영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 첨부서류를 첨부하지 아니하는 경우 신고하지 아니한 것으로 보고 그 부분에 대하여 가산세를 부과하도록 하고 있으나, 처분청이 2008년 4월부터 2009년 12월분까지 계속하여 영세율 첨부서류 미제출에 대한 지적 없이 영세율적용대상임을 승인하여 왔다면 그 귀책사유가 청구인에게 있다고 보기 어려운 것으로 판단됨
영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 첨부서류를 첨부하지 아니하는 경우 신고하지 아니한 것으로 보고 그 부분에 대하여 가산세를 부과하도록 하고 있으나, 처분청이 2008년 4월부터 2009년 12월분까지 계속하여 영세율 첨부서류 미제출에 대한 지적 없이 영세율적용대상임을 승인하여 왔다면 그 귀책사유가 청구인에게 있다고 보기 어려운 것으로 판단됨
OOO세무서장이 2010.10.7. 청구법인에게 한 2010년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 1982.1.21. 설립되어 2008.2.1. OOO리 401-13에 공장을 신설하여 지점으로 등록하고 이전하면서 2008년 3월분(2008.4.25. 신고)까지는 이전하기 전 본점 소재지 관할 OOO세무서에 로열티수익 및 중계무역관련 매출액 관련 부가가치세 신고를 하였으나, 이전 후인 2008년 4월분(2008.5.25. 신고)부터는 지점소재지 관할 처분청(OOO세무서장)에 부가가치세 신고를 하고 있는데, OOO세무서에 월별 조기환급신고할 때부터 처분청에 2010년 3월분 조기환급신고할 때까지 과세관청의 행정지도에 의하여 영세율 첨부서류 제출을 생략하고 수출실적명세서상의 기타 영세율 적용란에 그 총액을 기재하고 추후 과세관청의 담당자가 환급결정시 요청할 때마다 기타 영세율내역서 및 관련증빙을 팩스 전송 등으로 제출하여 영세율 매출 관련 부가가치세를 환급받아 왔으며, 처분청이 2008년 4월분부터 쟁점과세기간 이전인 2009년 12월분까지 총 21회에 걸쳐 별다른 이의를 제기하지 아니하고 영세율 과세표준신고내용을 용인하여 왔고, 2010년 제1기 예정신고분과 2008년 4월분부터 2009년 12월까지의 신고분간에는 차이점은 없음에도 불구하고, 처분청이 영세율 첨부서류 미제출에 대한 의무위반의 귀책사유를 영세율 신청을 한 청구법인에게 돌리어 과세한 처분은 부당하다.
(2) 청구법인은 자회사인 중국 소주 소재 OOO전자유한공사외 3개업체에 자동화라인설비를 제공하고 인력지원을 통하여 기술전수, 자동화라인운용 등 전반적인 기술지원을 하고 매출액의 일정비율을 로열티로 지급받고 있으나, 2006년 10월 OOO지방국세청에서 실시한 청구법인에 대한 정기세무조사 결과 로열티수익의 부가가치세 과세표준미신고로 인한 영세율과세표준신고불성실가산세를 추징받을 때, 기술료 로열티수익과 관련하여 당시 조사담당자 및 OOO세무서 담당자와 협의하여 로열티계약서 사본만 제출하기로 확정하였고, 동 계약서는 변경사항이 없는 한 최초 제출로써 지속적인 제출로 갈음하기로 하여 그 이후 월별 부가가치세 조기환급신고시 매출과세표준으로 신고하였으며, 로열티계약서상 지급기일에 대한 약정이 없어 현지법인의 정산에 의하여 확정된 로열티를 매월 장부에 수익으로 계상하고 부가가치세 신고에 반영하고 있으며, 쟁점매출액 중 로열티수익의 경우 법정 영세율 첨부서류는 용역제공계약서 또는 외국환은행이 발행하는 외화입금증명서이나, 외화입금은 회수기일이 평균 80일 이상 소요되어 월별 조기환급신고기한인 익월 25일까지 용역대금이 입금되지 않으므로 로열티계약서 사본을 제출할 수 밖에 없었고, 추후 환급결정시 담당자의 요청이 있는 경우에만 제출한 것이다.
(3) 쟁점매출액 중 중계무역(제3자간 거래)의 경우, 청구법인이 직접 투자한 해외현지법인은 신용도가 낮아 해외구매처로부터 신용장 개설이 어려워 직접 수입할 수가 없어, 본사인 청구법인이 신용장을 개설하여 제3국에 있는 해외구매처로부터 원자재를 수입하여 국내를 통과하지 않고 해외현지법인으로 직접 물품이 인도되는 형태로서, 수출신고서 및 수입신고서도 발생하지 않고 단순한 송장(INVOICE) 및 패킹리스트(P/L)만이 존재하고, 신용장개설수수료 및 보험료 등 수출관련비용정도(약 1%)만 가산하여 해외현지법인에 공급하고 있으며, 중계무역 관련 법정 영세율 첨부서류는 수출계약서 사본 또는 외국환은행이 발급하는 외화입금증명서이나 이 건 중계무역의 특성상 수출계약서나 수출신고서가 없으며, 수출대금은 선적일로부터 60일내에 전신환결제(은행송금)하는 조건이므로 부가가치세 월별 조기환급신고기한인 익월 25일에는 수출대금의 입금이 되지 않은 상태라 사실상 법정 영세율 첨부서류를 제출할 수가 없어 환급결정시 과세관청 담당자가 요청할 때에 제3자간 거래에 대한 송장 및 패킹리스트를 제출한 것이다.
(1) 2010년 3월분의 경우, 2010.4.23. 신고한 후 2010.5.10. 환급금이 지급되기까지 환급의 적정여부에 대한 판단과정에서 부속서류의 제출을 요구하였으나, 2010.5.11.에 관련서류를 제출하여 환급금 지급 기한내에 환급의 적정여부를 판단할 수 없으므로 영세율 적용에 따른 월별 조기환급신청시 관련 첨부서류를 제출하지 아니한 것에 대하여 영세율과세표준신고불성실가산세를 경정․고지한 처분은 정당하다.
(2) 청구법인은 1982년 개업한 후 2002년 코스닥에 상장되었고 2009년말 현재 매출액 2,475백만원의 중소기업요건을 벗어난 일반기업으로서 매분기 실적발표 등으로 외부 세무전문가로부터 충분한 자문 및 회계검증을 받고 있으며, 기술료 로열티수익과 관련하여 OOO지방국세청 조사담당자 및 OOO세무서 담당자와 협의한 후 로열티계약서사본만 제출하였다는 확인되지 않은 주장을 하고 있으나, 로열티계약서는 매출에 따른 수수료 부분만 약정된 것일 뿐으로써, 당기 영세율 매출액의 직접적인 근거자료라고 볼 수 없다.
(3) 국내반입없이 국외 매입처에서 해외 현지법인으로 직접 인도된 중계무역(제3자간 거래)의 경우 송장과 패킹리스트가 존재함에도 불구하고 신고시 제출하지 아니하였을 뿐만 아니라 송장 견본 및 요약표 조차도 제출하지 않아 신고내용에 대한 확인이 불가능한 상태에서 첨부서류 간소화라는 행정지도 명목으로 수출실적명세서상 수출실적만 기록하였다는 청구법인의 주장은 타당성이 없으며, 영세율 첨부서류를 제출하지 아니한 것은 명백한 법률위반으로써 과세관행 및 행정지도가 아니다.
(2) 부가가치세법 제9조【거래시기】② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화, 시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. 제11조【영세율 적용】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영(零)의 세율을 적용한다.
제18조【예정신고와 납부】① 사업자는 각 과세기간 중 다음에 규정하는 기간(이하 “예정신고기간”이라 한다)이 끝난 후 25일(외국법인의 경우에는 50일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하거나 시작하려는 자에 대한 최초의 예정신고기간은 사업 개시일 또는 제5조 제1항 단서에 따라 등록한 날부터 그 날이 속하는 예정신고기간의 종료일까지로 한다. 제1기분 예정신고기간: 1월 1일부터 3월 31일까지 제2기분 예정신고기간: 7월 1일부터 9월 30일까지
② ～ ③ (생략)
④ 사업자는 제1항 및 제2항 단서에 따른 신고(이하 “예정신고”라 한다)와 함께 그 예정신고기간의 납부세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 납부하여야 한다. 제21조【결정 및 경정】① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 “사업장 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.
1. ～ 3.(생 략)
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우 제22조【가산세】⑦ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항에 따라 신고하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 경우에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 제24조【환급】② 사업장 관할 세무서장은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급세액을 사업자에게 환급할 수 있다.
1. 제11조의 영세율을 적용하는 경우
2. 사업 설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장 또는 증축하는 경우 (3) 부가가치세법 시행령 제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호의 규정에 의한다.(단서생략)
2. 완성도기준지급․중간지급․장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 제24조【수출의 범위】① 법 제11조 제1항 제1호의 규정에 의한 수출은 다음 각호의 것으로 한다.
1. 내국물품(우리나라 선박에 의하여 채포된 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것
2. 국내의 사업장에서 계약과 대가수령 등 거래가 이루어지는 것으로서 다음 각목의 1에 해당하는 것 가.대외무역법에 의한 중계무역 방식의 수출 제64조【예정신고와 납부】② 법 제18조 제1항 및 제2항 단서에 따른 부가가치세의 예정신고에 있어서는 기획재정부령으로 정하는 다음 각 호의 서류를 각 사업장 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.
1. 다음 각목의 사항을 기재한 부가가치세예정신고서. 다만, 제73조 제3항의 규정에 의한 신고에 있어서 이미 신고한 내용은 예정신고대상에서 제외한다.
③ 법 제18조 제1항 및 제2항 단서를 적용함에 있어서 법 제11조 제1항 및 이 영 제26조에 따라 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세예정신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. 다만, 부득이한 사유로 인하여 해당 서류를 첨부할 수 없는 때에는 국세청장이 정하는 서류로서 이에 갈음할 수 있다.
1. 제24조 제1항 제1호의 경우에는 기획재정부령이 정하는 수출실적명세서(전자계산조직에 의하여 처리된 테이프 또는 디스켓을 포함한다). 다만, 소포우편에 의하여 수출한 경우에는 당해 우체국장이 발행하는 소포수령증으로 한다. 1의2. 제24조 제1항 제2호의 경우에는 수출계약서 사본 또는 외국환은 행이 발행하는 외화입금증명서
2. 법 제11조 제1항 제2호의 경우에는 외국환은행이 발급하는 외화입금증명서 또는 국외에서 제공하는 용역에 관한 계약서
⑨ 제2항에 따라 예정신고를 하는 경우에는 다음 각 호의 서류를 해당 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 제2항의 신고로 보지 아니한다.
1. 법 제11조 제1항과 이 영 제26조에 따라 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 제3항에서 규정하는 서류 제68조【결정ㆍ경정사유의 범위】② 법 제21조 제1항 제4호에 규정하는 사유가 있는 경우에는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
5. 제73조 제3항에 따른 영세율등조기환급신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 제73조【조기환급】③ 법 제24조 제2항의 규정이 적용되는 사업자는 예정신고기간중 또는 과세기간 최종 3월중 매월 또는 매 2월(이하 “영세율 등 조기환급기간”이라 한다)에 영세율 등 조기환급기간종료일로부터 25일내에 영세율 등 조기환급기간에 대한 과세표준과 환급세액을 정부에 신고하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 영세율 등 조기환급기간에 대한 환급세액을 각 영세율 등 조기환급기간별로 당해 조기환급신고기한경과후 15일 이내에 사업자에게 환급하여야 한다.
(1) 청구법인의 2010년 1기 부가가치세 예정신고 내용은 아래 <표1>과 같으며, 2010년 1월분을 예로 하여 그 구체적 신고내용을 보면, 부가가치세 과세표준신고서(별지 제12호 서식)의 ‘영세율’란의 ‘기타(세금계산서 비발행대상)’란에 OOO원이 기재되어 있고, 수출실적명세서(갑)[별지 제18호 서식(1)]의 ‘(9) 합계’란에 같은 금액이 기재되어 있으며, ‘(10) 수출하는 재화’란에 OOO원, ‘(11) 기타 영세율 적용’란에 OOO원이 구분기재되어 있고, 청구법인이 임의로 작성한 ‘1월 기타 영세율 내역’에는 위 ‘(11) 기타 영세율 적용’란의 OOO원이 1) 로열티 수익현황OOO과 2) 3자무역 현황OOO으로 구분되어 각각 거래건별로 외화, 환율, 거래처, 원화금액 등이 기재되어 있는 것으로 나타난다. OOO
(3) 처분청은 청구법인이 2008년 4월분부터 2009년 12월분까지는 영세율 적용에 대한 부가가치세 환급신청시 첨부서류를 제출하지 아니한 경우에도 영세율과세표준신고불성실가산세를 부과하지 아니하고 사후적으로 로열티 계약서사본 및 중계무역 관련 송장 및 패킹리스트의 확인을 거쳐 정상적으로 환급결정을 해 준 반면, 2010년 1, 2, 3월분 조기환급신청에 대하여는 청구법인이 환급신청시 기타 영세율 요약표(로열티수익현황 및 중계무역현황), 로열티 계약서사본 및 중계무역 관련 송장 및 패킹리스트 등 영세율 첨부서류를 2010년 1월분OOO과 2월분OOO은 미제출하였다가 2010.6.10. 현지확인시에 제출하였고, 2010년 3월분OOO은 2010.4.23. 신고서를 제출하였으나, 첨부서류는 2010.5.11.에야 제출하였다는 이유로 과세하였다.
(4) 관련법령 및 사실관계를 종합하여 살피건대, 세법상 가산세는 개별세법이 과세의 적정성을 기하기 위하여 정한 의무이행을 확보할 목적으로 그 의무위반에 대하여 세금의 형태로 가하는 행정벌적인 성격을 가지는 제재이므로 그 의무해태에 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이며(대법원 1991누9848, 1992.4.28. 외 다수), 부가가치세법 시행령제64조 제3항에서 영세율과세표준에 대하여 일반과세표준과는 달리 영세율적용대상임을 확인할 수 있는 서류를 제출하도록 규정한 취지는 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세가 완전 면세되는 만큼 그 적용대상 여부와 금액을 정확하게 확인하여야 하기 때문에 신고납부제도를 채택하고 있는 부가가치세 체제에서 세무서장이 납세자의 신고서류만으로도 이를 확인할 수 있도록 하기 위한 것이며, 영세율 적용 거래분에 대한 조기환급제도의 취지가 수출을 촉진시키기 위해서 수출업자들에게 자금부담을 덜어주고 하는 데 있는 것으로서, 청구법인이 OOO지방국세청의 조사 이후 2006년 10월부터 2009년 12월까지 OOO세무서 및 처분청에 대하여 부가가치세 조기환급신고시 의무적으로 제출하여야 하는 법정 영세율 첨부서류를 생략한 채 조기환급을 신청하였고, 처분청이 그에 대하여 유효적절한 행정지도를 하지 아니한 채 별다른 이의제기 없이 2008년 4월분부터 2009년 12월분까지 총 21회에 걸쳐 영세율 적용에 따른 환급결정을 승인하여 왔다면 조기환급신청시 법정 첨부서류를 제출하지 아니한 데 대한 귀책사유가 청구법인에게 있다고 보기는 어렵다 할 것이다(조심 2000서436, 2000.7.29., 조심 2008중3984, 2009. 3.12. 등 다수 참고). 따라서, 처분청이 청구법인에게 영세율과세표준신고불성실가산세를 적용하여 2010년 제1기 부가가치세를 경정․고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.