비영리법인이 양도한 토지 중 농지 및 임야 외의 토지로서지방세법규정에 의거 분리과세된 사실이 확인되는 토지는 비사업용 토지에서 제외함이 타당함.
비영리법인이 양도한 토지 중 농지 및 임야 외의 토지로서지방세법규정에 의거 분리과세된 사실이 확인되는 토지는 비사업용 토지에서 제외함이 타당함.
○○○세무서장이 2010.11.8. 청구법인에게 한 법인세 2005사업연도분 66,646,800원, 2006사업연도분 49,115,770원, 2007사업연도분 194,227,490원 (토지 등 양도소득에 대한 법인세 104,036,620원 포함), 2008사업연도분 26,654,660원(토지 등 양도소득에 대한 법인세 7,803,270원 포함), 2009사업연도분 39,339,520원의 각 부과처분은,
1. 비사업용토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 부과한 2007년 및 2008년 양도토지 11필지 중 농지, 임야 외의 토지로서지방세법규정에 의거 분리과세된 7필지 토지○○○에 대한 양도차익 165,070,640원(2007년 162,410,000원, 2008년 2,660,640원)은 각 사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세특례대상 양도차익에서 제외하는 것으로 하여 과세표준과 세액을 경정하고,
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 청구법인이 비영리재단인 종교단체임에도 불구하고 세무조사 사전통지 없이 조사를 실시한 바 있고, 청구법인은 조사대상자 선정 및 세무조사계획에 대한 내부결정 내용을 납세자의 권리에 따라 공개청구를 하였으나 통보받지 못하는 등 국가기관에서 하는 세무조사 절차 등에 중대한 하자가 있으므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다. (2)조세특례제한법제104조의13 규정에서 향교재산은 각 향교별로 소유한 것으로 본다고 되어 있으므로 각 향교별이 아닌 청구법인에게 통합하여 세무조사를 실시한 것은 부당하고, 최소의 비용으로 근근히 유지하는데도 불구하고 각 향교별로 발생하는 비용을 무시한 채 전체 수입금액에 대해 법인세를 부과하였으므로 이 또한 부당한 과세처분이다.
(3) 청구법인은 매매·수용에 따라 법인세가 부과된 고정자산을 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한바 있어,법인세법제62조의2의 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 특례규정 적용 대상이므로 고정자산 처분과 관련된 법인세 부과부분은 취소되어야 한다.
(4) 토지의 매매 및 수용 관련 매각대금이나 수용보상금이 지방자치단체장의 승인을 득한 후 대체재산으로 조성되거나 적립되는 등 고유목적사업에 사용된 바 있고, 소득세법 시행령등 6개 시행령의 개정으로 향교재산에 대해 2009년부터 종합부동산세를 비과세하고 있으므로 2007년 및 2008년 중 양도한 일부 토지에 대해 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가하여 부과한 것은 부당하다.
(1) 청구법인은 2010.9.17.자로 처분청으로 사전통지없이 실시한 세무조사에 대한 부당성을 제기하는○○○공문을 발송하였고, 처분청에서는 이에 대하여 2010.9.20.자로 세무조사 정당성을 주 내용으로 하는 사실확인에 대한 회신을 4개 항목으로 구별하여 발송하였는바, 처분청에서 회신한 내용과 같이 청구법인이 주장하는 세무조사 관련 절차적 부당성은 사실에 근거하지 않은 내용이므로 이유없다.
(2) 청구법인은 향교재산의 관리와 운영을 위하여 향교재산법 제3조 에 의하여 설립된 법인으로 청구법인의 수익사업인 자산의 임대료, 고정자산 처분이익 그리고 예금이자 수입은 청구법인의 소유로 되어 있는 부동산 및 예금이 그 원천이고, 이는 청구법인의 책임·관리하에서 운영되는 수익으로 법인세법 제3조 에 의거하여 발생하는 수익사업에 대한 법인세 납세의무는 각 향교가 아닌 청구법인에게 귀속되는 법인세 납세 의무사항이라 할 것이고, 청구법인이 주장하는조세특례제한법제104조의13(향교 및 종교단체에 대한 종합부동산세 과세특례) 일부 내용은 종합부동산세의 과세의 경우에만 개별단체(향교나 종교단체)의 소유로 본다는 내용으로 법인세 과세의 경우에는 적용할 수 없다 할 것으로 수익사업에 대한 법인세 납세의무자를 각 향교별이 아닌 청구법인으로 하여 법인세를 조사하고 부과처분한 것은 달리 잘못이 없다. 또한, 청구법인은 수익사업에 대한 법인세를 계속적으로 무신고하여 왔는바, 청구법인에 대한 2005~2009 사업연도 법인세 부과처분시 청구법인이 결산하여 이사회 의결과 감사를 거쳐 지방자치단체에 보고한 세입·세출 사업실적서를 근거로 수익사업에서 발생하는 자산 임대료, 예금이자수입 그리고 고정자산처분 매각액(실지거래가액)을 익금으로 수익 사업금액을 확정하고, 세출항목에서 석전비 등 고유목적사업비를 제외한 회의비, 사무비, 잡지출을 공통손금으로 하고, 고정자산 매각에 대한 장부가액 등을 개별손금으로 하여 수익사업에 대한 비용으로 구분하여 손금산입하는 등 각 비용을 고려하여 법인세 소득금액을 계산하였으므로 각 향교에서 발생하는 비용을 무시하고 전체 수입금액으로 법인세를 부과처분하였다는 청구주장은 이유없다. (3)법인세법제3조 제3항 제5호에서 말하는 “고유목적에 직접 사용한 토지 등”이라 함은 고유목적 사업을 수행할 목적으로 설치된 시설물에 직접 사용한 토지를 이르는 것으로, 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말하는 것이라 할 것인바, 청구법인이 2005년부터 2009년까지 매매·수용 등으로 매각한 토지는 직접 고유목적사업에 사용되지 않고 일부는 청구법인이 임차인에게 임대한 수익성 자산이므로 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 고정자산 처분이익을법인세법제3조에 따라 법인세 과세 소득으로 법인세 부과처분함은 달리 잘못이 없고, 또한, 청구법인은 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인으로법인세법제62조의2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례) 규정을 적용받아야 한다고 주장하나, 청구법인은법인세법제3조 제3항에 규정하는 수익사업(임대수익 등)을 영위하는 비영리법인이므로, 상기 규정에 따라 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 적용을 받기는 어렵다.
(4) 청구법인이 소유하다 2005년부터 2009년까지 매매·수용 등으로 매각한 토지는 타인에게 임대를 하는 등 직접 고유목적사업에 사용하지 아니한 토지로지방세법제186조(용도구분에 의한 비과세) 단서 조항에 의거 재산세 부과 대상이며, 비사업용 토지 판정기준으로 사용기준(임대)에 미흡하거나 일부 토지는 지목이 대지인 비사업용 토지에 해당하는 바, 매각 처분된 토지 중 하천·구거 등 재산세 비과세 대상 토지나 취득일이 사업인정고시일로부터 5년 이전 취득한 토지 등에 해당하는 양도소득에 대하여는 과세에서 제외한 바 있으므로 청구주장은 이유 없다.
② 각 향교별이 아닌 청구법인에게 통합하여 세무조사를 실시하여 과세한 것은 부당하고, 각 향교별로 발생하는 비용을 무시한 채 전체 수입금액에 대해 법인세를 부과하였으므로 이 또한 부당하다는 청구주장의 당부
③ 매매·수용에 따라 법인세가 부과된 고정자산을 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하였으므로 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례를 적용받아야 한다는 청구주장의 당부
④ 2007년~2008년 중 양도한 일부 토지에 대해 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 부과한 것은 부당하다는 청구주장의 당부
1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우 제81조의7【세무조사의 사전통지와 연기신청】① 세무공무원은 국세에 관한 조사를 위하여 해당 장부, 서류 또는 그 밖의 물건 등을 조사하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 10일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지하여야 한다. 다만, 범칙사건에 대하여 조사하는 경우 또는 사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다. 【 쟁점② 관련 】 (2) 조세특례제한법 제104조의13 【향교 및 종교단체에 대한 종합부동산세 과세특례】① 대통령령으로 정하는 개별 향교 또는 개별 종교단체(이하 이 조에서 “개별단체”라 한다)가 소유한 주택 또는 토지 중 개별단체가 속하는 향교재산법에 따른 향교재단 또는 대통령령으로 정하는 종교단체(이하 이 조에서 “향교재단 등”이라 한다)의 명의로 2005년 1월 4일 이전에 조세포탈을 목적으로 하지 아니하고 등기한 주택 또는 토지(이하 이 조에서 "대상주택 또는 대상토지" 라 한다)가 있는 경우, 대상주택 또는 대상토지를 실제 소유한 개별단체를 종합부동산세법 제7조 제1항 및 제12조 제1항에도 불구하고 과세기준일 현재 각각 주택분 재산세 납세의무자 및 토지분 재산세 납세의무자로 보아 개별단체가 종합부동산세를 신고할 수 있다. 이 경우 대상주택 또는 대상토지는 종합부동산세의 과세에 한하여 개별단체의 소유로 본다. (3) 향교재산법 제2조 【정의】이 법에서 “향교재산” 이란 향교를 유지하고 운영하기 위하여 조성된 동산과 부동산, 그 밖의 재산을 말한다. 제3조【재단법인의 설립 등】ⓛ 관할 구역에 있는 향교재산의 관리와 운영을 위하여 특별시·광역시·도 및 특별자치도(이하 “시·도”라 한다)마다 재단법인을 설립한다. 제4조【매매 등의 금지】향교재산은 이 법에 따르지 아니하고는 매매, 양여, 교환, 담보제공, 그 밖의 처분을 할 수 없다. 제6조【향교재단의 수입의 사용】ⓛ 향교재단의 재산에서 생기는 수입은 다음 각 호의 목적외에는 사용할 수 없다.
2. 관할 시·도에 있는 각 문묘의 유지
3. 교육이나 그 밖의 문화사업의 수행
② 향교재단은 매년도 재산에서 생기는 수입 총액의 100분의 10에 해당하는 금액을 성균관에 내야 한다.
③ 향교재단은 제2항에 따른 금액과 그 밖의 적립금 등을 제외한 순수입액의 100분의 80 이내에 해당하는 금액을 교육이나 그 밖의 교화사업에 사용하여야 한다. 제8조【허가사항】ⓛ 향교재단은 다음 각 호의 어느하나에 해당하는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 특별시장·광역시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 “시·도지사”라 한다)의 허가를 받아야 한다.(단서 생략)
1. 향교재산 중 동산이나 부동산을 처분하거나 담보로 제공하려는 때
2. 향교의 운영상 그 예산의 범위에서 차입을 하거나 제3자를 위하여 채무를 보증하려는 때
3. 향교의 건물과 그 대지의 용도를 변경하거나 제5조에 따른 향교재단의 목적 외의 다른 목적으로 사용하려는 때
4. 향교의 건물(부속건물을 포함한다)의 개축, 증축, 이축, 이전, 제거, 그 밖에 중요한 변경행위를 하거나 향교의 대지에 대하여 중요한 변경행위를 하려는 때
5. 향교의 건물이나 대지에 대하여 제5조에 따른 향교재단의 목적을 위한 사용을 폐지하려는 때 【 쟁점③ 관련 】 (4) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지 등 양도소득
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 소득세법 제16조 제1항 에 따른 이자소득
3. 소득세법 제17조 제1항 에 따른 배당소득
4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다. 1.소득세법 제94조 제1항 제3호 에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식 등
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
3. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산
② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.
③ 제2항을 적용할 때 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 소득세법 제95조 제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.
④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 소득세법 제96조 부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다.(단서생략)
⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 소득세법 제101조 및 제102 조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.
⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항을 준용한다.
⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 소득세법 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 제112조의2를 준용한다.
⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.
⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류" 라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다.(단서 생략)
② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 【 쟁점④ 관련 】
(6) 법인세법(2009.5.21. 법률 제9673호로 개정된 것) 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지" 라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다. 가.산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지
③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (7) 법인세법 시행령 제92조의3 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
③ 법 제55조의2 제2항 제1호 가목 단서에서 “ 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.
5. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 지방세법 제186조 제1호 본문의 규정에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 농지 제92조의6 【임야의 범위 등】
④ 법 제55조의2 제2항 제2호 다목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
5. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 지방세법 제186조 제1호 본문의 규정에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 임야
7. 그 밖에 토지의 소유자, 소재지, 이용상황, 소유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있는 임야로서 기획재정부령이 정하는 임야 제92조의8【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】
① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 “법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
13. 그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지
(8) 구 지방세법 제186조 【용도구분에 의한 비과세】 다음 각호에 규정하는 재산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산. 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축중인 경우와 건축허가후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다. 제182조【과세대상의 구분】
① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각목의 1에 해당하는 토지
(9) 구 지방세법 시행령 제136조 【수익사업의 범위 등】
① 법 제186조 각호외의 부분 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다.
② 법 제186조 제1호에서 “대통령령이 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다. 제78조의2【수익사업의 범위】
① 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 법인세법 제3조 제2항 의 규정에 의한 수익사업을 말한다. 제79조【비영리사업자의 범위】
① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.
1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체
(1) 청구법인에 대한 이 건 법인세 세무조사 절차와 관련된 사실관계 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2010.9.17. 처분청에 “청구법인 세무조사에 따른 사실확인”이라는 제목으로 처분청이 세무조사에 앞서 사전통지를 하지 않은 경위 및국세기본법제81조의4 내지 제81조의8의 사항을 준수하였는지 여부, 대상자 선정 및 세무조사계획에 대한 내부결정 내용을 공개요구한 사실이 관련 공문○○○에 나타난다. (나) 이에 처분청은 2010.9.20. 청구법인에게 “세무조사 사실확인에 대한 회신이라는 제목”으로 회신(조사과-959호)을 하였는바, 그 내용을 보면, 세무조사 대상자 선정은 국세기본법 제81조의6 제2항 제1호 ‘납세자가 세법에서 정하는 신고 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우’에 해당되는 비정기조사대상자 선정이고, 청구법인은국세기본법제81조의7 제1항 단서에 규정하는 ‘사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우’에 해당하여 세무조사 사전통지를 생략하였으며, 세무조사계획에 대한 내부결정내용 공개청구는공공기관의 정보공개에 관한 법률제9조 제1항 제2호 ‘조세정책의 기획 또는 입안 서류’에 해당되어 비공개하였고,국세기본법제81조의4 내지 제81조의8 규정을 준수하여 필요한 최소한의 범위와 조사기간 등을 설정하여 다음과 같이 세무조사를 실시하였다고 회신하였다.
(2) 처분청의 청구법인에 대한 법인세 통합조사 종결보고서(2010년 8월 작성)의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인의 운영현황을 보면, 청구법인은향교재산법제3조에 의거하여 설립된 공익법인으로 각 향교의 문묘와 재산을 보존 관리하고, 교육 및 교화사업을 경영하여 유교 진흥과 문화의 발전을 도모함을 그 목적으로 하며, 주 사업은 도내 각 향교와 재산의 보존관리, 석전대제 행사의 계승발전, 육영사업의 경영, 유교 교육 및 사회교화 운동 등이고, 청구법인과 각 향교는 이사회를 구성하고 있고 보유 부동산은 청구법인 명의로 등기되어 있으며, 도청의 승인을 받은 부동산 매각 등으로 발생하는 적립금 또한 청구법인 명의로 예치되어 이후 각 향교에서 건축물 수선 등 예치금 요청이 있을 때 법인 이사회의 승인과 지방자치단체장의 사용승인을 받아 사용하고 있고, 또한, 매년 발생하는 기본재산의 과실금과 찬조금 등 경상비는 법인 사무국 및 각 향교의 운영 경비로 사용되며, 청구법인과 각 향교는 익년도 세입·세출 예산안, 사업계획서와 당해연도 사업실적서, 세입·세출 결산서를 각 향교별로 감사 및 이사회 승인을 받아 청구법인에 제출하고 청구법인은 이를 합산 결산하여 이사회 의결을 거쳐 도청에 결산 보고하고 있고, 청구법인은 현재 도내 18개 향교를 두고 있으며, 각 향교 전교에게 재산의 보존관리, 경상비의 출납 등 법인 사무 일부를 위임하여 운영하고 있는 것으로 조사하였다. (나) 청구법인의 조사대상 사업연도의 수익사업별 총 수입금액 내용은 아래 <표1>과 같고, 이에 대응하는 총 원가산정 내용은 <표2>와 같으며, 사업연도별 수입금액과 비용의 세부사항은 <표3>와 같은 바, 처분청은 청구법인이 이전부터 보유하고 있는 자산(토지 및 건물)에서 발생하는 임대료, 법인 보유 예금에서 발생하는 이자 수입 그리고 직접 고유목적사업에 사용하지 않은 토지 등 부동산을 매매하거나 수용으로 발생하는 고정자산 매각액에서 취득가액을 차감한 고정자산 처분이익을법인세법제3조 1항 및 같은 법 제3항에 의거 과세대상으로 하였고, 청구법인은 수익사업에 대한 법인세를 무신고하였기에 각 사업연도 청구법인의 결산자료를 근거로 결산서상 세출항목에서 고유목적사업비를 제외한 회의비(공통손금), 사무비(공통손금), 재산매각 취득가액(개별손금), 잡지출(공통손금), 감가상각비(개별손금)를 수익사업에 대한 비용으로 구분경리하여 조사하였다.○○○ (다) 자산매각 관련 수입·비용의 경우, 2005년부터 2009년 동안 청구법인이 보유하고 있던 토지 48필지를 양도한 것으로 확인되어 이에 대한 양도계약서상 실거래가액(협의취득 수용시 보상가액)을 양도가액으로 하고,법인세법부칙(1998.12.28. 법률 제5581호로 개정된 것) 제8조 제2항의 의제취득가액을 취득가액으로 하여 고정자산 처분이익을 산정하였고, 의제취득가액을 고정자산 매각액에 대한 개별 손금으로 차감하였으며, 결산서상 회의비, 사무비, 잡지출은 각 향교 및 청구법인의 고유목적사업과 수익사업에 관련된 사무관련 공통비용으로, 청구법인 및 각 향교 사무국 소속 직원(각 향교 전교 등 포함)은 석전대제 행사 등 고유목적사업에 대한 업무 뿐만 아니라 부동산 매각 관련 업무, 토지 등 자산에 대한 임대료 부과·징수 사무 그리고 자산 관리업무 등 수익 사업 관련 업무를 같이 보고 있어, 공통손금 안분시 수입금액 기준으로 하면 비영리부분의 수입금액이 없고 개별 손금으로 하면 수익사업 부문의 경비가 거의 없어 합리적인 배분이 불가능하므로 청구법인의 업무분장 내용을 참고로 같은 비율로 공통손금을 안분계산하는 것으로 조사하였다. 또한, 청구법인이 각 사업연도 법인세를 무신고하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하지는 않았으나 수익사업에서 생긴 소득을 당해 법인의 고유목적사업비로 직접 지출하였기 각 수익사업에 대한 고유목적준비금 설정 한도내에서 고유목적사업비로 지출된 비용을 손금산입하는 것으로 조사하였다. (라) 한편, 법인세법제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례) 규정에 의거 청구법인이 2005년부터 2009년까지 기간 동안 양도한 부동산 48필지에 대해 양도소득을 산출하여 비사업용토지에 해당하는 아래 <표4>의 2007년 및 2008년 양도분 11필지에 대해서는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 경정결정(2007년 104,036,620원, 2008년 7,803,270원)하였는바, 2007년 양도분 비사업용토지의 양도차익은 207,137천원이고 2008년 양도분 비사업용토지의 양도차익은 16,623천원이며, 전체 48필지 부동산 중 비사업용토지인 하천·구거 등은 지방세 비과세 대상토지로 제외하였고, 토지 등 부동산 양도 관련 법인세 관련 규정 개정 내용에 따라 취득일이 사업인정고시일로부터 5년 이전 취득한 토지이거나 부동산 투기지역내 비사업용 토지에 해당하는 양도소득에 대하여는 과세에서 제외하는 것으로 조사하였다.
○○○
(3) 청구법인 정관의 주요 내용을 보면, 제3조에서 본 법인은 ○○○내 각 향교의 문묘와 재산을 보존 관리하며 교육 및 교화사업을 경영하여 유교진흥과 문화의 발전을 도모함을 그 목적으로 한다고 하고 있고, 제4조에서 본 법인은 제3조의 목적 달성을 위하여 도내 각 향교와 재산의 보존관리, 석전대제 행사의 계승발전, 육영사업의 경영, 유교교육 및 사회교화 운동, 목적사업을 위한 도서의 간행, 기타 이에 부대된 사업을 영위한다고 하고 있고, 제18조에서는 본 법인의 재산은 토지, 건물 등 부동산 및 기타 이사회에서 정한 재산으로써 기본재산과 현금 기타 동산과 기본재산 이외의 재산으로써 보통재산으로 구분한다고 규정하고 있으며, 제19조에서 법인의 기본재산을 처분(매도, 증여, 교환, 담보제공 등을 포함한다)하고자 할 때에는 이사회의 의결을 거쳐 ○○○의 허가를 받아야 한다고 하고 있고, 제20조에서 본 법인사무국과 각 향교의 운영경비는 기본재산의 과실금과 보조금 및 찬조금으로 충당한다고 하고 있으며, 제22조에서 법인사무국 및 각 향교의 경상수입금은 금융기관에 본 법인계좌 또는 향교별로 예치하여 출납하여야 하고, 법인의 기본재산을 매각한 대금은 금융기관에 본 법인계좌로 일괄 적입하여야 한다고 하면서, 법인사무의 위임과 관련하여 제30조에서는 각 향교 전교에게 재산의 보존관리, 경상비의 출납 등 법인사무 일부를 위임하며 위임할 사항은 별도의 규정으로 정한다고 규정하고 있다.
(4) ○○○ 문화예술과 업무담당 공무원이 확인한 청구법인의 향교재산 처분관련 업무처리 기준 확인서에 의하면, ○○○의 향교재산 처분 업무처리와 관련하여 재단법인 ○○○의 재산처분 허가시 향교재산법, 문화체육관광부의 종교행정 업무편람의 제규정, 향교재단의 정관 등을 검토한 후 허가하고, 허가서에 대체재산 확보와 향교 고유목적으로 사용할 것을 허가조건으로 명시하였고, 충청북도 향교재단에서는 허가조건에 따라 절차를 이행하였음을 확인한다고 하고 있다.
(5) 청구법인의 사업실적 및 사업계획서 주요 내용(실적 2008년, 계획 2009년분 예시)을 보면, 석전봉행, 교화선전(효열 및 선행표창, 도의선양강연회, 유도회 육성, 유교신문 보급), 교육연구(충효교실운영, 학원운영, 장학금지원 및 기로연), 재산관리(교궁 및 건물보수, 관리환경 정화, 제기 및 비품구입, 기본재산조성), 회의(총회 및 임원회), 향교지 편찬 등으로 기재되어 있다.
(6) 처분청이 비사업용 토지로 본 토지의 지방세(재산세) 과세 현황을 보면, 아래 <표5>와 같이 과세된 것으로 연도별 정기과세내역서상 나타나는 바, 과세코드는 행정안전부 지침서에 나타난 코드번호로 대분류 코드 03은 분리과세를 의미하고 03코드의 하위분류 코드로 소분류 코드 02는 실제영농에 사용된 농지 등을, 소분류 04는 임야 중 분리과세대상을, 소분류 20은 비영리사업자용 토지를 의미하는 것으로 기재되어 있다.○○○
(7) 위 사실관계 등을 종합하여 먼저, 쟁점ⓛ에 대해 살펴본다. (가) 청구법인은 본인이 비영리재단인 종교단체임에도 불구하고 처분청이 세무조사를 함에 있어 사전통지도 없이 조사를 실시하였고, 청구법인이 조사대상자 선정 및 세무조사계획에 대한 내부결정 내용을 납세자의 권리에 따라 공개청구를 하였음에도 통보받지 못하는 등 세무조사절차에 중대한 하자가 있으므로, 이 건 부과처분은 취소되어야 한다는 주장이다. (나) 살피건대, 처분청은 청구법인이 2010.9.17. 사전통지없이 실시한 세무조사에 대해 부당성을 제기하는 내용의 ○○○ 공문을 발송한데 대해, 2010.9.20. 세무조사의 절차적 정당성을 주 내용으로 하는 “사실확인에 대한 회신” 공문을 위의 사실관계 (1)에 기재된 내용과 같이 4개 항목으로 구별하여 발송한 사실이 확인되는바, 세무조사에 있어 절차상의 중대한 하자가 있어 이 건 부과처분을 취소하여야 한다는 청구주장은 타당하지 아니하다.
(8) 쟁점②에 대해 살펴본다. (가) 청구법인은조세특례제한법제104조의13 규정에서 향교재산은 각 향교별로 소유한 것으로 본다고 되어 있으므로 각 향교별이 아닌 청구법인에게 통합하여 세무조사를 실시한 것은 부당하고, 각 향교별로 발생하는 비용을 무시한 채 전체 수입금액에 대해 법인세를 부과한 것은 부당하다는 주장이다. (나) 살피건대,향교재산법제2조, 제3조 제1항, 제4조, 제6조, 제8조 제1항 등의 규정내용에 비추어 보면, 향교재산은 향교재단에 귀속되고 이로써 향교재단이 그 재산에 대한 사용·수익·처분의 실질적인 소유권능을 가진다고 할 것이므로 이 건 향교재산을 사실상 소유하고 있는 자로서법인세법상 납세의무를 지는 자는 청구법인으로 보야야 할 것이고(대법원 1997.10.10. 97누4203 판결 같은 뜻임), 또한 청구법인은 향교재산의 관리와 운영을 위하여향교재산법제3조에 의하여 설립된 법인으로 청구법인의 수익사업인 자산의 임대료, 고정자산 처분이익 그리고 예금이자 등의 수입은 청구법인의 소유로 되어 있는 부동산 및 예금이 그 원천이고, 동 원천은 청구법인의 책임·관리하에서 운영되는 수익이라 할 것이므로법인세법제3조에 의거하여 발생하는 수익사업에 대한 법인세 납세의무는 각 향교가 아닌 청구법인에게 귀속되는 것이고, 청구법인이 예로든조세특례제한법제104조의13 규정은 그 단서에서 종합부동산세에 한정한다고 되어 있으므로, 처분청이 각 향교별이 아닌 청구법인을 대상으로 세무조사를 실시하고 과세한 것은 타당하다 하겠다. 또한, 처분청은 이 건 법인세 과세처분을 하면서 청구법인이 결산하여 이사회 의결과 감사를 거쳐 지방자치단체장에게 보고한 세입·세출 사업실적서를 근거로 수익사업에서 발생하는 자산 임대료, 예금이자수입 그리고 고정자산처분 매각액(실지거래가액)을 익금으로 수익 사업금액을 확정하고, 세출항목에서 석전비 등 고유목적사업비를 제외한 회의비, 사무비, 잡지출을 공통손금으로 하고, 고정자산 매각에 대한 장부가액 등을 개별손금으로 하여 수익사업에 대한 비용으로 구분하여 손금 산입하는 등 각 비용을 고려하여 청구법인의 각 사업연도 소득금액을 계산한 사실이 확인되므로, 각 향교에서 발생하는 비용을 무시하고 전체 수입금액으로 법인세를 부과한 것이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
(9) 쟁점③에 대해 살펴본다. (가)법인세법제3조 제1항에서 비영리내국법인과 외국법인에 대한 법인세는 법인의 각 사업연도의 소득과 법 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대해 부과한다고 하고 있고, 제3항에서는 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 하면서 제1호에서 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것을, 제5호에서 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입을 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제2조 제1항에서는 수익사업의 범위와 관련하여 법 제3조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류" 라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다고 하고 있고, 제2항에서는 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다고 하고 있으며, 법인세법제62조의2 제1항에서는 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례를 규정하면서 제1항에서 비영리내국법인이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 토지 또는 건물 등 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득이 있는 경우에는 제60조 제1항에 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있고, 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다고 하면서, 전단 괄호에서 특례적용 대상 비영리내국법인은 법 제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인에 국한한다고 하고 있다. (나) 청구법인은 매매·수용에 따라 법인세가 부과된 고정자산을 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한바 있어, 이는법인세법제62조의2의 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 특례규정 적용 대상에 해당하므로 고정자산 처분과 관련하여 부과된 법인세는 취소되어야 한다는 주장이다. (다) 살피건대, 청구법인의 정관상 고유목적사업에 도내 각 향교와 재산의 보존관리, 기타 이에 부대된 사업 등을 규정하고 있는데, 고유목적사업에 부동산 임대업이 직접 규정되지 않았고, 설령 여기에 부동산 임대업이 포함된 것으로 본다 하더라도, 부동산 임대업은 법인세법제3조 제3항 제1호 및 같은 법 시행령 제2조 제1항 규정하는 수익사업에 해당하는바, 수익사업을 영위하는 비영리내국법인인 청구법인이 양도한 토지 등이 수익사업이 아닌 고유목적사업에 직접 사용된 사실이 확인되지 아니할 뿐만 아니라, 동 고정자산의 별다른 사용내역이 확인되지 아니하므로 동 고정자산의 처분수입에 대해 청구법인의 각 사업연도 소득에서 제외하기는 어렵다 할 것이고, 또한, 수익사업을 영위하는 비영리내국법인에게는 적용하지 아니하는 법인세법제62조의2 제1항의 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례도 적용받기 어렵다 하겠다.
(10) 쟁점④에 대해 살펴본다. (가)법인세법(2009.5.21. 법률 제9673호로 개정된 것) 제55조의2 제1항 제3호는 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 제2항은 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다고 하면서, 제1호 가목에서 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한 전ㆍ답 및 과수원을, 제2호에서 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것을 제외한 임야를, 제4호에서 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 지방세법 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지, 지방세법 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지, 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것을 제외한 토지를 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제92조의5 제3항 제5호 및 제92조의6 제4항 5호 규정에서 비사업용토지에서 제외하는 농지와 임야에 대해 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 지방세법 제186조 제1호 본문의 규정에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 농지 및 임야로 규정하고 있다. (나) 청구법인은 매매 및 수용된 토지 등의 매각대금이나 수용보상금이 지방자치단체장의 승인을 득한 후 대체재산으로 조성되거나 적립되는 등 고유목적사업에 사용된 바 있고, 소득세법 시행령등 6개 시행령의 개정으로 향교재산에 대해 2009년부터 종합부동산세를 비과세하고 있으므로 2007년 및 2008년 중 양도한 일부 토지에 대해 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가하여 부과한 것은 부당하다는 주장이다. (다) 살피건대, 비영리내국법인이 소유하는 토지 중 지방세법 제186조 제1호 본문의 규정에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 농지 및 임야나, 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지로서 지방세법 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지,지방세법제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지는법인세법제55조의2 규정에 의해 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 적용이 되는 비사업용토지에서 제외하는 것이 타당하다고 할 것인바, 처분청이법인세법제55조의2의 규정에 의해 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 비사업용토지로 보아 법인세를 추가로 부과한 2007년 및 2008년 양도토지 11필지 중 농지 및 임야 4필지는 비영리사업자인 청구법인이 그 사업에 직접 사용한 사실이 확인되지 아니하여 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이나, 농지 및 임야 외의 토지로서지방세법규정에 의거 분리과세된 사실이 확인되는 7필지 토지○○○는 비사업용토지에서 제외함이 타당하다고 보이므로 동 토지 등에 대한 양도차익 165,070,640원(2007년 162,410,000원, 2008년 2,660,640원)은 2007 및 2008사업연도의 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상 양도차익에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다 하겠다.
이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 일부이유있으므로국세 기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.