부가가치세가 과세 및 면세되는 재화를 판매하는 대형 할인매장의 경우 실제 과세사업에 사용하는 면적과 면세사업에 사용하는 면적은 실측을 통하여 사용면적을 구분한 뒤 사용면적에 따라 안분계산하는 것임.
부가가치세가 과세 및 면세되는 재화를 판매하는 대형 할인매장의 경우 실제 과세사업에 사용하는 면적과 면세사업에 사용하는 면적은 실측을 통하여 사용면적을 구분한 뒤 사용면적에 따라 안분계산하는 것임.
OOO세무서장이 청구법인에게 한 2010년 제 1기 부가가치세 1,159,602,310원의 부과처분은 OOOOO OOO OOO 286-2에 신축한 건물에서 발생한 공통매입세액 4,676,636,519원을 안분함에 있어 과세사업 및 면세사업에 사용되는 확정면적 비율을 적용하되, 처분청이 동 건물의 과세사업 및 면세사업에 사용되는 면적을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.
6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지관련 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 제61조의2【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.
1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = 총공통매입세액 × (1 - 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 / 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액) - 기공제세액
2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = 총공통매입세액 × (1 - 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 / 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적) - 기공제세액 (3) 국세기본법 제16조 【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.
③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.
(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다. (가) 쟁점건물의 일반건축물 대장상 기재내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점건물의 건축물대장상 현황 (단위: ㎡) 층별 건축물 현황 과․면세 용도구분 비 고 건축 용도 전용면적 지3층 기계실, 전기실
• 공통자산 지2층 중앙감시실
• 공통자산 지1층 CORE, 계단, 홀
• 공통자산 지1층 대형점 7,342.69 공통자산 판매시설이용 1층 대형점 6,121 공통자산 2층 대형점 2,592.01 공통자산 2층 의원 247.24 공실 3층 관리사무실, 직원식당 1,980.24 공통사용 에어로빅장 250.56 공실 체력단련장 97.33 공실 4층 대형점 981.1 공실 탈의실, 샤워장 321.61 공실 5층 대형점 685.83 공실 체력단련장 246.04 공실 (나) 청구법인의 2010년 제1기 부가가치세 신고내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인의 부가가치세 신고내역 (단위: 천원) 과세기간 과세매출 면세매출 과세 매입 면세관련 매입세액 납부세액 일반매입 고정자산 2010.1(예정)
• - 36,630 9,070,520 351,825 -558,889 2010.1(확정) 3,452,276 4,044,844 7,483,918 17,465,520 402,524 -1,747,050 2010.1기 3,452,276 4,044,844 7,520,548
• 754,349 2,305,939 (다) 청구법인은 2010년 제1기 부가가치세 확정신고시 면세사업 및 과세사업에 겸영하는 쟁점건물의 공통매입세액을 안분함에 있어 아래 <표3>와 같이 면세사업 및 과세사업의 확정사용 면적비율을 적용하였는바, 청구법인이 당초 적용한 예정사용 면적 비율과 확정신고시 적용한 확정사용 면적 비율은 <표4>와 같다. <표3> 청구법인이 적용한 확정 사용면적 비율 (단위: ㎡, %) 구분 구성 판매장 창고 합계면적 구성비 면세면적 소매, 식자재, 수탁, 창고 1,791.46
• 1,791.46 25.11 과세면적 소매, 식자재, 수탁, 창고 3,542.01 1,800.14 5,342.15 74.89 합 계 5,333.47 1,800.14 7,133.61 100.0 <표4> 청구법인이 적용한 예정 및 확정 사용면적 비율 (단위: ㎡, %) 구분 용도 면적 비율 예정사용 기준 면세사용 5,054.7 38.6 과세사용 8,032.6 61.4 계 13,087.3 100.0 확정사용 기준 면세사용 1,791.46 25.11 과세사용 5,342.15 74.89 계 7,133.61 100.0 (라) 청구법인의 2010년 제1기(확정) 공통매입세액 안분계산 신고내역은 아래 <표5>와 같고, 이에 대한 처분청의 재계산 내역은 아래 <표6>과 같다. <표5> 청구법인의 공통매입세액 안분계산 신고내역(2010.4.1.～6.30.) (단위: 원) 신고기간 매입내역 공통매입세액 안분계산 불공제 매입세액 공통매입세액 총공급가액 면세비율 2010.1기(확정) 기계, 기타 486,696,990 7,480,345,545 4,044,844,419 263,171,479 건물, 구축물 1,325,085,456 7,134㎡ 1,791㎡ 332,768,064 계 1,811,782,446 595,939,543 <표6> 처분청의 공통매입세액 재계산 내역(2010.4.1.～6.30.) (단위: 원) 신고기간 매입내역 공통매입세액 안분계산 불공제 매입세액 공통매입세액 총공급가액 면세비율 2010.1기(확정) 기계, 기타 486,696,990 7,480,345,545 4,044,844,419 263,171,479 건물, 구축물 1,325,085,456 〃 〃 716,512,957 계 1,811,782,446 979,684,436 (마) 청구법인은 2010년 5월 확정된 면세사업사용 확정비율(0.251129)을 적용하여 아래 <표7>과 같이 총공통매입세액 4,676,636천원에 대한 불공제 매입세액 총액을 1,174,439천원으로 계산하고 기 불공제한 매입세액 1,294,688천원을 공제한 -120,249천원을 공통매입세액으로 정산하였으며, 이에 대하여 처분청은 아래 <표8>과 같이 경정․결정하였다. <표7> 청구법인의 2010년 제1기 확정 공통매입세액의 정산신고 내역(누계) (단위: 원) 구분 매입내역 공통매입세액 안분계산 기불공제 매입세액 공제세액 공통매입세액 면세확정비율 불공제할매입세액 누적총계 기계,기타 571,613,326 0.540729 309,088,257 32,802,785 276,285,472 건물, 구축물 4,676,636,519 0.251129 1,174,439,052 1,294,688,542 -120,249,490 소계 5,248,249,845 1,483,527,309 1,327,491,327 156,035,982 <표8> 처분청의 2010년 제1기 확정 공통매입세액의 정산 경정․결정내역(누계) (단위: 원) 구분 매입내역 공통매입세액 안분계산 기불공제 매입세액 공제세액 공통매입세액 면세확정비율 불공제할매입세액 누적총계 기계, 기타 571,613,326 0.540729 309,088,257 32,802,785 276,285,472 건물, 구축물 4,676,636,519 첨부참조 2,199,819,121 1,294,688,542 905,130,579 소계 5,248,249,845 2,508,907,378 1,327,491,327 1,181,416,051 처분청의 공통매입세액 안분계산 내역을 보면, 청구법인의 사업장은 복합용도의 5층 건물로서 첫째, 공용건물(업무시설, 기계실, 주차장, 직원식당, 기타부대시설 등), 둘째, 직접 판매에 이용하는 건물(지하 1층, 지상 1층, 지상 2층의 대형점 및 상품보관창고), 셋째, 3․4․5층의 임대사업용 건물로 구분되고 이러한 경우 사용면적 기준이나 수입금액 기준을 건물전체에 획일적으로 적용할 수 없어 직접 판매활동에 이용되는 특정 3개층 매장과 상품보관창고의 사용면적을 측정하여 건물 전체에 획일적으로 적용하는 것은 객관성이 부족하므로 부가가치세법 시행령제61조에 따라 과․면세 공통매입세액 계산방법을 적용함에 있어서 각 건물부분별 공사비 매입세액에 대하여 과․면세 수익사업에 대한 기여도를 가장 잘 반영할 수 있도록 실지귀속을 구분할 수 없는 경우, 수입금액 기준 우선 적용하고, 수입금액이 없는 경우 예정사용면적 비율을 적용해야 하므로 지하 1층, 1층, 2층 대형점의 경우 과․면세 공통적으로 사용되는 부분으로 구분 계산하고 대신 면세 및 과세 면적 비율이 확실히 구분되는 면적의 경우 면적기준으로 안분계산하였으며, 주차장 및 기계실, 중앙감시실 등 공용시설로 구분되는 공사비의 경우 과․면세 공통면적, 과세면적, 면세면적 기준으로 2차 안분계산하여 재배분하고 최종 안분계산 적용하였으며, 지상 3층부터 임대시설이나 현재 공실상태이며 관계자를 통해 추후 임대시설이 들어올 예정이며 임대시설이 아닌 직접 자가 사용하거나 면세관련 사업시 수정신고 및 세액 재계산 예정으로 조사한 후, 아래 <표9> 및 <표10>과 같이 취득공사비 등을 산출하여 과세한 것으로 되어 있으며, <표9> 및 <10>에 따른 총공사비 배분내역은 별지와 같이 계산하여 과세하였다. <표9> 개별건물 취득원가 산정방법에 의한 취득공사비 산출 예시 구분 공사비1 공사비2 공사비3 공사비 합계 안분계산
전용면적 취득가액 공용면적 취득가액 공용시설 배분가액 전용+공용 공사비 매입세액 공제
전용면적 취득가액 공용면적 취득가액 공용시설 배분가액 전용+공용 공사비매입세액 불공제
3. 과․면세공통시설 전용면적 취득가액 공용면적 취득가액 공용시설 배분가액 전용+공용 과․면세수입금액비 안분
전용면적 취득가액 공용면적 취득가액 공용시설 배분가액 전용+공용 과․면세수입금액비 안분
공용시설 취득가액 계 <표10> 각 층별 면적기준 총공사비 배분에 의한 취득공사비 산출 예시 (단위: ㎡) 층별 건축물 현황 과․면세 용도구분 비 고 건축 용도 전용면적 지3층 기계실, 전기실
• 공용시설 공용공사비 지2층 중앙감시실
• 공용시설 지1층 CORE, 계단, 홀
• 공용시설 (총공사비-공용공사비)×각층면적/전체면적 지1층 대형점 7,342.69 판매시설 1층 대형점 6,121 판매시설 2층 대형점 2,592.01 판매시설 2층 의원 247.24 임대시설 3층 관리사무실, 직원식당 1,980.24 업무시설 에어로빅장 250.56 임대시설 체력단련장 97.33 임대시설 4층 대형점 981.1 임대시설 탈의실, 샤워장 321.61 임대시설 5층 대형점 685.83 임대시설 체력단련장 246.04 임대시설 * 5층의 전용공사비 = (총공사비-공용공사비)×5층면적/전체면적
(2) 청구법인의 주장내용을 요약하면 다음과 같다. (가) 쟁점건물은 과세사업 및 면세사업에 공하는 사용면적 구분이 분명하다는 주장으로, 쟁점건물 신축당시 2007년 제1기분 부가가치세 확정신고 관련 청구법인의 내부문서(농기 23101-572, 2007.7.19.)에서 쟁점건물 신축과 관련된 세무신고를 위해 과․면세 비율을 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제3호 의 규정에 의거 설계면적대로 통보하니 업무에 참고하기 바란다고 하면서, ① 농산물, 양곡, 특산물, 축산물, 수산물 등 면세재화를 판매하고 보관하는 면세매장․창고의 재화종류별 면적과 ② 즉석식품, 일반식품, 가공식품, 생필잡화 등을 판매하는 과세면적 비율을 안내하여 부가가치세를 신고하도록 하였고, 그 후 공사 완공 및 개장을 앞두고 매출활성화 및 고객 이용편의를 위해 판매장 및 창고의 일부 레이아웃 변경(OO11601, 2008.3.17.) 등에 따라 변경 확정된비율에 따라 변경한 것으로 과세사업 및 면세사업에 사용되는 면적이 명확히 구분된다는 주장이다. (나) 또한, 쟁점건물에 대한 공통매입세액 안분계산 기준면적을 7,133.61㎡로 함이 타당하다고 주장하면서, 쟁점건물의 전체 면적이 41,256.01㎡라고 하나, 주차장․기계실․계단 등 공용시설 면적 22,370.06㎡와 기타시설 면적 2,829.84㎡를 제외한 면적 16,055.57㎡가 공부상 대형점(판매시설)의 면적이고, 청구법인이 안분대상으로 삼은 7,133.61㎡는 판매시설(16,055.57㎡)과 기타시설(2,829.84㎡)의 면적 중 ㉠ 과세시설(과세판매대 + 임대시설)과 ㉡ 면세시설(면세판매대 + 면세전용시설)의 전용면적이며, 대형할인점의 판매시설은 주로 판매대로 이루어지고 판매대를 이용할 수 있는 통행로가 필수이므로 전용면적은 판매시설 전체면적의 절반에도 미치지 못하는 실정인바, 사용이 확정된 과세사업 및 면세사업의 전용면적을 아래 <표11>과 같이 세분화(4층 및 5층 일부 시설이 공실이라 면적 계산시 제외하였으나 그 공간은 500㎡미만)한 것으로 안분계산 근거로 한 7,133.61㎡는 전용면적 기준으로 일부 공실을 제외한 모든 과․면세 사업시설을 포함한 것이기 때문에 당연히 쟁점건물 전체에 대한 부가가치세 과․면세비율 산정을 위한 합리적인 면적이라는 주장이다. <표11> 쟁점건물의 과세사업 및 면세사업 사용면적 내역 (단위: ㎡) 구분 판매대 기타 합계 과세 면세 과세 면세
1. 지하1층 판매대 1,550 251 1,801 임대 258 258 작업장 674 674 창고 887 887
2. 지상1층 판매대 483 407 890 임대 115 115 작업장 235 235 창고 914 914
3. 지상2층 판매대 254 225 479 임대 727 727
4. 지상3층 임대 131 131
5. 지상4층 임대 23 23 합계 2,287 883 3,055 909 7,134 과세합계 5,342 면세합계 1,792 * 소수점 이하는 반올림 함
(3) 공통매입세액 안분계산과 관련하여 부가가치세법 시행령제61조 제1항에서 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 계산은 실지 귀속에 따라 계산하되, 귀속이 불분명한 공통매입세액은 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 계산한다고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서 안분계산은 다음 각호의 순에 의하여 계산한다고 하면서 단서 규정에서 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다고 하면서 제1호에서 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율, 제2호에서 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율, 제3호에서 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 규정하고 있다.
(4) 한편, 부가가치세법 시행령제61조의2(공통매입세액의 정산)에서 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다고 규정하면서 단서 규정에서 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 예정사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다고 규정하고 있고, 제2호에서 부가가치세법 시행령제61조 제4항 제3호에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우는 확정면적에 의하여 안분하는 것으로 규정하고 있다.
(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합해 보면, 부가가치세법 시행령제61조 제4항 단서 규정에서 건물신축의 경우 예정사용 면적을 우선 적용하도록 규정하면서 같은 법 시행령 제61조의2에서 이에 따라 매입세액을 안분계산한 경우는 확정면적에 의하여 안분계산한다고 규정하고 있고 청구법인의 경우 당초 예정사용 면적비율에 따라 매입세액을 안분계산하였다가 확정사용 면적비율을 적용하여 정산한 점, 건물 신축과 관련된 매입세액에 있어서 면세사업에 사용되는 면적과 과세사업에 사용되는 면적은 실지 귀속분을 찾을 수 있는 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있고, 건물신축과 관련된 매입세액은 특단의 사정이 없는 한 그 건축비용이 건물의 면적에 비례하여 발생되는 것으로 볼 수 있으므로 건물신축 관련 매입세액은 과세사업과 면세사업에 사용하는 면적의 비율에 의하여 합리적으로 계산할 수 있다 할 것이고(국심 2001중1093, 2001.10.6. 같은 뜻임), 청구법인은 쟁점건물에 대하여 직접 실측을 통하여 과세사업과 면세사업에 사용하는 면적비율을 산정하였다고 주장하고 있고, 쟁점건물과 같이 부가가치세가 과세되는 재화와 면세되는 재화를 판매하는 대형 할인매장의 경우 실제 과세사업에 사용하는 면적과 면세사업에 사용하는 면적은 실측을 통하여 사용면적을 구분할 수 있다고 보여지므로, 처분청이 쟁점건물의 과세사업 및 면세사업에 사용되는 판매장 면적을 재조사하고 그 결과에 따라 사용면적 비율로 쟁점매입세액인 공통매입세액을 안분계산하여 2010년 제1기(확정) 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.