자산재평가차익은 손금으로 보기 어려우므로 감면대상소득을 계산하기 위한 소득구분계산서의 손금항목에서 제외하는 것임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2008사업연도에 임의평가한 공장용지에 대한 재평가차익 OOO원(이하 “쟁점①금액”이라 한다) 및 2009사업연도에 임의평가한 차량운반구 등의 유형자산에 대한 재평가차익 OOO원(이하 “쟁점②금액”이라 한다)을 소득금액조정합계표에 <익금산입, 재평가차익, 기타>, <익금불산입, 토지 등, △유보>로 세무조정하여 2008사업연도 및 2009사업연도 법인세 신고를 하였으며, 법인세 신고내용에조세특례제한법제7조에 따른 중소기업특별세 감면액을 계산함에 있어서 공통손금의 안분계산에 오류가 있다 하여 2011.6.17. 2008 및 2009사업연도 중소기업특별세 감면액을 각각 OOO원, OOO원으로 하여 OOO원의 환급을 요청하는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점①,②금액은 손금이 아니라 하여 ‘소득구분계산서’에 반영하지 아니하고 2008 및 2009사업연도 각각의 중소기업특별세 감면액을 OOO원으로 경정하여 2011.8.22. 청구법인에게OOO원만을 환급하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.10.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 자산재평가차익의 조정사항을 ‘소득구분계산서’에 반영하지 아니 하는 경우 소득구분계산서의 과세표준과 ‘법인세 및 과세표준 세액조정계산서’의 과세표준 금액이 서로 달라지는 문제점이 발생하며, 기업회계기준에 따라 유형자산을 공정가액으로 평가하여 증가된 자산가액은 익금불산입 유보하도록 되어 있으므로 각 사업연도 소득금액계산시 손금으로 반영되어야 하고, 각 사업연도소득금액에 반영된 손금은 그 각 사업연도소득금액을 감면사업과 기타사업으로 구분하기 위하여 ‘소득구분계산서’에도 반영하여야 함에도 쟁점①,②금액을 반영하지 아니하고 감면세액을 결정한 처분은 부당한다.
• 나. 처분청 의견 자산임의평가차익은법인세법제15조【익금의 범위】에 규정된 익금에 해당되지 않으므로 자산 감액을 위하여 손금산입 세무조정을 할 수 밖에 없으며, 자산 감액을 위한 손금산입 세무조정이 법인세법제19조【손금의 범위】에 규정한 세법상 손금이 아니고, 손금산입 효과를 상쇄하기 위하여 반대의 세무조정을 한 것에 불과한 것으로서 세법상 익금 및 손금이 아닌 세무조정을 관련 사업연도의 소득구분계산서에 반영하여 감면소득을 계산할 수는 없으며, 청구법인의 주장처럼 세무조정사항을 소득구분계산서에 모두 반영하여야 한다는 규정이 없다.

• 가. 쟁 점 자산재평가차익을 소득구분계산서에 반영하지 아니하고 감면세액을 산출한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제15조 【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 제18조【평가이익 등의 익금불산입】다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

1. 자산의 평가이익. 다만, 제42조제1항 각 호에 따른 평가로 인하여 발생하는 평가이익은 제외한다. 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (2) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

• 마. 제조업
• 아. 도매 및 소매업

• 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10
• 다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2008사업연도 경정청구서(2011.6.17)에는 2008년 재평가한 토지 재평가차익 OOO원(쟁점①금액)을 소득금액조정합계표에 익금산입(자산증가) 및 익금불산입(과세유보)으로 각각 계상한 후 쟁점①금액을 감면사업(제조·도매)과 기타사업(서비스)을 구분하는 구분손익계산서의 기타사업의 손금으로 계상하여 중소기업특별감면세액 OOO원을 산출한 것으로 나타난다.

(2) 2008사업연도 경정결의서(2011.8.16.)에는 쟁점①금액(OOO원)을 손금에 반영하지 아니하고 과세표준(OOO원)을 감면(제조 OOO원, 도매 OOO원)과 기타(OOO원)으로 구분하여 감면소득에 대한 감면세액 OOO원을 산출한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점①금액을 손금으로 보아 검토해 보면 이는 특정부분에서 발생된 것이 아니라 각 부분에서 공통부분에서 발생된 손금으로서 공통부분의 손금비율로 안분하여 적용하는 경우 붙임 <표1-1>과 같이 감면세액이 OOO원으로서 처분청의 경정세액(OOO원)보다 적은 것으로 나타난다.

(4) 2009사업연도 경정청구서(2011.6.17)에는 2009년 재평가한 기계 및 시설장치 등 재평가차익 OOO원(쟁점②금액)을 소득금액조정합계표에 익금산입(자산증가) 및 익금불산입(과세유보)으로 계상한 후 쟁점②금액을 소득구분계산서에 기타사업의 손금으로 계상하여 중소기업특별감면세액 OOO원을 계산한 것으로 나타난다.

(5) 2009사업연도 경정결의서(2011.8.16.)에는 쟁점②금액(OOO원)을 손금에 반영하지 아니하고 과세표준(OOO원)을 감면부분(제조 OOO원, 도매 OOO원)과 기타부분(OOO원)으로 구분하여 감면소득에 대한 감면세액 OOO원을산출한 것으로 나타난다.

(6) 쟁점②금액을 손금으로 보아 검토해 보면 이는 특정부분에서 발생된 것이 아니고 각 부분에서 공통으로 발생된 것으로서 공통비용의 점유비율로 배분하여 적용하는 경우 붙임 <표2-1>과 같이 감면세액이 OOO원으로서 처분청의 경정세액(OOO원)보다 적은 것으로 나타난다.

(7) 살피건대, 쟁점ⓛ,②금액은 재평가이익금으로서 당해 자산 처분시 과세하기 위하여 평가한 사업연도의 소득에서 차감하는 것으로서 이를 손금으로 보기는 어렵고, 감면대상소득을 계산하기 위한 ‘소득구분계산서’의 손금항목에서 제외하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 설령 청구법인의 주장대로 쟁점ⓛ,②금액을 손금으로 본다고 하더라도 이는 전 부분에 동시에 영향을 미치는 비용으로 보아야 하고, 안분하여 각 부분의 비용으로 계상하는 경우 감면세액은 경정세액 보다 오히려 적은 것으로 나타나 청구법인에게 이익이 없는 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 청구법인의 법인세 환급요청 경정청구에 대하여 일부 세액만 환급한 경정처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.