근거과세의 원칙에 충실하지 못한 처분은 재조사하여 과세표준 결정해야 함

○○○세무서장이 2010.8.9. 청구인에게 한 2008년 제2기 부가가치세 18,108,030원의 부과처분은 청구인이 주식회사 ○○○페트로에게 62,745,455원과 주식회사 ○○○정유에게 41,338,182원 상당의 유류를 무자료 매출하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2000.7.3.부터 ○○○동 218-9에서 ‘○○○석유판매’라는 상호로 유류소매업을 운영하고 있는데, ○○○지방국세청장이 주식회사 ○○○페트로(이하 “○○○페트로”라 한다) 및 주식회사 ○○○정유(이하 “○○○정유”라 한다)에 대한 자료상 조사결과, 청구인이 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 중 ○○○석유주식회사로부터 매입한 유류를 ○○○페트로 및 ○○○정유에게 무자료 매출함으로써(각 공급가액 62,745,455원, 공급가액 41,338,182원), 부가가치세를 신고누락한 것으로 보아 동 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 나. 처분청은 위 자료통보에 따라 청구인이 102,508,000원(○○○지방국세청장이 자료통보한 금액은 104,083,637원인데, 처분청이 매출누락금액을 착오한 것으로 보임, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 매출누락하였다고 보아 2010.8.9. 청구인에게 2008년 제2기 부가가치세 18,108,030원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.3. 이의신청을 거쳐 2011.2.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 쟁점금액 상당의 유류가 출하전표 상 인도지인 청구인이 아닌 ○○○페트로 및 ○○○정유의 거래처로 운송되었다는 확인서 등을 근거로 과세하였으나, 청구인이 쟁점금액을 매출누락한 것으로 보기 위하여는 처분청이 청구인의 매출누락 사실에 대하여 대금지급 관련 증빙 등 구체적인 자료에 의하여 객관적으로 입증하여야 함에도(청구인이 부가가치세 신고한 과세표준에 무자료 매출금액을 포함할 경우 부가율이 터무니없게 높게 나타나고, 개인소매상이 도매업자에게 매출을 하였다는 것이 상식에 맞지 아니하며, 과세관청이 무자료 매출하였다는 매출금액이 청구인의 매입가액에 미달하는 등) 청구인이 알지도 못하는 자료상 혐의자의 일방적인 주장만을 근거로 하여 과세하였는바, 이는국세기본법에서 규정하고 있는 실질과세 및 근거과세의 원칙을 위배하였기에 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 중 ○○○석유주식회사로부터 4차례 유류를 매입하여 주식회사 ○○○주유소 외 3개 주유소에 운송한 유류의 실지거래내역은 청구인이 무자료 중개상을 통하여 ○○○페트로, ○○○정유에게 무자료 판매한 것으로 ○○○지방국세청장의 조사에서 확인되었고, 청구인이 제시한 유류운반원 신○○○의 확인서는 임의의 확인서로 진위가 불분명하며, 매입액이 매출액보다 많다는 사유만으로 무자료 매출을 하지 않았다고 볼 수도 없는바, 청구인이 쟁점금액 상당의 유류를 무자료 매출한 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점금액 상당의 유류를 무자료 매출한 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) ○○○지방국세청장은 2008년 1월부터 5월까지 ○○○정유에 대한 자료상 조사결과, ○○○정유가 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 중 340억원 상당의 유류를 매입하여(10.4% 수준인 35억원 상당을 위장 매입한 것으로 조사됨) 341억원 상당의 유류를 정상매출한 것으로 조사하였는바, ○○○정유가 주식회사 ○○○정유(이하 “○○○정유”라 한다)에게 판매한 유류 30,000리터가 ○○○정유의 주문을 받고 출하전표상의 인도지인 ○○○석유판매가 아닌 ○○○정유로 운반되었다는 유류운반원 신○○○의 확인서 등을 근거로 처분청에게 매출신고 과소혐의자료를 통보하였다. 한편, 2009년 5월에 실시한 주식회사 ○○○에너지(이하 “○○○에너지”라 한다)에 대한 자료상 조사결과, ○○○에너지가 2008년 제2기 부가기치세 과세기간 중 46억원 상당을 위장·가공매입하여 46억원 상당을 가공매출하였는바, ○○○페트로 대표자 김○○○이 중개인을 통하여 무자료 매출처 등(청구인)으로부터 무자료 유류를 매입하여 도관에 불과한 ○○○에너지와 주식회사 ○○○페트로를 형식적으로 거쳐 46억원 상당의 유류를 각 주유소에 직접 판매한 것으로 조사되었는데, ○○○페트로 대표자 김○○○이 2009년 4월 조사담당공무원에게 제출한 확인서에서 김○○○은 ○○○페트로를 운영하면서 중개인 최○○○ 등을 통하여 무자료 매출처 등(청구인)으로부터 무자료 유류를 현금으로 공급받아 ○○○에너지 등에게 세금계산서 등을 발행하여 정상매출하였고, ○○○에너지 등은 유류 무자료 매출내역의 실물도착지에 정상적으로 매출하였다고 확인하였다.

(2) ○○○페트로 김○○○의 확인서 상 쟁점금액의 유류를 무자료 매입한 내역은 아래 <표1>과 같고, ○○○정유가 무자료 매입한 내역은 아래 <표2>와 같다. 한편, 쟁점금액 관련 유류의 실물도착지인 ○○○주유소의 대표자 박○○○, ○○○주유소 및 ○○○주유소 대표자 최○○○은 ○○○에너지, ○○○페트로 및 ○○○에너지에게 유류를 주문하여 공급받고 유류탱크에 입고하였으며, 세금계산서 및 거래명세서를 위 매입처로부터 교부받았음을 확인하였다.

(3) ○○○주유소의 대표자 최○○○의 확인서 및 운반원 황○○○이 2009년 4월 조사담당공무원에게 제출한 확인서에는 2008.11.11.자 경유 20,000리터의 출하지는 ○○○주유소로, 정유사는 ○○○정유로, 출하전표상 고객명에는 ○○○석유로, 도착지는 ○○○유류판매주식회사로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(4) 청구인의 사업장에 대한 2008년 부가가치율은 아래 <표3>과 같이 나타난다.

(5) 청구인이 ○○○판매주식회사로부터 유류를 매입한 금액과 처분청이 무자료 매출한 것으로 본 금액은 아래 <표4>와 같이 나타난다

(6) 청구인이 심판청구시 제시한 쟁점금액 관련 유류운반원 신○○○의 사실확인서(2010.9.2.)에 의하면, 석유류를 운반하는 신○○○이 2008.8.2. ○○○에너지의 요청으로 ○○○에서 ○○○저유소에 석유류를 운반하면서 출하지에서 석유회사가 발행한 출하전표 중 보관하고 있었던 출하전표 1매를 ○○○정유 직원의 부탁을 받고 이를 넘겨준 사실이 있고, 그 후 2009년 ○○○정유에 대한 세무조사에서 관련 출하전표가 문제가 되자 ○○○정유 직원이 찾아와 세무공무원이 출하전표 상의 유류를 어디에 운반했는지 물으면 어느 주유소에 운반하였다고 진술하여 달라고 간곡히 부탁하였으며, 신○○○이 출하전표를 넘겨줄 때 약간의 사례도 받은 적이 있어 처벌을 받을 것이 두려워 시키는대로 진술하였고 세무공무원이 작성한 서류에 날인하였으며, 위와 같은 사유로 당초 확인서는 사실과 다르게 작성되었다고 확인하고 있다. 또한, 유류운반원 황○○○의 확인서(2011년 2월)에 의하면, 황○○○이 유류운송시 인도지에서 인수자를 만나지 못하거나 출하전표를 요구하지 않을 경우에는 저유소에서 교부받는 출하전표를 인수자에게 교부하지 아니하였고, 교부하지 못한 출하전표를 쓰레기통에 버리는 등 적절히 폐기처분하였으며, ○○○지방국세청의 조사시 세무공무원의 요구에 따라 확인서 서류에 날인한 것은 사실이나, ○○○석유판매 관련 서류에는 어떠한 날인도 한 적이 없다고 확인하였다.

(7) 청구인의 세무대리인 세무사 박○○○은국세기본법제58조 및 같은 법 시행령 제47조의 규정에 의한 의견진술(전화, 2011.4.11. 15시 20분)을 통하여 청구인은 유류도매상이 아닌 ○○○건설산업 등에 유류를 판매하는 유류소매상으로 청구인이 수탁자○○○에게 유류를 주문하면, 수탁자가 도매상인 ○○○석유주식회사에게 소매상인 청구인을 인도지로 하여 유류를 주문하고 운반원을 지정하고, 출하전표는 유류도매상의 저유소에서 유류가 출고될 때 3매가 발행되는바, 그 중 1매는 유류인수자에게 교부하고 나머지 1매는 인수자의 확인을 받아 유류도매상에게 제출하는데, 유류소매상인 청구인은 영세하여 상주하는 직원도 없어 유류운반자를 직접 만날 수가 없으며, 관련 출하전표를 받아 관리하지 못하는 실정이고, 단지 주문 후 저유탱크의 용량을 체크하는 것으로 입고가 적절하였는지를 확인하므로 출하전표의 소지여부가 유류의 매출과 직접적인 관련이 없다고 진술하였다.

(8) 국세기본법제16조 제1항에서는 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하도록 규정하고 있고, 동조 제2항 및 제3항에서는 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있으며, 이 경우 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하도록 규정하고 있다. 또한, 부가가치세법제21조 제2항에서는 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 납세의무자의 과세표준 등 신고가 없거나 신고내용에 오류·탈루가 있어 이를 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하도록 규정하고 있다.

(9) 살피건대, 부가가치세나 특별소비세의 과세표준 산정기초가 되는 매출, 매입액에 관한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있고 또 납세의무자의 신고나 정부의 결정에 오류 또는 탈루가 있을 때에만 이를 경정할 수 있는 것이므로 납세의무자가 매출에 관해 비치 기장한 일기장이나 증빙, 매입이나 비용지출에 관한 증빙이나 세금계산서의 기재는 경정사유에 관한 입증 없이 과세청이 이를 함부로 부인할 수도 없는 것이라고 할 것이다○○○. 그렇다면, 처분청은 ○○○지방국세청장의 세무조사결과 청구인이 2008년 제2기 부가가치세 과세기간중에 쟁점금액 상당의 유류를 무자료 매출한 것이 조사되었고, 청구인이 제시한 증빙자료인 유류운반원의 확인서 등은 신뢰성이 없다는 의견이나, 이 건의 경우 ○○○지방국세청장의 과세자료 중 ○○○주유소의 대표자 최○○○의 확인서 및 운반원 황○○○의 확인서를 보면, 2008.11.11.자 경유 20,000리터의 도착지가 청구인의 사업장이 아닌 ○○○유류판매주식회사로 기재되어 있는 바, 처분청이 매출누락으로 본 쟁점금액 중에는 다른 사업자가 거래한 유류가 포함된 것으로 보이는 점, 무자료 매출이 없었던 2008년 제1기에는 부가가치율이 3.6%수준이나, 무자료 매출이 포함된 2008년 제2기에는 8.74%로 높게 나타나는 점, 청구인이 ○○○석유주식회사로부터 매입한 유류 매입금액이 무자료 매출금액보다 더 큰 것으로 나타나고 있어 유류 소매상인 청구인이 유류 도매법인에게 매입금액보다 적은 금액으로 유류를 매출하였다는 것이 일반적인 상관행상 받아들이기 어려운 점, 청구인이 심판청구시 제시하고 있는 사실확인서에서 유류운반원 신○○○이 ○○○정유 직원의 부탁을 받고 출하전표를 넘겨준 사실이 있다고 확인하고 있고, 유류운반원 황○○○이 ○○○지방국세청의 조사시 청구인의 사업장 관련 서류에는 날인한 적이 없다고 확인하고 있는 점 등을 볼 때, 확인서 및 출하전표를 근거로 한 이 건 과세는 근거과세의 원칙에 충실하였다고 보기 어려운 측면이 있는바, 쟁점금액에 대한 거래사실 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.