감액수정세금계산서를 수취하지 아니하였기에 매입세액은 공제할 수 없음.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 액화석유판매업자인 ○○○주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 액화석유가스를 공급받아 가정용 부탄가스를 제조하여 수출 또는 내수판매하는 법인으로서, 수출용 액화석유가스 매입시 영세율 세금계산서를 수취하고, 내수용 액화석유가스 매입시에는 일반 세금계산서를 수취하였다.
• 나. 청구법인은개별소비세법제20조의2 제1항의 규정에 의하여 이미 납부한 개별소비세를 청구외법인을 통하여 2005.7.1.부터 2009.12.31.까지 총 22,403백만원을 환급받으면서 수출용 액화석유가스에 대한 환급액 16,503백만원에 대하여는 수정영세율세금계산서를 수취하였으나, 내수용 액화석유가스에 대한 개별소비세의 환급액 5,899백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여는 수정세금계산서를 수취하지 아니하였다.
• 다. 서울지방국세청장은 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시하고, 쟁점금액을 매입세액 불공제 대상으로 보아 처분청에 통보하였으며, 처분청은 2010.11.15. 부가가치세 2005년 제2기분 68,021,550원, 2006년 제1기분 81,624,670원, 2006년 제2기분 91,885,900원, 2007년 제1기분 210,224,680원, 2007년 제2기분 111,596,250원, 2008년 제1기분 34,310,940원, 2008년 제2기분 96,021,670원, 2009년 제1기분 79,721,530원, 2009년 제2기분 63,697,750원, 합계 836,804,940원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.2.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 개별소비세법제20조의2에 의하여 쟁점금액이 환급됨에 따라 공급가액이 감소하는 경우 청구외법인의 매출세액과 청구법인의 매입세액이 감소하게 되는바, 이 경우 청구외법인은 감소사유가 발생한 날에 수정세금계산서를 발급하고 당초 거래시 징수한 부가가치세 중 쟁점금액에 대한 부가가치세를 청구법인에게 반환하여야 하지만, 청구외법인은 수정세금계산서도 교부하지 아니하고 부가가치세도 돌려주지 아니하였다. 처분청은 본 건 거래의 공급받는 자인 청구법인에게 매입세액 과다공제를 이유로 부가가치세를 경정하였으나, 청구법인은 쟁점금액과 관련하여 담세자로서의 지위를 갖고 있을 뿐 납세의무자로서의 지위에 있는 것이 아니므로 개별소비세의 환급에 따른 경정대상자는 청구외법인이 되어 그 과세표준을 감액경정하여야 함에도, 처분청은 조사대상자가 아니라는 이유로 이를 경정하지 아니하여 청구외법인이 과다납부한 부가가치세를 환급하지 아니하면서 청구법인이 납부한 세액만을 경정한 것은 부당하다. 현행 부가가치세는 전단계세액공제법을 채택하고 있는바, 매출세액에서 매입시 거래징수 당한 세액(매입세액)을 공제한 금액이 납부세액이 되고, 거래징수 사실은 세금계산서로 증명하고 있으므로 세금계산서를 수취하지 않는 경우에는 매입세액을 공제받을 수 없다. 따라서, 이러한 법리에 비추어 볼 때 공급자인 청구외법인이 수정세금계산서를 교부하지 아니한 이상 청구법인과 같이 재화를 공급받은 자에게 부가가치세를 직접 부과할 수는 없는 것이다. 위와 같이 사업자가 전단계사업자에게 징수당한 매입세액을 국가로부터 돌려받는 것이 전단계세액공제제도의 기본원리이므로, 본 건 거래와 같이 전단계사업자에게 거래징수당한 매입세액이 추후에 감소되는 경우라도 국가가 그 감소세액을 전단계사업자에게 반환하지 않는 한 국가가 공급받는 자인 청구법인에게 해당 매입세액을 추징할 수는 없다.
• 나. 처분청 의견 개별소비세법제20조의2에 의하여 개별소비세액을 환급받는 경우,부가가치세법제16조 제1항 및 동법 시행령 제59조에 따라 감액수정세금계산서를 교부받아야 함에도 청구법인은 이를 수취하지 아니하였는바, 액화석유가스판매업자인 청구외법인이 국가에게 납부한 부가가치세의 환급여부와 무관하게 쟁점금액에 대한 매입세액은부가가치세법제17조 제2항 제1호에 따라 불공제 대상이다. 따라서, 청구법인은 쟁점금액에 대한 감액수정세금계산서를 수취하지 아니하여 매입세액을 과다하게 공제받았으므로 이에 대하여 부가가치세를 경정한 것은 정 당하다.

• 가. 쟁점 공급자가 감액수정세금계산서를 미교부하고 부가가치세를 반환하지 아니하였음에도 공급받는 자인 청구법인에게 매입세액 과다공제를 이유로 부가가치세를 경정한 것은 부당하다는 주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제16조 (세금계산서)

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항 제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제59조 (수정세금계산서 교부사유 및 교부절차) 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

3. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 기재하고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(부)의 표시를 하여 교부한다. ※ 부가가치세법 기본통칙 13-48-4(개별소비세를 환급받는 경우 과세표준 계산) 석유판매업자가 석유류 제조업자로부터 개별소비세 및 교통․에너지․환경세가 과세된 석유류를 구입하여 외국공관에 판매하고개별소비세법제16조 및 교통․에너지․환경세법제14조의 규정에 의하여 개별소비세 및 교통․에너지․환경세를 환급받는 경우 환급세액은 제조업자의 과세표준에서 공제하고, 당해 제조업자는 판매업자에게 영 제59조의 규정에 의하여 공급가액을 수정하여 세금계산서를 교부하여야 한다. ※ 부가가치세법 기본통칙 22-0…8 사업자가 세금계산서를 교부한 후 당초의 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 수정세금계산서를 교부하지 아니하거나 교부한 분에 대한 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때에는 법 제22조 제2항 제1호 및 제22조 제4항 제1호의 규정에 의한 가산세를 적용한다. (3) 개별소비세법 제1조(과세대상과 세율)

① 개별소비세는 특정한 물품․특정한 장소에의 입장행위, 특정한 장소에서의 유흥음식행위 및 특정한 장소에서의 영업행위에 대하여 부과한다.

② 개별소비세를 부과할 품목과 그 세율은 다음과 같다.

4. 다음 각목의 물품에 대하여는 그 수량에 해당 각 목의 세율을 적용한다.

• 바. 석유가스 중 부탄에 대하여는 킬로그램당 290원 제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 개별소비세를 납부할 의무가 있다.

1. 제1조 제2항에 해당하는 과세물품을 제조하여 반출하는 자 제20조의2(가정용부탄 등에 대한 개별소비세 환급특례)

① 액화석유가스판매사업자 등 대통령령으로 정하는 사업자에게 취사난방용 등 대통령령으로 정하는 용도로 사용되는 제1조 제2항 제4호 바목의 물품(이하 이 조에서 “가정용부탄”이라 한다)을 판매하는 액화석유가스충전사업자와 가정용부탄을 제조하거나 수입하는 제3조의 납세의무자에 대해서는 다음 계산식에 따라 계산된 개별소비세액(이하 이 조에서 “환급세액”이라 한다)을 환급하거나, 납부 또는 징수할 세액에서 이를 공제할 수 있다. 환급세액 = 가정용부탄으로 판매한 수량 × (제1조 제2항 제4호 바목의 세액 - 같은 호 마목의 세액)

• 다. 사실관계 및 판단 (1)쟁점금액의 환급이 감액수정세금계산서 교부대상이며, 공급자인 청구외법인이 공급받는 자인 청구법인에게 수정세금계산서를 교부하지 아니하고 해당 부가가치세도 반환하지 아니한 사실에 대하여는 서로 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 공급자가 감액수정세금계산서를 미교부하고 부가가치세를 반환하지 아니하였음에도 공급받는 자인 청구법인에게 매입세액 과다공제를 이유로 부가가치세를 경정한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 쟁점금액이 환급됨에 따라 당초 공급가액에서 차감되는 금액이 발생하였으므로 부가가치세법 시행령제59조 제3항에 따라 그 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 수정세금계산서를 교부하여야 하는 것임에도 공급자인 청구외법인이 수정세금계산서를 교부하지 아니하였고, 이로 인하여 공급받는 자인 청구법인은 쟁점금액에 대한 매입세액이 과다공제되었는바, 이는부가가치세법제17조 제2항 제1호에 따라 공제할 수 없는 매입세액에 해당하므로 청구외법인에 대한 경정여부에 불구하고 쟁점금액에 대한 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.