최저한세 대상인 임시투자세액공제를 외국인투자에 대한 세액감면보다 먼저 적용한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 일본 OOO코퍼레이션(OOO Corporation)이 전액출자한 회사로서 2003.1.28. 설립되었으며, 2008사업연도 ～ 2010사업연도에 임시투자세액공제와 외국인투자세액감면을 동시에 적용받게 되자 외국인투자세액감면(이하 “외투감면”이라 한다)을 우선 적용하여 법인세와 농어촌특별세를 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제와 최저한세가 적용되지 아니하는 외투감면을 동시에 적용하는 경우에는 임시투자세액공제를 먼저 적용하고 외국인투자세액감면을 나중에 적용한다고 하여, 2011.7.15. 청구법인에게 2010사업연도 법인세 OOO원,2008사업연도 농어촌특별세 OOO원, 2009사업연도 농어촌특별세OOO원을 경정·고지하고, 2010사업연도 농어촌특별세 OOO원을 환급·결정하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.10.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 최저한세 규정이 적용되는 임시투자세액공제와 동 최저한세 규정이적용되지 아니하는 외투감면이 동시에 적용되는 경우에는, 아래와 같은이유로 법인세법 제59조 에 따라 외투감면을 먼저 적용하여야 한다. 법인세법 제59조 는 법인세 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위에 대하여 ①세액감면, ②이월공제가 인정되지 않는 세액공제, ③이월공제가 인정되는 세액공제, ④사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른 세액공제의 순으로 적용순위를 명백히 규정하고 있으며,조세특례제한법제132조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세(대통령령이 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세)를 계산함에 있어서 최저한세 적용대상이 되는 각종 공제감면을 적용받은 후의 세액이 최저한세에 미달하는 경우 최저한세에 미달하는 세액에 상당하는 부분은 감면 등을 하지 아니한다’는 것으로 대통령령이 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세의 최저한세를 규정하여 조세특례제한법 제121조 의 2 [외국인투자에 대한 법인세 등의 감면]은 최저한세 계산대상에 포함되지 않는 것으로 명백히 규정하고 있을 뿐 아니라, 동 조항은 조세특례제한법 제132조 제1항 각호에 규정된 세액감면공제 등(최저한세 적용대상 감면공제)의 한도를 규정하고 있는 것이지 공제감면의 적용순서를 별도로 규정하고 있는 것이 아님에도 불구하고, 처분청은 과거 국세청의 유권해석(서면2팀- 2577, 2004.12.8.)에서도 ①세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 법인세법 제59조 의 규정에 의하여야 하는 것으로 회신하고 있으며, ②최저한세 적용대상 세액공제와 최저한세 적용이 배제되는 세액공제가 함께 있는 경우, 적용순서는 법인이 선택하여 적용받을 수 있는 것으로 수차례 회신(서면2팀-353, 2007.3.2, 서면2팀-2373, 2004.11.17,서면2팀-1246, 2004.6.16.)한 사실을 간과하고, 사실상의 신설조항인 개정 조세특례제한법 제132조 제3항 (2010.1.1 법률 제9921호)을 자의적으로 소급적용하여 청구법인이 법인세법 제59조 에 따라 적법하게 계산한 공제·감면세액을 부인하였으므로, 이는 처분청의 처분은 모든 과세관청의 처분은 법률상의 구체적인 근거에 기초하여야 한다는 대한민국 헌법 제59조의 조세법률주의를 위반한 부당한 처분에 해당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 법인세법 제59조 에서 “이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 의한다”고 규정하고 있으므로 별도의 규정이 있는 때에는 이를 적용할 수 없으며, 조세특례제한법 제132조 의 최저한세 규정은 법인세법 제59조 의 특별규정으로 최저한세의 입법취지와 부합하는 규정이므로 최저한세 적용대상이 아닌 공제감면세액을 우선 적용할 수 없다. 또한, 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에는 ① 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면 ② 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제 ③ 이월공제가 인정되는 세액공제 ④ 법인세법 제58조 의 3의 규정에 의한 세액공제의 순서에 의하고 이 경우 ①과 ②를 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외함)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 보도록 규정하고 있다. 한편, 법인세 과세표준 및 세액조정계산서를 살펴보면 아래와 같은바, 동 서식의 작성 방법을 보면 (121)의 공제감면세액은 최저한세 적용대상 공제감면 세액을 기재하고 (123)공제감면세액은 최저한세 적용제외 공제감면세액을 기재하도록 하고 있어 공제감면세액의 적용 순위를 구체적으로 적시하고 있는바, 조세특례제한법제132조 제3항 규정(2010.1.1.)의 개정이유는 “적용순서에 대한 명확한 규정이 없어 이를 명문화”한 것이며 이는 명백히 문자화 되어 있지는 않았지만 이미 시행되고 있었던 사항에 대하여 법에 문자화하여 명확하게 한다는 확인규정이므로 조세특례제한법 제132조 제1항 에 최저한세 계산의 기초가 되는 법인세를 최저한세 배제 공제감면을 적용하기 전의 법인세로 규정하고 있는 바, 이는 최저한세 대상 공제감면을 우선 적용하여야 한다는 취지로 보아야 할 것이다.

• 가. 쟁점 최저한세 대상인 임시투자세액공제와 최저한세 대상이 아닌 외국인투자에 대한 세액감면을 동시에 적용하는 경우 임시투자세액공제를 먼저 적용하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법률 (1) 법인세법 제59조【감면 및 세액공제액의 계산】① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(괄호 생략)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

(2) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제132조【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】 ① 내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항 을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2 에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14(과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제9조 및 제30조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금 및 특별감가상각비

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2 제4항, 제60조 제2항, 제61조 제3항, 제63조의2 제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

3. 제5조, 제7조의2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15 및 104조의18에 따른 세액공제금액

③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다.

(3) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제132조 【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】① 내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항 을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2 에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14(과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제9조 및 제30조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금 및 특별감가상각비

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2 제4항, 제60조 제2항, 제61조 제3항, 제63조의2 제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

3. 제5조, 제7조의2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15 및 104조의18에 따른 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득 외의 소득만 해당한다), 제85조의6, 제102조에 따른 법인세의 면제 및 감면

③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조세특례제한법은 조세정책적 목적에서 준비금·특별상각·익금불산입·손금산입·소득공제·비과세·세액감면 및 세액공제 등의 조세지원을 하고 있으며, 납세자가 중복하여 조세지원을 받게 되면 전혀 세금을 납부하지 아니하는 경우도 발생하여 과세형평과 국민개납주의에 배치되므로 감면 등의 종합한도인 최저한세규정을 두고 있고, 같은 조세특례제한법 제132조 제1항 에서는 최저한세 적용대상을 내국법인의 각 사업연도의 소득과법인세법제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득으로 규정하고 있고, 최저한세는 조세특례 및 감면 등을 적용받은 후의 세액(감면 후의 세액)이 일정한 세액(최저한세)에 미달하는 경우에는 당해 미달하는 세액에 대하여는 조세특례 및 조세감면 등을 적용하지 아니하는 제도적 장치에 해당된다. (2)법인세법제59조에 세액공제 및 세액감면이 동시에 적용되는 경우 “그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 의한다.”고 규정하고 있으므로 적용순위에 관하여 다른 규정이있는 경우에는 이를 적용할 수 없다 할 것이고, 조세특례제한법 제132조 (최저한세)는 조세감면의 한도를 제한하는 특별규정이므로 최저한세가 적용되는 세액 공제와 감면 등을 먼저 하여야 하고 그러하지 아니하는 경우에는 입법취지인 국민개납주의를 달성할 수 없으며, 법인세법 시행규칙제82조 및 별지 제3호 서식(법인세 과세표준 및 세액조정계산서)에도 최저한세 대상인 공제감면세액을 먼저 적용하고, 그러하지 아니한 공제감면세액을 나중에 적용하도록 규정하고 있다. (3) 조세특례제한법 제132조 (최저한세) 제1항에 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 계산함에 있어서 감면 등을 적용한 후의 세액이 최저한세에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다.”고 규정하고 있는데, 여기에서 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세’라 함은 같은 법 시행령 제126조(최저한세) 제2항의 규정에 의하여 최저한세 적용대상이 아닌 세액공제·세액면제 및 감면 등을 하지 아니한 것(별지 제3호 서식 122란의 차감세액)을 말하므로 적용대상인 공제감면세액이 있는 경우 반드시 최저한세를 한도로 하여 산출세액에서 해당 세액을 공제하여야 하는 것이며, 조세특례제한법 제144조 (세액공제액의 이월공제)에서 “당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 이후의 사업연도에 이월하여 공제한다.”고 규정하고 있기 때문에 법인세의 납부세액을 계산하는 때 최저한세의 대상인 공제감면세액은 이를 한도로 하여서 산출세액에서 적용받게 되고 나머지를 다음 사업연도에 이월공제 하여야 하는 것이므로 결과적으로 법인이 이월공제세액을 임의로 조절한다는 것은 인정되지 아니하는 것으로 해석된다.

(4) 위와 같이, 조세특례제한법 제132조 제1항 과 같은 조세특례제한법 시행령 제126조 제2항 에서 최저한세 적용대상인 세액공제·세액감면 등을 하지 아니한 법인세가 이에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 적용하지 아니한다고 규정하고 있어서 최저한세의 대상인 공제감면세액을 먼저 적용한 후에 그러하지 아니한 공제감면세액을 적용하는 것이 적법한 것으로 보인다.

(5) 2010년조세특례제한법제132조 개정취지는,“최저한세를 적용받는 세액공제”와 “최저한세를 적용받지 않는 세액감면”을 동시에 적용하는 경우 그 적용순서에 대한 명확한 규정이 없어 이를 명문화한 것(2010년도 개정세법해설, 국세청 참조)이라고 해석하는데, “명문화”는 문자화하여 명확하게 한다는 것이므로, 이는 이미 시행하던 조항을 법률에서 분명하게 한다는 의미이고, 그렇다면 개정된 규정은 확인적 규정으로 판단된다(조심 2009중2396, 2011.5.2. 등 다수).

(6) 살피건대, 2010.1.1 조특법 제132조 제3항이 개정되기 이전부터최저한세의 대상인 공제감면세액을 배제대상인 공제감면세액보다 우선하여서 적용하도록 규정되어 있는 법인세법 시행규칙별지 제3호의 서식이 시행된 점, 국세청의 2010년 개정세법 주요내용에는 2010. 1.1. 개정된 조특법 제132조 제3항을 개정한 이유를 “적용순서에 대한명확한 규정이 없어 이를 명문화”한 것이라고 해설하고 있는 바, 이는 명백히 문자화되어 있지는 아니하지만 이미 시행이 되고 있던 사항에 대하여 법률에서 명확하게 한다는 취지의 확인적 규정으로 해석되는 점 등에서 조세특례제한법 제132조 의 규정은 최저한세 대상 공제감면을 최저한세 배제 공제감면보다 우선 적용하는 것을 전제로 하는 규정으로서 법인세법 제59조 의 별도규정이라고 보는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2009중2396, 2011.5.2. 같은 뜻임). 따라서 처분청이 ‘최저한세 대상 공제감면’인 임시투자세액공제를 ‘최저한세 배제 공제감면’인 외국인투자기업세액감면보다도 우선 적용하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.