중소기업인지 대기업인지의 판단기준은 매매계약 당시를 기준으로 하여 판단을 하는 것이며 매매계약 후 분쟁이 발생한 특별한 경우에 해당하므로 중소기업으로 보아 10%세율을 적용함
중소기업인지 대기업인지의 판단기준은 매매계약 당시를 기준으로 하여 판단을 하는 것이며 매매계약 후 분쟁이 발생한 특별한 경우에 해당하므로 중소기업으로 보아 10%세율을 적용함
○○○세무서장이 2011.1.15. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 2,525,653,380원의 부과처분은 이를 취소한다.
(1) 중소기업의 발행주식 양도에 대해 일반기업과는 달리 낮은 양도소득세율을 적용하도록 한 취지는 중소기업의 주식발행 및 이를 통한 자금모집을 지원하고자 하는 것이므로, 청구인의 경우와 같이 모두방송을 중소기업으로 운영하다가 발행주식을 양도하는 경우에 있어서는 당연히 중소기업 주식으로 보아 과세하여야 하는 것이고, 주식양수인인 ○○○의 요구에 의하여 계약해지의 방지 및 거래이행의 담보를 위해 잠정적인 주식양수인으로 하여금 모두방송의 임원의 일부를 선임할 수 있도록 하였으나, 모두방송의 사업이나 규모, 경영권 등에 아무런 변화가 없었음에도 갑자기 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보는 것은 실질과세 원칙에 반하는 부당한 처분이다.
(2) 청구인의 쟁점주식 양도는 방송법제15조의2에서 규정하는 최다액 출자자의 주식에 해당하므로 청구인으로부터 주식을 취득하여 방송사업자의 새로운 최다액 출자자가 되고자 하는 경우에는 방송통신위원회의 승인을 얻어야 하는바, 쟁점주식의 양도시기는 방송통신위원회의 승인이 있은 후 잔금을 받은 날이 되는 것이고, 쟁점주식 양도거래가 지연됨에 따라 ○○○와 상호 합의하여 임원을 선임하여 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에서 정한 형식상의 행정절차 만을 이행하였음에도 ○○○을 중소기업으로 보지 아니하는 것은 잘못이다.
(3) 청구인은 중소기업을 경영하였고 잔금을 청산하는 날까지 일관되게 중소기업 주식을 소유하였음에도, 쟁점주식을 ○○○라는 기업집단에게 양도하기로 하였다는 사실만으로 양도소득세율이 달라지게 되는 것은 주식양수인의 지위에 따라 주식양도인의 지위가 달라지는 비합리적인 결과가 되고, 이는 조세중립성에 반하는 것이므로 부당하다.
(4) 청구인은 쟁점주식 인도과정에서 소송이 제기되어 불가피하게 매매계약부터 잔금청산까지 기간이 지연된 불가항력적인 사유가 있고, 매매계약 당시 모두방송이 중소기업이었음에는 이견이 없으므로, 과세의 형평과 관련법령의 합목적성을 고려하여 청구인에게 불리한 조세부담이 없도록 세법을 적용하여야 한다.
(1) 청구인은 모두방송이 쟁점주식 양도일인 2008.10.13.부터 중소기업이 아닌 것으로 보는 것이 타당하다고 주장하나, 주식양도의 경우 중소기업 해당여부는 주식양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 중소기업기본법에 의한 중소기업인지 여부에 따라 판단하는 것이고, 2007.5.31. 임시주주총회에서 ○○○의 임원이 ○○○의 임원을 겸임하여 2007.8.1. ○○○이 ○○○에 계열회사로 편입된 사실이 확인되므로, 쟁점주식 양도당시인 2008.10.13.에 ○○○은 중소기업이 아니다.
(2) 청구인은 2007.5.31. ○○○ 임원변경에 대해 임원변경 승낙은 거래담보 목적에 불과하고, 이후 양도일까지 ○○○의 경영을 청구인이 독립적으로 수행하였다고 주장하나, 주식매매계약서나 합의서 어디에도 거래담보를 목적으로 임원을 변경한다는 내용은 없으며, 합의서에 의하면 청구주장과 달리 2007.5.31.부터 청구인이 아닌 씨제이가 ○○○을 배타적으로 경영한 것이 확인되고, 청구인은 ○○○의 ○○○계열편입을 몰랐다고 하나, 이는 사실과 다르므로 청구주장은 이유없다.
(1) 국세기본법 제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
(2) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.
4. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 자산
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 제167조의8 【중소기업의 범위】법 제104조 제1항 제4호 가목에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 중소기업기본법」 제2조 의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.
(4) 중소기업기본법 제2조【중소기업자의 범위】① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다.
1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것 (5) 중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 맞는 기업 [별표 2] 중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준(제3조 제2호 관련)
1. 제3조 제1호 나목에 따른 법인이 발행주식(상법 제370조 에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것
2. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것
(6) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
2. “기업집단”이라 함은 동일인이 다음 각목의 구분에 따라 대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 말한다.
3. “계열회사”라 함은 2 이상의 회사가 동일한 기업집단에 속하는 경우에 이들 회사는 서로 상대방의 계열회사라 한다. 제9조【상호출자의 금지 등】① 일정규모 이상의 자산총액 등 대통령령이 정하는 기준에 해당되어 제14조(상호출자제한기업집단 등의 지정) 제1항의 규정에 따라 지정된 기업집단(이하 “상호출자제한기업집단”이라 한다)에 속하는 회사는 자기의 주식을 취득 또는 소유하고 있는 계열회사의 주식을 취득 또는 소유하여서는 아니된다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (이하 생략) 제14조【상호출자제한기업집단 등의 지정 등】① 공정거래위원회는 대통령령이 정하는 바에 의하여 상호출자제한기업집단, 출자총액제한기업집단 및 채무보증제한기업집단(이하 “상호출자제한기업집단 등”이라 한다)을 지정하고 동기업집단에 속하는 회사에 이를 통지하여야 한다. (7) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제3조【기업집단의 범위】법 제2조(정의) 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사를 말한다.
2. 다음 각목의 1에 해당하는 회사로서 당해 회사의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 회사
(1) 동일인이 지배하는 회사와 당해 회사 간에 임원의 겸임이 있는 경우
(8) 방송법 제2조【용어의 정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
3. “방송사업자”라 함은 다음 각목의 자를 말한다.
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.
(1) 청구인은 2006.1.12. 청구인 단독 및 청구인을 포함한 다른 주주를 대표하여 ○○○ 주식 180,000주 및 720,000주, 합계 900,000주를 50억2천만원 및 230억원, 합계 280억2천만원에 ○○○에게 양도하기로 계약하고, 당일에 선지급금 125억원을 지급받았으며, 잔금은 실사종료일 또는 방송위원회의 주식인수 승인일의 익일 중 늦은 날로 정하였고, 관련 주식매매계약서의 주요내용은 다음 <표1> 및 <표2>와 같다.
○○○세무서장이 2011.1.15. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 2,525,653,380 원의 부과처분은 이를 취소한다.
(1) 중소기업의 발행주식 양도에 대해 일반기업과는 달리 낮은 양도소득세율을 적용하도록 한 취지는 중소기업의 주식발행 및 이를 통한 자금모집을 지원하고자 하는 것이므로, 청구인의 경우와 같이 모두방송을 중소기업으로 운영하다가 발행주식을 양도하는 경우에 있어서는 당연히 중소기업 주식으로 보아 과세하여야 하는 것이고, 주식양수인인 ○○○의 요구에 의하여 계약해지의 방지 및 거래이행의 담보를 위해 잠정적인 주식양수인으로 하여금 모두방송의 임원의 일부를 선임할 수 있도록 하였으나, 모두방송의 사업이나 규모, 경영권 등에 아무런 변화가 없었음에도 갑자기 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보는 것은 실질과세 원칙에 반하는 부당한 처분이다.
(2) 청구인의 쟁점주식 양도는 방송법제15조의2에서 규정하는 최다액 출자자의 주식에 해당하므로 청구인으로부터 주식을 취득하여 방송사업자의 새로운 최다액 출자자가 되고자 하는 경우에는 방송통신위원회의 승인을 얻어야 하는바, 쟁점주식의 양도시기는 방송통신위원회의 승인이 있은 후 잔금을 받은 날이 되는 것이고, 쟁점주식 양도거래가 지연됨에 따라 ○○○와 상호 합의하여 임원을 선임하여 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에서 정한 형식상의 행정절차 만을 이행하였음에도 ○○○을 중소기업으로 보지 아니하는 것은 잘못이다.
(3) 청구인은 중소기업을 경영하였고 잔금을 청산하는 날까지 일관되게 중소기업 주식을 소유하였음에도, 쟁점주식을 ○○○라는 기업집단에게 양도하기로 하였다는 사실만으로 양도소득세율이 달라지게 되는 것은 주식양수인의 지위에 따라 주식양도인의 지위가 달라지는 비합리적인 결과가 되고, 이는 조세중립성에 반하는 것이므로 부당하다.
(4) 청구인은 쟁점주식 인도과정에서 소송이 제기되어 불가피하게 매매계약부터 잔금청산까지 기간이 지연된 불가항력적인 사유가 있고, 매매계약 당시 모두방송이 중소기업이었음에는 이견이 없으므로, 과세의 형평과 관련법령의 합목적성을 고려하여 청구인에게 불리한 조세부담이 없도록 세법을 적용하여야 한다.
(1) 청구인은 모두방송이 쟁점주식 양도일인 2008.10.13.부터 중소기업이 아닌 것으로 보는 것이 타당하다고 주장하나, 주식양도의 경우 중소기업 해당여부는 주식양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 중소기업기본법에 의한 중소기업인지 여부에 따라 판단하는 것이고, 2007.5.31. 임시주주총회에서 ○○○의 임원이 ○○○의 임원을 겸임하여 2007.8.1. ○○○이 ○○○에 계열회사로 편입된 사실이 확인되므로, 쟁점주식 양도당시인 2008.10.13.에 ○○○은 중소기업이 아니다.
(2) 청구인은 2007.5.31. ○○○ 임원변경에 대해 임원변경 승낙은 거래담보 목적에 불과하고, 이후 양도일까지 ○○○의 경영을 청구인이 독립적으로 수행하였다고 주장하나, 주식매매계약서나 합의서 어디에도 거래담보를 목적으로 임원을 변경한다는 내용은 없으며, 합의서에 의하면 청구주장과 달리 2007.5.31.부터 청구인이 아닌 씨제이가 ○○○을 배타적으로 경영한 것이 확인되고, 청구인은 ○○○의 ○○○계열편입을 몰랐다고 하나, 이는 사실과 다르므로 청구주장은 이유없다.
(1) 국세기본법 제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
(2) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.
4. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 자산
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 제167조의8 【중소기업의 범위】법 제104조 제1항 제4호 가목에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.
(4) 중소기업기본법 제2조【중소기업자의 범위】① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다.
1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것 (5) 중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 맞는 기업 [별표 2] 중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준(제3조 제2호 관련)
1. 제3조 제1호 나목에 따른 법인이 발행주식(상법제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것
2. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것
(6) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
2. “기업집단”이라 함은 동일인이 다음 각목의 구분에 따라 대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 말한다.
3. “계열회사”라 함은 2 이상의 회사가 동일한 기업집단에 속하는 경우에 이들 회사는 서로 상대방의 계열회사라 한다. 제9조【상호출자의 금지 등】① 일정규모 이상의 자산총액 등 대통령령이 정하는 기준에 해당되어 제14조(상호출자제한기업집단 등의 지정) 제1항의 규정에 따라 지정된 기업집단(이하 “상호출자제한기업집단”이라 한다)에 속하는 회사는 자기의 주식을 취득 또는 소유하고 있는 계열회사의 주식을 취득 또는 소유하여서는 아니된다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (이하 생략) 제14조【상호출자제한기업집단 등의 지정 등】① 공정거래위원회는 대통령령이 정하는 바에 의하여 상호출자제한기업집단, 출자총액제한기업집단 및 채무보증제한기업집단(이하 “상호출자제한기업집단 등”이라 한다)을 지정하고 동기업집단에 속하는 회사에 이를 통지하여야 한다. (7) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제3조【기업집단의 범위】법 제2조(정의) 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사를 말한다.
2. 다음 각목의 1에 해당하는 회사로서 당해 회사의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 회사
(1) 동일인이 지배하는 회사와 당해 회사 간에 임원의 겸임이 있는 경우
(8) 방송법 제2조【용어의 정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
3. “방송사업자”라 함은 다음 각목의 자를 말한다.
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.
(1) 청구인은 2006.1.12. 청구인 단독 및 청구인을 포함한 다른 주주를 대표하여 ○○○ 주식 180,000주 및 720,000주, 합계 900,000주를 50억2천만원 및 230억원, 합계 280억2천만원에 ○○○에게 양도하기로 계약하고, 당일에 선지급금 125억원을 지급받았으며, 잔금은 실사종료일 또는 방송위원회의 주식인수 승인일의 익일 중 늦은 날로 정하였고, 관련 주식매매계약서의 주요내용은 다음 <표1> 및 <표2>와 같다.
○○○
(2) 청구인 등은 기 체결된 ○○○ 주식 양도계약의 이행이 지체되자 2007.5.31. ○○○과 다음 <표3>과 같이 합의서를 작성하였는바, 이에 의하면 주식 양도대금은 종전 280억2천만원에서 약 303억원으로 변경되었고, 양도대금 추가지급, 대여금 및 관련이자 상계 등으로 청구인이 수령한 대금의 합계액은 약 212억원(변경된 양도대금의 약 70%)이 되었으며, 나머지 잔금 약 91억원에 대하여는 정경식 등과의 분쟁으로 인하여 방송위원회의 주식매매계약 승인이 지연되는 사정을 반영하여 그 지급일을 변경(제7조 참조)하였고, ○○○이 지정하는 이사 2인 및 감사 1인을 선임(제4조 참조)하기로 하였으며, 매매대상인 ○○○ 주식 900,000주의 의결권 행사 및 주주로서의 일체의 권리 행사를 ○○○에게 위임(제13조 참조)하기로 하였다.
○○○
(3) 위 <표3>의 합의서(2007.5.31.)에 첨부된 위임장은 다음 <표4>와 같다. <표4> 위임장 ○○○
(4) ○○○은 위 합의서 등에 따라 2007.5.31. 임시주주총회를 개최하여 ○○○을 이사로, ○○○를 감사로 선임하였고, 대표이사를 ○○○으로 변경하였다.
(5) ○○○는 2007.7.9. ○○○이 임원을 겸임한 ○○○의 계열편입을 공정거래위원회에 신고하였는바, 신고서에 첨부된 주주현황에는 취득예정 주식수 900,000주, 주식소유비율 100%로 되어 있고, 계열편입 신고일 현재 주식의 취득은 완료되지 않은 상태이며, 이에 따라 주식의 명의개서도 이루어지지 않은 상태라고 기재되어 있다.
(6) 공정거래위원회는 2007.7.31.편입일을 2007.8.1.로 하여 ○○○에게 상호출자제한기업집단 등의 소속회사 편입통지를 하였고, 공정거래위원회가 2007.8.1. 기준으로 작성한 상호출자제한기업집단 등의 소속회사 현황에는 ○○○이 ○○○의 소속회사로 되어 있다.
(7) 청구인은 2008.4.30. ○○○과 주식매매에 대한 중도금 및 잔금 지급관련 추가합의를 하고, 중도금으로 45억원을 지급받았다.
(8) 방송위원회는 2008.9.26. ○○○의 최다액 출자자 변경을 승인하였고, 이에 따라 최다액 출자자가 청구인에서 ○○○으로 변경되었으며, 변경승인의결일은 2008.9.25.이다.
(9) 청구인이 2008.10.13. 작성한 영수 및 확인서는 “청구인이 2007.5.31. ○○○과 ○○○ 주식매매에 대한 합의서를 체결한 이후, 2008.4.30. 주식매매에 대한 중도금 및 잔금 지급관련 추가합의서를 체결하였고, 이에 따라 2008.5.2. ○○○으로부터 매매대금에 대한 중도금으로 금 45억원을 지급받았으며, 이후 이러한 합의서에 따라 ○○○이 청구인에게 지급할 잔금 총 4,651,086,933원 중 청구인이 ○○○에게 지급할 개인 가지급금 2억원에 대해서는 ○○○이 ○○○에게 직접 지급하고, 나머지 4,451,086,933원은 ○○○이 청구인에게 지급하였으며, 이에 청구인은 2008.10.13. ○○○으로부터 위 잔금을 수령하였음을 확인한다”라고 되어 있다.
(10) 청구인이 심판관 회의자료를 사전열람하고 제시한 쟁점주식 매매지연 경위, ○○○측의 2007.5.31. 임원선임 이유 등은 다음과 같다. (가) 쟁점주식 매매지연 경위
1. 청구인은 ○○○에게 쟁점주식을 양도하기 이전인 2004.10.25. ○○○에게 ○○○ 주식 675,000주(전체의 75%)를 99억원에 양도하기로 매매계약을 체결하고, 계약금을 수령하는 조건으로 그 중 450,000주(50%)를 담보목적으로 ○○○이 보관하도록 하였으며, ○○○은 이 주식을 다시 매매대금을 대여한 ○○○에게 담보로 보관하게 하였고, 청구인은 ○○○의 주식보관 사실을 몰랐다.
2. 이후 청구인은 ○○○에 포함된 중개유선방송사들의 문제를 ○○○이 해결할 수 있는 능력과 의사가 없다고 판단하여, ○○○에 관심을 갖고 있던 ○○○측과 접촉하게 되었다.
3. 이에 2006.1.6. 위 주식매매 계약의 해약을 ○○○에게 통보하여 2006.1.11. 매매계약이 해지되었고(청구인은 2006.1.12. ○○○과 쟁점주식 매매계약 체결하였다), 2006.1.13. ○○○에게 계약금 및 중도금 50억원과 해지위약금 25억원을 지급하였다.
4. 그러나, ○○○에게 자금을 대여한 ○○○은 청구인과 ○○○을 배임(주식 이중매매)으로 검찰에 고발하였고, 2006.2.7. 쟁점주식 처분금지 가처분이 결정되었으며, 이에 대해 청구인은 즉시 이의신청을 제기하였다.
5. 방송위원회는 위 가처분결정을 이유로 2006.2.20. ○○○의 ○○○ 주식매수(최다액 출자자 변경) 승인을 보류하였다.
6. ○○○은 2006.3.2. 청구인을 상대로 주식매매계약 해지는 무효라고 주장하면서 주권인도를 구하는 소송을 제기하였고, 청구인도 ○○○을 상대로 주식반환 소송을 제기하였다.
7. ○○○이 고발한 주식이중매매에 관한 형사사건에서 청구인은 2007.6.19. 대검찰청으로부터 최종 무혐의 판정을 받게 되었고, 이에 청구인과 ○○○은 2007.5.31. 매매계약에 관한 합의서를 작성하게 되었으며, 합의내용에 따라 ○○○의 이사 2명을 선임하고 1차 중도금을 수령하였다.
8. 한편, 청구인이 제기한 주식처분금지 가처분에 대한 이의신청과 주식반환 청구소송에서 청구인이 연이어 승소하게 되자, ○○○은 화해를 요구하였고, 이에 응하여 2008.2.14. 합의결정이 있었으며, 2008.4.31. 주식 잔금정산을 위한 추가합의를 거쳐 2008.9.25. 방송위원회의 주식매매 승인 후 2008.10.13. 잔금을 수령하였다. (나) 서울고등법원 제12민사부 화해조서(○○○, 주권인도, 2008.2.4.)에 나타난 화해조항의 주요내용은 다음과 같다.
1. ○○○은 청구인으로부터 56억원을 지급받음과 동시에 청구인에게 ○○○ 주식 450,000주를 인도하고, 청구인은 주권을 인도받음과 동시에 ○○○에게 56억원을 지급한다.
2. 청구인은 ○○○에 대하여 대전지방검찰청 홍성지청에 제기한 ○○○ 사건의 고소를 취하하고, 이와 관련한 ○○○ 사건에 관하여 ○○○의 처벌을 원하지 아니하며, 수원지방법원 ○○○호로 주식회사 ○○○에게 한 주식처분금지 가처분의 해제신청을 지체없이 한다.
3. ○○○은 서울고등법원 ○○○호로 청구인의 ○○○에 대한 채권에 대하여 한 채권가압류의 해제신청을 지체없이 하고, 헌법재판소 ○○○호로 제기한 불기소처분취소의 헌법소원 사건 청구를 지체없이 취하한다. (다) ○○○측에서 2007.5.31.○○○의 임원을 미리 선임한 이유는, 매매계약일(2006.1.12.) 이후 양도대금의 약 70%를 지급하였음에도 정경식과의 분쟁으로 인하여 이행이 지연되자, ○○○는 ○○○의 재산유출을 방지하고 감시하기 위한 목적으로 임원선임을 요구하였기 때문이다. (라) ○○○의 요구에 의한 ○○○ 임원 선임은 매매계약을 완료하기 위한 조건으로 볼 수 있으므로, 조세특례제한법 시행령제66조의 경우처럼 매매계약 당시를 기준으로 청구인이 양도한 쟁점주식이 중소기업 주식인지 여부를 판단하여야 한다.
(11) 살피건대, 소득세법 시행령」제162조 제1항에 따라 쟁점주식의 양도시기는 대금을 청산한 2008.10.13.이고, 그 이전에 ○○○측의 임원이 ○○○의 임원을 겸임하게 됨에 따라 2007.8.1.○○○이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의해 ○○○에 계열회사로 편입되어, ○○○이중소기업기본법제2조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제3조 제2호에서 규정하는 소유와 경영의 실질적인 독립성을 갖추지 못하였으므로, 형식적인 측면에서 보면 소득세법 시행령제167조의8에 따라 쟁점주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 ○○○은 중소기업이 아니라고 할 수도 있겠으나, 청구인이 ○○○과 쟁점주식 매매계약을 체결할 당시인 2006.1.12.에 ○○○이 중소기업에 해당하였고, ○○○이 신청한 ○○○ 주식처분금지 가처분 때문에 방송위원회가 2006.2.20. 쟁점주식 매매승인을 보류하였으며, 이후 양도대금의 약 70%를 수령하였으나, 정경식과의 분쟁에 따라 주권인도 등의 계약이행이 지체되어 ○○○측의 요구에 따라 2007.5.31. 합의서를 작성하여 ○○○의 임원이 변경되었고, 정경식과 배임, 주식반환 및 채권가압류 등으로 분쟁을 겪다가 2008.2.14. 화해하여 방송위원회의 승인을 거쳐 2008.10.13.에서야 쟁점주식의 잔금을 수령하게 된 특별한 사정이 있는 점, 2000.12.29. 대통령령 제17032호로 소득세법 시행령제167조의2(이후 수차의 개정을 거쳐 조문 번호가 현행 제167조의8로 변경되었다)가 개정되어 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재를 기준으로 양도한 주식이 중소기업 주식인지 여부를 판정하도록 하였는바, 그 개정취지는 중소기업 주식임에도 양도일 현재를 기준으로 할 경우 예상치 못한 불이익이 발생할 가능성을 고려하여 판정일을 직전사업연도 종료일로 소급하여 일종의 유예기간을 두려고 한 것으로 보이는 점, 청구인이 ○○○측으로 하여금 ○○○의 임원을 겸임하도록 한 2007.5.31.이 속하는 2007사업연도까지 쟁점주식 양도대금을 모두 수령하였다면 소득세법 시행령제167조의8에 따라 2006사업연도 종료일 현재에는 ○○○이 중소기업에 해당하였을 것이나, 정경식과의 분쟁으로 인하여 2008년에 양도대금이 청산된 점, 중소기업 주식의 경우 다른 주식의 양도(100분의 20 또는 100분의 30의 양도소득세율 적용)와는 달리 100분의 10의 세율을 규정한 소득세법제104조의 취지는 중소기업에 대한 지원·육성 등을 위한 것인바, ○○○은 업종의 특성, 상시 근로자 수, 자산규모 및 매출액 등의 기준을 모두 충족하였던 중소기업이었으나, 주식을 양수한 씨제이가 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 상호출자기업집단이기 때문에 중소기업이 아닌 기업으로 변경되었으므로, 청구인이 양도한 쟁점주식을 매매계약 당시의 현황에 의하여 중소기업 주식으로 보는 것이 위 소득세법제104조의 취지 및 국세기본법제14조 제2항의 실질과세원칙에 부합하는 점 등을 종합하여 보면, 쟁점주식을 중소기업 주식이 아닌 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.