과세기간종료 20일 이내 구매확인서가 발급된 경우, 수정세금계산서를 교부하지 아니하고 바로 영세율세금계산서를 교부한 것은 세금계산서불성실가산세 대상에 해당하지 않음

○○○세무서장이 2010.8.16. 청구법인에게 한 부가가치세 2008년 제1기분 109,388,550원, 2008년 제2기분 102,035,200원, 2009년 제1기분 63,026,940원, 2009년 제2기분 67,256,670원, 합계 341,707,360원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 1993.9.11. 설립되어 알루미늄괴 및 아연괴 제조업을 영위하는 법인으로서, 2008년 제1기～2009년 제2기 과세기간 중 ○○○주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 알루미늄괴를 34,170백만원(공급가액, 이하 “쟁점금액”이라 한다)에 공급하고 거래시기마다 또는 월합계로 세금계산서를 교부한 후 청구외법인이 과세기간 종료일로부터 20일이내에 구매확인서를 발급받아오면 당초 교부한 세금계산서를 회수․폐기하고 영세율세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 영세율환급기획점검 결과, 청구법인이 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 영세율 매출에 대하여 당초 교부한 일반세금계산서에 대하여 이를 없었던 것으로 하는 부(負)의 세금계산서를 교부하고 다시 영세율세금계산서를 교부하여야 함에도, 당초 교부한 일반세금계산서를 회수․폐기한 후 영세율세금계산서를 교부한 것은 세금계산서 발행절차상 하자가 있는 것으로 보아 세금계산서불성실가산세를 적용하여 2010.8.16. 청구법인에게 부가가치세 2008년 제1기분 109,388,550원, 2008년 제2기분 102,035,200원, 2009년 제1기분 63,026,940원, 2009년 제2기분 67,256,670원, 합계 341,707,360원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.11.10. 이의신청을 거쳐 2011.2.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 청구외법인에게 알루미늄괴 등을 공급하고 거래시기마다 또는 월합계로 세금계산서를 교부한 후 청구외법인이 구매확인서를 발급해오면 당초 세금계산서를 회수․폐기하고 영세율세금계산서를 교부하였으며, 다만, 당초 거래일의 다음달 10일까지 구매확인서를 발급받지 못하고 해당 과세기간 종료일로부터 20일까지 지체하여 발급받게 된 것은 거래처인 청구외법인의 사정으로서 이는 청구법인에게 아무런 귀책사유가 없는 것임에도 청구법인에게 본 건 가산세를 부과한 것은 부당하다. 처분청은 청구법인이 부가가치세법 시행령제59조 제4호에 정하는 절차에 따라 수정세금계산서를 교부하지 아니하였다고 하여 세금계산서불성실가산세를 부과하였으나, 위 조항은 “수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다”라고 되어 있는 임의규정이지 “～하여야 한다”라는 강행규정이 아니며, 청구법인이 위의 방법을 따르지 아니하였다고 하더라도 결국 영세율로 거래한 것은 분명한 사실이므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다. 최근의 심판례를 보면, 조심 2011중138(2011.2.15.)에서 본 건과 같이 과세기간 종료후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 영세율매출에 대하여 당초 세금계산서를 폐기한 후 영세율세금계산서를 교부한 것에 대하여 세금계산서불성실가산세를 부과한 것은 부당하다고 결정하였으며, 조심 2010부3408(2010.12.14.)에서도 사업자가 부가가치세 신고시 의무적으로 제출하여야 하는 영세율의 첨부서류에 대한 유효적절한 행정지도를 하지 아니한 채 기왕에 별다른 이의제기 없이 오랜기간 동안 영세율세금계산서, 주문서, 송장, 거래내역서 등에 의하여 영세율적용대상임을 승인하여 왔다면 그 귀책사유가 납세자에게 있다고 보기 어렵다는 결정을 한 사실로 보아도, 청구법인에게 세금계산서불성실가산세를 부과한 본 건 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 본 건과 같이 재화를 공급할 때 구매확인서가 발급되지 아니한 경우에는 공급한 날에 일반세율에 의한 세금계산서를 먼저 교부하고, 이후 재화의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일로부터 20일이내에 구매확인서가 발급되면 부가가치세법 시행령제59조 제4호에 따라 당초 교부한 일반세금계산서에 대한 부(負)의 세금계산서를 교부하고 다시 영세율세금계산서를 교부하여야 하는 것임에도, 청구법인은 당초 교부된 세금계산서를 회수․폐기하고 영세율세금계산서를 교부하였으므로 이에 대하여 세금계산서불성실가산세를 부과한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 영세율 매출에 대하여 당초 교부한 일반세금계산서에 대한 부(負)의 세금계산서를 교부하지 아니하고 해당 세금계산서를 회수․폐기한 후 영세율세금계산서를 교부한 것에 대하여, 세금계산서불성실가산세를 부과할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항 제22조【가산세】

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 경우 (2) 부가가치세법 시행령 제59조【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다. 제70조의3 【가산세】

② 법 제16조 제1항 및 제2항에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 기재되었으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제22조 제2항 제1호에 규정된 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)심리자료에 의하면, 청구법인은 2008년 제1기～2009년 제2기 부가가치세 신고시 청구외법인과의 거래분에 대하여 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일을 경과하여 해당 과세기간 종료일로부터 20일 이내에 발급된 구매확인서에 의하여 당초 교부한 세금계산서를 회수․폐기한 후 영세율 세금계산서 34,170백만원을 교부한 사실이 <표1>과 같이 나타난다.

(2) 처분청은 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 영세율 매출에 대하여 당초 교부한 일반세금계산서에 대한 부(負)의 세금계산서를 교부하지 아니하고 해당 세금계산서를 회수․폐기한 후 영세율세금계산서를 교부한 청구법인에게 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다는 의견을 제시하고 있다. 살피건대, 부가가치세법 시행령제59조 제4호는 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 경우 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다고 규정하고 있는 바, 원칙적으로는 당초 교부한 일반 세금계산서에 대하여는 이를 없었던 것으로 하는 부의 세금계산서를 교부하고 다시 영세율 세금계산서를 교부하여 부가가치세를 신고하여야 하나, 영세율 세금계산서만을 교부하고 이에 근거하여 부가가치세를 신고한 것은 일부 절차를 생략한 것에 불과하다 할 것이고, 또한 동 영세율 세금계산서는 수정세금계산서의 역할을 한 것으로 볼 수 있으므로 부가가치세법제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때에 해당하지 아니하고, 더불어 같은 법 시행령 제70조의3 제2항의 규정에 따라 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에 해당한다 할 것이다(조심 2011중138, 2011.2.15., 조심 2009중4136, 2010.6.29. 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 영세율 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세법제22조 제2항의 규정에 의한 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.