청구법인이 제시한 규정은 비영리법인의 각 사업연도 소득계산시 적용되는 것으로서 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’ 계산에는 이를 적용할 수 없으므로 토지 등 양도소득에 대한 법인세 계산시 장부가액은 취득가액에서 감가상각충당금을 차감한 금액을 의미함
청구법인이 제시한 규정은 비영리법인의 각 사업연도 소득계산시 적용되는 것으로서 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’ 계산에는 이를 적용할 수 없으므로 토지 등 양도소득에 대한 법인세 계산시 장부가액은 취득가액에서 감가상각충당금을 차감한 금액을 의미함
심판청구를 기각한다.
(2) 비영리법인의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용함에 있어 1990.1.1. 이전까지 과세대상에서 제외하고 납세의무를 면제하여 오다가 2007년 양도시점에서 비사업용 토지라 하여 의제취득에 관한 규정을 두지 아니하고 과세소득에 포함함은 새로운 입법으로 법적 안정성의 보장과 납세자의 신뢰이익 보호를 침해하는 소급과세에 해당한다.
(2) 2005.12.31. 법률 제7838호로 개정된 법인세법제55조의2 제1항 제3호는 비사업용 토지의 양도소득에 대한 과세특례 규정으로 부칙 제14조에 의하여 2007.1.1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하는 것이므로 진정소급입법에 해당하지 아니한다.
(1) 법인세법(1998.12.28. 법률 제5581호로 전부 개정된 것) 제3조 【과세소득의 범위】
② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 제1호 내지 제5호 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 (2) 법인세법 부칙 제8조【수익사업 소득계산에 관한 특례】
② 제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재상속세 및 증여세법제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다. 다만, 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물로서 수익사업용이아닌 것의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 상속세 및 증여세법제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다.
(3) 법인세법(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정된 것) 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지 등"이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각 호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. 1.국토의 계획 및 이용에 관한 법률제125조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액
2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액<신설 2005.12.31.>
⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. (4) 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】
① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. 1.소득세법제94조 제1항 제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는소득세법제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다. (5) 법인세법 부칙 제1조【시행일】 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및 법률 제5581호법인세법개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제98조의5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며, 제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다. (6) 법인세법 부칙 제14조【토지 등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 적용례】 제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다 (7) 법인세법 부칙 제21조【수익사업소득계산의 과세특례에 관한 적용례】 법률 제5581호법인세법개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
(1) 청구법인은 중등교육 실시를 목적으로 1964.2.7. 설립한 학교법인으로, 1976.11.30. 학교법인 OO학원과의 합병으로 쟁점토지를 취득하여 보유하다가 2007.12.10. 산림청에 매매가액 OOO원에 양도한 사실이 등기부 등본 및 사유림매매계약서 등에 의해 확인된다.
(2) 국세통합전산망(TIS)자료 및 법인세 과세표준 신고서 등에 따르면, 청구법인은 쟁점토지가 양도당시 법인세법제55조의2 제1항 제3호에서 규정하는 비사업용 토지에 해당하는 것으로 하여 2007 사업연도 법인세 신고시 양도차익 OOO원(양도가액 OOO원
• 장부가액 OOO원)에 세율 30%를 적용하여 법인세 OOO원 을 신고․납부한 것으로 나타난다. (3) 2001.12.31. 신설된법인세법제55조의2 규정의 취지를 보면, 특별부가세를 폐지하되 투기재발 등 부동산시장 변화에 탄력적으로 대처할 수 있도록 부동산 양도소득에 대해 추가 과세할 수 있는 근거규정을 신설한 것으로 되어 있고, 2005.12.31. 개정한 법인세법제55조의2 제1항에 제3호(비사업용 토지)를 추가한 취지를 보면, 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과세함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하고자 과세를 강화한 것으로 나타난다.
(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구법인은법인세법제55조의2 제1항 및 제6항에서 비사업용 토지의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액을 양도소득으로 규정함으로써 각 사업연도 소득금액 계산방식과 동일하게 규정되어 있으므로 입법취지 등을 감안할 때 쟁점부칙을 적용하여야 한다 고 주장하나, 쟁점부칙은 비영리법인의 각 사업연도소득 계산시 익금(양도금액)에서 차감하는 손비(장부가액)의 계산시 적용하는 것으로 규정되어 있고, 법인세법제55조의2 규정에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세 계산시에는 별도의 규정이 없어 이를 적용할 수 없는 점, 법인세법제55조의2 제6항에서 토지 등 양도소득은 토지 등 양도금액에서 양도당시의 장부가액을 차감하는 방법으로 산출하는바, 동 규정상 ‘장부가액’이라 함은 취득가액에서 감가상각충당금을 차감한 것이므로 양도자산이 토지인 이 건의 경우 취득가액이 장부가액인 점, 2001.12.31. 특별부가세를 폐지하면서법인세법제55조의2 규정을 신설하였고, 동 규정은 ‘토지 등 양도소득에 대한 중과제도’를 신설한 것으로서 특별부가세는 폐지하되 투기재발 등 부동산시장변화에 탄력적으로 대처할 수 있도록 부동산 양도소득에 대해 추가 과세할 수 있는 근거를 마련한 것이며, 쟁점토지의 경우 비사업용 토지에 해당하는바, 2005.12.31. 법인세법제55조의2에 비사업용 토지를 추가한 이유가 법인의 비사업용 토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로서 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하기 위해 추가한 것이므로 영리법인과 차별할 이유도 없는 점 등을 감안하면, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다고 할 것이어서 이를 다투는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2008서3208, 2009. 2.17., 같은 뜻임).
(5) 또한, 비사업용 토지의 과세특례에 대하여 의제취득일에 관한 규정을 두지 않은 것이 종래의 법적 상태의 존속을 신뢰한 토지 소유자에 대한 신뢰보호의 문제를 발생시킬 수는 있으나, 토지 등의 양도소득에 대한 법인세의 과세요건 완성 후에 새로운 입법으로 법인세를 과세하거나 이미 성립한 납세의무를 가중한 것이 아니므로, 이 건 법률조항은 소급입법 과세금지원칙에 위반된다고 보기 어렵다 할 것이다(헌법재판소 2009헌바311, 2011.7.28. 참조).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.