[요지] 처분청에서 쟁점토지의 양도시기를 쟁점토지의 소유권이전등기일로 보고 쟁점금액을 양도가액에 포함하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못임
[요지] 처분청에서 쟁점토지의 양도시기를 쟁점토지의 소유권이전등기일로 보고 쟁점금액을 양도가액에 포함하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못임
[주 문] OOO 토지 23,659.6㎡를 양도한 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 소득세법 제98조 [양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
(2) 소득세법 시행령 제162조 [양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명의 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일
(3) 법인세법 제28조 [지급이자의 손금불산입] ① 다음 각호의 의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용등 대통령령이 정하는 금액
2. 제1호외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것 제55조의2 [토지등 양도소득에 대한 과세특례] ① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지
(4) 법인세법 시행령 제49조 [업무와 관련이 없는 자산의 범위 등] ① 법 제27조제1호에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.
1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.
(1) 2006.3.16. 청구법인은OOO를 포함한 전체 공장용지 44,414.8㎡에 대한 분양계약을 체결하고 2006.3.27. 전체 공장용지에 대한 소유권이전등기를 하였으며, 매매대금 중 OOO 2006.3.27. 청구법인이 전체 공장용지를 담보로 제공하고 주식회사 OOO가 체결한 공장부동산 분양계약서 및 등기부등본에 의하여 나타난다.
(2) 쟁점토지의 양도와 관련하여, 청구법인은 2006.3.29., 2006.3.30. 매수인들과 쟁점토지 23,659.6㎡(전체 공장용지 중 53.3%)를 청구법인의 취득원가 상당액인 OOO은 계약일 익일, 잔금 OOO은 2006.10.31. 지급)에 양도하기로 하고, 쟁점토지에 대한 은행 융자금 이자 등 취득비용은 청구법인과 매수인들이 취득토지 면적에 비례하여 분담하기로 특약하였으며 특약사항은 다음과 같다. (가) 본 건은 OOO 일반지방산업단지내 공장용부지를 청구법인이 분양받는 과정에서 매수인들이 분할하여 당해 면적에 대해 OOO와 매매계약서를 체결하였으나 관리기관인OOO가 대상획지 전체(13,435평)를 1개사로 분양하라는 결정에 따라 계약이 해지된 바, 청구법인이 분양받아 매수예정자(6개사)에게 분할하여 본면적에 대해 향후 양도하기로 약정한 사실이 있다. (나) 이에 당사자들은 합의하고 아래와 같이 이행하기로 한다.
1. 본 부지는OOO 소재하며 전체 면적(44,414.8㎡, 13,435평) 중 별첨 배치도면과 같이 분할하여 매수인들에게 2006.10.31.까지 양도한다. 단, 공장건축, 공장이전 등 불가피한 청구법인의 사유로 연장이 불가피할 경우는 매수인들에게 사전 1개월전에 통보하여 합의 연장하며, 5)항의 입주계약 승인일자도 지연일만큼 연장된다.
2. 청구법인이 공장설립 완료전 매수인들이 필요로 하여 사전입주를 희망하는 경우에는 토지에 대하여 임대차계약을 체결하고 매수인들은 관리기관에 입주자격승인을 득하고 청구법인은 토지사용승락서를 발부하며, 매수인들은 자비용으로 공장건축하여 사용한다.
3. 매입부터 양도시까지 부담에 대해서는 해당비율로 각자 부담함을 원칙으로 한다.
4. 금융이자는 매수자 잔액에 대하여 매월 15일에 청구법인에게 지불하며, 지연시는 연15%를 적용하고 지연일수가 3개월에 도달할시는 매도자가 서면통지함으로 계약은 해지되며, 계약금, 중도금, 원금[계약금, 중도금, 원금이외 기지불금(위 3), 4)항과 관련비용)은 일체반환 없음]
5. 매수인들이 자비로 신축한 위2)항의 공장과는 별도로 청구법인이 자비로 공장을 건축하고 이전하는 등 공장설립완료를 득한후 처분신고를 하고 매수인들은 관리기관에 입주계약승인을 득하여야 한다. 만약, 매수인들이 입주계약을 2006.12.26.까지 승인하지 못하여 양도가 불가능함이 명백한 경우는 기 지불한 계약금 및 중도금 원금(이자없음)을 반환하고(계약금, 중도금의 원금이외 위 3), 4)항의 관련비용 등 기지불금은 일체반환 없음) 계약은 해지된다. 단, 청구법인이 공장설립을 완료하고 매수인들이 입주계약 승인이 이루어져 양도가 가능함에도 불구하고 양도이행이 않될 경우를 보증하기 위하여 청구법인이 보유한 청구법인의 주식을 담보로 처분을 제한하는 절차를 별도 이행한다. OOO
(3) 2007년 1월 청구법인과 매수인들이 체결한 합의서에 의하면, 청구법인의 대표이사OOO일반지방산업단지의 부동산에 대한 2006년 3월 체결된 매매계약은 2007년 1월 매매계약으로 대체되었기에 소급하여 무효로 하기로 합의하였고, 청구법인과 매수인들은 2007.1.17.～2007.4.5. 기간동안 부동산매매계약서를 변경하여 계약한 것으로 나타난다. OOO
(4) 매수인들 중 주식회사 해우수출포장이 OOO게 제출한 부동산거래계약신고필증에 의하면, 접수일은 2007.2.16.이고, 계약대상 면적은 OOO으로 나타난다.
(5) 2007년 3월～4월 청구법인은 쟁점토지를 분할등기하여 매수인들에게 소유권이전등기하였고, 쟁점토지(전체 공장용지 중 53.3%)의 은행 융자금OOO53.3%)에 대한 이자비용 등 취득관련 비용인OOO원을 분양면적에 비례하여 매수인들이 분담한 사실이 OOO 계좌거래내역서, 등기부등본 등에 의하여 나타난다. OOO
(6) 부동산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 소득세법 시행령 제162조의 규정에 의하여 당해 자산의 대금을 청산한 날이 되는 것이고, 대금청산일이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일이 되는 것이며, 대금청산일이라 함은 원칙적으로 거래대금의 전부를 지급한 날을 의미하지만 그 전부를 이행하지 않았어도 사회통념상 거의 지급되었다고 볼만한 정도의 대금지급이 이행된 날을 포함한다(대법원 1989.7.11. 선고 88누8609 판결 등 참조)할 것이다.
(7) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 쟁점토지의 소유권이전등기일인 2007.3.15.～2007.4.19.로 보고 청구법인이 매수인들로부터 받은 쟁점금액이 쟁점토지의 양도대가의 일부에 해당한다는 의견이나, 청구법인은 관리기관인 OOO가 쟁점토지의 분할매각을 승인하지 아니함에 따라 당초 매수인들을 대리하여 2006.3.27. 쟁점토지를 포함한 전체 공장용지를 실질적으로 매수인들과 공동매입한 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인과 매수인들은 2006.3.27. 전체 공장용지에 대한 매매잔금 지급과 관련한 은행 융자금 OOO을 각 사 분양토지 비율에 따라 전액을 부담한 점, 매수인들은 2006.3.29. 청구법인과 쟁점토지의 은행 융자금에 대한 이자비용 등 취득관련 비용을 분담하기로 약정하고 2006년 3월부터 2007년 3월까지 청구법인의 대표이사 OOO의 계좌로 쟁점금액을 송금한 점, 청구법인은 쟁점토지 분할제한 규정이 소멸되는 시점에 쟁점토지를 분할하여 소유권을 매수인들에게 이전한 점 등으로 미루어 볼 때, 매수인들은 전체 공장용지에 대한 매매잔금 지급일인 2006.3.27.에 분양토지에 비례하여 실질적으로 채무인수한 것으로 볼 수 있고, 청구법인의 쟁점토지 양도시기는 청구법인 및 매수인들의 쟁점토지를 포함한 전체 공장용지에 대한 잔금지급일인 2006.3.27.로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청에서 쟁점토지의 양도시기를 쟁점토지의 소유권이전등기일인 2007.3.15.～2007.4.19.로 보고 쟁점금액을 양도가액에 포함하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.