쟁점금액의 세금계산서는 건축・구축물 관련 세금계산서로 보이므로 청구인이 수취한 153,268,802원의 매입세금계산서 중 결국 처분청이 토지와 관련된 지출로 보아 관련 매입세액을 불공제한 금액 중에서 쟁점금액은 건축・구축물 등과 관련된 지출로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 추가로 공제하여 그 세액을 경정하여야 할 것임.
쟁점금액의 세금계산서는 건축・구축물 관련 세금계산서로 보이므로 청구인이 수취한 153,268,802원의 매입세금계산서 중 결국 처분청이 토지와 관련된 지출로 보아 관련 매입세액을 불공제한 금액 중에서 쟁점금액은 건축・구축물 등과 관련된 지출로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 추가로 공제하여 그 세액을 경정하여야 할 것임.
○○○세무서장이 2010.10.12. 청구인에게 한 2010년 제1기 부가가치세 13,450,670원은 청구인이 수취한 153,268,802원의 매입세금계산서 중 100,550,000원은 건축·구축물 등과 관련된 지출로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 추가로 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.
(1) 주위적 청구 처분청이 토지의 자본적 지출로 본 108,084,620원(환급현지확인시 부인한 120,084,620원에서 12,000,000원을 직권으로 감액경정) 중에서 100,550,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 바닥 콘크리트공사, 배수공사, 옹벽공사, 진입도로 포장공사 등과 관련된 측량비, 중장비 사용료 등이므로 이를 토지의 자본적 지출로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
(2) 예비적 청구 쟁점금액은 토지조성과 공장건물 및 구축물 등에 공통으로 관련되어 그 실지귀속이 구분되지 않으므로 부가가치세법 시행령제61조(매입세액의 안분계산)에 따라 매입세액을 안분계산하여야 한다.
(1) 주위적 청구 2010.8.23. 청구인에 대한 부가가치세 환급현지확인 결과, 2010년 8월 초부터 지하층이 없는 바닥기초공사가 이루어지고 있었고, 옹벽 및 건축을 위하여 사용하였다고 주장하는 중기사용료(80,550,000원)는 지대가 낮은 부분을 메우는 공사에 사용된 것이며, 석축 및 진입도로 포장공사와 관련된 세금계산서는 5,916,000원을 수취하여 정상적으로 매입세액을 공제받았고, 다른 건축을 위한 공사가 없었으므로 쟁점금액을 토지와 관련된 것으로 보아 동 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.
(2) 예비적 청구 주위적 청구에서 보는 바와 같이 쟁점금액은 토지와 관련된 금액임이 확인되므로 안분계산 대상이 아니다.
① 쟁점금액의 세금계산서를 토지의 자본적 지출에 관련된 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부
② 쟁점금액 관련 매입세액을 부가가치세법 시행령제61조(매입세액의 안분계산)에 따라 안분계산하여야 하는지 여부
① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다. <신설 1978.12.30, 1980.12.31, 1997.12.31, 2010.2.18>
1. 해당 과세기간의 총공급가액중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.
2. 해당 과세기간중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액
3. 제48조의2제3항제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. <개정 1992.12.31, 1995.12.30>
1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율
⑤ 제1항을 적용할 때 전기통신사업법에 따른 전기통신사업자 및 한국철도공사법에 따른 한국철도공사는 실지귀속을 구분하기 어려운 재화 또는 용역에 대해서만 다음 산식에 따라 공통매입세액을 안분계산할 수 있다. <개정 2010.2.18>
⑥ 제4항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지를 제외한 건물 등에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제61조의2제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다. <신설 2010.12.30>
(1) 쟁점금액의 세금계산서를 토지의 자본적 지출에 관련된 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부에 대하여 본다(쟁점①). (가) 처분청의 부가가치세 환급현지확인 보고서(2010.8.23.)에는 2010년 제1기 부가가치세 과세기간 중에는 토지의 형질변경을 위한 측량, 경계복원, 토지메우기 및 정지작업, 옹벽설치공사 등이 이루어졌는 바, 측량, 경계복원 및 대지 조성공사와 관련된 120,084,620원은 토지와 관련된 것으로 관련 매입세액은 불공제 대상이고, 옹벽설치공사 및 건축설계비와 관련된 33,184,180원에 대한 매입세액은 공제하는 것이 타당하다고 기재되어 있으며, 과세전적부심사결정서(2010.10.29.)에는 위 120,084,620원 중에서 설계용역비 12,000,000원에 대하여 추가로 관련 매입세액을 공제하는 것으로 기재되어 있다. (나) 쟁점금액의 거래내용, 처분청 의견 및 청구주장은 아래 <표1>와 같다. (다) 청구인의 세무대리인인 세무사 김○○○은국세기본법제58조 및 같은 법 시행령 제47조의 규정에 의한 의견진술(2011.4.5.)을 통하여 2010년 상반기에 신축건물의 바닥공사는 완료된 상태였고 현재 공정은 90%정도로 2011년 5월에 준공예정이며, 쟁점금액의 세금계산서는 바닥 콘크리트공사, 배수공사, 옹벽공사, 진입도로 포장공사 등에 소요된 장비사용료 등이므로 이를 토지의 자본적 지출로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다고 진술하였다. (라) 청구인은 쟁점금액은 토지와 관련된 것이 아니라 쟁점토지 지상에 1,394㎡ 공장을 신축하는 것과 관련된 것이라고 주장하면서, 당시 건축물 바닥 콘크리트 공사가 진행중이고, 옹벽공사가 완료되었으며, 배수공사 및 흄관공사 등이 완료된 것으로 나타나는 사진 12매(2010.8.26. 촬영), 쟁점토지 지상에 8개동 1,394㎡ 건물을 신축하는 것으로 기재되어 있는 건축신고필증○○○, 신고일부터 1년 이내에 공사에 착공하도록 기재되어 있는 건축신고(신축)수리 공문○○○, 쟁점금액과 관련된 장비가 건축공사 등과 관련된 것으로 나타나는 건설장비 사용 운행일지, 중장비 사업자의 사실확인서 등을 제시하고 있다. (마) 살피건대, 처분청은 쟁점금액을 토지와 관련된 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 과세하였으나, 청구인이 2010.8.26. 촬영한 사진에는 건축물 바닥 콘크리트 공사가 진행중이고, 옹벽공사가 완료되었으며, 배수공사 및 흄관공사 등이 완료된 것으로 나타나는 바, 건축물 바닥 콘크리트 공사는 콘크리트 양생기간 등의 상당한 시간이 소요되고, 옹벽공사, 배수공사 및 흄관공사 등은 일반적으로 건축물 공사 이전에 이루어지는 점 등을 고려하면 청구인이 제시한 사진상의 공사는 적어도 2010년 상반기에 이루어진 것으로 보이고, 건축신고필증, 건축신고(신축)수리 공문 및 청구인의 의견진술 등에 의하면 2010년 상반기에 쟁점공사가 착공되어 심리일 현재 건물이 거의 완공단계에 이른 것으로 보이며, 청구인이 제시한 건설장비 사용 운행일지, 중장비 사업자의 사실확인서 등에 의하면 쟁점금액과 관련된 장비는 건축공사 등에 사용된 장비로 확인되는 점 등을 종합하면, 쟁점금액의 세금계산서는 건축·구축물 관련 세금계산서로 보이므로 청구인이 수취한 153,268,802원의 매입세금계산서 중 결국 처분청이 토지와 관련된 지출로 보아 관련 매입세액을 불공제한 108,084,620원 중에서 쟁점금액(100,550,000원)은 건축·구축물 등과 관련된 지출로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 추가로 공제하여 그 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.
(2) 청구인의 예비적 청구(쟁점②)는 위 (1)에서 주위적 청구가 인용되었으므로 심리를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.