영세율 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 세금계산서기재불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이다.(인용)

○○○세무서장이 2010.10.7. 청구법인에게 한 2009년 제2기 부가가치세 19,755,190원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2009년 10월부터 12월까지 ○○○(주)(이하 “○○○”라 한다)에 종이류를 공급(총 32건 1,975백만원)하면서 영세율 세금계산서를 교부한 후, 동 금액을 영세율 과세표준에 포함하여 부가가치세를 신고하고 영세율 첨부서류를 기한 내에 처분청에 제출하였다.
• 나. 처분청은 구매확인서 발급일자는 2010.1.14.임에도 재화의 공급시기에 일반 세금계산서를 교부하지 아니하고 곧바로 영세율 세금계산서만을 교부한 것으로 보아 2010.10.7. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세(세금계산서불성실가산세) 19,755,190원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.12.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 재화의 공급시기에 정상적인 세금계산서를 발행 교부하였으며, 부가가치세법 시행규칙 제9조의2 규정에 적합한 구매확인서에 근거하여 영세율 세금계산서를 발행하였으므로 이는 사실과 부합한 세금계산서이고, 영세율 세금계산서를 교부할 때, 당초 교부한 일반 세금계산서를 없었던 것으로 하는 수정 세금계산서를 교부하여야 하나, 당초 교부한 일반 세금계산서를 회수 폐기하고 영세율 세금계산서를 교부한 후, 이를 근거하여 부가가치세를 신고하고 세금계산서 합계표를 제출한 것은 일부 절차가 생략되었을 뿐이며, 당해 영세율 세금계산서는 수정세금계산서 역할을 한 것으로 볼 수 있으므로 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 경우에 해당되지 아니하므로 세금계산서 불성실가산세 부과는 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 제출한 일반 세금계산서에는 공급받는 자의 도장이 찍혀있지 아니한 점, 매입처인 ○○○가 제출한 매입처별세금계산서합계표상 청구법인이 세금계산서를 수정 교부한 사실을 확인할 수 없는 점 등으로 볼 때, 청구법인은 당해 공급시기에 일반 세금계산서를 교부하지 아니하고 곧바로 영세율 세금계산서를 교부한 것으로 확인되고, 부가가치세법 시행령 제59조 제4호 의 규정은 재화나 용역의 공급당시 구매확인서가 발부되어 있지 아니하여도 과세기간 종료일로부터 20일 이내에 구매확인서가 발급될 것을 전제로 영세율 세금계산서를 미리 발행하거나 구매확인서가 발급된 이후에 재화나 용역의 공급시기로 소급하여 세금계산서를 발행할 수 있는 것을 의미한 것이 아니므로 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 영세율 매출에 대하여 재화의 공급시기에 당초 일반 세금계산서를 교부하였는지 여부 및 일반 세금계산서를 교부한 경우에도 추가하여 당초 일반세금계산서 내용의 부의 세금계산서를 교부하지 아니하고 일반 세금계산서를 회수․폐기한 후 영세율 세금계산서를 교부한 것에 대하여 세금계산서불성실가산세를 부과할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항 제22조 【가산세】② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 경우

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 기재된 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조에 따른 세금계산서를 교부하지 아니한 경우 (2) 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다. 제70조의3 【가산세】② 법 제16조 제1항 및 제2항에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 기재되었으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제22조 제2항 제1호에 규정된 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2009년 10월부터 12월까지 ○○○에 종이류를 공급(총 32건 1,975백만원)하면서 영세율 세금계산서를 교부한 후, 동 금액을 영세율 과세표준에 포함하여 부가가치세를 신고하고 영세율 첨부서류를 기한 내에 처분청에 제출하였으나, 처분청은 구매확인서 발급일자는 2010.1.14.임에도 재화의 공급시기에 일반 세금계산서를 교부하지 아니하고 곧바로 영세율 세금계산서만을 교부한 것으로 확인하여 2010.10.7. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세(세금계산서불성실가산세) 19,755,190원을 고지한 사실이 경정결의서 등에 나타난다.

(2) 청구법인은 재화의 공급시기에 정상적인 일반 세금계산서를 발행 교부하였으며, 당초 교부한 일반 세금계산서를 회수 폐기하고 교부한 영세율 세금계산서는 수정세금계산서 역할을 한 것으로 볼 수 있다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 부가가치세법 제16조 제1항 은 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 공급시기에 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부하여야 하고, 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제59조 제4호는 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다고 규정하고 있다. 또한, 부가가치세법 제22조 제2항 제1호 는 사업자가 제16조에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제70조의3 제1항은 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제22조 제2항 제1호에 규정하는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인이 ○○○에게 요청한 일반 세금계산서 폐기요청 공문에 의하면, 2010.1.14. 구매확인서 발급일 전 발행한 청구법인이 작성 교부하여 확인한 세금계산서를 회수․폐기하고자 한다고 되어 있다. (다) ○○○의 사실확인서(2010.9.16.)에 의하면, ○○○는 청구법인으로부터 일반 세금계산서를 수령하였고 사후 구매확인서가 발급되어 일반 세금계산서는 청구법인이 회수하고 영세율 세금계산서를 교부받아 영세율 세금계산서만 신고하였다고 확인하고 있다. (라) 청구법인이 교부한 후 폐기한 공급자 보관용 일반 세금계산서를 보면, 2009.10.6.～2009.12.31.까지 32건 1,975백만원의 일반 세금계산서를 발행한 것으로 나타나며, 공급자 보관용으로 공급받은 자의 도장은 날인되어 있지 아니하며, 청구법인이 교부한 영세율 세금계산서 및 ○○○가 다른 거래처로부터 받은 일반 세금계산서에도 공급받은 자의 도장은 날인되어 있지 아니한 것으로 나타난다. (마) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하면, 처분청은 청구법인이 당초 교부하였다고 한 일반 세금계산서에 공급받은 자의 도장이 날인되어 있지 아니하는 등 일반 세금계산서를 교부하지 아니하고 곧바로 영세율 세금계산서를 교부한 것으로 보아 세금계산서불성실가산세를 부과하였으나, 청구법인이 교부한 영세율 세금계산서에 공급받는 자의 도장이 날인되어 있지 아니한 점, ○○○가 다른 거래처로부터 받은 일반 세금계산서에도 공급받은 자의 도장인 날인되어 있지 아니한 점, 청구법인이 ○○○에 공문으로 일반 세금계산서의 회수․폐기를 요청한 점, ○○○가 청구법인으로부터 일반 세금계산서를 교부받았다고 확인하고 있는 점 등으로 보아, 청구법인이 당초 재화의 공급시기에 일반 세금계산서를 발행하여 ○○○에게 교부한 것으로 보인다. 또한, 부가가치세법 시행령 제59조 제4호 는 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 경우 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다고 규정하고 있는 바, 원칙적으로는 당초 교부한 일반 세금계산서에 대하여는 이를 없었던 것으로 하는 부의 세금계산서를 교부하고 다시 영세율 세금계산서를 교부하여 부가가치세를 신고하여야 하나, 영세율 세금계산서만을 교부하고 이에 근거하여 부가가치세를 신고한 것은 일부 절차를 생략한 것에 불과하고, 또한 동 영세율 세금계산서는 수정세금계산서의 역할을 한 것으로 볼 수 있으므로 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때에 해당하지 아니하고, 더불어 같은 법 시행령 제70조의3 제1항의 규정에 따라 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에 해당한다 할 것이다○○○. 따라서, 처분청이 영세율 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세법제22조 제2항의 규정에 의한 세금계산서기재불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.