처분청이 부가가치세 경정결의서를 작성할 당시 가공매출금액에 상당하는 과세표준과 매출세액을 감액경정하면서 조사적출사항에 나타나지 아니하는데도 처분청이 가공세금계산서에 의하여 신고・납부한 부가가치세는 환급하지 아니한다는 취지로 ‘공제받지 못할 매입세액’ 또는 ‘매입세액(기타세액)’을 과대하게 계상하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것임
처분청이 부가가치세 경정결의서를 작성할 당시 가공매출금액에 상당하는 과세표준과 매출세액을 감액경정하면서 조사적출사항에 나타나지 아니하는데도 처분청이 가공세금계산서에 의하여 신고・납부한 부가가치세는 환급하지 아니한다는 취지로 ‘공제받지 못할 매입세액’ 또는 ‘매입세액(기타세액)’을 과대하게 계상하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것임
OOO세무서장이 2010.8.2. 청구인에게 한 부가가치세 2007년 제1기분 OOO원, 2007년 제2기분 OOO원, 2008년 제1기분 OOO원, 2008년 제2기분 OOO원, 2009년 제1기분 OOO원의 부과처분은 부가가치세 경정결의서의 공제받지 못할 매입세액 2007년 제1기분 OOO원을 OOO원)으로, 2007년 제2기분 OOO원)으로, 2008년 제2기분 OOO원)으로, 2009년 제1기분 OOO원)으로, 2008년 제1기분 매입세액(기타세액) OOO원)으로 하여 세액을 경정한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 제기한 심판청구 이유서에 의하면 다음과 같은 사실관계가 나타난다. (가) 쟁점매출세금계산서 및 쟁점매입세금계산서 거래는 정당하므로 관련한 가산세 OOO원의 부과처분은 부당하며, 또한 쟁점매출세금계산서 및 쟁점매입세금계산서를 가공으로 보았다면 매출세액에서 매입세액을 차감하여 신고․납부한 부가가치세OOO원은 환급대상이라는 취지로 심판청구를 하였다. (나) 그 후 청구법인은 가산세 부과처분은 심리에서 제외하고 쟁점매출세금계산서 공급가액에서 쟁점매입세금계산서 공급가액을 제외한 나머지 금액 OOO원에 대한 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다는 취지로 심판청구의 취지를 변경하였다.
(2) 처분청의 청구법인에 대한 ｢유통과정조사 종결보고서｣ 및 부가가치세 경정결의서 등에 의하면 다음과 같은 사실관계가 나타난다. (가) 가공매출에 따른 조사적출사항은 2007년 제1기 OOO원, 2007년 제2기 OOO원, 2008년 제1기OOO원, 2008년 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO원, 합계OOO원이며, 가공매입에 따른 조사적출사항은 2008년 제1기 OOO원이고, 가공매출․매입세금계산서의 합계는 OOO원이다. (나) 2010.8.2. 청구법인에게 고지한 세금계산서불성실가산세(2007년 제1기분 OOO원, 2007년 제2기분OOO원, 2008년 제1기분 OOO원, 2008년 제2기분OOO원, 2009년 제1기분 OOO원, 합계 OOO원)는 가공 매입․매출금액 OOO원의 2%에 해당한다. (다) 부가가치세 경정결의서에 의하면 쟁점매출세금계산서 상당의 과세표준과 매출세액을 감액하면서 조사적출사항에 나타나지 아니하는 동일한 금액을 공제받지 못할 매입금액과 매입세액에 각각 가산하여 가산세만 차감고지세액으로 하여 경정․고지하였다.
(3) 청구법인은 1993.8.2. 개업하여 의료장비와 시약을 국내․국외에 판매하고 있고, 유통과정조사 대상기간인 2007년 제1기부터 2009년 제1기까지 과세기간 마다 OOO원 이상의 매출과세표준을 신고하였으며, 납부한 부가가치세는 2007년 제1기분 OOO원, 2007년 제2기분 OOO원, 2008년 제1기분 OOO원, 2008년 제2기분 OOO원, 2009년 제1기분 OOO원 등으로 확인된다.
(4) 청구법인으로부터 쟁점매출세금계산서와 관련된 매입세금계산서를 교부받은 거래처인 주식회사 OOO은 OOO원을, 주식회사 OOO은 OOO원을, 주식회사 OOO은 OOO원을, OOO 주식회사는OOO원을 가공거래와 관련하여 공제받았던 부가가치세를 세무조사 이후 추가로 납부하였다.
(5) 청구법인이 2010.10.28. 중부지방국세청장에 제출한 이의신청에 대한 기각결정서에 의하면 다음과 같은 사실관계가 나타난다. (가) 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급함이 없이 세금계산서만을 가공으로 교부하는 자료상 행위자가 가공세금계산서에 의하여 신고·납부한 부가가치세는 환급받을 수 없다. (나) 청구법인이 발행한 쟁점매출세금계산서를 실제 거래에 의한 것이라 하여 부가가치세를 신고 및 납부한 것을 사실로 믿고 거래상대방의 매입세액을 공제한 처분청의 신뢰는 합법성의 원칙을 희생하더라도 보호받아야 할 필요성이 인정된다.
(6) 처분청이 조사한 내용과 달리 부가가치세 경정결의서상 매입세액을 불공제한 내역은 아래 <표>와 같다.
(7) 처분청은 청구법인에 위 심판청구 취지변경 신청에 대하여 다음과 같이 의견을 제출하였다. (가) 청구법인의 매출처인 주식회사 OOO 외 4개 업체에 대한 2007.1기부터 2009.1기까지 가공매출분OOO원에 대하여 거래상대방 주식회사OOO 외 4개 업체는 해당 과세기간의 부가가치세 신고를 통하여 상기 가공매출분에 대한 매입세액을 부당하게 공제 받은 사실이 있으며, 이에 대하여 처분청은 가공매출분 OOO원에 대응되는 동 금액을 불공제 매입금액으로 산입 경정 결의함으로써 청구법인의 부당환급을 방지하였다. (나) 이는 가공세금계산서에 의하여 부가가치세를 신고·납부한 경우 그 부가가치세는 환급할 수 없다는 국세청 예규(서면3팀-1497, 2007.5.16., 서면3팀-1458, 2006.7.14.) 및 법원의 판례(서울고등법원 2007누24045, 2008.5.8.)에 따른 정당한 결정으로 거래상대방에게 부당하게 세액공제를 받게 하는 등의 행위에 대해 부가가치세를 환급하지 아니한 처분청의 당초 처분은 정당하다.
(8) 위 사실관계를 종합하면, 처분청은 부가가치세가 과세되는 재화나 용역을 공급함이 없이 세금계산서만을 가공으로 교부하는 자료상 행위자가 가공세금계산서에 의하여 신고․납부한 부가가치세는 환급할 수 없다는 의견이나, 자료상 행위자가 가공세금계산서를 수수하고 이에 근거하여 신고․납부한 부가가치세는 오납액․초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여 결정일부터 30일내에 환급하도록 규정하고 있는 국세기본법 제51조 의 규정을 위반한 것이라 해석(국심 2006서1089, 2007.1.17. 외 다수, 같은 뜻)하는 점, 거래상대방이 가공세금계산서와 관련하여 공제받은 매입세액을 납부하지 아니함으로써 국고에 손실이 발생한 경우 신의성실원칙 위반에 해당하여 부가가치세 환급거부처분은 정당하다는 판결(서울고등법원 2007누24045, 2008.5.8.)이 있지만 이 건은 거래상대방이 공제받은 관련 매입세액을 납부하였으므로 위 판결 내용과는 달리 차별화되어야 한다고 보이는 점, 처분청이 부가가치세 경정결의서를 작성할 당시 가공매출금액에 상당하는 과세표준과 매출세액을 감액경정하면서 조사적출사항에 나타나지 아니하는데도 근거 없이 동일한 금액을 공제받지 못할 매입금액과 매입세액에 각각 가산하여 차감고지(환급)세액을 산출한 점 등을 감안할 때, 처분청이 가공세금계산서에 의하여 신고․납부한 부가가치세는 환급하지 아니한다는 취지로 ‘공제받지 못할 매입세액’ 또는 ‘매입세액(기타세액)’을 과대하게 계상하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.