연구 및 인력개발준비금의 사용시기의 기산일은 준비금을 손금에 산입한 과세연도종료일의 다음날이 되는 것임

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 자동차부품 제조 및 판매업을 영위하는 법인으로 2003사업연도에 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제9조에 의거 연구 및 인력개발준비금 4,300,000,000원을 설정하여 손금에 산입한 후, 당해 준비금을 2003사업연도부터 2006사업연도까지 적법하게 사용한 것으로 보아 2006사업연도부터 3년간 1,433,333,333원씩 분할하여 익금에 산입하는 한편, 2006사업연도 법인세 신고시 당해 사업연도 연구개발비 지출액 2,155,555,945원 중 조특법 제10조에 의한 연구 및 인력개발비 세액공제대상으로 1,621,958,548원을 계상하고 39,299,270원을 연구 및 인력개발비 공제세액으로 하여 신고를 하였다.
• 나. ○○지방국세청장은 연구 및 인력개발준비금을 설정한 2003사업연도에 지출한 연구개발비 1,586,910,958원(이하 “쟁점지출액”이라 한다)을 준비금 사용액으로 볼 수 없다 하여 2003사업연도 준비금의 사용액에서 제외한 뒤, 2006사업연도에 지출한 연구개발비 중 쟁점지출액 상당을 준비금 사용액으로 추가인정하였으며, 청구법인이 중소기업에 해당하지 아니하므로 조특법 제9조와 같은 법 제10조를 중복적용할 수 없다 하여 연구 및 인력개발비 세액공제 대상금액 1,621,958,548원에 대한 공제세액 39,299,270원을 부인한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2011.7.18. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 57,703,260원을 경정･고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.10.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조특법은 연구개발준비금 사용기한의 종료일만 규정하고 있을 뿐 시작일에 관한 규정이 없는 점, “연구개발비를 선급하고 당해 사업연도의 법인세 신고시 연구개발준비금을 신고조정에 의해 손금에 산입한 경우에 연구개발비는 당해 사업연도에 손금산입한 연구개발준비금의 사용액에 해당하는 것”이라한 국세청 유권해석(서면2팀-865, 2006.5.16), 연구개발준비금을 설정한 당해 사업연도에 비용을 집행하는 것이 기업의 연구개발 활동을 장려하고자 하는 관련 규정의 취지에 부합하는 점, 연구개발준비금 설정 없이 연구개발비용을 지출하였더라도 사후적으로 잉여금처분에 의해 연구개발준비금을 설정한다면 이를 손금으로 인정하겠다는 기획재정부 유권해석(재조특-236, 2010.3.9)에 의할 경우 청구법인이 쟁점지출액을 사용할 당시(2003년 기중)에는 연구개발준비금을 설정하지 않았지만 2003사업연도의 잉여금을 처분하면서 연구개발준비금을 적립하였기 때문에 기중에 지출한 쟁점지출액은 2003사업연도 설정분 연구개발준비금의 사용액에 해당하는 점, 준비금 설정연도에 지출한 비용을 준비금에서 사용한 것으로 보도록 규정한 고유목적사업준비금과 동일한 기준으로 연구개발준비금 사용액을 판단해야 하는 점, 2002사업연도의 경우 연구개발준비금 처분전 처분가능한 이익잉여금이 73,670,062원에 불과해 손금산입할 수 있는 여유금액이 존재치 않아 부득이하게 손금산입시기가 2003사업연도로 이연된 것인 점 등을 고려하여 볼 때, 준비금 설정연도인 2003사업연도에 사용한 쟁점지출액은 연구개발준비금 사용액으로 보아야 하므로 2006사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제액 39,299,270원을 부인한 처분청의 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제9조는 준비금의 손금산입과 관련하여 준비금으로 계상 후 3년 이내 실제 사용시 3년 거치 3년 분할 익금산입하는 과세이연을 할 수 있도록 하였고, 사후관리할 사항으로 3년이 되는 날까지 미사용시 3년이 되는 날 전액 익금산입하도록 규정하고 있는 바, 준비금으로 계상 후 3년 이내에 실제 사용해야 하는 것으로 개정세볍해설 등에서 확인되며, 국세청 유권해석(서면2팀-865, 2006.5.16.)은 연구개발준비금 설정연도에 연구개발비를 사용하였다고 하여 무조건적으로 인정되는 것이 아니라 준비금 설정연도 이후 사업연도에 귀속되나 준비금 설정연도에 선급하여 사용된 경우에 한하여 인정된 경우를 의미하는 것인데, 청구법인은 준비금 설정 사업연도인 2003년;에 지출한 쟁점지출액이 2004사업연도 이후 귀속되는 비용으로 선급하였다는 주장이나 증빙을 제출한 바 없으며, 조특법 제9조는 우선 과세이연할 수 있는 요건을 만든 이후 사후관리 할 수 있도록 하였으므로 준비금 설정후 적정사용비용을 사후관리하는 것이 타당하고, 고유목적사업준비금은 본 건과 관련없는 사항이며, 기획재정부 유권해석(재조특-236, 2010.3.9.)은 조특법 제9조에 따른 연구 및 인력개발준비금의 적용요건을 충족하였으나 이를 적용하지 아니하고 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출한 법인이 임시주주총회를 열어 해당 과세연도의 이익잉여금 재처분을 의결한 후 재무제표를 수정하여 준비금을 적립한 경우임을 명시하는 등 본 건과 관계없는 사안이므로 처분청의 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 연구 및 인력개발준비금 설정연도인 2003사업연도 쟁점지출액을 연구 및 개발준비금으로 사용한 것으로 보아 2006사업연도의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제9조【연구 및 인력개발준비금의 손금산입】(2002.12.11., 법률 제6762호로 개정된 것) ① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 연구 및 인력개발 등에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 연구 및 인력개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 의 규정에 의한 기업회계기준에 의하여 계산한 매출액을 말한다)에 다음 각호의 율을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 대통령령이 정하는 부품･소재산업, 자본재산업 및 기술집약적인 산업에 있어서 는 100분의 5

2. 제1호외의 산업에 있어서는 100분의 3

② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 연구 및 인력개발준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다.

1. 당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 연구 및 인력개발비 등 대통령령이 정하는 비용(중소기업 이 아닌 자의 경우에는 제10조 제1항의 규정에 의한 세액공제를 적용받은 경우 당해 비용을 제외한다)에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 때에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구 및 인력개발 용도에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 도래하기 전에 이를 익금에 산입할 수 있다.

④ 제2항 제2호 또는 제3항의 규정에 의하여 연구 및 인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우에는 제4조 제4항의 규정을 준용한다. 제4조【중소기업투자준비금의 손금산입】(2002.12.11., 법률 제6762호로 개정된 것) ① 대통령령이 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 이 조에서 “사업용자산 등”이라 한다)의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용자산 등의 가액에 100분의 20을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 투자준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다.

1. 당해 투자준비금을 손금에 산입한 과세연도의 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 당해 사업에 사용되는 사업용자산 등의 개체 또는 신규취득 등 자본적 지출에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 투자준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 때에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 다만, 투자준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 사업용자산 등의 신규취득 등 자본적 지출에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 도래하기 전에 이를 익금에 산입할 수 있다.

④ 제2항 제2호 또는 제3항의 규정에 의하여 투자준비금을 익금에 산입하는 경우 당해 준비금 중 사업용자산 등의 투자에 소요되지 아니한 금액에 상당하는 준비금에 대하여는 당해 과세연도 과세표준신고시에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조 의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비율(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 (2) 조세특례제한법 시행령 제3조【중소기업투자준비금의 범위 등】③ 법 제4조 제4항의 규정에 의한 이자상당가산액은 투자준비금을 손금에 산입한 과세연도에 당해 투자준비금을 손금에 산입함에 따라 발생한 소득세액 또는 법인세액의 차액에 대하여 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 당해 투자준비금을 손금에 산입한 과세연도종료일의 다음날부터 당해 투자준비금 을 익금에 산입하는 과세연도의 종료일까지의 기간

2. 1일 1만분의 3의 율

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 주장하는 연구 및 인력개발준비금 설정 및 아래 〈표1〉,〈표1〉와 같으며, 청구법인이 2003사업연도에 연구 및 인력개발준비금 4,300,000,000원을 설정하였고, 당해 사업연도에 쟁점지출액(연구개발비 1,586,910,958원)이 지출된 점에 대하여는 다투지 아니한다. 〈표1〉: 청구법인 주장 연구개발준비금 설정 및 사용내역

• 생략 - 〈표2〉: 처분청 주장 연구개발비 설정 및 사용내역

• 생략 -

(2) 처분청은 2006사업연도 연구개발비 실제 지출금액을 2,155,555,945원으로 산정하고 쟁점지출액 상당을 2006사업연도의 사용액으로 인정하는 대신, 연구 및 인력개발준비금 설정과 별도로 신청한 2006사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제 대상금액 1,621,958,548원에 대한 공제세액 39,299,270원을 부인하여 법인세 57,703,260원을 경정･고지하였다.

(3) 이 건 관련 법령인 조특법 제9조는 2006.12.30. 법률 제8146호에 의거 삭제되었다가, 2008.12.26. 법률 제9272호로 신설되었는 바, 신설된 조특법 제9조이 신설취지(2008 간추린 개정세법 참조)는 성장잠재력 확충을 위하여 R&D투자 준비단계에 대한 세제지원 강화하기 위한 것이며, 미래의 연구･인력개발 투자를 위해 준비금으로 계상한 경우 세법상 비용으로 인정하되, 준비금으로 계상 후 3년 이내에 실제 R&D에 사용시 3년 거치 3년 분할 익금산입하도록 하였다.

(4) 살피건대, 청구법인은 조특법 제9조에 연구개발준비금 사용기한의 종료일만 규정하고 있을 뿐 시작일에 관한 규정이 없고, 기업의 연구개발 활동을 장려하고자 하는 관련 규정의 취지 등에 비추어 준비금 설정연도에 사용한 쟁점지출액을 연구개발준비금 사용액으로 보아야 한다는 주장이나, 조특법 제9조 제2항 제1호는 “당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 연구 및 인력개발비 등에 소요된 금액에 상당하는 준비금”으로 규정하고 있어 손금산입한 준비금의 사용시점이 명확하지는 않으나, 연구 및 인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우 이자상당액을 계산함에 있어 이 건 관련 조특법 제9조 제4항이 준용하는 같은 법 제4조 제4항 및 같은 법 시행령 제3조 제3항을 보면, 준비금을 손금에 산입한 과세연도종료일의 다음날부터 당해 준비금을 익금에 산입하는 과세연도의 종료일까지의 기간에 대하여 이자상당액을 계산하도록 규정하고 있으며, 연구 및 인력개발준비금 손금산입규정은 미래의 연구･인력개발 투자를 위해 준비금으로 계상한 경우 세법상 비용으로 인정하는 것인데, 연구 및 개발에 실제 사용한 금액을 준비금 설정연도에도 사용한 것으로 볼 경우 준비금 설정 이전에 사용한 금액도 준비금 설정액에서 사용한 것이 되어 합리적으로 보기 어렵고, 준비금으로 계상 후 3년 이내에 실제 연구 및 개발에 사용시 3년 거치 3년 분할 익금산입하도록 한 입법취지(조특법 제9조는 2006.12.30. 법률 제8146호에 의거 삭제되었다가 2008.12.26. 법률 제9272호로 신설되었다) 등을 고려하여 볼 때, 연구 및 인력개발준비금의 사용시기의 기산일은 준비금을 손금에 산입한 과세연도종료일의 다음날부터로 보이므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하고 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.