조세심판원 심판청구 상속증여세

대지는 피상속인이, 동 대지 지상건물은 그 특수관계자가 대주주인 회사가 보유하고 있다가 상속개시된 경우, 임차보증금 중 임차인이 건물소유자인 회사와만 임대차계약을 체결한 분에 대하여는 상속채무가 아닌 것으로 보는 것임

사건번호 조심-2011-전-0641 선고일 2011.10.28

건물소유자와 토지소유자가 다른 경우 토지와 건물소유자가 공동사업 형식으로 임대차계약을 체결하고 임대보증금 등을 공동관리한 사실을 입증하지 못하는 경우 토지소유주와 건물임차인은 아무런 채권・채무관계가 성립하지 않고 건물임차인은 건물소유주의 건물소유권에 대하여야만 임차하였지 토지 임차권까지 부여받고 있는 것이 아니므로 그 임대보증금은 건물에 대한 임대보증금으로 보는 것이 타당함

OO세무서장이 2010.8.6. 청구인에게 한 2009.5.21. 상속분 상속세 640,185,820원의 부과처분은 OO광역시 OO구 OO동 127-8 대지 1,586.4㎡, 같은 동 127-29 대지 1,292.6㎡에 대한 상속개시일 현재 평가액을 2,344,336,500원(OO광역시 OO구 OO동 127-8 대지 1,586.4㎡은 1,752,972,000원, 같은 동 127-29 대지 1,292.6㎡는 591,364,500원)으로 하여 상속세 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 장OO(청구인의 부)의 사망(2009.5.21.)에 따른 상속세를 신고하면서 피상속인이 보유하던 OO광역시 OO구 OO동 127-8 대지 1,586.4㎡(1,644.4㎡ 중 장OO 지분 제외 토지로 이하 ‘쟁점①토지’라 한다), 같은 동 127-29 대지 1,292.6㎡(이하 ‘쟁점②토지’라 하며, 쟁점①토지와 쟁점②토지를 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 감정평가법인[(주)OO감정평가법인으로 이하 “OO감정법인”이라 하며, (주)△△감정평가법인으로 이하 “△△감정법인”이라 한다]에 감정평가를 의뢰하여 그 감정가액의 평균액인 2,344,336,500원(쟁점①토지는 1,752,972,000원, 쟁점②토지는 591,364,500원)을 시가로 하고, 위 쟁점토지상 건물[특수관계자인 OO코아(주) 소유로, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 “쟁점부동산”이라 한다)의 임대보증금 580,000,000원을 상속채무로 하여 상속세를 신고하였다.
  • 나. 처분청은 청구인이 신고한 쟁점토지에 대한 감정평가법인의 평가액은 상속개시당시의 시가를 제대로 반영하지 못한 부적절한 가액으로 보아 부인하고, 비상장주식 평가심의위원회의 의결을 거쳐 다른 2개의 감정평가법인[(주)□□감정평가법인으로 이하 “□□감정법인”이라 하고, (주)OO감정원으로 이하 “OO감정원”이라 한다]에 평가를 의뢰하여 쟁점토지의 시가를 당초 신고가액보다 1,321,523,830원이 증액된 3,664,385,100원으로 산정하고, 이에 더하여 상속채무로 신고한 7인에 대한 쟁점토지(피상속인 소유) 및 쟁점건물의 임대보증금 580,000,000원 중 전세권이 설정된 OOO의 임대보증금 350,000,000원을 제외한 6인에 대한 임대보증금 230,000,000원(이하 “쟁점임대보증채무”라 한다)을 모두 쟁점건물 임대보증금으로 보아 부인하는 등 상속세 과세표준 합계액 1,551,523,830원을 증액하여 2010.8.6. 청구인에게 2009.5.21. 상속분 상속세 640,185,820원을 결정고지하였다.
  • 다. 처분청은 이에 불복하여 2010.10.27. 이의신청을 거쳐 2011.2.21. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인이 신고한 감정가액은 상속개시당시 쟁점토지의 이용상황을 고려하여 적정하게 평가한 가액임에도 처분청이 청구인의 신고가액을 객관적으로 수긍할 수 있는 부인사유 없이 신고감정가액이 단지 개별공시지가보다 낮은 가액(개별공시지가에 의한 평가액의 83.4%)이라는 이유로 다른 감정평가법인에 감정의뢰하여 받은 가액을 기준으로 임의조정하여 이를 시가를 산정하였으나,이는 상속세 및 증여세법 시행령제49조 제1항 제2호의 규정된 과세관청이 다른 기관에 감정의뢰할 수 있는 기준(당해 감정가액이 법 제61조ㆍ법 제62조ㆍ법 제64조 및 법 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액의 100분의 80에 미달하는 경우)을 무시한 것으로 법규정 적용에 있어 일관성이 없고, 또한 내용적으로 보아도 쟁점토지의 실제 이용상황을 고려하지 않은 평가가액으로 관련 규정에 부합되지 않게 평가된 감정평가이며, 더욱이 동 감정가액을 기초로 조사공무원이 임의로 증액조정하여 감정평가가액보다 시가를 부당하게 과다하게 평가하였는바, 이는국세기본법제19조’에 명시된 ‘세무공무원의 재량의 한계’를 벗어난 것이고, 상속세 및 증여세법 시행령제49조(평가의 원칙 등) 제1항 2호의 나목에 규정된 “평가기준일 현재 당해 재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액에 해당하는 것”이라는 점에서 처분청이 이를 시가로 보고 과세한 처분은 부당하다. 설령, 청구인이 신고한 감정가액을 상속개시당시 쟁점토지의 시가로 볼 수 없는 경우 보충적 평가방법(개별공시지가)에 의해 평가한 가액을 쟁점토지의 시가로 보는 것이 타당하다.

(2) 처분청은 청구인이 상속받은 쟁점토지의 임대와 관련한 임대보증금 7건 580,000,000원을 상속채무로 신고한데 대하여 전세권 설정 등기가 이루어진 OO농 협의 임대보증금 1건 350,000,000원만을 상속채무로 인정하고 나머지 쟁점임대보증채무에 대하여는 쟁점건물에 대한 임대보증금으로 보아 상속채무를 부인하였으나, 임대보증금은 민법 제1장 민법총칙의 계약자유의 원칙에 따라 토지소유자․건물소유자․임차인 3자가 체결한 임대차계약에 따른 것으로 실지 채권․채무 존부에 따라 그 권리의무를 확정하여야 하는 것으로, 임차인 중 OO농협의 전세권 설정은 공적인 금융기관으로서 동 농협의 요청에 따라 전세권을 설정한 것이고, 나머지 임차인들의 경우는 개인사업자들로서 따로 전세권 설정을 요구하지 않아 별도의 등기 절차 없이 임대를 한 동일한 성격의 부채임에도 단지 전세권 등기여부를 가지고 상속채무의 존재여부를 판단하여 쟁점임대보증채무를 부인하여 과세한 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견 (1)상속세 및 증여세법상 “시가”는 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 의미하므로 감정가액을 시가로 볼 수 있기 위해서는 상속세 납부 외의 목적으로 감정이 적정하게 이루어져 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다는 점이 인정되어야 함에도 불구하고 청구인이 신고한 쟁점토지와 그 지상건물의 소유자가 다르나 양자간은 특수관계자로 지상권을 고려할 필요성이 없는 토지임에도 감정평가의뢰시 동 사실관계를 알리지 않고 감정평가 해줄 것을 요청함으로써 감정가액이 하락하는 결과를 초래한 것이라는 점에서 상속세 신고 및 쟁점토지의 상속재산가액을 하향 조정하기 위한 상속세신고 목적의 감정평가에 해당하므로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치가 반영된 시가라고 볼 수 없다고 판단하여 상속세 및 증여세법 시행령제56조의2 제7항 및 비상장주식평가심의위원회의 설치 및 운영에 관한 규정제22조 제1항 제2호 및 제3호에 의거 상속재산의 평가에 대한 자문을 의뢰하여 그 결과에 따라 2개 감정평가법인에 재감정을 의뢰하여 받은 감정가액에 지상권을 부인할 경우의 단가를 적용하여 평가한 가액을 시가로 보고 과세한 처분은 정당하다. 또한, 청구인은 “감정평가를 하지 않았다면 개별공시지가에 따라 과세되었을 것~”이라고 주장하고 있으나 상속세 및 증여세법상 상속재산의 평가는 “모든재산의 시가”로 평가하는 것이 원칙이며, 시가를 산정하기 어려운 경우에 한하여상속세 및 증여세법제61조 내지 제65조에서 규정하고 있는 재산종류별로 보충적 평가방법에 의하여 평가한 가액에 의하는 것으로, 비상장주식평가심의위원회 설치 및 운영에 관한 규정제22조 제1항 제2호 및 제3호에 의거 비상장주식평가위원회에 자문을 의뢰하여 그 결과에 따라 재감정을 실시하여 이를 시가를 산정할 수 있는 규정에 따라 쟁점토지의 시가를 산정한 것이라는 점에서 보충적 평가방법인 기준시가를 적용해야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다. 어려우므로 쟁점금액에 대하여 청구인에게 대표자 상여처분한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 임대차계약서 및 금융증빙 등 확인한바, 임차인들은 당초 쟁점토지의 소유자 피상속인과는 별도의 임대차계약 없이 건물소유자 OO코아(주)(이하 “OO코아”라 한다)에 대하여만 임대차계약을 체결하고 추후 토지와 건물을 구분하여 각 임대차계약을 변경하였다고 하나, 이는 당초 건물소유자 OO코아가 수령한 임대보증금 중 일부를 실질적으로 토지소유자 장OO에게 임대보증금을 변경 지급한 증빙없이 단지 임대차계약의 내용만 변경한 것으로, 피상속인 장OO의 소득세 및 부가가치세 등 신고내역을 보면 2002년도 쟁점부동산의 임대소득을 일부 신고한 것을 제외하고는 2000년 이후부터 상속개시일까지 쟁점부동산의 임대소득에 대한 소득세 및 부가가치세의 신고내역이 없으며, 상속개시일 이후인 2009.6.1.에서야 쟁점부동산에 대한 2008년 제1기 및 2008년 제2기 부가가치세를 수정신고한 사실로 볼 때 쟁점임대보증채무를 상속채무에서 제외하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점토지에 대하여 지상권을 고려하여 평가한 청구인의 신고가액(감정평가액)을 부인하고 처분청이 지상권을 고려하지 않은 재감정가액을 시가로 보아 과세한 처분의 당부

② 상속채무(임대부동산의 임대보증금)를 580,000천원 중 230,000천원을 부인하여 과세한 처분의 당부

  • 나. 관련법령 (1) 상속세 및 증여세법 제60조 【평가의 원칙 등】

① 이 법에 의하여 상속세 또는 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가에 의한다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법에 의하여 평가한 가액(제63조 제2항의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)은 이를 시가로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 시가는 불특정다수인사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 시가를 산정하기 어려운 경우에는 당해 재산의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황 등을 감안하여 제61조 내지 제65조에 규정된 방법에 의하여 평가한 가액에 의한다. (2) 상속세 및 증여세법 제61조 【부동산 등의 평가】

① 부동산에 대한 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 토 지

부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

⑤ 지상권 및 부동산을 취득할 수 있는 권리와 특정시설물을 이용할 수 있는 권리에 대하여는 당해 권리 등의 잔존기간ㆍ성질ㆍ내용ㆍ거래상황 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

⑦ 사실상 임대차계약이 체결되거나 임차권이 등기된 재산의 경우에는 임대료 등을 기준으로 하여 대통령령이 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제1항 내지 제6항의 규정에 의하여 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다. (3) 상속세 및 증여세법 제14조 【상속재산의 가액에서 차감하는 공과금 등】

① 거주자의 사망으로 인하여 상속이 개시되는 경우에는 상속개시일 현재 피상속인이나 상속재산에 관련된 다음 각호의 가액 또는 비용은 상속재산의 가액에서 차감한다.

2. 장례비용

3. 채무(상속개시일전 10년 이내에 피상속인이 상속인에게 진 증여채무와 상속개시일전 5년 이내에 피상속인이 상속인이 아닌 자에게 진 증여채무를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 상속재산의 가액에서 차감하는 공과금 및 장례비용의 범위는 대통령령으로 정한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 상속재산의 가액에서 차감하는 채무의 금액은 대통령령이 정하는 방법에 의하여 입증된 것이어야 한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 【평가의 원칙 등】

① 법 제60조 제2항에서 “수용ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것”이라 함은 평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다. 이하 이 항에서 “평가기간”이라 한다) 이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(민사집행법에 의한 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 항에서 "매매 등" 이라 한다)가 있는 경우에 다음 각호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 아니하는 기간 중에 매매 등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각호의 1에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 감안하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되는 때에는 제56조의 2 제1항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 당해 매매 등의 가액을 다음 각호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

1. 당해 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 그 거래가액이 제26조 제4항에 규정된 특수관계에 있는 자와의 거래 등 그 가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우를 제외한다.

2. 당해 재산(법 제63조 제1항 제1호에 규정된 재산을 제외한다)에 대하여 2 이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 “감정기관”이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외하며,당해 감정가액이 법 제61조ㆍ법 제62조ㆍ법 제64조 및 법 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액의 100분의 80에 미달하는 경우(100분의 80 이상인 경우에도 제56조의 2 제1항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 감정평가목적 등을 감안하여 동 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 “세무서장 등”이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 상속세 또는 증여세 납세의무자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하다.

  • 가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액
  • 나. 평가기준일 현재 당해 재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액

③ 제1항 제2호의 경우에 있어서 납세의무자가 제시한 감정기관의 감정가액이 기획 재정부령이 정하는 기준에 미달하는 경우에는 당해 감정기관의 감정가액은 기획재정부령이 정하는 바에 따라 이를 제1항의 규정에 의한 감정가액으로 보지 아니한다.

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 재산과 면적ㆍ위치ㆍ용도 및 종목이 동일하거나 유사한 다른 재산에 대한 동항 각호의 1에 해당하는 가액이 있는 경우에는 당해 가액을 법 제60조 제2항의 규정에 의한 시가로 본다. (5) 상속세 및 증여세법 시행령 제50조 【부동산의 평가】

⑥ 법 제61조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 개별공시지가는 평가기준일 현재 고시되어 있는 것을 적용한다.

⑦ 법 제61조 제7항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 평가한 가액”이라 함은 1년간 임대료를 기획재정부령이 정하는 율로 나눈 금액과 임대보증금의 합계액을 말한다. (6) 상속세 및 증여세법 시행령 제51조 【지상권 등의 평가】

① 법 제61조 제5항의 규정에 의한 지상권의 가액은 지상권이 설정되어 있는 토지의 가액에 기획재정부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 당해 지상권의 잔존연수를 감안하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다. 이 경우 그 잔존연수에 관하여는 민법 제280조 및 제281조에 규정된 지상권의 존속기간을 준용한다. (7) 상속세 및 증여세법 시행령 제56조의2 【평가심의위원회에 의한 비상장주식의 평가 등】① 비상장주식의 평가에 있어서 다음 각호에 모두 해당하는 법인이 발행한 비상장주식과 관련하여 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조에서 “납세자”라 한다)가 법 제67조의 규정에 의한 상속세과세표준신고기한 만료 4월전(증여의 경우에는 법 제68조의 규정에 의한 증여세과세표준신고기한 만료 2월전)까지 제54조 내지 제56조의 규정에 의하여 평가한 가액 및 그 평가부속서류와 함께 제2항의 규정에 따른 국세청평가심의위원회 또는 제8항의 규정에 따른 지방청평가심의위원회(이하 이 조에서 “평가심의위원회”라 한다)에 신청하는 경우에는 제54조 내지 제56조의 규정에 불구하고 평가심의위원회가 심의하여 제시하는 평가가액에 의하거나 동 위원회가 제시하는 평가방법 등을 감안하여 계산한 평가가액에 의할 수 있다. 이 경우 납세자는 동일한 사안에 대하여 국세청평가심의위원회와 지방청평가심의위원회에 중복하여 신청할 수 없다.

1. 제53조 제6항의 규정에 의한 중소기업

2. 당해 법인의 자산ㆍ매출규모 및 사업의 영위기간 등을 감안하여 동종의 업종을 영위하고 있는 다른 법인(주권상장법인 등을 말한다)의 주식가액과 비교할 때 제54조 내지 제56조의 규정에 의하여 평가하는 것이 불합리하다고 인정되는 법인 (8) 상속세 및 증여세법 시행령 제10조 【채무의 입증방법등】

① 법 제14조 제4항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 입증된 것”이라 함은 상속개시당시 피상속인의 채무로서 상속인이 실제로 부담하는 사실이 다음 각호의 1에 의하여 입증되는 것을 말한다.

1. 국가ㆍ지방자치단체 및 금융기관에 대한 채무는 당해 기관에 대한 채무임을 확인할 수 있는 서류

2. 제1호 외의 자에 대한 채무는 채무부담계약서, 채권자확인서, 담보설정 및 이자지급에 관한 증빙 등에 의하여 그 사실을 확인할 수 있는 서류 (9) 민법 제280조 【존속기간을 약정한 지상권】

① 계약으로 지상권의 존속기간을 정하는 경우에는 그 기간은 다음 연한보다 단축하지 못한다.

1. 석조, 석회조, 연와조 또는 이와 유사한 견고한 건물이나 수목의 소유를 목적으로 하는 때에는 30년

2. 전호 이외의 건물의 소유를 목적으로 하는 때에는 15년

3. 건물 이외의 공작물의 소유를 목적으로 하는 때에는 5년 (10) 민법 제281조 【존속기간을 약정하지 아니한 지상권】

① 계약으로 지상권의 존속기간을 정하지 아니한 때에는 그 기간은 전조의 최단존속기간으로 한다.

② 지상권 설정당시에 공작물의 종류와 구조를 정하지 아니한 때에는 지상권은 전조 제2호의 건물의 소유를 목적으로 한 것으로 본다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점토지의 이용현황을 보면 OO광역시 OO구 OO동 소재 OO동주민센타 북측 인근에 위치하며, 부근은 노변으로 상가, 업무용빌딩 등 상업용부동산으로 이루어져 있고, 후면지는 주상용부동산 및 단독주택 등이 혼재하는 상가․주택 혼용지대로 나타나고 있으며, 쟁점①토지는 1981.3.2.(매매원인일 1965.10.10.) 피상속인이 취득한 후 2004.2.26. 1,644.4 지분 중 58을 장OOO에게 증여하였고, 쟁점②토지(2003.7.22. 쟁점①토지에서 분할)의 등기부등본에 의하면 1981.3.2.(매매원인일 1965.10.10.) 피상속인이 취득한 것으로 나타나고 있으며, 위 쟁점①, ②토지에 대하여 2002.10.30. OO농업협동조합이 전세권을 250,000,000원으로 설정한 후 2005.4.21. 350,000,000원(존속기간 2002.10.30.~2010.3.31.)으로 증액한 사실이 있고, 쟁점①토지(OO동 127-8번지)의 지상에는 1996.7.11. OO코아가 소유권보존등기한 철근콘크리트 및 철골조 샌드위치판넬지붕 지하 1층, 지상 4층 근린생활시설 및 업무시설, 의원 등 A동 건물(1층 금융업소 및 소매점 646.39㎡, 2층 사무소 및 일반음식점 580.81㎡, 3층 사무소 및 학원 575.64㎡, 4층 의원 548.88㎡, 지하 소매점 594.91㎡)이 소재하고 있는 것으로 나타나고 있으며, 쟁점①토지와 쟁점②토지(127-29번지)가 연결되는 지상에는 2003.12.3. OO코아가 소유권보존등기한 일반철골조 및 경량철골구조 샌드위치판넬 기타지붕 2층 근린생활시설 B동 건물(1층 일반음식점 264.6㎡, 일반음식점 367.04㎡, 게임제공업소 116.03㎡, 미용실 56.7㎡, 서점 99.55㎡, 사무소 11.84㎡, 사진관 1.44㎡, 2층 사무실 548.54㎡, 게임제공업소 548.54㎡, 사진관 137.87㎡)이 소재하는 것으로 나타나고 있으며, 쟁점②토지의 지상에는 피상속인이 건물을 신축하여 2004.3.24. 소유권보존 등기 접수한 후 OO코아에게 양도한 C동 건물이 소재하는 것으로 확인되고 있어 C동 건물은 토지와 건물이 동일인(피상속인) 소유로 있다가 건물만이 매매를 원인으로 소유자(OO코아)가 달라짐에 따라, 관습법상의 법정지상권이 성립된 사실에 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. (나) 청구인은 피상속인(장OO: 2009.5.21.사망)의 사망에 따른 상속세를 신고하면서 시가로 볼 수 있는 매매사례가액 등이 없어 개별공시지가로 평가하여 신고할 수 있었음에도 불구하고, 쟁점토지상에 특수관계자인 OO코아(주주들이 모두 피상속인의 가족들로 구성된 특수관계자) 소유인 쟁점건물이 소재하고 있어 쟁점건물이 쟁점토지에 미치는 영향을 반영한 정확한 시가를 산정하여 신고하고자 쟁점①토지와 쟁점②토지를 구분하여상속세 및 증여세법에서 규정하고 있는 두 곳의 감정평가법인OOO에 감정평가를 의뢰하여 〈표1〉과 같이 그 감정가액의 평균액인 2,344,336,500원(쟁점①토지는 1,752,972,000원, 쟁점②토지는 591,364,500원으로 개별공시지가로 평가한 가액의 83.4%)으로 평가하여 상속세를 신고한 것으로 나타난다. 〈표1〉청구인이 신고한 쟁점토지 감정평가 및 기준시가 비교 (단위: 원) 구 분 쟁점토지① 쟁점토지② 계 쟁점토지 면적 1,586.4㎡ 1,292.6㎡ 청구인이 신고한 감정평가액

① OO감정법인 1,745,040,000 594,596,000 2,339,636,000

② △△감정법인 1,760,904,000 588,133,000 2,349,037,000

③ 평균가액(①+②) 1,752,972,000 591,364,500 2,344,336,500 ㎡ 당 가액 1,105,000 457,500 기준시가 개별공시지가 (1,370,000/㎡) (493,000/㎡)

④ 기준시가 총액 2,173,368,000 637,251,800 2,810,619,800 감정가액(③) / 기준시가(④) 80.66% 0.93% 83.41 % (다) 처분청은 청구인이 감정하여 신고한 감정가액은 제약조건으로 작용한 건물소유자 OO코아의 주주들이 모두 피상속인의 가족들로 구성되어 있는 특수관계자로 재산권행사에 아무런 장애가 되지 않음에도 지상권 등을 고려하여 평가함으로써 보충적 평가방법에 의한 가액(2,810,619천원) 대비 감정평가 평균액(2,344,336천원)이 83.4%로 하락한 점으로 볼 때 합리적이고 객관적으로 시가가 아니라고 판단하여2010.3.29.비상장주식평가심의위원회의 설치 및 운영에 관한 규정 제22조 제1항 제3호의 규정에 따라 OO지방국세청에 상속재산의 평가에 대한 자문을 의뢰하여 2010.5.4. OO지방국세청장으로부터 공정하고 타당한 평가를 위하여 공신력 있는 감정평가기관에 재감정하여 평가하라는 심의위원회 심의결과를 통보받고, 〈표2〉와 같이 2010.5.10. OO감정원과 □□감정법인에게 2009.5.21. 기준으로 타인 소유건물이 토지의 사용․수익에 영향을 미치지 않는 것으로 볼 경우에 대한 감정의뢰를 한 결과 OO감정원의 감정가액(4,260,920,000원)과 □□감정법인의 감정가액 3,067,850,200원의 평균액인 3,664,385,100원을 쟁점토지의 시가를 산정한 것으로 나타난다. 〈표2〉처분청의 쟁점토지에 대한 감정가액 및 시가산정 내역 (단위: 원) 구 분 쟁점토지① 쟁점토지② 계 면 적 1,586.4㎡ 1,292.6㎡ 처분청이 재감정한 감정가액

① □□감정법인 2,347,872,000 719,978,200 3,067,850,200

② OO감정원 쟁점①,②토지 일괄평가 3,426,010,000

③ OO감정원 감정액 기준 세무서 조정가액 쟁점①,②토지 일괄평가 4,260,920,000

④ 원 감정평균액(①+②)

• 3,246,930,100

⑤ 세무서조정가액(①+③)

• 3,664,385,100 ㎡당 가액 1,272,797 ※ 세무서 조정가액 / 원 감정가액의 평균가액 112.86 % 상향 조정 기준시가 개별공시지가 (1,370,000/㎡) (493,000/㎡)

⑥ 기준시가 총액 2,173,368,000 637,251,800 2,810,619,800 원 감정가액 평균액(④) / 기준시가(⑥) 115.53% 세무서 조정 평균가액(⑤) / 기준시가(⑥) 130.37% (라) 상속세 및 증여세법 시행령제49조 제1항에 의하면, 상속재산의 평가원칙은 시가주의를 원칙으로 하나 당해 재산에 대하여 2 이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액도 시가로 보되, 다만 ① 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액, ② 평가기준일 현재 당해 재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액에 해당하는 감정가액은 시가로 보는 범위에서 제외하도록 규정하고 있으며, 또한 당해 감정가액이 상속세 및 증여세법 제61조 ㆍ법 제62조ㆍ법 제64조 및 법 제65조의 규정(보충적 평가방법)에 의하여 평가한 가액의 100분의 80에 미달하는 경우(100분의 80 이상인 경우에도 제56조의2 제1항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 감정평가목적 등을 감안하여 동 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 상속세 납세의무자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하는 것으로 규정하고 있다. (마) 상속개시일 현재 쟁점토지의 개별공시지가는 쟁점①토지의 경우 1,160,000원/㎡, 쟁점②토지의 경우는 488,000원/㎡로 확인되며, 인근유사토지의 매매사례가액을 보면 OO감정원의 감정서상 쟁점토지와 유사한 토지의 거래가액은 1,100,000원/㎡~1,200,000원/㎡로, 다른 감정법인(OO감정법인, △△감정법인)의 감정평가서상 쟁점토지와 유사사례가액은 665,000원~1,180,000원/㎡(쟁점①토지는 1,100,000원/㎡, 쟁점②토지는 665,000원/㎡)로 기재되어 있음이 확인된다. (바) 청구인과 처분청이 제시한 감정평가서를 보면, 쟁점①토지의 경우는 부정형 평지(개별공시지가 1,160,000원/㎡)이나 4개의 감정평가법인이 모두 정방형 평지인 OO동 125-5(개별공시지가 1,400,000원/㎡)를 비교표준지로 선택한 것으로 나타나고 있고, 쟁점②토지의 경우는 주상기타용도의 토지로 개별공시지가가 488,000원/㎡인 바, OO감정원을 제외한 3개의 감정평가법인은 모두 OO동 126-18(개별공시지가 510,000원/㎡)을 선택한 반면 OO감정원은 쟁점①토지와 쟁점②토지를 같은 토지형상 및 용도의 토지로 보고 다른 감정법인이 선정한 510,000원/㎡의 표준지가 아닌 쟁점①토지의 비교표준지와 동일한 상업용 토지인 OO동 125-5(개별공시지가 1,400,000원/㎡)를 선정함으로써 다른 감정법인의 평균가액 490,670원/㎡에 비해 699,330원/㎡이 높은 1,190,000원/㎡으로 높게 평가된 것으로 나타나며, 비교표준지에 대한 평가지수도 쟁점①토지의 경우 OO감정법인이 0.633, △△감정법인이 0.64, OO감정원이 0.684로 비교적 유사한 것으로 나타나고 있으나, 처분청이 감정의뢰한 □□감정법인의 경우는 쟁점②토지의 획지깊이(도로 한면 10m)가 쟁점①토지(각지 도로 22m10m)의 절반수준에 불과한 실정으로 2필지 이상의 토지 위에 하나의 건축물이 존재하는 것이 아니라 각 필지별로 용도, 규모, 층수가 상이한 개별 건물이 존재하는 상황임에도 개별요인 비교요소인 획지조건과 환경조건, 행정조건을 높게 부여함으로써 다른 감정법인에 비해 0.21 정도 높게 지수를 산정함으로 인해 ㎡당 가액이 쟁점①토지의 다른 감정법인 감정가액의 평균액(1,133,333원/㎡)에 비해 346,667원/㎡이, 개별공시지가(1,160,000원)에 비해 320,000원/㎡ 높게 평가된 것으로 나타나고 있다. (사) 청구인이 의뢰한 OO감정법인과 △△감정법인의 감정가액은 쟁점토지 평가시 타인 소유건물이 지가에 미치는 영향을 고려하여 시가를 산정함에 따라 쟁점①토지의 경우 1,100,000원~1,190,000원/㎡으로, 쟁점②토지의 경우는 455,000원~460,000원/㎡으로 평가하고 있는 반면, 처분청이 감정의뢰한 □□감정법인은 ‘감정가격 산출근거 및 그 결정에 관한 의견’을 “본 건 기호(1,2) 토지상에 별지 사진용지와 같이 제시외 건물이 소재하며 귀 제시 가격시점(2009년 5월 21일) 당시 상속전 토지소유자(피상속인 및 장OO)와 건물소유자(OO코아)가 상이하나, 건물소유자인 OO코아의 주주가 상속 전 토지소유자인 피상속인, 장OO 및 그 친인척인 특수관계인으로 구성된 것으로 제시되었고, 귀 세무서에서 토지소유자와 건물소유자의 관계를 참고하여 감정평가하여 줄 것”을 요청함에 따라 □□감정법인에서는 실제 타인건물이 존재하고 있으나 그 상황이 토지가액 결정에 미치는 영향이 불분명하다는 이유로 ‘토지상에 소재하는 건물에 구애없이 토지를 정상평가’함으로써 쟁점①토지는 다른 감정법인에 비해 300,000원/㎡이 높은 1,480,000원으로, 쟁점②토지는 다른 감정법인에 비해 102,000원/㎡이 높은 557,000원/㎡으로 감정한 것으로 나타나고 있고, OO감정원은 “본건 토지 중 일부 지상에 별지 사진용지와 같이 타인소유 건물이 소재하여 토지의 사용․수익에 영향을 미치고 있는 바, 이를 감안하여 평가한 것(3,426,010,000원)”으로 기재하면서 “일단의 타인소유 건물에 구애없이 토지를 평가할 경우의 단가(1,480,000원/㎡)를 토지평가명세표 비고란에 기재하였는바, 처분청은 타인소유 건물에 구애없이 토지를 평가할 경우의 단가(1,480,000원/㎡)를 적용하여 4,260,920,000원으로 산정한 후 □□감정법인의 감정평가액(3,067,850,200원)과의 평균가액인 3,664,385,100원을 쟁점토지의 시가를 산정한 것으로 나타난다. (아) 감정법인별 감정평가서상 감정평가 목적 기술 내용을 보면 청구인이 감정의뢰한 OO감정법인의 경우 “본건은 OO광역시 OO구 OO동 소재 OO프라자 북측 근거리에 위치하는 상업용 토지에 대한 일반거래(OO세무서 제출용) 목적의 감정평가”로, △△감정법인의 경우는 “본건은 OO광역시 OO구 OO동 소재 OO프라자 북측 인근에 위치하는 상업용 토지로서 일반거래(OO세무서 제출용)목적으로 감정평가”로, 처분청이 감정의뢰한 □□감정법인의 경우는 “본건은 OO세무서에서 의뢰한 OO광역시 OO구 OO동 소재 OO동주민센터 북서 인근에 위치하는 토지에 대한 일반거래(시가참고용) 목적의 감정평가”로, OO감정원의 경우 “본 평가는 OO광역시 OO구 OO동 소재 OO동주민센터 북측 인근의 제2종 일반주거지역내에 위치한 상업․업무용 토지에 대한 조세목적의 감정평가”로 기재되어 있다. (자) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 개별공시지가는 토지특성조사표상의 조사항목에 의해서만 조사 산정하여 결정ㆍ공시하고 지상권설정 등 부동산등기법상의 권리관계는 개별공시지가를 산정함에 있어서 조사사항이 아닌 것으로(국심2003서3869, 2004.4.28., 참고) 지상권이 설정된 토지에 대해 개별공시지가를 이용하여 상속재산가액으로 평가하는 경우 개별공시지가에는 지상권설정 상황이 반영되지 않은 가액이며 지상권 상당액을 상속재산가액에서 공제하여 평가함이 타당한 것이라는 점(국심 2003서3869, 2004.4.28. 참조), 상속세 및 증여세법 시행령제49조에 의하면 당해 재산에 대하여 평가기준일 전후 6월 이내의 2 이상의 감정기관이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액을 시가로 보도록 규정하면서 다만, 보충적 평가방법에 의한 가액의 100분의 80에 미달하는 경우에 세무서장이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액을 시가로 볼 수 있도록 규정하고 있는 바, 청구인이 제시한 감정가액이 보충적 평가가액 대비 80%를 상회하고 있는 점, 같은 령 제1항 제1호 나목에 의하면 “평가기준일 현재 당해 재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액”은 시가로 볼 수 없는 것으로 규정하고 있는바, 쟁점토지 소유자와 위 지상 건물의 소유자는 비록 특수관계자이지만 엄연히 다른 것이므로 토지소유자와 건물소유자를 동일시할 수 없는 것이라는 점, 개인소유 토지위에 법인이 건물을 신축하면서 발생되는 이익은 처분청의 처분내역과 같이 토지무상사용이익으로 보아 과세하는 것은 별론으로 하더라도 □□감정법인을 제외한 3개 감정법인이 기술한 바와 같이 쟁점토지는 위 지상건물에 영향을 받는다고 볼 수 밖에 없어 이를 고려하여 평가함이 타당한 것임에도 청구인이 제시한 감정가액은 쟁점토지상에 타인건물이 존재하고 있어 쟁점토지의 사용․수익에 영향을 미치는 점을 반영하여 평가한 반면 처분청이 제시한 감정가액은 동 사항을 반영함이 없이 평가함으로써 개별공시지가(지상권이 반영되지 않은 가액)보다 높게 평가된 점, 또한 쟁점②토지의 획지깊이(도로 한면 10m)는 쟁점①토지(각지 도로 22m10m)의 절반수준에 불과한 실정으로 2필지이상의 토지 위에 하나의 건축물이 존재하는 것이 아니라 각 필지별로 용도, 규모, 층수가 상이한 개별 건물이 존재하는 상황이며, 쟁점②토지는 쟁점①토지에 비해 ㎡당 가액이 약 40% 정도에 불과할 정도로 현저히 낮은 가격으로 나타나고 있는 등 쟁점①토지와 쟁점②토지는 각각 토지의 위치와 형상, 인접 도로상태, 토지의 이용상황 등 토지의 가치를 결정하는 요인들이 서로 달라 필지별 개별요인을 반영한 적정한 감가를 적용하여 단위당 가액을 산정하여야 하는 상황임에도 OO감정원의 경우 다른 감정법인과는 달리 쟁점①토지와 쟁점②토지가 같은 용도로 이용되고 있다는 이유로 하나의 단지로 판단하여 쟁점①토지와 쟁점②토지를 일괄평가함으로써 다른 감정법인의 감정가액에 비해 높게 감정된 결과로 나타나고 있는 점 등으로 볼 때 처분청이 쟁점토지상에 소재하고 있는 건물이 특수관계자 소유라 하여 건물이 토지에 미치는 영향이 없다고 보아 청구인이 제시한 감정가액을 부인하고 재감정한 가액을 시가로 보아 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (차) 예비적 청구는 주위적 청구가 받아들여짐으로써 심리실익이 없으므로 심리생략한다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) OO코아는 개업일 이후 2005.4.26.까지 피상속인이 대표이사로 재직하다가 2005.4.27. 상속인 중 1인인 청구인 장OO로 변경되었으며, OO코아에게 귀속될 임대보증금 및 월 임대료는 건물소유자 OO코아와 토지소유자 피상속인간에 임대료 구분 수수없이 OO코아의 예금계좌가 아닌 대표자 개인(청구인) 통장으로 입금되다가 상속개시일 이후에 이르러 임대보증금과 월 임대료가 구분기장한 것으로 처분청이 확인한 것으로 나타나고 있으며, 피상속인은 쟁점부동산의 임대에 대하여 간이과세자(1995.8.10. 사업개시)로 사업자등록을 하였으나 개업일부터 상속개시일까지 부가가치세 무실적으로 신고하였다가 상속세신고시 상속인들이〈표3〉와 같이 임차인들과 건물․토지에 대해 각각 임대계약을 체결한 계약서OOO를 첨부하고 토지에 대한 임대보증금을 소급계산한 소득금액으로 2009.6.1. 수정신고하여 부가가치세 999,000원을 납부하고 상속세 신고시 아래와 같이 임대보증금 580,000,000원을 상속채무로 신고한 것으로 확인된다. 〈표3〉상속세 신고시 상속채무로 공제한 내역 (단위: 원) 구분 임차인 상호 성명 입주일 임차인 퇴거예정일 토지분 임대보증금 비고 1 OO생활용품 곽OO 2007.12.1 2012.12.1.(60개월) 20,000,000 총 30백만원 중 토지분 2 OOO마트 김OO 2009.04.21 2012.04.21.(36개월) 30,000,000 총 30백만원 전체 3 OO쥬니어 조OO 2007.04.30 2010.04.30.(36개월) 10,000,000 총 20백만원 중 토지분 4 OOO약국 이OO 2008.09.01 2010.09.01.(24개월) 30,000,000 총 30백만원 전체 5 OO농협 김OO 2005.04.01

• 350,000,000 전세권 설정 등기 6 OOO의원 김OO 2004.11.17 2009.11.17.(60개월) 130,000,000 총 150백만원 중 일부 7 OO학원(주) 신OO 2005.09.20 2010.9.20.(60개월) 10,000,000 총20백만원 중 일부 합 계 580,000,000 (나) 처분청은 2005.4.21. 피상속인의 쟁점토지에 대한 전세권설정 등기가 완료된 1건 350,000,000원을 뺀 나머지 쟁점임대보증채무 230,000,000원은 OO생활용품 곽OO이 2007.11.14. 3,000,000원과 2007.11.30. 27,000,000원을, OOO약국 이OO이 2008.8.26. 30,000,000원을, OOO마트 김OO이 2009.4.7. 3,000,000원을, 2009.5.4. 27,000,000원을, OO학원(주)가 2005.9.20. 20,000,000원을 입금하는 등 건물소유자 OO코아의 대표이사인 청구인(장OO) 명의 OO농협 OO지점 예금계좌(계좌번호 453009-OO-OOOOO)에 입금한 사실을 확인한 것으로 나타난다. (다) 처분청이 제시한 상속세 조사복명서에 의하면, 쟁점부동산 위에 특수관계자인 OO코아 소유의 쟁점건물이 존재하고 있으나 상호간에 임대차 계약내용은 없고, 건물소유자가 토지소유자에게 임대료를 지급한 내역도 없는 것으로 조사하여 부동산무상사용에 따른 토지사용료 상당액이 법인에 대한 자산수증익에 해당된다 하여 각 사업연도별 무상사용이익을 계산한 과세자료를 통보한 것으로 확인된다. (라) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 거주자의 사망으로 인하여 상속이 개시되는 경우에는 상속개시일 현재 피상속인이나 상속재산에 관련된 임대보증금 등 채무는 상속재산의 가액에서 차감할 수 있는바, 임대보증금 등 특정채무에 대하여 상속재산의 가액에서 이를 차감받기 위해서는 상속개시 당시 피상속인의 채무로서 상속인이 실제로 부담하는 사실이 증빙 등에 의하여 입증되어야 하는 것으로(국심 2003서372, 2003.7.10. 참조), 건물소유주와 토지소유주가 다른 경우 토지와 건물의 소유자가 공동사업형식으로 임대차계약 체결 및 임대보증금 등을 공동으로 관리한 사실이 있는 경우에는 각 귀속분에 따라 부채가 존재하는 것으로 보는 것이 타당하나, 이를 입증하지 못하는 경우 일반적으로 건물임차인은 건물임차권 범위내의 건물에 대하여만 사용․수익권이 있으며, 이 경우 건물소유주는 건물임차인으로 하여금 건물을 사용수익하게 할 적극적인 의무가 있고, 건물소유주와 건물임차인은 채권․채무관계가 성립하는 반면에 토지소유주는 건물임차인이 건물을 사용․수익할 권리에 따른 토지를 사용하게 할 단순한 수인의무만 있을 뿐 토지소유주와 건물임차인간에는 아무런 채권․채무관계가 성립되는 것이 아니며, 건물임차인은 어디까지나 건물소유주의 건물소유권에 대하여만 임차하였지 토지를 사용․수익할 수 있는 토지임차권까지 부여받고 있는 것은 아니므로 이 경우 임대보증금은 건물에 대한 임대보증금으로 보는 것이 타당하다 할 것인 바(국심 2006중1526, 2006.9.25. 같은 뜻), 비록 청구인이 쟁점임대보증채무가 피상속인과 OO코아에 대한 채무라고 진술하면서 임대차계약서와 임차인들의 확인서를 제시하고 있으나 처분청이 쟁점임대보증채무 및 월세의 수령 등에 조사결과를 보면 피상속인이 아닌 OO코아의 대표이사인 청구인(장OO) 명의 OO농협 OO지점 예금계좌에 입금한 사실이 나타나고 있는 반면에 청구인은 쟁점임대보증채무가 실제 피상속인에게 귀속된 사실을 입증하지 못하고 있는 점 등으로 볼 때 처분청이 쟁점임대보증채무의 귀속자를 피상속인이 아닌 OO코아로 보아 상속채무를 부인하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)