 청구법인의 소득금액을 재계산하여 2009.8.19. 청구 법인에게 법인세 OOO원(2004사업연도 OOO원, 2005사업연도 OOO원)을 경정․고지하는 한편, 경정된 과세표준과 신고한 대차대조표상 당기순이익과의 차액 OOO원(2004년)을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.
• 마. 이에, 청구법인은 2009.9.18. 제기한 심판청구(조심 2009중3937) 에서 ‘장부 기타 증빙서류가 천재․지변으로 멸실된 경우에 해당하므로 청구법인의 소득금액은법인세법시행령제104조 제2항 제2호에 규정된 동업자권형의 추계방법에 의하여 재계산하여야 한다고 주장하였고, 우리 원은 2010.7.7. 청구법인의 주장을 받아들여 청구법인의 소득금액을 법인세법시행령제104조 제2항 제2호에 규정된 추계방법에 의하여 재계산하도록 하였다.
• 바. OOO지방국세청장 2010.8.8.23.～2010.9.21. 기간동안 청구법인에 대한 법인세 부분조사를 실시하고법인세법시행령제104조 제2항 제2호에 규정된 동업자권형에 의한 추계방법으로 소득금액을 산출 하여 청구법인의 2004～2006사업연도에 대한 과세표준과 세액 및 소득 금액변동통지 대상금액을 경정하고 처분청에 과세자료로 통보하였는 바, 처분청은 2010.11.8. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 OOO 원을 감액하고, 2005사업연도 법인세 OOO원, 2006사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 사. 청구법인은 이에 불복하여 2011.1.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인의 주장 법인세법 시행령제104조 제2항 제2호에 의한 추계결정(동업자 권형에 의한 추계결정)을 함에 있어 ‘동일 업종의 다른 법인’이라 함은 청구법인과 동일한 업종을 영위하면서 매출액도 비슷한 사업자임이 선결정례(대법원 79누398, 1980.11.11. 심사법인2005-64, 2005.7.11.) 등 으로 알 수 있다. 처분청이 청구법인의 동업자권형으로 적용한 비교업체[2004사업 연도는 주식회사 동아석재(신고소득율 3.92%), 2005사업연도는 주식회사 민예(신고소득율 5.03%), 2006사업연도는 주식회사 동아석재 (신고소득율 5.55%)]의 연도별, 업종별 매출액은 아래 [표1]과 같은 바, 청구법인은 토공사업의 매출액이 전체 매출액의 60～66%를 차지 하고, 그 외 철근콘크리트공사업, 금속구조물공사업, 조경식재공사업 및 레미콘제조업이 기타 매출액을 차지하는 매출구조를 가지고 있는 반면, 비교업체는 석공사업 매출액이 98～100%를 차지하고, 청구법인의 매출액 또한 비교업체의 매출액 대비 124%～184%의 비율을 보이고 있어 균형을 맞춘 동업자로 볼 수 없다. 따라서, 본 부과처분의 경우 청구법인과 비교업체는 업종 및 매출액이 상이하여 동업자권형의 대상자로 볼 수 없으므로법인세법시행령제104조 제2항 제2호 단서조항에 의거 청구법인이 당초 신고한 신고 서와 그 첨부서류에 의해 그 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 토공사업 등이 매출의 대부분을 차지하고, 동업자권형으로 적용한 비교업체는 석공사업 매출액을 영위하는 업체이므로 동일한 업종을 영위하는 사업자로 볼 수 없다고 주장하나, 청구법인이 제출한 ‘업종별 수입금액’을 반영하여 업종(452101)을 선정하였고, 동 업종코드에는 토공사, 굴절공사, 석공사 등을 포함하고 있으면서 동일한 경비율을 사용하고 있으므로 청구법인과 비교업체의 업종은 동일하다. 청구법인은 합리적인 비교대상 없이 단순히 최종 선정된 동업자의 매출액 비율이 124%～184%로 차이가 있어 균형을 맞춘 동업자가 아니라고 주장하나, 동업자 선정시 매출액 100억원 이상이고, 청구 법인의 매출액의 50% 내외를 벗어나지 않도록 하였으므로 수입금액 또한 유사성이 있다고 할 것이며, “이때 객관적으로는 동일한 영업조건을 구비 하고 있다 하더라도 그 사업자의 주관적 요인에 따라 매출이 근사할 수 없는 경우도 있을 것이나, 그와 같은 이례적 사정에 대하여는 그 특수 사정이 있음을 주장하는 납세의무자가 구체적 자료를 제시하는 등으로 그 추계가 불합리하다는 점을 입증할 필요가 있다” 라는 판례(대법원 92누 1353)로 보아 수입금액의 차이가 있다는 사유만 으로 추계가 불합리하다고 단정할 수 없다. 따라서, 청구법인의 소득금액을 비교대상업체 소득율을 적용하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인의 소득금액을 추계결정하면서 동업자권형으로 비교업체를 선정한 것이 적정한지 여부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제66조【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정 하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. (2) 법인세법 시행령 제104조【추계결정 및 경정】

① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준 으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에 소득세법 시행령제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 “기준경비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재ㆍ지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일 업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일 업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 법인세법 시행령제104조 제2항 제2호에 규정된 동업자권형에 의한 추계방법으로 청구법인의 소득금액을 산출 하여 이 건 처분을 하였고, 청구법인은 처분청이 동업자권형으로 적용한 비교업체의 업종 및 매출액이 청구법인과 상이하여 동업자권형의 대상자로 볼 수 없으므로 법인세법 시행령제104조 제2항 제2호 단서조항에 의거 청구법인이 당초 신고한 신고서와 그 첨부서류에 의해 그 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (1) 법인세법제66조 제3항과 같은 법 시행령 제104조 제2항 제2호를 보면, ‘납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세 표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 하나, 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우 중 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재ㆍ지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증 빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일 업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법으로 하되, 동일 업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준 신고 후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의 한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다’고 규정하고 있다.

(2) 청구법인과 처분청이 청구법인의 동업자권형으로 선정한 비교업체의 사업별 수입금액내역은 아래 [표2]와 같은 바, 청구법인은 토공사업의 매출액이 전체 매출액의 60～66%를 차지 하고, 그 외 철근콘크리트공사업, 금속구조물공사업, 조경식재공사업 및 레미콘제조업이 기타 매출액을 차지하는 매출구조를 가지고 있는 반면, 비교업체는 석공사업 매출액이 98～100%를 차지하고 있으며, 청구법인의 수입금액이 비교업체의 수입금액에 비하여 184%(2004사업 연도), 139%(2005사업연도), 124%(2007년)인 것으로 나타난다.

(3) 청구법인과 비교업체의 연도별 신고소득율은 아래 [표3]와 같이, 청구법인의 본 건 과세기간의 소득율은 2.07%～3.92%로 이전인 2001～2003사업연도의 소득율(2001사업연도 3.40%, 2002사업연도 2.64%, 2003사업연도 2.08%)과 큰 차이가 없고, 동업자권형(비교업체)의 소득율 (3.92～5.55%)과는 1.85%(2004사업연도), 2.98%(2005사업연도), 2.18% (2006사업연도)의 차이가 있다.

(4) 한국표준산업분표 등에 의하면, 토공사업(업종코드 42121)은 절토․성토․배수로설치공사 등 토공사 및 정지공사이고, 석공사업 (업종코드 42133)은 건물 등 구축물의 축조와 관련하여 석재공사이며, 토공사업의 주요원가는 철근․건설장비임차료․시멘트․인건비(철근공 등)이나, 석공사업의 주요원가는 석재․건설장비임차료․시멘트․인건비 (석공 등)로 매출원가 구성요소인 자재와 인건비 등의 단가에 차이가 있다.

(5) 한편,법인세법제66조 제3항과 같은 법 시행령 제104조 제2항 제2호의 동업자권형방법에 의한 추계도 동일업종의 다른 사업자와 균형을 맞추어 계산한 수입금액을 기초로 실액에 가까운 과세 표준을 조사 결 정 하고자 하는 것이므로, 그 비교기준으로 삼은 동종 사업자의 수입 등에 관한 기장이 정확한 장부와 증빙서류에 의하여 인정된 금액이어야 함은 물론, 동일업종이라 하더라도 그 구체적 업황이 당해 사업자의 업황과 동일하거나 적어도 상당한 정도로 유사한 사정이 있어 그 수입도 당해 사업자의 수입과 비슷할 것이라는 개연성이 있어야만 할 것인바, 처분청이 당해 사업자의 수익율이 그 비교기준으로 삼은 동종 사업자의 수익율과 근사할 것이라는 개연성이 있음을 인정받기 위하여는 그 수입이 근사할 것이라고 수긍할 수 있는 정도로 그 사업장의 조건에 객관적 유사성이 있음을 입증하여야만 하고, 그에 의하여서만 비로소 그 수입 추계에 의한 과세처분의 합리성을 인정받을 수 있다고 할 것이다(대법원 92누1353, 1992.9.14. 같은 뜻임)

(6) 위의 내용을 종합하면, 청구법인의 추계경정 사유가 천재․ 지변(수해)에 의한 장부의 멸실이고, 처분청이 청구법인의 동업자권형으로 선정한 비교업체와 청구법인은 사업내용, 매출구조, 수입금액, 원가구성 등에 차이가 있어 동일하거나 유사성이 있다고 보기 어려 우며, 청구법인의 본 건 사업연도의 신고소득율(2004사업연도 3.92%, 2005사업연도 2.05%, 2006사업연도 3.37%)이 그 이전 사업연도의 소득율(2001사업연도 3.40%, 2002사업연도 2.64%, 2003사업연도 2.08%)과 큰 차이가 없어 신고내용에 탈루가 있다고 보이지 아니할 뿐 아니라, 동업자권형에 의한 추계과세가 사업내용과 사업장의 객관적 유사성이 있다고 인정되어야 하는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인과 사업내용, 매출구조, 수입금액, 매출원가 구성에 차이가 있는 비교 업체를 청구법인의 동업자권형으로 선정하여 청구법인의 각 사업연도 소득금액을 산정․과세한 것은 불합리한 것으로 판단된다. 따라서, 청구법인이 당초 법인세법 제60조 의 규정에 의하여 신고한 법인세신고서와 그 첨부서류에 의해 그 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.