토지관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 토지와 관련된 매입액이 얼마인지 재조사하여야 할 것으로 판단됨

OOO세무서장이 2010.6.8. 청구법인에게 한 2009년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 2009년 제2기 중 OOO식회사로부터 수취한 공급가액 OOO원 중 OOO원 및 주식회사 OOO로부터 수취한 공급가액 OOO원은 과업의 범위 중 토지와 관련한 매입액이 얼마인지를 재조사한 후, 이를 차감한 금액을 공통매입액으로 보아 총 예정사용면적 중 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 안분하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 부동산개발 및 분양대행업을 영위하는 법인으로서 OOO 도시재정비촉진지구 1구역 도시개발사업에 참여하기 위하여 2008.12.28. OOO주식회사(이하 “OOO”라 한다)와 금융관련업무 등 사업관리업무대행용역 계약을 체결한 후 2009.8.5. 공급가액 OOO만원 상당의 매입세금계산서(이하 “쟁점ⓛ세금계산서”라 한다)를, 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 도시개발사업 조사․설계용역 등을 제공받고 공급가액 OOO만원 상당의 매입세금계산서(이하 “쟁점②세금계산서”라 한다)를 각각 수취하여 2009년 제2기 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.
• 나. 처분청은 쟁점ⓛ세금계산서 중 공급가액 4억원에 대하여는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로, 나머지 공급가액 5억181만원과 쟁점②세금계산서에 대하여는 토지관련 매입세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2010.6.8. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.8.30. 이의신청을 거쳐 2011.1.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 중간지급조건부로 보기 위해서는 계약금 지급약정일로부터 잔금일까지의 기간이 계약서에 6개월 이상으로 명시되어야 하나, 2008.12.28. 청구법인과 OOO가 체결한 계약서에는 계약금은 계약시, 중도금은 1차 브릿지론 기표시, 잔금은 본 프로젝트 파이넨싱(Project Financing, 이하 “P.F”라 한다)완료시에 지급하는 것으로 되어 있을 뿐 6개월 이상으로 명시되어 있지 아니하므로 쟁점ⓛ세금계산서 중 계약금에 해당하는 4억원과 관련된 매입세액이 공제되어야 하고, OOO와의 용역계약은 금융관련 업무 외에 시공사 관련 협의 및 계약, 도시계획 및 설계감리, 기타 사업검토 등의 용역이 있으므로 나머지 5억181만원과 관련된 용역은 과세사업과 면세사업의 공통매입세액에 해당하므로 안분계산함이 타당하다.

(2) OOO가 제공한 기술용역이 사업부지의 조성에만 관련된 것이 아니라 인구계획 및 배경, 도시인프라 시설계획, 건축계획 등 향 후 시행자 지정이나 조합설립운영과 사업추진에 대한 용역을 하는 과세사업과 면세사업의 공통매입세액에 해당하므로 안분계산함이 타당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인과 OOO가 체결한 계약서에 계약금을 지급하기로 한 날은 2008.12.28.이고 잔금 지급일은 본 P.F 완료시까지로 되어 있는 바, 잔금지급시기를 구체적으로 표시하지 아니하였으나 P.F 완료시까지는 통상 6월 이상이 소요되고 현재까지 P.F가 완료되지 않았으므로 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우로 보아 중간지급조건부에 해당하므로 2009.8.5. 교부받은 쟁점ⓛ세금계산서 중 4억원은 공급시기 이후에 수취한 세금계산서이며, 2009년 제2기 과세기간 동안에는 아직 사업지구 내 재정비촉진계획이 결정․고시되지 아니한 상태로 토지매입단계에 있었던 것으로서 OOO로부터 주로 금융용역을 제공받기로 한 것이어서 토지관련 매입세액에 해당하므로 매입세액불공제 대상이다.

(2) OOO로부터 제공받는 용역이 토지 및 권리조사, 교통영향분석 및 개선대책, 재해영향성검토, 문화재지표조사, 토질조사 및 시험, 기본 및 실시설계, 환지계획, 환지처분, 등기촉탁 등의 업무를 수행하는 것으로 토지의 취득과정에서 제공받은 용역이므로 매입세액불공제 대상이다.

• 가. 쟁점 ⓛ OOO로부터 수취한 매입세금계산서 OOO만원 중 공급가액 4억원의 공급시기를 계약일로, 나머지 OOO만원에 대하여는 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부

② OOO로부터 수취한 매입세금계산서 OOO만원이 토지관련 매입세액인지 여부

• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제17조 【매입세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. (단서 생 략)

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 제60조【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제61조【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관 면세공급가액 련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비 율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비 율 (2) 부가가치세법 시행규칙 제9조 【재화 또는 용역의 공급시기】

① 영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점ⓛ에 대한 사실관계는 아래와 같이 나타난다. (가) 청구법인이 OOO와 체결한 용역계약서(세금계산서 공급가액 OOO만원 상당 수취)의 주요내용은 아래와 같다. o 용역명: OOO구역 도시개발사업 사업관리 업무대행 용역

• 계약금액: OOO만원(부가가치세 별도)

• 지급일정 ․ 계약금: 계약시 OOO원 ․ 중도금: 1차 부릿지론 기표시 OOO만원 ․ 잔 금: 본 P.F완료시 OOO원

• 계약기간: 계약체결일 ～ 본 P.F 완료시

• 계약일자: 2008.12.28.

• 과업의 범위(제2조) ⓛ 전략수립 및 사업장관리 및 회계관리

② 금융관련 업무

③ 시공사관련 협의 및 계약

④ 도시계획 및 설계감리

⑤ 기타 사업검토 (나) 처분청은 청구법인이 2009년 제2기 중(2009.8.5.) OOO로부터 수취한 쟁점ⓛ세금계산서 중 계약금 4억원에 대한 공급시기를 대가를 받기로 한 날인 계약일(2008.12.28.)로 판단하여 공급시기(2008년 제2기) 이후에 과세기간을 달리하여 수취한 세금계산서로 보아 매입세액불공제하고, 나머지 5억181만원은 OOO와의 용역계약이 토지 취득 전 단계의 도시개발사업을 위한 사전평가용역으로 건축비관련 비용이 아닌 토지관련 비용으로 보아 매입세액불공제 대상으로 판단한 것으로 나타난다. (다) 이에 대해 청구법인은 OOO와의 용역계약서에 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지 6월 이상 명시하지 아니하였고, 1차 브릿지론 기표시나 본 P.F 완료시 등의 조건은부가가치세법상 용역의 공급여부 및 그 시기를 결정하는 조건들로서 그 조건이 성취되기까지 6월 이상이 소요되었다하여 그 계약이 중간지급조건부 거래에 해당하지 아니하며, OOO와의 용역계약은 금융관련 업무 외에 시공사관련 협의 및 계약, 도시계획 및 설계감리, 기타 사업검토 등의 용역이 포함되어 있어 과세사업과 면세사업의 공통매입액에 해당하므로 동 용역은 청구법인의 도시개발사업과 관련된 과․면세사업의 예정사용면적으로 구분하여 동 매입세액에 대해 아래와 같이 안분계산함이 타당하다는 주장이다. * OOO원 × 15,321.83㎡(면세관련 면적)/47,202㎡(총 예정면적) = OOO원(과세사업관련 매입세액)

(2) 쟁점②에 대한 사실관계는 아래와 같이 나타난다. (가) 청구법인이 OOO와 체결한 용역계약서(세금계산서 공급가액 OOO만원 상당 수취)의 주요내용은 아래와 같다. o 용역명: OOO구역 도시개발사업 조사․설계 용역

• 계약금액: OOO원(부가가치세 별도)

• 계약기간: 계약체결일～환지처분공고일

• 계약일자: 2009.6.24.

• 계약의 목적 및 과업의 범위: 발주자가 개발하고자 하는 사업부지에 대하여 소기의 목적을 달성할 수 있도록 다음 각 항의 업무를 수행함 ⓛ 토지 및 권리조사

② 교통영향평가 및 개선대책

③ 재해영향성 평가

④ 문화재 지표조사

⑤ 토지조사 및 시험

⑥ 기본 및 실시설계

⑦ 환지계획(예정지 지정)

⑧ 환지처분

⑨ 등기촉탁 (나) 처분청은 청구법인이 OOO와 체결한 용역계약이 사업성 검토를 위한 토지 및 권리조사, 환경영향평가용역 등의 사전평가용역을 제공받은 경우로서 토지의 취득과 관계없이 토지관련 매입세액에 해당하다고 판단하였다. (다) 이에 대하여 청구법인은 OOO가 제공한 기술용역이 사업부지의 조성에만 관련된 것이 아니라 인구계획 및 배경, 도시인프라 시설계획, 건축계획 등 향후 시행자 지정이나 조합설립운영과 사업추진에 대한 용역을 수행하는 과세사업과 면세사업의 공통매입세액에 해당하므로 아래와 같이 안분계산함이 타당하다며, 세금계산서사본, 업무대행계약서, 기술용역계약서, 건축개요 및 결정고시내용 등을 제시하였다. * OOO원 × 15,321.83㎡(면세관련 면적)/47,202㎡(총 예정면적) = OOO원(과세사업관련 매입세액)

(3) 살피건대, 쟁점ⓛ중 중간지급조건부인지 여부에 대하여는 청 구법인이 OOO와의 용역계약서에 계약금을 지급하기로 한 날부 터 잔금을 지급하기로 한 날까지 6월 이상으로 명시하지는 아니하였으 나, 총 용역 OOO만원 중 계약일인 2008.12.28.에 계약금 OOO원을 주기로 약정하고도 2년 이상 경과한 심리일 현재까지 잔금지급이 완료되지 않는 것으로 보아 중간지급조건부로 봄이 타당하나, 계약금을 2008.12.28.에 주기로 약정하고 세금계산서는 2009년 제2기에 수취한 것으로서 이는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보인다. 토지관련 매입세액(쟁점ⓛ중 501,818,180원 및 쟁점②)인지 여부에 대하여는부가가치세법상 토지관련 매입세액불공제는 토지의 조성 등 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입 세액이나, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구 성하는 비용에 관련된 매입세액에 해당하는 경우로 규정하고 있는 바, 청구법인은 부동산개발 및 분양대행업을 영위하는 법인으로서 과세사업을 영위하는 것으로 보이고, OOO의 용역 중에 전략수립, 사업장관리 및 회 계관리, 도시계획 및 설계감리 등이 포함되어 있으며, OOO의 용역 중에 교통영향평가 및 개선대책, 기본 및 실시설계 등이 포함되어 있는 점에서 이 건은 전적으로 토지와 관련된 매입세액으로 보기 어렵다고 보이는 점 등에 비추어 과․면세 공통매입으로 보는 것이 합리적이므로 2009년 제2기 중 OOO로부터 수취한 공급가액 901,818,180원 중 501,818,180원 및 OOO로부터 수취한 공급가액 268,181,819원에 대하여는 과업의 범위 중 토지와 관련한 매입액이 얼마인지를 재조사한 후, 이를 차감한 금액을 공통매입액으로 보아 총 예정사용면적 중 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 안분하여 그 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.