토지와 건물의 일괄 양도시 기준시가로 안분계산하여 양도가액을 계산한 처분은 정당함 (기각)

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2006.6.9. 취득한 ○○○ 대지 222.9㎡에 2006.11.7. 주택 및 근린생활시설 361.06㎡(이하 대지 및 건물을 통칭하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 2007.9.4. 570,000천원에 양도하고 양도가액은 부동산매매계약서상의 매매가액 570,000천원(토지 155,000천원, 건물 415,000천원)으로 하고, 토지분 취득가액은 실거래가액(140,000,000원), 건물분 취득가액은 환산취득가액(411,760,246원)으로 하여 양도소득세 3,414,490원을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 2010년 7월 청구인에 대한 위 양도소득세 신고내용에 대하여 세무조사를 실시하여 양도가액이 불분명한 것으로 보아 양도가액 570,000천원을 기준시가로 안분계산하여 토지 220,292,206원, 건물 349,707,794원으로 각각의 가액을 산정하고 이에 대응하는 토지분 취득가액은 실지거래가액으로, 건물분 취득가액은 환산취득가액(342,536,788원)으로 하여 2010.10.25. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 34,637,890원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.12. 이의신청을 거쳐 2011.2.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 양도가액으로 보는 “실지거래가액”은 매매계약서와 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인정되는 가액을 말하는 것으로 실지거래가액으로 인정 또는 확인할 수 없는 경우에만 제한적으로 매매사례가액 등으로 계산하게 되어 있는 바, 이 건 거래는 토지와 건물로 구분된 각각의 부동산매매계약서가 있고 거래상대방도 그 사실을 확인하고 있으며, 중개인도 있고, 당시 실지거래임을 입증할 수 있는 방증자료(2006.11.14. 작성된 간이감정평가표)를 보더라도 매매계약서상의 가액(토지 155,000천원, 건물 415,000천원)이 적정함에도 불구하고 토지와 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 양도가액 570,000천원을 기준시가로 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점부동산의 양도가액을 실지거래가액으로 한 때에는 취득가액도 실지거래가액으로 신고하여야 함에도 불구하고 건물의 경우 2006.11.7. 신축하여 2007.9.4. 양도 시까지 보유기간이 10개월에 불과함에도 그 신축에 소요된 비용을 확인할 수 있는 별도의 장부를 비치하고 있지 않아 건물의 실지취득가액 산정이 불가능한 상태이다. 또한, 토지 및 건물을 같이 양도하는 경우, 극히 이례적인 경우를 제외하고는 별개로 거래하지 않는 것이 일반적으로, 이 건 양도와 같이 토지와 건물의 매매가액을 안분하면서 건물의 양도가액을 가급적 많은 금액으로 산정함으로써 건물의 환산취득가액이 높아져서 양도차익이 적게 산정되어 결국 양도소득세 부담이 줄어드므로 일괄양도가액으로 신고한 타납세자와의 형평성 등을 감안할 때, 토지·건물의 양도가액 구분은 법령규정에 따라 엄격하게 해석하여야 할 것이며, 소득세법 시행령제166조에서는 토지와 건물의 가액이 불분명한 경우에는 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서규정에 의하도록 규정하고 있는 바, 위 부가가치세법 시행령이 규정하는 감정평가액은 감정평가법인에 의하여 진정하게 성립된 감정평가서로 형식적 요건을 구비한 감정평가서에 기재된 감정평가액만을 의미하는 것(대법원 2004두8873, 2005.10.28. 참조)으로 청구인이 토지·건물가액의 안분계산근거로 제시한 은행감정표는 대출을 위한 간이감정평가서로 부가가치세법 시행령이 말하는 감정평가액이 아니며, 청구인이 그 구분에 대한 객관적인 산정근거를 제시하지 못하는 등 쟁점부동산의 토지와 건물의 매매계약서가 형식적으로 구분되어 있지만 그러한 구분은 실제거래가액을 반영했다기 보다 청구인의 필요에 의해 자의적으로 정해진 것으로 보이므로 쟁점부동산의 토지와 건물의 매매가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 안분계산하고 그에 따라 건물의 취득가액을 양도가액으로 환산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 토지와 건물가액의 구분이 불분명하다 하여 양도가액(실지거래가액)을 기준시가로 안분계산하여 토지와 건물의 양도가액을 계산하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② (생 략)

③ 제1항 및 제2항 각 호의 규정을 적용함에 있어서 거주자가 제94조 제1항 각호의 자산을 법인세법 제52조 의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(외국법인을 포함한다)에게 양도한 경우로서 동법 제67조의 규정에 의하여 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 때에는 동법 제52조의 규정에 의한 시가를 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액으로 본다. 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】⑦ 제4항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (3) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2006.6.9. 140,000천원에 취득한 쟁점부동산 중의 대지상에 2006.11.7. 주택 및 근린생활시설을 신축하여 2007.9.4. 같은 날자에 토지와 건물의 양도가액을 각각 155,000천원과 415,000천원으로 하여 별도의 부동산매매계약서를 작성하여 양도하고 실지거래가액으로 양도소득세신고를 하면서 토지와 건물의 양도가액은 부동산매매계약서상의 매매가액으로, 토지분의 취득가액은 실지거래가액(140,000,000원)으로, 건물분의 취득가액은 환산취득가액(411,760,246원)으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, 처분청은 양도가액이 불분명한 것으로 보아 양도가액 570,000천원을 기준시가로 안분계산하여 토지 220,292,206원, 건물 349,707,794원으로 각각의 가액을 산정하고 이에 대응하는 토지분 취득가액은 실지거래가액으로, 건물분 취득가액은 환산취득가액(342,536,788원)으로 하여 2010.10.25. 청구인에게 이 건 양도소득세를 경정·고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 이 건 거래는 토지와 건물로 구분된 각각의 부동산매매계약서가 있고 거래상대방 및 중개인도 부동산매매계약서상의 매매가액이 실거래가액임을 확인하고 있으며, 쟁점부동산을 담보로 은행으로부터 대출을 받을 시 은행이 작성한 간이감정평가표를 보더라도 매매계약서상의 가액이 시가에 해당하므로 토지와 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 양도가액 570,000천원을 기준시가로 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다고 주장하며 토지매매계약서, 건물매매계약서, 간이감정평가표 사본 및 중개인 ○○○의 확인서를 관련증빙으로 제시하고 있어 이에 대하여 보기로 한다. (가) 쟁점부동산 중 토지매매계약서를 보면, 2007.6.22.자로 워딩으로 작성되어 있고, 매매대금 155,000,000원, 계약금 23,500,000원(계약시 계좌입금), 잔금 131,500,000원(2007.9.10.), 중개사 ○○○)로 되어 있다. (나) 쟁점부동산 중 건물매매계약서를 보면, 2007.6.22.자로 워딩으로 작성되어 있고, 매매대금 415,000,000원, 계약금 41,500,000원(계약시 계좌입금), 잔금 373,500,000원(2007.9.10.), 중개사 ○○○ 되어 있다. (다) 간이감정평가표 사본을 보면, ○○○ 2006.11.14.자로 작성한 것으로 되어 있는 것으로 볼 때, 청구인이 대출을 받기 위해 쟁점부동산을 담보로 제공하고 ○○○지점에서 자체적으로 토지와 건물을 각각 90,114,000원과 235,806,000원으로 평가하고 작성한 것으로 보인다. (라) 중개인 ○○○의 확인서를 보면, 토지매매가액 155,000,000원, 건물매매가액 415,000,000원은 시가를 그대로 반영하고 있다고 확인하고 있다.

(3) 자산의 양도가액은 실지거래가액에 의하며(소득세법제96조), 양도가액을 실지거래가액에 의한 때에는 취득가액도 실지거래가액(환산취득가액도 포함)에 의하며(소득세법제100조 제1항), 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다고 소득세법제100조 제2항에서 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제166조 제2항에서는 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다고 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도하는 경우 특별한 사정이 없는 한 토지매매계약서와 건물매매계약서를 별도로 작성하지 아니하고 하나의 계약서로 작성하는 것이 일반적이기는 하나 토지와 건물을 별도의 매매계약서를 작성하였다고 해서 당해 계약서의 진정성을 부인하는 것은 아니다. 원칙적으로 사적자치원칙에 의거 특수관계없는 양도인과 양수인의 자유의사에 의거 당사자간에 작성한 부동산매매계약서상의 매매가액은 매매가액이 별도로 기재되어 있다고 하더라도 정당한 사유없이 부인되어서는 아니되지만, 부동산매매계약서상의 양도가액은 양도자와 양수자의 이해관계에 따라 토지와 건물 각각의 가액을 임의로 정할 수 있어 이를 그대로 각각의 양도가액으로 인정한다면 양도가액을 토지가액과 건물가액을 구분하지아니하고 일괄적으로 한 자 및 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가액에 근거하여 매매가액을 결정한 자와 과세형평상 맞지 아니하는 결과가 된다. 이러한 점을 고려하여 소득세법에서는 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산하도록 규정하였으며, 청구인이 쟁점부동산 매매계약서상의 토지양도가액과 건물양도가액이 양도 당시의 시세를 반영한 정당한 가격임을 주장하기 위해서는 쟁점부동산 중 건물의 경우 2006.11.7. 신축하여 2007.9.4. 양도 시까지 보유기간이 10개월에 불과하므로 신축에 소요된 비용을 관련증빙과 함께 제시하거나, 토지의 경우 인근유사토지의 매매사례가액 또는 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 제시하여야 하나, 간이감정평가서와 쟁점부동산 양도시 중개를 하였던 공인중개사의 사실확인서만을 증빙으로 제시하고 있다. 청구인이 제시한 간이감정평가서는 청구인이 쟁점부동산을 담보로 ○○○으로부터 대출시 ○○○직원이 작성한 간이감정평가서로서, 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액으로 볼 수 없으며, 쟁점부동산 매매계약서상에 중개인으로 기재되어 있는 공인중개사의 사실확인서만으로는 당해 매매계약서상의 토지와 건물의 매매가액이 시세를 그대로 반영한 가액임을 입증할 수 있는 객관적인 증빙으로 볼 수 없다. 따라서 양도가액이 불분명한 것으로 보아 토지와 건물의 양도가액 합계액인 570,000천원을 기준시가로 안분계산하여 토지와 건물의 양도가액을 산정하고 이에 대응하는 토지분 취득가액은 실지거래가액으로, 건물분 취득가액은 환산취득가액으로 하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.