전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이며, 쟁점재위탁비 발생당시 연구 및 인력개발비를 재위탁 받은 제3자가 연구기관 또는 전담부서가 있다면 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 타당함
전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이며, 쟁점재위탁비 발생당시 연구 및 인력개발비를 재위탁 받은 제3자가 연구기관 또는 전담부서가 있다면 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 타당함
OOO세무서장이 2010.11.18. 청구법인에게 한 2007사업연도 법인세 OOO 및 농어촌특별세 OOO의 부과처분은
1. 처분청이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 금액 OOO과 관련하여 동 금액 지급당시 재수탁자인 OOO에게 연구개발 전담부서가 있는지 여부를 재확인하여 연구개발 전담부서가 있는 경우에는 세액공제를 적용하는 것으로 그 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 조특법에서는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상을 ‘전담부서에 기술개발용역을 위탁’함에 따른 비용으로만 규정하고 있을 뿐, ‘위탁’의 범위를 한정하여 ‘재위탁’은 제외되는 것으로 규정하고 있지 아니한바, 열거주의로 명시적으로 규정하고 있는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 비용으로 ‘전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용’을 규정하고 있는 점, 수탁자가 직접 연구개발 활동을 수행하지 않고 위탁받은 업무 중 일부를 전담부서가 있는 다른 업체에 재 위탁하여 연구개발을 수행한 경우에는 위탁자의 입장에서는 연구개발 전담부서가 있는 업체에 연구개발을 위탁하였다는 실질에는 전혀 영향이 없는 점, 계약형태상 위탁연구개발비용 중 재위탁비용의 발생여부에 따라 위탁자, 수탁자, 재수탁자를 포함하여 전체 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 금액에 차이가 발생한다는 것은 논리적으로 모순이 되는 점, 기획재정부 예규 생성의 논리적 근거와 동일하게 조특법상 ‘위탁의 범위’를 ‘민법상 위임의 범위’를 준용하여 판단하는 경우에도 위임자인 청구법인의 승낙을 전제로 제3자에게 재위임이 이루어진 점 등을 종합적으로 고려해볼 때 처분청의 과세처분은 부당하며, 2009.9.25. 전까지 다수의 반복적인 예규(재경부 조세지출예산과-36, 2005.1.13, 서면2팀-1779, 2005.11.04., 법규-2998, 2007.6.15, 서면2팀-724, 2008.04.17. 외 다수)상 재위탁비용이 세액공제 대상에서 제외된다는 일체의 언급이 없었고, 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제(구, 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제)는 1981년도에 신설된 후 현재까지 약 30년 동안 계속 시행되어 온 제도이나, 기획재정부의 새로운 예규(재조특-844, 2009.9.25)가 나오기 전까지 위탁연구개발비 중 재위탁비용이 세액공제대상에서 제외되는 것이라는 해석은 단 한건도 존재하지 않는 등 2009.9.25. 기획재정부의 예규는 ‘전산시스템 개발을 위한 위탁비용’중 세액공제대상에 대한 새로운 해석이므로 2009.9.25. 이전에 납세의무가 성립한 2006사업연도와 2007사업연도에 대한 처분청의 과세는 소급과세로서 위법․부당한 처분이며, 청구법인은 당초 경정청구가 거부된 약 OOO에 대해서는 심판청구 등을 제기하지 않아 경정청구 등을 제기할 수 있는 기한의 이익이 상실되었다(동 불복청구과정에서 다투어도 본 부과 처분된 세액을 한도로 하므로 의미가 없음).
(2) 청구법인은 2006사업연도와 2007사업연도 법인세 납세의무를 성실히 이행하여 법인세를 미납하거나 미달하게 납부하는 등 납부의무를 해태한 사실이 없고, 2009년에 청구법인이 연구 및 인력개발비 세액공제에 대한 경정청구를 제기한 금액 중에서 처분청은 적법한 경정청구라고 판단되는 법인세만을 일부 인용결정으로 환급(일부는 경정청구 거부)하였다가, 환급일 이후 공표된 기획재정부 예규에 따라 환급세액 중 일부를 재추징하는 것은, 청구법인에게 미납행위에 대한 귀책사유가 없으며, 경정처분(환급결정)의 주체가 처분청임에도 동 처분의 잘못에 따른 책임을 청구법인에게 귀속시키는 부당한 결과이고, 당초 경정청구 환급결정은 처분청과 서울지방국세청 및 국세청 모두 전담부서가 존재하는 재위탁비용은 세액공제대상에서 배제되지 않는다고 판단하여 이루어진 것이므로 이는 청구법인의 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어서는 것으로서 재위탁비용은 세액공제대상에서 제외된다는 사실을 알지 못하였다는 것은 무리가 아니었으며, 이는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.
(1) 내국법인이 위탁하는 기술개발용역비 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 해당하는 부분에 상당한 금액은 세액공제 대상금액에 해당하지 않음이 여러 질의회신(법인세과-483, 2010.5.26. 외 다수)에 의하여 확인되므로 재위탁분은 세액공제 대상에 해당하지 않는 점, 청구법인과 OOO간 차세대시스템구축계약서에 의하면, 청구법인은 OOO에게 용역 전체를 위탁하였고, OOO은 이후 OOO 용역에 대한 도급계약을 체결한 점, 청구법인은 OOO과의 계약진행에 따라 OOO으로부터 계약금액 전체에 대하여 세금계산서를 교부받은 점 등을 종합하면, 청구법인과 OOO과 OOO가 각각 맺은 계약은 별개의 독립된 계약으로서 청구법인과 OOO가 직접적인 위임관계가 있다고 보기 어려우므로 처분청의 과세처분은 정당하다.
(2) 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법인 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지, 착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것이며, 납부불성실가산세는 납세의무자가 납부하여야 할 세액을 기한내에 납부하지 아니하거나 환급세액을 초과환급받음으로써 미납부한 금액에 대하여 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상의 제재인 점 등을 종합하면, 청구법인이 세법상 허용되지 않는 세액공제를 받아 환급세액을 초과환급받은 이상 가산세의 적용을 면할 수 없는 것이다.
① 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 경우, 이에 상당하는 금액이 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는지 여부
② 청구법인에게 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 것인지 여부
1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액
① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯국·공립연구기관 ㉰정부출연연구기관 ㉱과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳ 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. (4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조 【기업부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원등”이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산․판매․영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다. (5) 국세기본법 제15조 【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제47조【가산세의 부과】① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법 또는 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다. 제47조의5【납부ㆍ환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 인지세법 제8조 제1항 의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다. 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율 제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 제시된 심리자료를 보면, 쟁점재위탁비 발생당시 OOOOOO가 재위탁한 6개업체 중 주식회사 OOO은 전담부서가 없었던 것으로 나타난다. (나) 처분청이 제시한 법인세 결의서, 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 내역 등을 보면, 청구법인의 경정청구, 경정청구에 대한 처분청의 환급 및 이 건 과세처분시 처분청이 인정한 세액공제 대상 연구 및 인력개발비 발생액은 아래 <표>와 같다. (다) 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 재위탁한 경우, 이에 해당하는 비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 볼 것인지, 아니면 세액공제 대상에서 제외하여야 하는지에 대하여 살펴보면, 금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 조특법 제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점, 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된조세감면규제법 시행령별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세 이전에는 그간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여 과세하지 아니한 점, 국세청 도 세액공제 대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조), 전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당 기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-1673, 2012.3.12.)하였고,기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발 비용을 세액공제 대상으로 해석하였던 점(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참조) 등을 감안할 때, 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻)으로 보이나, 연구 및 인력개발비를 재위탁받은 OOO가 연구기관 또는 전담부서가 있는지 여부 및 금액이 명확하지 아니하므로 처분청으로 하여금 쟁점재위탁비 발생 당시 OOO에 전담부서가 있었는지 여부 및 재위탁한 비용을 확인하여 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없다 할 것이다. (나) 이 건은 쟁점재위탁비에 대하여 세액공제를 적용하여 납부세액을 과소하게 신고한 경우로 당초 납부한 세액을 환급받음과 동시에 환급가산금을 수령하였고, 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 그 납부의무의 이행을 확보하고자 하는 목적 외에도 세법상의 신고기한까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로 청구법인이 미달납부(초과 환급)한 세액에 대하여 납부(환급)불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.