쟁점농지를 자경한 사실이 객관적으로 증빙되지 못한 점, 근로소득이 있었던 점으로 3년 이상 직접 경작하였다는 주장은 인정하기 어려움.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2003.2.26. 취득한 경기도 ○○○전 1,375㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 2009.8.12. 대한주택공사에게 공공용지로 협의양도하고, 2009.10.30. 경기도 ○○○ 32-1 전 1,114㎡(이하 “대토농지”라 한다)를 취득하였고, 쟁점농지에 대한 양도소득세 신고당시 농지대토에 의한 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점농지를 자경하지는 아니한 것으로 보아 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정(조세특례제한법제70조)의 적용을 배제하고, 공익사업용 토지에 대한 감면규정(조세특례제한법제77조)만 적용하여 2010.10.12. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 48,240,840원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.12. 이의신청을 거쳐 2011.2.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 경기도 군포시(이하 “군포시”라 한다)에서 태어났고, 부모님이 군포시에서 계속하여 농사를 지었기 때문에 어려서부터 농사일을 하였으며, 약 20년간 서울특별시와 군포시를 오가며 사업을 하다가 1988년부터 완전히 귀향하여 개인 사업을 수년간 영위하였고, 부모님이 연로하신 후에는 농사일에 전념하여 왔다. 쟁점농지에는 비닐하우스를 설치하여 각종 채소 등의 작물을 재배하였고, 그러던 중 2009.8.12. 쟁점농지가 공공용지로 대한주택공사에게 수용된 것인바, 대한주택공사에서 쟁점농지를 수용하며 영농한 사실을 확인하여 토지 외에 비닐하우스, 전기시설 등의 지장물에 대해서도 보상을 하였으며, 조만간 영농보상금도 지급할 예정이라는 담당자 답변도 받았고, 청구인이 쟁점농지를 직접 경작한 사실은 만일에 대비하여 수용 전에 촬영한 현장사진에 의하여 확인된다. 또한, 농지원부는 공무원이 자경한 사실을 현지에서 조사한 뒤 작성하는 것으로 매년 경작 여부를 확인하고 있으며, 청구인이 농협으로부터 비료, 퇴비, 농기구 등을 계속하여 구입한 내역도 입증된다. 그리고, 청구인이 2006.5.25. 양도한 경기도 ○○○ 외 2필지의 답에 대하여는 처분청이 2009년 3월 현지조사를 실시하여 당해 농지를 자경한 사실을 확인한 적도 있다. 청구인이 (주)○○○의 대표이사직을 맡게 된 경위는, 사위인 박○○○이 수산물을 수입하여 국내에 공급하는 (주)○○○의 영업사원으로 근무하던 중 대표자가관세법위반혐의로 구속되어 동 법인이 폐업하기에 이르게 되자 이를 인수하게 되었던 것이고, 상호를 ○○○으로 변경하여서 법인을 이전하는 과정에서 청구인이 개인 재산을 사업장으로 제공한 관계로 박○○○이 청구인에게 대표이사를 맡아달라고 부탁함에 따라서 무역에 대하여 전혀 아는 바가 없었지만 부득이 수락하게 된 것이다. 박○○○이 실질적으로 사업을 운영하였으며, 청구인은 형식적인 대표이사로 은행거래 등 꼭 필요한 경우에만 출근하는 정도였고, 청구인이 급여를 받은 것은 근로제공이 아니라 개인 재산을 제공한 대가이므로 근로소득이 발생하였다는 이유만으로 바로 청구인이 쟁점농지를 자경하지 아니한 것으로 판단한다는 것은 지극히 자의적이다. 청구인이 쟁점농지를 자경한 사실이 객관적인 증빙에 의하여 확인됨에도 불구하고, 경성무역의 대표이사로 등재되어 있었다는 이유만으로 처분청이 농지대토에 대한 양도소득세의 감면신청을 배제하면서 과세한 것은 부당하므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 1998년에 개업하여 2007년에 폐업한 ○○○과 2006년에 개업한 (주)○○○는 업종이 동일하고 수입금액이 연평균 50억원 정도이며, 동 법인들의 사업장(토지 및 건물)은 전부 청구인의 소유이고, 청구인이 대주주(41%이며 자녀인 김○○○의 지분 49%를 합하면 90%)인 사실을 감안할 때, 청구인이 대표이사로 근무하는 기간 동안에 위 법인들의 주요한 의사를 실질적으로 결정한 것으로 판단되고, 그 기간 중 수령한 근로소득은 그러한 활동에 대한 정당한 보상으로 인정할 수밖에 없다. 청구인은 쟁점농지(1,375㎡) 외에도 경기도 ○○○외 5필지 8,473㎡ 합계 9,848㎡에서 상추, 고추, 고구마, 배추 등 채소 등을 직접 경작하였다고 주장하면서, 그에 대한 증거서류로 농지원부, 농자재 구입내역 등을 제출하였으나, 작물을 매출한 내역이 없는 점, 청구인이 고령(70세)이고 법인의 대표이사로서 근로소득이 발생한 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 쟁점농지에서 농업에 상시 종사하거나 또는 농작업의 2분의 1 이상을 자기 노동력에 의하여 경작 또는 재배하였다고 인정하기는 사실상 어렵다 할 것이므로 청구인이 쟁점농지를 자경하지 아니한 것으로 보아 농지대토에 대한 양도소득세 감면신청을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 청구인이 쟁점농지를 자경하지 아니한 것으로 보아 농지의 대토에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 이전에 양도하는 경우에는 양도일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20(토지 등의 양도대금을 대통령령이 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 25로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다) 안의 토지 등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 (2) 조세특례제한법 시행령 제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】① 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 “농지소재지”라 한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 쟁점농지를 자경하지 아니한 것으로 보아서 농지의 대토에 대한 양도소득세 감면규정을 배제하였는바, 처분청의 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 1998.7.24.부터 2007.10.4.까지 경기도 ○○○에 소재한 ○○○의 대표이사로 재직하였으며, 2007.12.10.부터 2010.5.14.까지 경기도 ○○○에 소재한 ○○○의 감사로 재직하다가 2010.6.3.부터는 대표이사로 근무하였다. (나) 법인인 ○○○의 사업장(토지 및 그 건물)은 모두 청구인의 소유이며, 2006사업연도 종료일 현재○○○의 지분은 청구인이 20%를, 김○○○(아들)이 15%를, 박○○○(사위)이 15%를 각각 보유하고 있으며, 2009사업연도 종료일 현재 ○○○의 지분은 청구인이 41%를, 김○○○이 49%를 각각 소유하고 있다. (다) 청구인은 ○○○ 대표이사로 재직하면서 연평균 86백만원, ○○○의 감사로 재직하면서 연평균 45백만원의 근로소득(수입금액 기준)을 각각 지급받았다. (라) 처분청의 이의신청 담당공무원이 2010.12.6. ○○○및 쟁점농지의 인근을 현지에서 조사하고 작성한 보고서에는 동 법인의 가동이 중단되어 있는 상태로 보이고, 쟁점농지와 당해 법인 사이의 거리는 1~2km 정도(차량으로 가는 경우 3~4분)이며, 인근 마을주민인 경기도 ○○○ 자치위원장인 김○○○은 청구인이 새마을지도자, 영농회장 등을 역임하면서 쟁점농지를 직접 경작하였고 농사일이 바쁠 때에는 노동력을 품앗이하거나 동네 주민들에게 농작업의 일부를 부탁하기도 하였다는 취지로 진술한 내용 등이 기재되어 있다. (마) 청구인이 2003.6.30. 취득한 경기도○○○외 2필지 답 2,715㎡를 2006.5.25. 양도한 것에 대하여, 처분청이 2009년 3월 당해 농지가 비사업용 토지인지 여부를 현지확인조사하여 작성한 보고서에 의하면, 청구인이 군포시와 의왕시에서 거주하는 원주민이고, 농지원부에 기재되어 있는 위 양도농지와 쟁점농지 외에 7필지 합계 10,759㎡를 경작하며 ○○○에서 비료 등의 농자재를 구입한 사실이 확인되며, 박○○○이 ○○○을 실질적으로 운영한 사실, 김○○○이 ○○○를 직접 경영하고 있는 사실이 각각 인정되므로 동 양도농지를 사업용 토지로 판정한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점농지를 자경하였다 주장하며 농지원부, 현장사진, 보상내역서, 농자재구입내역, 확인서 등의 증빙서류를 제출하였다. (가) 2006년 5월 발급된 농지원부에는 청구인이 아래와 같이 쟁점농지를 포함한 13,776㎡의 농지를 자경하는 것으로 등재되어 있다.

○○○ (나) 청구인이 쟁점농지가 수용되기 전에 촬영하였다는 현장사진(촬영일자 미상)에는 동 농지에 비닐하우스가 설치되어 있고 그 내부에는 작물이 재배되는 것으로, 항공사진(2008년 촬영, Daum지도)에도 쟁점농지에 비닐하우스 3개동이 있었던 것으로 각각 나타난다. (다) 대한주택공사의 경기지역본부장이 2009.8.19. 발행한 토지수용(협의매수) 확인서에 의하면, 청구인이 쟁점농지에 대한 보상금으로 토지 315,470천원, 지장물(비닐하우스 3개동, 전기시설) 10,015천원 합계 325,485천원을 지급받은 것으로 나타난다. (라) ○○○농업협동조합장 명의조합원 비료지원 내역에 의하면, 청구인이 2004년에 404천원, 2005년에 373천원, 2006년에 484천원, 2007년에 916천원, 2008년에 1,022천원, 2009년에 1,211천원에 상당한 비료를 각각 지원받은 사실이 기재되어 있고,○○○의 유기질 비료지원 내역에 의하면, 청구인이 유기질 비료 100포 및 비료 183천원 상당을 지원받은 것으로 표기되어 있다. (마) ○○○농업협동조합에서 2009.3.17. 발급한 거래자별 매출내역을 보면, 청구인이 2007.1.1.부터 2008.12.31.까지 비료ㆍ농약 등 농자재를 29번(합계 1,390천원) 구입한 것으로 나타난다. (바) 한편, 2000년 9월에 ○○○에 대한 법인세 조사를 실시한 담당공무원은 당시 모든 자료에 대한 소명 및 피감 업무는 박○○○이 수행하였고, 직원들에게 대표이사인 청구인에 대하여 묻자 모든 일을 박○○○에게 맡기고 주로 텃밭에서 농사일을 하면서 시간을 보낸다고 답변하였다는 내용의 확인서를, 법인의 세적관리를 담담한 공무원은 당시 ○○○의 모든 업무는 김○○○이 수행하였으며, 청구인이 회장이라는 직함을 가지고 있었으나, 업무의 집행에는 관여한 사실이 없다는 내용의 확인서를 각각 증빙서류로 제출하였다. (3)조세특례제한법제70조 제1항 및 같은 법 시행령 제67조 제1항, 제2항에 의하면, 농지소재지에 거주하는 거주자가 3년 이상 직접 경작한 농지를 양도하고 그에 상응하는 다른 농지를 1년 이내에 취득하여 다시 3년 이상 농지소재지에서 거주하면서 경작할 경우에 종전농지의 양도에 대한 양도소득세를 감면한다고 규정되어 있는바, 여기서 직접 경작이라고 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말하는 것이고, 그와 같은 사실은 이를 주장하는 자가 입증하여야 할 것이다.

(4) 위의 내용을 종합하면, 청구인이 다수의 농지에서 일정한 부분 농사일에 종사한 것으로는 보이나, 쟁점농지를 위와 같이 직접 경작한 사실이 객관적인 증빙자료에 의하여 확인되지 아니하고, 더욱이 쟁점농지를 보유한 기간 동안 ○○○ 감사로 근무하며 그에 상당하는 근로소득을 지급받은 것으로 나타나는 점 등으로 볼 때, 쟁점농지를 3년 이상 직접 경작하였다는 청구인 주장을 인정하기는 사실상 어렵다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점농지의 양도에 대하여 농지대토에 의한 양도소득세 감면규정의 적용을 부인하고 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.