공용용지 협의취득을 원인으로 하여 양도함에 따라 발생한 양도차익은 감면대상인 농업회사법인의 농업소득 외의 소득에 해당하지 아니함
공용용지 협의취득을 원인으로 하여 양도함에 따라 발생한 양도차익은 감면대상인 농업회사법인의 농업소득 외의 소득에 해당하지 아니함
심판청구를 기각한다.
(1) ○○○○.○○.○○. 법률 제81246호로 개정되기 전의 조세특례제한법제68조 제1항에서 농업회사법인에 대하여 농업소득에 대한 법인세를 면제하고, ‘농업소득 외의 소득’에 대하여 법인세의 50%를 감면한다고 규정하고, 같은 법 제66조 제1항에서 농업소득을 ‘작물재배업에서 발생하는 소득’으로 규정하고 있는바, 조세심판원의 선결정례(조심2010부1047, 2010.6.28., 2009부4268, 2011.2.25.)에 의하면 농업소득에 해당하지 아니하는 모든 소득은 ‘농업소득 외의 소득’으로 보아야 함에도, 2007.2.28. 대통령령 19888호로 개정된 조세특례제한법제68조 제1항을 적용하여 쟁점양도차익이 농업소득8 외의 소득이 아닌 것으로 보아 감면을 배제하여 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
(2) 쟁점양도차익이 감면대상인 농업소득 외의 소득이 아니라 하더라도, 청구법인이 양계장으로 사용한 쟁점부동산을 행정중심복합도시 사업시행자인 한국토지공사에게 양도하면서, ○○○도 ○○시 ○○면 ○○리 225-13으로 사업장(양계장)을 이전한 이상, 조세특례제한법제85조의2에 의한 사실상 ‘공장’을 이전한 것으로 보아 행정중심복합도시 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례를 적용하여야 한다.
(1) 청구법인이 적시하는 조세심판사례는 영농조합법인의 ‘농업소득외의 소득’에 대하여 결정한 것이나, 농업회사법인과 영농조합법인은 설립목적, 사업의 법위, 조세특례제한법상의 감면규정의 내용 등에 차이가 있는바, 이를 청구법인에게 동일하게 적용할 수는 없다. 쟁점양도차익은 농업회사법인의 설립목적과 관련 있는 소득이 아닐 뿐만 아니라 농업회사법인인 경우에는 창업중소기업 세액감면규정을 준용하여 감면소득과 비감면소득을 구분경리하여야 하는데, 쟁점양도 차익은 과세사업의 개별익금에 해당하므로 감면대상소득으로 볼 수는 없으므로 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다.
(2) 청구법인이 쟁점부동산을 산란계, 육계 등을 사육하는 데 사용하였으므로 이를 조세특례제한법상의 공장으로 볼 수 없고, 당해 특례규정은 2006.12.30. 신설되어 2007.1.1. 이후에 최초로 이전하는 분부터 적용되므로 청구법인에게는 적용될 여지가 없다.
① 쟁점부동산을 양도하고 발생한 쟁점양도차익이 감면대상인 농업회사법인의 ‘농업소득 외의 소득’에 해당하는지 여부
② 양계장인 쟁점부동산을 사실상 ‘공장’으로 보아 행정중심복합도시내 공장의 지방이전에 대한 과세특례를 적용할 수 있는지 여부
(1) 조세특례제한법 (2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】① 2006년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하“창업중소기업”이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제5조 제2항 의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의50에 상당하는 세액을 감면한다. 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 ① 농업·농촌기본법에 의한 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2006년 12월31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제197조 의 규정에 의한 소득9이하“농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위 안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. 제68조 【농업회시법인에 대한 법인세의 면제 등】① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인(이하“농업회사법인”이라 한다)에 대해서는 2012년 12월31일 이전에 끝나는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항을 준용하여 감면한다. 제143조 【구분경리】 ① 내국인은 제6조, 제7조 제30조의2, 제31조제4항·제5항, 제32조 제4항 제55조의2 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제68조, 제102조, 제104조의9, 제121조의2, 제121조의 4, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제122조, 제122조의2와 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 경리하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 (2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제54조 【공장의 범위 등】① 법 제60조·법 제63조 및 법 제63조의 2에서 “공장”이라 함은 제조장 또는 재정경제부령이 정하는 자동차 정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다. 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서 또는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 1천200만원 × 조합원 수× (사업연도 월수/12) 제65조 【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】 법 제68조 제1항 또는 제3항의 규정에 의하여 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서 또는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다. 제136조 【구분경리】① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 법인세법제113조의 규정을 준용한다. ※ 조세특례제한법 기본통칙 6-0···제63조【감면대상소득의 법위】법 제6조 제1항 및 제2항·제7조 제1항·제63조 제1항·제64조 제1항 제66조 제1항·제67조 제1항·제698조 제1항의 규정에 의한 감면대상 소득계산시 이자수익·유가증권처분이익·유가증권처분손실 등은 포함하지 아니한다. 60-54···1【독립된 제조장의 범위】① 영 제54조 제1항에서 “제조 또는 사업단위로 독립된 것”이라 함은 동일 부지 내에 원재료투입공정으로부터 제품 생산공정 까지 일관된 작업을 할 수 있는 제조실비를 갖춘 장소(생산에 직접 공여되는 공장 구내창고, 사무실, 종업원을 위한 기숙사, 식당 및 사내훈련시설 등을 포함한다)와 그 부속토지로 한다.
(3) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것) 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 농업·농촌기본법에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법제197조의 규정에 따른 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위 안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.(2006.12.30.개정) 제68조 【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】① 농업·농촌기본법에 다른 농업회사법인(이하“농업회사법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다. 제85조의2 【행정중심복합도시 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례】① 신행정수도 후속대책을 위한 연기·공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법에 따른 행정중심복합도시 예정지역(이하 이조에서 “행정중심복합도시”라 한다)안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 대통령령이 정하는 행정중심복합도시 외의 지역(이하 이조에서 “지방”이라 한다)으로 이전하기 위하여 해당 공장의 대지와 건물을 2009년 12월 31일 이전까지 동법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 다음 각 호에 해당하는 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 과세이연을 받을 수 있다. (2006.12.30. 신설)
1. 내국법인: 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액계산의 경우 익금에 산입하지 아니하는 방법, 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균등액 이상을 익금에 산입하여야 한다. (2006.12.30. 신설) 부 칙 (2006.12.30. 법률 제8146호) 제2조 【일반적인 적용례】① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정 규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (5) 법인세법 (2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제113조 【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 가각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (6) 법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】② 법률에 의하여 법1인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분 경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당 업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다. ※ 법인세법 기본통칙 113-156 6-0···6【개별손익·공통손익 등의 계산】 규칙 제75조 제2항의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타사업을 겸영하는 법인의 익금과 손금의 구분계산은 법에 특별히 규정한 것을 제외하고는 다음과 같이 계산한다.
(1) 수입배당금
(2) 수입이자
(3) 유가증권처분익
(4) 수입임대료
(5) 가지급금인정이자
(6) 고정자산처분익
(7) 수증익
(7) 지방세법 (2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제197조 【정의】이 절에서 “농업소득”이라 함은 통계법 제17조 의 규정에 의하여 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류표상의 농업 중 대통령령이 정하는 작물(이하 이 절에서 “작물”이라 한다)의 재비로 발생하는 소득을 말한다.
(8) 농업·농촌기본법(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제16조 【농업회사법인의 육성】
① 기업적으로 농업을 경영하거나 농산물의 유통·가공·판매를 하고자 하는 자 또는 농업인의 농작업을 대행하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 농업회사법인을 설립할 수 있다.
(9) 농업·농촌기본법시행령 제21조 【부대사업】 농업회사법인은 부대사업으로 다음 각호의 사업을 할 수 있다.
1. 영농에 필요한 자재의 생산·공급
2. 영농에 필요한 종자생산 및 종규배양사업
4. 농업기계 기타 장비의 임대·수리·보관사업
5. 소규모 관계시설의 수탁·관리사업
(10) 한국표준산업분류(통계청 고시 제2000-1호, 2000.1.7)
제조업이란 원재료(물질 또는 고성요소)에 물리적, 화학적 작용을 가하여 투입된 원재료를 성질이 다른 새로운 제품으로 전환시키는 산업활동을 말한다.
(1) 청구법인은 ○○○○사업연도 손익계산서상에 쟁점양도차익을 유형자산처분이익으로 계상하고 동 양도차익이 조세특례제한법 제68조 의 ‘농업소득 외의 소득’에 해당하는 것으로 보아 ○○○○사업연도 법인세 신고당시 산출세액의 50%에 상당한 ○○○,○○○,○○○원을 감면신청하였다.
(2) 법인세 경정결의서 및 감면세액 사후관리 검토결과 안내 등의 심리자료에 의하면, ○○지방국세청장은 농업회사법인인 청구법인이 위와 같이 감면신청한 법인세에 대하여 사후관리의 차원에서 감면요건 등을 검토한 격과, 구 재정경제부 예구(법인세제과-218, 2006.3.17.)에 비추어 쟁점양도차익은 ‘농업소득 외의 소득’이 아니라 기타 사업소득(과세소득)이라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다. 구분 영농조합법인 농업회사법인 조세특례제한법상 법인세 면제취지 쌀시장 개방 등으로 어려움을 겪고 있는 농어촌 경제의 현실을 고려하고 FTA협상에 대비하여 농어업의 경쟁력 강화 등을 지원 농어민 인구의 감소와 노령자의 비율 증가에 따른 생산인력 부족등의 문제점을 보완할 수있도록 협업적·기업적 농업이 가능하도록 지원 법인세 면제 방법
• 농업소득: 법인세 면제
• 농업소득 외의 소득 일정범위 내에서 법인세 면제 *1,200만원 ×조합원수×사업연도 월수/12 -농업소득: 법인세 면제 -농업소득 외의 소득 창업중소기업 등에 대한 세액 감면을 준용, 법인세50%감면 설립근거 농어업·농어촌기본법 제15조 농어업·농어촌기본법 제16조 설립목적 현업적 농업경영을 통한 생산성 향상과 농산물의 공동출하·가공·수출 기업적 농업경영과 농산물의 유통·가공·판매 및 농작업의 대행 설립자격 농업인 농업인 출자금 농지·현금·현물 (조합원·준조합원 출자한도:없음) 농지·현금·현물 (회사원 출자한도:없음) 사업내용
• 농업의 경영 및 그 부대사업
• 농업관련 공동시설 설치·운영
• 농산물 공동출하·가공·수출 농작업 대행
• 기타 법인의 목적달성을 위하 여 정관으로 정하는 사업
• 농업의 경영, 농산물의 유통·가공·판매, 농작업 대행
• 영농자재·종자 등 생산, 공급 -농산물의 구매·비축 -농기계·장비의 임대·수리·보관
• 소규모 관개시설의 수탁·관리 타법준용 민법 중 조합에 관한 규정 적용 상법 중 회사에 관한 규정 적용
(5) 청구법인이 쟁점양도차익을 ‘농업소득 외의 소득'으로 보아서 법인세 감면을 적용할 수 있는지 여부를 질의하자, 국세청장은 ○○○○.○.○. 당해 양도차익은 조세특례제한법 제68조 에 의하여 감면이 되는 ’농업소득 외의 소득‘이 아니라고 회신(법인세과-196, 2010.3.8.)하였다.
(6) 청구법인이 행정중심복합도시 예정지역 안에 있던 쟁점부동산을 양도한 뒤에, 당해 부동산에 설치되어 있던 양계장을 당해 도시 외의 지역인 ○○남도 ○○시 ○○면 ○○리 225-13으로 이전하였다 주장하며 제시한 건축물관리대장에는 주용도가 ‘동물관련시설(양계장 등)’인 건물 ○○,○○○.○○㎡을 단계적으로 증축함에 따라 ○○○○.○.○○.부터 ○○○○.○.○○.까지 4번에 걸쳐 사용승인을 받은 사실이 등재되어 있다.
(7) 먼저, 쟁점양도차익이 농업회사법인의 법인세 감면대상인 ‘농업소득외의 소득’에 해당하는지 여부(쟁점 ①)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2007.2.28. 개정된 조세특례제한법 시행령 제65조 제1항 에서 ‘농업소득 외의 소득’의 범위를 명확히 하기 이전까지는 농업소득이 아닌 모든 소득을 ‘농업소득 외의 소득’으로 보아야 한다고 주장하나, 농업·농촌기본법 시행령제21조에서 규정하는 농업회사 법인의 부대사업에서 발생하지 아니한 쟁점양도차익을 법인세가 감면되는 ‘농업소득 외의 소득’으로 인정하기는 어렵다 하겠다(재정경제부 법인세제-218, 2006.3.17., 국세청 법인세과-196, 2010.3.8. 참조) (나) 또한, 조세특례제한법에서 감면소득에 대하여 구분경리를 하도록 하는 취지가 감면대상사업과 기타 사업을 겸영하는 경우 감면 대상소득을 정확하게 계산하기 위한 것이고, 원칙적으로 당해 사업과 관련하여 발생한 소득에 대하여 감면하는 것인 점, 영업활동과 어느정도 부수적인 연관을 갖는 영업외수입과는 당리 고정자산처분이익은 그 활동과는 독립된 별도의 소득인 점, 세법의 체계상 이자소득이나 양도소득을 감면하는 경우 특례규정을 주어 제한적으로 적용하고 있는 점 등을 감안할 때, 쟁점양도차익은 과세대상인 소득에 해당한다 할것이다(조심2010중167, 2010.3.9., 국심 92부3467, 1992.12.11. 참조). (다) 한편, 영농조합법인이 2006.12.30. 개정되기 이전의 조세특례제한법 제66조 의 ‘농업소득 외의 소득’에 대하여 제기한 심판청구에 대한 결정에서 부동산 양도차익도 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득외의 소득’으로 보아야 한다 하였으나, 영농조합법인과 농업회사법인은 법인의 성격, 설립목적, 사업범위 등이 다르며, 조세특례제한법도 민법상의 조합에 관한 규정을 적용받는 영농조합법인은 조합원이 농민인 점을 감안하여 개인별로 농업경영을 할 경우 소득세법에서 연간 12,000,000원 이하의 소득을 비과세하는 것과의 형평성을 맞추기 위하여 ‘농업소득 외의 소득’에 대하여 일정 범위(12,000,000원×조합원수)이내에서는 법인세를 면제하는 한편, 농업회사법인은 상법상의 회사에 관한 규정을 적용받으므로 ‘농업소득 외의 소득’에 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】을 준용하여 법인세의 50%만을 감면하도록 규정한 점을 보아도 영농조합법인의 ‘농업소득 외의 소득’을 농업회사법인의 그것과 동일하게 취급할 수는 없다 하겠다. (라) 그렇다면, 쟁점양도차익이 조세특례제한법 제68조 에 의하여 법인세가 감면되는 ‘농업소득 외의 소득’에 해당하지 아니한다고 보아 처분청이 법인세를 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.
(8) 다음으로, 청구법인이 행정중심복합도시 내의 공장을 2007.1.1. 이후에 그 외의 지역으로 이전한 것으로 인정하여 과세특례를 적용할 수 있는지 여부(쟁점②)에 대하여 본다. (가) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 할 것이고, 합리적인 이유 없이 확장하거나 유추하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009.12.24. 선고 2007두5004 판결 등 참조). (나) 청구법인은 쟁점부동산의 양계장 시설을 ‘공장’이라 주장하나, 조세특례제한법 시행령 제54조 및 한국표준산업분류표상의 제조업 정의 등에 비추어 이를 받아들이기는 사실상 어렵다 하겠다. (다) 그렇다면 처분청이 쟁점양도차익에 대하여 2006.12.31. 신설된 조세특례제한법 제85조의2 에서 규정하고 있는 행정중심복합도시 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례규정을 적용을 배제하면서 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.