지정지역내 토지를 양도한 이후에 매수법인이 공익사업시행자로 지정된 경우 공익사업시행자의 지위를 인정할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 경기도 ○○○(이하 “쟁점임야”라 한다)를 2000.2.2. 취득한 후 2004.5.29. 쟁점임야가 지정지역으로 지정되었으며, 2006.6.30. 쟁점임야를 (주)○○○(이하 “청구외법인”이라 한다)에 골프장건설용지로 3,654백만원에 양도한 다음, 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 2006.8.31. 2006년 귀속 양도소득세 705,396,650원을 예정신고․납부하였다.
• 나. 청구인은 2010.5.25. 쟁점임야가 2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】에 따라 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 있으므로 기납부한 양도소득세와의 차액인 547,856,880원을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 쟁점임야의 양도당시 청구외법인은 공익사업시행자로 지정되지 아니하고 2008.4.14.에야 지정되었으므로, 조특법 제85조의 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니한다는 사유로 2010.8.3. 경정청구 거부통지를 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2010.10.28. 이의신청을 거쳐 2010.12.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구외법인은 청구인이 쟁점임야를 2006.6.30. 양도한 이후인 2008.4.14. ○○○로부터국토의 계획 및 이용에 관한 법률제30조 및공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 공익사업시행자로 지정받았는바, 최근 다수의 심판례○○○에 따르면, 지정지역 내에 소재한 사건 토지를 매수한 법인이 사실상 사업시행자로서 역할을 수행한 경우, 토지를 양도한 이후에 사업시행자 지정을 받았다 하더라도 조특법 제85조의 과세특례에 해당한다고 결정하였으며, 법원판례○○○에서도 지정지역내 부동산 양도에 대한 과세특례는 정비구역 내에서 사업시행인가 전에 사업시행을 하는 사업시행자로서 그 후 실제 사업시행인가를 받은 이상 그 사업시행자에게 부동산을 양도한 경우에도 적용된다고 일관되게 판시하고 있으며, 기획재정부도 이와 같은 취지의 유권해석○○○을 한 바 있으므로, 처분청이 쟁점임야의 양도당시 청구외법인이 공익사업시행자로 지정되지 아니하였다는 사유로 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 처분청은 위 심판결정례○○○와 본 건은 사실관계에 차이가 있다고 주장하면서, 본 건의 경우 쟁점임야가 양도된 후에 주민제안신청, 도시관리계획 입안서 제출, 도시관리계획 결정 등이 이루어졌으므로 위 특례규정을 적용할 수 없다고 주장하고 있으나, 청구외법인은 골프장을 설치함에 있어국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 규정된 절차에 따라 ① 2005.2월경부터 지형을 조사하여 설계도면 작성, 토지이용제한 유무 등의 조사와 사업계획수립을 진행하였고 ② 2006.1월부터 필요한 토지의 취득에 착수하여 2006.7.7.까지 6개월 동안 21필지 합계 1,167,251㎡의 토지를 취득함으로써 국토의 계획 및 이용에 관한 법 시행령제96조 제2항의 규정에 따라 사업시행자 지정에 필요한 토지의 3분의 2이상에 대한 소유권을 확보하였고, ③ 청구외법인은 대표이사인 강○○○ 등이 제안자 대표로 참여하는 주민제안신청서를 ○○○시장에게 3차례(골프장 면적이 증가하여 추가로 신청함) 제출하였는데, 1차는 2006.5.4.에, 2차는 2006.5.29.에, 3차는 2006.9.22.에 각각 제출되었으므로 쟁점임야를 양도할 당시에는 사업시행자로서 주민제안신청서를 제출한 상태였고, ④ 이에 대하여 2007.2.8. ○○○시장으로부터 골프장 건설제안을 수용하겠다는 통지를 받았으며, ⑤ 2007.2.9. 기초조사보고서, 토지적성평가서, 환경검토보고서, 도시관리계획서 등을 첨부하여 도시관리계획입안서를 제출한 결과, ⑥ ○○○가 2007.11.19. 쟁점임야가 포함된 1,343,692㎡의 토지에 대한 도시관리계획을 결정(도시계획시설 결정)하여 이를 고시○○○하게 된 것인바, 이와 같이 청구외법인은 2008.4.14. 사업시행자로 지정받기 전에국토의 계획 및 이용에 관한 법률이 정하는 절차에 따라 주요사업의 대부분을 수행함으로서 사실상 사업시행자로서의 역할을 다하여 왔으며, 또한 청구외법인의 이러한 사업진행은 사업시행자로 지정받기 전에 미리 이행하도록 되어 있는국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 관련 규정들을 신뢰하고 실행한 것이므로 조특법 제85조의 특례규정을 적용하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점임야가 양도된 2006.6.30. 이전에 쟁점임야가 소재한 지역은 지방자치단체가 도시관리계획지역으로 결정․고시를 하지 아니한 일반농림지역 또는 관리지역 상태였고, 청구외법인은국토의 계획 및 이용에 관한 법률또는체육시설의 설치․이용에 관한 법률등에 의하여 공익사업을 수행하는 자로 인가를 받지 아니하였을 뿐만 아니라, 도시계획시설로 고시(2007.11.19.)되기 이전에 쟁점임야를 양도하였으므로 쟁점임야는 공익사업시행 지역내에 소재한 토지라고 볼 수 없으며, 따라서, 청구외법인은 양도당시 단순한 사업자에 불과한 것이므로 조특법 제85조의 특례규정을 적용할 수 없다.

(2) 청구인이 제시한 심판결정례○○○는 토지가 양도되기 전에 주민제안신청, 도시관리계획 입안서 제출, 도시관리계획 결정 등이 이루어진 반면, 쟁점임야의 경우 이러한 절차들이 모두 양도일 이후에 진행된 것으로 보아 위 심판례를 적용할 수 없다.

• 가. 쟁점 지정지역내에 소재한 쟁점임야를 양도한 이후에 공익사업시행자로 지정된 청구외법인(매수법인)을 쟁점임야의 양도 당시 사실상의 사업시행자로 보아조세특례제한법제85조에 의한 양도소득세 과세특례(기준시가 과세)를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제96조【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

7. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

(2) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제104조의2 제1항 의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법제104조의2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날 2.～4. (생 략)

5. 제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 (3) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. “공익사업”이라 함은 제4조 각호의 1에 해당하는 사업을 말한다.

3. “사업시행자”라 함은 공익사업을 수행하는 자를 말한다.

7. “사업인정”이라 함은 공익사업을 토지등을 수용 또는 사용할 사업으로 결정하는 것을 말한다. 제4조【공익사업】 이 법에 의하여 토지등을 취득 또는 사용할 수 있는 사업은 다음 각호의 1에 해당하는 사업이어야 한다.

3. 국가 또는 지방자치단체가 설치하는 청사·공장·연구소·시험소·보건 또는 문화시설·공원·수목원·광장·운동장·시장·묘지·화장장·도축장 그 밖의 공공용 시설에 관한 사업

7. 그 밖에 다른 법률에 의하여 토지등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업

(4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

10. “도시계획시설사업”이라 함은 도시계획시설을 설치·정비 또는 개량하는 사업을 말한다.

12. “도시계획사업시행자”라 함은 이 법 또는 다른 법률의 규정에 의하여 도시계획사업을 시행하는 자를 말한다. 제86조【도시계획시설사업의 시행자】

① 특별시장·광역시장·시장 또는 군수는 이 법 또는 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 관할구역안의 도시계획시설사업을 시행한다.

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 시행자가 될 수 있는 자외의 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수로부터 시행자로 지정을 받아 도시계획시설사업을 시행할 수 있다.

⑥ 건설교통부장관, 시·도지사, 시장 또는 군수는 제2항·제3항 또는 제5항의 규정에 의하여 도시계획시설사업의 시행자를 지정한 때에는 건설교통부령이 정하는 바에 따라 그 지정내용을 고시하여야 한다.

⑦ 국가․지방자치단체, 공공기관, 그 밖에 대통령령으로 정하는 자 외의 자가 제5항에 따라 도시계획시설사업의 사업자로 지정을 받으려면 도시계획시설사업의 대상인 토지(국공유지는 제외한다)의 소유면적 및 토지소유자의 동의비율에 관하여 대통령령으로 정하는 요건을 갖추어야 한다. 제88조【실시계획의 작성 및 인가 등】

① 도시계획시설사업의 시행자는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 도시계획시설사업에 관한 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여야 한다.

② 도시계획시설사업의 시행자(괄호 생략)는 제1항의 규정에 의하여 실시계획을 작성한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관 또는 시·도지사의 인가를 받아야 한다. (후단 생략) 제92조【관련 인·허가등의 의제】

① 건설교통부장관 또는 시·도지사가 제88조의 규정에 의한 실시계획의 작성 또는 인가를 함에 있어서 당해 실시계획에 대한 다음 각호의 인·허가등에 관하여 제3항의 규정에 의하여 관계 행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여는 당해 인·허가등을 받은 것으로 보며, 제91조의 규정에 의한 실시계획의 고시가 있은 때에는 관계 법률에 의한 인·허가등의 고시·공고 등이 있은 것으로 본다. 제95조【토지 등의 수용 및 사용】

① 도시계획시설사업의 시행자는 도시계획시설사업에 필요한 다음 각호의 물건 또는 권리를 수용 또는 사용할 수 있다.

1. 토지·건축물 또는 그 토지에 정착된 물건

2. 토지·건축물 또는 그 토지에 정착된 물건에 관한 소유권 외의 권리

② 도시계획시설사업의 시행자는 사업시행을 위하여 특히 필요하다고 인정되는 때에는 도시계획시설에 인접한 토지·건축물 또는 그 토지에 정착된 물건이나 그 토지·건축물 또는 물건에 관한 소유권외의 권리를 일시 사용할 수 있다. (4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법 시행령 제96조 【사업자의 지정】

① 법 제86조 제5항의 규정에 의하여 도시계획시설사업의 시행자로 지정받고자 하는 자는 다음 각 호의 사항을 기재한 신청서를 국토해양부장관, 시도지사 또는 시장․군수에게 제출하여야 한다.

3. 토지 또는 건물의 소재지․지번․지목 및 면적, 소유권과 소유권 외의 권리의 그 명세

4. 사업의 착수예정일 및 준공예정일

② 법 제86조 제7항 각 호외의 부분 중 “대통령령으로 정하는 요건”이란 도시계획시설사업의 대상인 토지면적의 3분의 2이상에 해당하는 토지를 소유하고, 토지소유자 총수의 2분의 1이상에 해당하는 자의 동의를 얻는 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점임야를 2006.6.30. 청구외법인에게 3,654백만원에 양도한 다음, 2006.8.31. 실지거래가액에 의하여 양도소득세 705,396,650원을 예정신고․납부하였으며, 2010.5.25. 조특법 제85조에 따라 양도차익을 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세 157,539,770원과의 차액인 547,856,880원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구서를 처분청에 제출하였으며, 처분청은 2010.8.3. 거부통지를 하였다. (2)쟁점임야와 관련된 사건진행상황을 일자순으로 기재하면 다음과 같다.

• 2000. 2. 2. 청구인이 쟁점임야를 취득

• 2004. 5.29. 지정지역으로 지정

• 2006. 4. 2. 청구외법인이 ○○○(주)와 골프장 인허가 용역계약을 체결

• 2006. 5. 4. 청구외법인이 ○○○시장에게 도시계획시설(체육시설 - 골프장) 결정 주민제안신청서(1차) 제출

• 2006. 5.29. 주민제안신청서(2차) 추가제출

• 2006. 6.30. 청구인이 청구외법인에게 쟁점임야를 양도

• 2006. 7.24. 주민(88명) 동의서 제출

• 2006. 9.22. 주민제안신청서(3차) 추가제출

• 2007. 2. 8. 주민제안을 수용하여 도시관리계획에 반영할 계획임을 통보○○○

• 2007. 2. 9. 도시관리계획 입안서 제출

• 2007.11.19. 도시관리계획(용도지역 변경 및 도시계획시설 결정) 결정고시○○○

• 2008. 4.21. 사업실시계획 인가 및 사업시행자 지정○○○

(3) 청구외법인이 ○○○시장에게 제출한 주민제안신청서의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 2006.5.4. 제출한 주민제안신청서(1차)

○ 제안자: 청구외법인

○ 위 치: 경기도 ○○○

○ 도시계획시설변경 내용

• 용도지역변경 관리지역 820,786㎡, 농림지역 477,819㎡ → 계획관리시설 1,298,605㎡

• 도시계획시설결정: 체육시설(골프장)

○ 제안사유 및 목적: 골프장 건설을 위한 용도지역결정(변경) 및 도시계획시설(체육시설) 결정 (나) 2006.5.29. 제출한 주민제안신청서(2차)

○ 신청서의 내용은 위와 동일하며, 골프장 면적이 증가됨

• 용도지역변경 관리지역 888,145㎡, 농림지역 434,806㎡ → 계획관리시설 1,322,951㎡ (다) 2006.9.22. 제출한 주민제안신청서(3차)

○ 신청서의 내용은 위와 동일하며, 골프장 면적이 증가됨

• 용도지역변경 관리지역 922,750㎡, 농림지역 497,813㎡ → 계획관리시설 1,420,563㎡

(4) ○○○는 고시 ○○○를 통하여, 쟁점임야 등에 대한 도시관리계획(용도지역변경, 도시계획시설)을 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제30조 에 따라 다음 <표1> 및 <표2>와 같이 결정하고, 같은 법 제30조 제6항 및 같은 법 시행령 제25조 제5항 규정에 따라 이를 고시함

(5) 청구인은 청구외법인이 2008.4.14. 사업시행자로 지정받기 전에국토의 계획 및 이용에 관한 법률이 정하는 절차에 따라 주요사업의 대부분을 수행함으로서 사실상 사업시행자로서의 역할을 다하여 왔으므로 조특법 제85조의 양도소득세 과세특례를 적용하여야 한다고 주장하고 있다. 살피건대, 심판결정례○○○ 및 재경부예규(재산제세과-1099, 2008.12.26.) 등을 종합하여 볼 때, 조특법 제85조의 사업시행자는 사업시행계획을 수립함에 있어 관계법령에 의하여 각종 영향평가 및 심의를 받고 사업시행인가를 신청하는 등 사업시행인가 고시 전이라도 사실상 행정청으로부터 사업시행자의 지위를 인정받은 자를 포함한다고 해석되는바, 청구인이 쟁점임야를 청구외법인에게 양도한 2006.6.30.에는 청구외법인이 2006.5.4.(1차)과 2006.5.29.(2차)에 걸쳐 주민제안신청서를 ○○○에게 제출하였을 뿐이고, 양도일 이후인 2007.2.8.에야 비로소 ○○○으로부터 도시관리계획에 반영될 계획임을 통보받고, 2007.2.9. 도시관리계획 입안서를 제출한 점 등으로 볼 때, 쟁점임야의 양도 당시에는 행정청으로부터 사실상 사업시행자의 지위를 인정받았다고 볼 수 없다고 판단된다. 따라서, 쟁점임야의 양도에 대하여 조특법 제85조의 양도소득세 과세특례를 적용하지 아니한 이 건 경정청구 거부처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.