처분청이 명백한 세법적용의 판단착오 등이 있었다고 보기도 어려운 과세전 적부심사 결정내용 등을 특별한 사유도 없이 배척하고, 추계과세방법을 임의로 변경하여 관련 법인세를 재경정한 것은 관련법령의 취지를 잘못 이해한 것임.
처분청이 명백한 세법적용의 판단착오 등이 있었다고 보기도 어려운 과세전 적부심사 결정내용 등을 특별한 사유도 없이 배척하고, 추계과세방법을 임의로 변경하여 관련 법인세를 재경정한 것은 관련법령의 취지를 잘못 이해한 것임.
[주 문] OOO세무서장이 2010.11.5. 청구법인에게 한 법인세 2005사업연도 OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청이 청구법인의 소득금액을 과세쟁점자문위원회와 과세전 적부심사의 결정에 의하여 청구법인의 매입비용과 인건비 등을 확인하여 기준경비율로 경정한 당초 처분을 동업자 권형으로 다시 경정하는 것은 국세기본법에서 정하고 있는 신의성실의 원칙에 위배되는 부당한 처분이다. 처분청은 과세전 적부심사의 결정에서 기준경비율에 의한 추계경정이라는 공적인 견해 표시를 하였고, 청구법인은 이를 신뢰하는데 귀책사유가 없으며, 처분청은 청구법인의 소득금액을 1년 3개월이 지난 후에 기준경비율로 경정한 당초 처분을 동업자 권형으로 다시 경정하여 청구법인은 엄청난 세부담과 정신적 고통의 불이익을 받았다. 따라서 처분청의 과세처분은 국세기본법 제15조 의 신의성실의 원칙에 위배되는 부당한 처분이다.
(2) 또한, 동업자와의 권형은 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자와 균형을 맞추어야 하며(대법원 1980.11.11. 선고 79누398 판결 참조), 동업자의 선정이 당해 법인과 매출구조가 상이한 추계결정은 부당(국세청 심사법인 2005-64. 2005.7.11. 참조)하고, 동일업종의 다른 사업자라 함은 청구법인과 동일한 업종을 영위하면서 매출액도 비슷한 사업자를 뜻한다고 할 것인데, 처분청은 2005사업연도의 경우 청구법인의 매출액 OOO의 52.5%에 해당하는 법인을 비교대상법인으로 삼았고, 2006사업연도의 경우 청구법인의 매출액이 비교대상법인의 85.9%에 불과하고 그 차액도 OOO에 달하여 비교대상으로 보기에는 대단히 어렵다. 따라서 이 건 과세처분은 취소되야 한다.
(1) 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 경정한다는 법인세법 제66조 의 규정에 비추어 이 건 재조사는 중복조사에 해당하지 아니하고 신의성실의 원칙에 위배하였다고 보기도 어렵다(국심 2007중455, 2007.8.24. 참조). 설사 신의성실의 원칙이 적용될 여지가 있다고 하더라도 과세쟁점자문위원회의 의결과 그에 따른 이 사건 선행처분이 있었다는 것만으로는 과세관청의 공적인 견해표시가 확정적으로 이루어 졌다고 보기 어렵고 청구법인은 최초 조사시부터 계속하여 수해에 의한 장부소실을 주장한 바 있으며, 이와 같은 경우에는 법인세법 시행령 제104조 제2항 제2호 단서의 추계경정방법에 해당하므로 이 건 처분은 정당하다.
(2) 동업자 선정시 매출액 OOO 이상이며 청구법인의 매출액의 50%내외를 벗어나지 않도록 하였으므로 수입금액 또한 유사성이 있다고 할 것이며, 동업자 권형 선정시에는 수입금액 뿐만 아니라 업종, 업황, 사업장의 조건 등을 종합적으로 검토하여야 하며, 결과적으로 청구법인과 비교대상 업체는 수입금액 뿐만 아니라 소재지, 업종, 공사원가율 등의 경비구조, 자기자본비율이 가장 유사한 업체로 상당한 유사성이 있다고 할 수 있고, 설령 수입금액에 차이가 있다 할지라도 “이때 객관적으로 동일한 영업조건을 구비하고 있다 하더라도 그 사업자의 주관적 요인에 따라 매출이 근사할 수 없는 경우도 있을 것이나 그와 같은 이례적 사정에 관하여는 그 특수사정이 있음을 주장하는 납세의무자가 구체적 자료를 제시하는 등으로 그 추계가 불합리하다는 점을 입증할 필요가 있다”라는 대법원 판례(대법원 92누1353 판결)에 비추어 보아도 수입금액이 차이가 있다는 이유만으로는 추계가 불합리하다고 단정할 수 없으므로 이 건 과세처분은 정당하다.
① 처분청이 기준경비율에 의하여 청구법인의 소득금액을 추계경정하여 관련세액을 환급한 이후, 특별한 경정사유없이 다시 동업자권형의 방법에 의하여 소득금액을 재계산하여 과세한 처분의 당부
② 동업자권형 방법으로 추계경정함에 있어 동업자의 선정이 잘못되었다는 청구주장의 당부
④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. (2) 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】① 법 제66조제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우
② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다.
1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.
2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고전에 장부기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.
3. 조세특례제한법 제7조제1항제2호 가목의 규정에 의한 소기업이 폐업한 때에는 소득세법 시행령 제143조제3항제1호 의2의 규정을 준용하는 방법 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법
③ 법 제34조 또는 조세특례제한법에 의하여 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금이 있는 법인에 대한 과세표준을 법 제66조제3항 단서의 규정에 의하여 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 제2항의 규정에 의하여 계산한 금액에 그 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금을 가산한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다. 제81조의15 【과세전적부심사】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지
2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지
③ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.
④ 과세전적부심사 청구에 대한 결정은 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 청구가 이유 없다고 인정되는 경우: 채택하지 아니한다는 결정
2. 청구가 이유 있다고 인정되는 경우: 채택하는 결정. 다만, 청구가 일부 이유 있다고 인정되는 경우에는 일부 채택하는 결정을 할 것
3. 청구기간이 지났거나 보정기간에 보정하지 아니한 경우: 심사하지 아니한다는 결정
⑤ 과세전적부심사에 관하여는 제58조, 제59조, 제61조 제3항, 제62조 제2항, 제63조, 제64조 제1항 단서, 제64조 제2항 및 제65조 제4항을 준용한다.
⑥ 과세전적부심사에 관하여는 행정심판법 제15조·제16조·제20조부터 제22조까지·제29조·제39조 및 제40조를 준용한다. 이 경우 "위원회"는 "국세심사위원회"로 본다.
⑧ 과세전적부심사의 신청, 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 국세기본법시행령 제63조의14 【과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등】① 법 제81조의15 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 것
2. 국세청장의 훈령·예규·고시 등과 관련하여 새로운 해석이 필요한 것
④ 법 제81조의15 제1항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장·지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제3항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다. 다만, 법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제7항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
(1) 처분청이 발급한 사업자등록증명 등에 의하면, 청구법인의 업태는 건설업이며, 종목은 토목공사, 건축공사, 시설물유지관리, 산업설비공사임이 나타나고, 청구법인이 제출한 공사종류별 수입금액 내역은 아래 <표1>과 같음이 심리자료에 나타난다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOOO OOOO OO (OO: O)
(2) 이 건 과세 경위는 다음과 같다. (가) 조사청은 2008년 1월경 청구법인에 대한 2005～2006사업연도 법인세 통합조사를 실시하면서 청구법인의 보관서류 일체와 전산자료 등을 예치하였으나, 공사완료 현장의 수주관련 서류 및 각 사업연도의 회계관련 증빙서류는 확보하지 못하였는바, 이는 청구법인의 사무실이 협소하여 다른 곳(OOO 창고)에 보관 중이던 장부와 증빙서류 등이 2007년 여름 폭우로 인한 산사태로 상당부분 유실되었기 때문인 것으로 나타난다. (나) 조사청은 청구법인의 업종 특성상 지출범위가 큰 인건비 지출증빙을 청구법인에게 제출하도록 요구하였고, 청구법인은 예기치 않은 폭우침수로 상당부분 유실된 노무비대장을 재작성하여 제출하는 과정에서 당초 제출한 노무비대장과 상당부분 다르게 작성되었다고 소명하였으나, 조사청은 노무비 지급금액이 노무비로 지급된 것인지 객관적으로 확인되지 않는 사유 등으로 2004～2006사업연도 결산서상 계상된 노무비를 전액 부인하고, 기준경비율에 의한 추계결정방법으로 소득금액을 계산하여 청구법인에게 2004～2006사업연도 법인세 OOO을 추가로 과세할 것이라는 취지의 세무조사결과통지서를 2008.7.28. 발송하였다. (다) 이에 따라 청구법인은 2008.8.28. 중부지방국세청 과세전적부심사위원회에 지출사실이 확인되는 노무비를 추가로 공제하여 달라는 취지의 과세전 적부심사청구를 하였고, 과세전 적부심사청구 결과 2009.3.16. 재조사 결정이 내려졌으며, 그 판단내용은 아래와 같이 나타난다.
1. 조사청은 당초 청구법인의 원천징수이행상황보고서에 의해 신고금액인OOO중 일반근로자 지급조서 제출분인OOO에 대해서만 주요경비로 인정하고 추계소득금액을 산정하였으나,
2. 청구법인이 각 사업장 현장소장에게 지급하였다고 주장하는 노무비OOO이 금융증빙자료 등에 의하여 확인되고, 청구법인이 원천징수 이행상황보고서상 신고한 2004～2006사업연도 노무비 신고금액이 OOO으로 확인되므로 청구인이 주장하는 노무비는 일용노무자들에게 실제로 지급한 노무비일 개연성을 부인하기 어렵다고 보아,
3. 조사청은 청구법인이 제시하고 있는 증빙자료 등을 토대로 노무비 OOO에 대해 각 현장 소장들이 이를 수령하여 일용노무자 등에게 실제로 노무비를 지급한 것인지 여부 및 공동도급공사분에 대해 청구법인이 실제로 부담한 인건비가 얼마인지, 기인정한 인건비에 포함된 금액이 있는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액 및 대표자에 대한 상여처분 대상금액을 경정하도록 결정하였다. (마) 조사청은 위 과세전 적부심사 결정에 따른 재조사 및 과세쟁점자문위원회의 자문을 거쳐 지출사실이 확인되는 2005～2006사업연도 노무비를 추가로 인정하여 2009.8.5. 청구법인에게 법인세 2005사업연도 OOO을 각각 환급하였다. (바) 그 후, 국세청 감사관실은 조사청에 대한 업무감사에서 청구법인은 장부와 기타 증빙이 천재지변으로 멸실된 경우에 해당하므로 동업자권형에 의한 추계경정의 방법으로 청구법인의 소득금액을 재계산하라는 취지의 감사지적을 하였고, 조사청은 동 감사지적에 따라 2010.8.23.부터 2010.9.21.까지 청구법인에 대한 법인세 부분조사를 실시하여 법인세법 시행령 제104조 제2항 제2호 에 규정된 동업자권형에 의한 추계방법으로 청구법인의 2005～2006사업연도에 대한 과세표준과 세액 및 소득금액변동통지 대상금액을 경정하라는 취지의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 통보받은 과세자료 내용에 따라 청구법인에게 이 건 과세처분을 하였다.
(2) 이 과정에서 조사청은 비교대상이 되는 동업자를 선정하기 위하여 청구법인이 제출한 업종별 수입금액에서 가장 많은 비중을 차지하는 토목공사(업종코드 451200)를 주업으로 하는 법인을 중심으로 하되, 기장의 정확성을 위해 청구법인 관할OOO세무서 및 강원지역과 인접지역인 충주, 제천, 이천, 남양주세무서 관할 소재업체로서 수입금액OOO, 3년이상 계속사업을 영위한 업체를 추출하였으며, 수입금액의 유사성을 부여하기 위하여 수입금액이 청구법인의 50% 내외를 벗어나지 아니하도록 하면서 타종목의 수입금액 비율이 20% 이상인 경우를 제외하여 비교대상업체를 선정하였다는 것으로 해당 사업연도별 비교대상법인 선정내역과 그 수입금액 및 소득율 등은 아래 <표2> 및 <표3>과 같다. OOOOOOOOOO OOOOOOOO OOO OO OOO (OO: O, O)
(3) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 법인세법 제66조 제3항 및 같은 법 시행령 제104조에서 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다고 규정하고, 다만, 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 등의 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다고 규정하고 있으며, 그 구체적인 방법으로 같은 법 시행령 제104조 제2항 제1호에서 ‘기준경비율’에 의한 추계방법을, 제2호에서 ‘동업자권형’에 의한 추계방법을 각각 규정하고 있는바, 기준경비율에 의한 추계방법은 주요경비는 실지조사하고 기타경비는 추계결정하는 방법으로 종래의 실지조사와 추계과세 방법이 혼합된 형태의 추계방법이고, 동업자권형에 의한 추계방법은 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재․지변 또는 불가항력으로 장부와 증빙자료가 멸실된 경우에 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 과세표준을 경정 또는 경정하는 추계방법으로, 어느 방법을 채택할 것인지 여부는 그 업종에 대한 기준경비율의 존재여부와 장부와 증빙자료가 미비인 이유 및 그 정도 등을 고려하여 결정하는 것이 타당하다고 할 것이다. (나) 또한, 추계과세는 과세표준과 세액 결정의 근거가 되는 납세자의 장부와 증빙서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위이어서 근거과세의 방법으로 사용할 수 없는 경우에 예외적으로 인정되는 것이므로, 실지조사가 불가능하여 추계의 방법에 의할 수밖에 없는 경우에 한하여 할 수 있고, 설령 납세자가 비치, 기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분은 모두 사실에 부합하는 자료임이 분명하여 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야지 추계조사방법에 의해서는 아니 된다고 할 것이며(대법원 2008.12.24. 선고 2008두18120. 판결 참조), 추계과세를 함에 있어서는 그 추계의 방법과 내용에 있어 가장 진실에 가까운 실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있어야 하고, 추계과세대상 납세자에게 특수한 사정이 있는 경우에는 그러한 사정까지 고려되어야 하므로(대법원 1987.3.10. 선고 86누328 판결 참조), 과세관청이 법령에서 정한 방법으로 추계과세를 하였다 하더라도 그 추계방법에 의한다면 불합리하게 된다고 볼 만한 특수한 사정이 있는 경우에는, 이러한 특수한 사정을 참작하지 아니하고 행하여진 추계과세는 그 추계방법과 내용에 있어 합리성과 타당성을 인정할 수 없다고 할 것이다(대법원 1996.7.30. 선고 94누15202 판결 참조). (다) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 청구법인은 당초 청구법인의 소득금액을 장부와 증빙자료에 의하여 신고하였으나, 조사청은 청구법인에 대한 법인세 조사과정에서 수해로 인하여 장부와 증빙자료의 상당부분이 유실된 사실을 확인하고서도 법인세법 시행령제104조 제2항 제2호의 추계방법(이하 “동업자권형 추계방법”이라 한다)이 부적당하다고 보아 청구법인의 원천징수이행상황보고서상 일반근로자 지급조서 제출분인 OOO만 주요경비로 인정하여 법인세법 시행령제104조 제2항 제1호의 추계방법(이하 “기준경비율 추계방법”이라 한다)을 적용하여 법인세를 과세하겠다는 취지의 과세예고통지를 하였다가, ‘과세전 적부심사 과정에서 청구법인이 제시한 증빙자료를 토대로 노무비 OOO에 대해 각 현장 소장들이 이를 수령하여 일용노무자 등에게 실제로 노무비를 지급한 것인지 여부 등을 재조사하라’는 취지의 과세전 적부심사결정에 따라 청구법인이 제출한 노무비 등의 증빙에 대하여 실제 지출여부 등을 재조사하였으며, 그 재조사 결과와 이에 대한 과세쟁점자문위원회의 자문 결과 등을 반영하여 기준경비율 추계방법으로 청구법인의 소득금액을 확정하였는 바, 이에 따른 청구법인의 소득금액 중 주요경비는 사실상 실지조사의 방법에 의하여, 기타경비는 추계과세의 방법에 의하여 각각 확정된 것으로 볼 수 있고, 이 과정에서 ‘청구법인의 소득금액을 기준경비율 추계방법에 의하여 결정하겠다’는 취지의 과세예고통지, ‘청구법인이 제출한 주요노무비에 대한 금융증빙자료와 현장소장의 확인서 등을 토대로 주요경비의 지출여부를 재조사하라’는 과세전 적부심사결정, 과세전 적부심사결정에 따른 조사청의 재조사 및 이에 대한 과세쟁점자문위원회의 자문내용 등에 명백한 세법적용의 오류 또는 판단착오 등의 잘못이 있다고 보기는 어려워 보인다. 그럼에도 불구하고, 처분청은 국세청 감사관실의 감사지적을 이유로 청구법인에 대한 추계과세 방법을 임의로 변경하였는 바, 비록 과세관청이라 할지라도 법인세의 과세표준과 세액을 일단 결정 또는 경정한 이후에는 그 결정 또는 경정내용에 명백한 오류 또는 탈루 등이 없는 한 임의로 과세표준과 세액을 재경정할 수는 없다고 판단되고, 특정 추계과세방법에 의한 소득금액이 다른 추계과세방법에 의한 소득금액보다 많거나 적다는 이유로 추계과세 방법을 임의로 변경할 수 있는 것은 아니며, 아울러 훈령으로 운용되던 과세전 적부심사제도가 1999.8.31 국세기본법 개정에 따라 법률의 규정에 의한 제도로 격상되어 과세전 단계에서 실질적으로 납세자의 권리구제를 구현하도록 한 점 등을 고려하면, 이 건 처분청이 명백한 세법적용의 판단착오 등이 있었다고 보기도 어려운 과세전 적부심사 결정내용 등을 특별한 사유도 없이 배척하고, 추계과세방법을 임의로 변경하여 관련 법인세를 재경정한 것은 관련법령의 취지를 잘못 이해한 잘못이 있다고 보이므로 이를 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.
(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 쟁점②는 심리의 실익이 없어졌으므로 이하 이 부분에 대한 심리는 생략하기로 한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.