재화의 수입 시 부가가치세 과세표준은 관세의 과세가액과 관세 등을 합한 금액임

OO세무서장이 청구법인에게 한 부가가치세

1. 2011.4.11.자 2010년 제2기 OOO,OOO,OOO원의 부과처분과 2011.5.27.자 2011년 1기 예정분 OOO원의 환급거부처분은 이를 각하하며,

2. 2011.8.5.자 2006년 제2기분 OOO원, 2007년 제1기분 OOO원, 2007년 제2기분 OOO원, 2008년 제1기분 OOO원, 2008년 제2기분 OOO원, 2009년 제1기분 OOO원, 2009년 제2기분 OOO원의 각 부과처분과 2011.8.29.자 2011년 제1기 확정분 부가가치세 OOO원, 2011.11.25.자 2011년 2기 예정분 부가가치세 OOO원의 각 환급거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 해외 반도체 제조업체들로부터 반도체 등 전자제품을 수입하여 각국에 판매하는 다국적 유통업체인 미국의 OOO Inc.의 한국내 계열회사로서, OOO Inc.의 아시아 사업부분을 관리하는 OOO 등(홍콩소재,이하 “수출자”라 한다)으로부터 IC(Integrated Circuits, 이하 “쟁점물품”이라 한다)를 수입하면서 반도체 제조업체들이 청구법인과 같은 유통업체들에게 일률적으로 적용하는 표준공급가격으로 수입신고하고, 인천공항세관장은 표준공급가격으로 세금계산서를 청구법인에게 발행하였다.
• 나. 수출자와 해외의 반도체 제조업체 간에 체결한 “Ship & Debit 약정”(이하 “쟁점약정”이라 한다)에 따라 해외의 반도체 제조업체로부터 표준공급가격(Distribution Price, 이하 “DP”라 한다)과 견적공급가격(Quote Price, 이하 “QP”라 한다) 간의 차액조정금액 (=DP-QP)을 2006년 제2기 과세기간부터 2011년 제2기 과세기간까지의 기간동안 다음 <표 1>과 같이 총 OOO원(이하 “쟁점조정금액”이라 함)을 지급받았다.
• 다. ‘쟁점약정’에 의한 거래란 해외 반도체 제조업체들이 유통업체들에게 일단 자신들이 일률적으로 적용하는 DP로 물품을 매도하되, 개별 물품거래에 대하여 별도로 QP를 정하여 유통업체들이 도매업체 등 실수요자에게 해당 물품을 실제 판매한 경우에 이에 대한 보상으로 DP와 QP의 차액을 지급하여 주는 조건을 설정한 다음, 유통업체들이 추후 각국의 실수요자에게 당해 물품을 실제 판매하였다는 사실을 입증하는 증빙자료를 제조업체들에게 제공하면, 제조업체들이 그에 대한 보상으로 DP와 QP의 차액 상당액을 지급하여 주는 거래를 의미한다. 이러한 약정은 반도체의 덤핑거래나 비정상적인 유통거래를 방지하고 제품의 정상적인 가격과 유통채널을 유지하기 위한 목적에서 시장지배력을 가지고 있는 반도체 제조업체에 의하여 자연스레 형성된 약정으로 반도체 유통업계에서 통상적으로 이루어지고 있다.
• 라. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급자 현장확인을 실시한 결과, 쟁점조정금액이 매입에누리액에 해당하는 것으로 보아 청구법인이 해당 금액을 지급받을 때 수정세금계산서를 교부받았어야 함에도 이를 이행하지 아니하였다는 사유로 다음 <표 2>와 같이 부가가치세 2006년 2기분부터 2009년 2기분까지 및 2010년 2기분부터 2011년 2기예정분까지 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2011.10.28.(조심 2011서5115) 및 2012.2.22.(조심 2012서1152) 심판청구를 각각 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 반도체를 수입함에 있어서 세관장이 발행한 수입세금계산서에 따라 적법하게 매입세액을 공제받았으므로 사전약정에 따라 해당 반도체를 국내기업에 판매한 후 지급받은 쟁점조정금액에 대한 매입세액을 불공제함은 부당하다.

1. 재화의 수입의 경우에는 부가가치세법제14조 제4항에 따라 부가가치세 과세표준은 “관세의 과세가격과 관세 등을 합한 금액”으로 하며 부가가치세법제19조의2에 따라 위 수입물품에 대한 부가가 치세는 관세를 신고․납부하는 경우에 관세와 함께 세관에 신고․납부하여야 한다. 따라서, 납세자가 위와 같이 물품을 수입하면서 수입으로 인한 부가가치세를 납부하는 경우, 부가가치세법제16조 제5항에 따라 세관장은 수입재화에 대하여 납세자에게 수입세금계산서를 발부하여야 하고, 부가가치세법제17조 제1항 제2호에 따라 위 납부세액 상 당액은 납세자가 납부하여 할 부가가치세액에서 공제․환급되어야 한다. 이에 따라 청구법인은 물품을 수입하는 경우 관세법상의 과세가격을 과세 표준으로 하여 관세와 부가가치세를 납부하였고, 동일한 부가가치세에 대하여 매입세액 공제를 받는 것이기 때문에 과세표준을 QP로 하든가 DP로 하든지 청구법인이 부담하는 세액이나 국가에 귀속되는 세액에는 아무런 차이가 발생하지 않으므로 쟁점조정금액을 매입세액에서 불공제하는 것은 부당하다.

2. 해외 제조업체에서 쟁점약정을 통하여 청구법인 등에 DP로 판매한 후 청구법인이 실수요거래를 하였음이 증명되는 경우에 한하여 QP와의 차이인 쟁점조정금액을 지급하여 주고 있으며 그 목적은 “유통업체들로 하여금 실수요 중심으로 반도체 물량 확보를 하도록 장려”하여 궁극적으로는 반도체 제품의 정상적인 시장가격을 형성하기 위한 것으로 제조업체가 “실수요거래를 장려”하기 위한 목적에서 지급하는 판매장려금으로 해당 쟁점조정금액을 에누리로 보아 매입세액 불공제하는 것은 부당하다.

3. 인천공항세관장은 처분청과 달리 쟁점물품의 수입신고가격은 DP이므로 경정청구를 거부하고 수정세금계산서 발급사유에 해당하지 않는다는 의견을 제시하였으며, 재화의 수입에 대한 관세의 과세가격 및 부가가치세 과세표준에 관하여는 관세청이 주무부서라고 할 것인 바, 이와 같은 관세청의 입장에 비추어 보더라도, 물품의 수입에 대한 관세의 과세가격 및 부가가치세 과세표준은 QP가 아닌 DP이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 부가가치세법제13조 제4항에 의거 부가가치세의 과세표준을 관세의 과세가격으로 해야 한다는 주장이나, 이 규정은 재화의 수입에 대한 부가가치세 과세표준으로 본 건으로 수입한 재화를 국내에서 판매하였으므로 판매가액을 과세표준으로 보고 사전약정에 정한 조건에 의해 판매가격을 재조정한 것은 부가가치세법상 에누리액이므로 QP를 과세표준으로 봄이 타당하다. (2) 청구법인은 재화 및 용역의 공급조건에 따라 그 공급 당시에 공급가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액만이 에누리액에 해당한다고 주장하나, 에누리액은 그 품질수량 및 인도․공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라 정하여지면 충분하고, 그 발생시기가 재화 또는 용역의 공급시기전에 한정되는 것은 아니며(대법원 2001두6586 2003.4.25. 및 국심 2005구286 2007.4.6.), 쟁점조정금액은 국외특수관계자(수출자)와 해외반도체 제조․판매업자가 체결한 약정에 따라 청구법인은 해외판매자가 제시한 반도체 가격표시상의 판매가로 수입통관하고 국내거래처에 매출하는 때에는 해외판매자와 사전 협의된 가격(QP)과 당초 해외판매자로부터 수입한 가격(DP)의 차액을 되돌려 받는 방법으로 매입가액이 조정되는 것으로서 부가가치세법 제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제52조 제3항에 따라 과세표준에 포함되지 아니하는 에누리액에 해당된다고 봄이 타당하다. (3) 인천공항세관장은 쟁점물품의 수입신고가격은 DP이므로 경정청 구를 거부하고 수정세금계산서 발급사유에 해당하지 않는다는 의견이나, 부가가치세법제16조 제5항에 “세 관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수입자에게 발급하여야 한다”고 규정하고, 같 은 법 시행령 제56조에는 “ 부가가치세법 제16조 제5항에 따라 발급하는 세금계산서는 법 제16조 제1항의 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 따른다”고 규정하고 있으며, 이에 따라 관세청장이 고시한 수입세금계산서 교부에 관한 고시제3조 제1항 “세관장은 수입세금계산서를 교부한 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입세금 계산서를 수정 교부한다.”, 같은 조 제2항에 “제1항에 따라 수입세금계산서를 수정교부 받고자 하는 자는 수입세금계산서 수정교부 신청서를 원래의 수입세금계산서를 교부한 세관장에게 제출하여야 한다.”고 규정하고 있으므로 당초 수입통관 후 사후에 공급가액에 변동이 있었다면 당연히 청구법인에서 쟁점조정금액에 대해 관할 세관장에게 수입세금계산서의 수정교부를 신청하여 수정세금계산서 내용대로 부가가치세 신고하거나, 만약 현실적으로 수입세금계산서를 수정교부받는 것이 불가능하다면, 청구법인이 수입신고를 할 때 세관장에게 해당 물품의 가격에 대한 신고를 함에 있어서 신고하여야 할 가격이 확정되지 아니한 경우 관세법 제28조 및 같은 법 시행령 제16조에 의거 잠정가격으로 가격신고를 하고 추후 해당 물품의 확정된 가격을 세관장에게신고하는 방법으로 쟁점조정금액이 정확한 수입가격에 반영되도록 하여야 함에도 청구법인은 이와같은 적법한 절차는 준수하지 않으면서 오로지 수입 통관 시 세관에서 교부한 수입세금계산서에 있는 내용대로 매입세액 공 제 받았으므로 쟁점조정금액에 대해 매입세액을 불공제한 처분이 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점물품의 경우 재화의 수입에 해당하여 부가가치세제13조 제4항에 “부가가치세 과세표준은 관세의 과세가격과 관세 등을 합한 금액으로 하여야 한다”는 규정에 따라 표준공급가격으로 세관에 부가가치세를 신고․납부하였고, 쟁점조정금액은 해외 제조업체에서 실수요거래를 장려하기 위한 목적에서 지급하는 판매장려금으로 쟁점물품의 과세표준은 견적공급가격이 아니라 표준공급가격으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제1조 [과세대상] ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

제2조 [납세의무자] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)

제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

④ 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 관세의 과세가격과 관세ㆍ개별소비세ㆍ주세(酒稅)ㆍ교육세ㆍ농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다. 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

⑤ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수입자에게 발급하여야 한다. 제17조【납부세액】 ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제52조【부당대가 및 에누리 등의 범위】② 법 제13조 제2항 제1호에 규정하는 에누리액은 재화 또는 용역의 공급에 있어서 그 품질ㆍ수량 및 인도ㆍ공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라 그 재화 또는 용역의 공급당시의 통상의 공급가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액으로 한다. 제56조【수입세금계산서】법 제16조 제5항에 따라 발급하는 세금계산서는 법 제16조 제1항의 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 따른다. 제59조【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

3. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 기재하고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(부)의 표시를 하여 교부한다.

(3) 관세법 제4조 [내국세등의 부과·징수] ① 수입물품에 대하여 세관장이 부과·징수하는 부가가치세, 지방소비세, 개별소비세, 주세, 교육세, 교통·에너지·환경세 및 농어촌특별세(이하 "내국세등"이라 하되, 내국세등 의 가산금·가산세 및 체납처분비를 포함한다)의 부과·징수·환급·결손처분 등에 관하여 국세기본법,국세징수법,부가가치세법,지방세법, 개별소비세법,주세법,교육세법,교통·에너지·환경세법 및 농어촌특별세법의 규정과 이 법의 규정이 상충되는 경우에는 이 법의 규정을 우선하여 적용한다. 제30조 [과세가격 결정의 원칙] ① 수입물품의 과세가격은 우리나라에 수출하기 위하여 판매되는 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 다음 각 호의 금액을 더하여 조정한 거래가격으로 한다.

1. 구매자가 부담하는 수수료와 중개료. 다만, 구매수수료는 제외한다.

2. 해당 물품과 동일체로 취급되는 용기의 비용과 해당 물품의 포장에 드는 노무비와 자재비로서 구매자가 부담하는 비용

3. 구매자가 해당 물품의 생산 및 수출거래를 위하여 무료 또는 인하된 가격으로 대통령령으로 정하는 물품 및 용역을 직접 또는 간접으로 공급할 때에는 그 가격 또는 인하차액

4. 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권 및 이와 유사한 권리를 사용하는 대가로 지급하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 산출된 금액

5. 해당 물품을 수입한 후 전매·처분 또는 사용하여 생긴 수익금액 중 판매자에게 직접 또는 간접으로 귀속되는 금액

6. 수입항(輸入港)까지의 운임·보험료와 그 밖에 운송과 관련되는 비용으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 결정된 금액. 다만, 기획재정부령으로 정하는 물품의 경우에는 이의 전부 또는 일부를 제외할 수 있다.

② 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격"이란 해당 수입물품의 대가로서 구매자가 지급하였거나 지급하여야 할 총금액을 말하며, 구매자가 해당 수입물품의 대가와 판매자의 채무를 상계(相計)하는 금액, 구매자가 판매자의 채무를 변제하는 금액, 그 밖의 간접적인 지급액을 포함한다. 다만, 구매자가 지급하였거나 지급하여야 할 총금액에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 명백히 구분할 수 있을 때에는 그 금액을 뺀 금액을 말한다.

1. 수입 후에 하는 해당 수입물품의 건설, 설치, 조립, 정비, 유지 또는 해당 수입물품에 관한 기술지원에 필요한 비용

2. 수입항에 도착한 후 해당 수입물품을 운송하는 데에 필요한 운임·보험료와 그 밖에 운송과 관련되는 비용

3. 우리나라에서 해당 수입물품에 부과된 관세 등의 세금과 그 밖의 공과금

4. 연불조건(延拂條件)의 수입인 경우에는 해당 수입물품에 대한 연불이자

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이건 심판청구가 적법한 청구인지에 대하여 본다. 가) 청구법인은 처분청에서 부가가치세 2006년 2기분부터 2009년 2기 분까지 및 2010년 2기분부터 2011년 2기 예정분까지 부가가치세 OOO원을 경정․고지한 것에 대하여 불복하여 심판청구하였다.

• 나) 조심 2011서5115의 심판청구일이 2011.10.28.자로, 2010년 2기 분은 2011.4.11. 고지서 송달되어 심판청구일로부터 200일이 경과되었고, 2011년 1기 예정분은 2011.5.27. 환급거부결정되었으므로 고지서 송달일 및 환급거부통지일로 154일이 경과하였다.
• 다) 국세기본법제68조 제1항에서 “심판청구는 당해 처분을 있은 것을 안 날로부터 90일 이내에 제기하여야 한다”고 규정하고 있다.
• 라) 따라서, 청구법인이 제기한 사건 조심 2011서5115 중 2010년 2 기분과 2011년 1기 예정분은 청구기간(90일)을 도과하여 부적법한 것으로 판단되고, 나머지 청구분에 대하여 본안 심리코자 한다. (2) 청구법인이 동일한 거래형태로 수입한 다른 과세기간(2010년 1기분)의 부가가치세 OOO원의 부과처분에 대한 우리 원의 선결정(조심 2011서731, 2011.6.30., 기각), 우리 원의 부가가치세 기각 결정에 근거한 인천공항세관에 관세환급청구 및 거부, 인천공항세관의 관세 거부에 대한 심판청구 및 결정(조심 2012관61, 2012.5.25.), 우리 원의 부가가치세 기각결정(조심 2011서731, 2011.6.30.) 에 대한 서울행정법원에 소송제기 및 판결(2011구합32553, 2012.5.11., 인용) 및 서울행정법원의 처분청 패소판결에 대한 서울고등법원에 항소(2012누 16536호) 및 서울지방국세청장의 소송 직권취소한 경위에 대하여 본다.
• 가) 처분청에서 부가가치세 환급자 현장확인결과, 2010년 1기분 부가가치세 부과처분에서 DP와 QP의 차액금액을 매입에누리액으로 보아 과세하였고, 청구인은 판매장려금으로 보아야 한다고 우리 원에 심판청구한 사건(조심 2011서731)에 대하여 2011.6.30. 기각 결정하였다.
• 나) 상기의 기각 결정된 내용을 근거로 2011.12.13. 인천공항세관장에 이 사건 물품의 과세표준을 QP로 하여야 한다는 취지로 관세경정청구하였으나, 인천공항세관장은 “수입물품의 과세가격은 관세법제30조 제1항에 의거 우리나라에 수출하기 위하여 판매되는 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급했거나 지급하여야 할 가격에 법정 가산금액을 조정한 거래가격을 말하는 것으로, 본 건의 경우처럼 국내에서 재판매되는 가격을 근거로 이미 결정된 수입물품의 과세가격을 조정하는 경우는 관세법제38조의 3 제2항에 의거 경정청구 대상이 아니다”라는 이유로 경정청구 거부처분을 하였다.
• 다) 인천공항세관장의 관세 경정청구 거부처분에 대하여 우리 원에 심판청구(조심 2012관61)하였으나 다음과 같은 이유로 2012.5.25.기각 결정하였다.

1. WCO(세계관세기구) 예해 4.1.에서 가격조정약관이 있는 경우 수입 이후 조정된 가격을 과세가격의 결정의 기초로 삼을 수 있다고 해설하고는 있으나, 이를 위해서는 수입시점에 최종 과세가격 결정과 연결시킬 수 있는 구체적이고 산술적인 내용으로 되어 있어야 하는바, 이 건 Ship & Debit 약정 내용을 보면, 청구법인은 수출자가 제시하는 가격표상의 공급가격으로 쟁점물품을 구매하고 이 가격대로 물품대금을 수출자에게 지급하고, 최종소비자에게 판매시 공급가격과 견적가격의 차액을 지급받으나, 판매가격의 하락시 조건에 따라 청구법인은 가격하락 보상을 받는 대신, 판매가격 상승시 수출자는 종전 판매가격으로 판매한 재고상품(미착상품)에 대하여 가격차이에 대한 추가적인 debit amount를 받을 권리를 가지는 등 수입물품에 대한 최종적인 과세가격을 정할 수 있는 최소한의 기준을 정한 바 없이 사후에 판매한 결과에 따라 가격을 사후에 조정할 수 있다는 막연한 문구로 되어 있다.

2. WCO 예해 4.1.에서도 가격조정약관이 동 물품 수입 후에 효력을 발생하게 되는 변수와 결부되어 있는 경우에는 상황이 달라진다

3. 수입 후 판매량 등에 따른 수입자의 영업이익율 증감에 따라 수출자에게 사후 송금 또는 영수하는 금액은 수입물품에 대한 실제지급금액으로 보기 곤란하다.

4. 부가가치세는부가가치세법에 따라 거래 단계별로 부과하는 것으로서관세법상 수입물품에 대하여 과세가격을 결정하는 것과는 별개인 점 등을 감안하여 볼 때, 청구법인이 수입신고 수리후에 수출자로부터 영수한 금액은관세법제30조 과세가격결정의 원칙인 실제로 지급하였거나 지급할 금액과는 관련이 없다.

• 라) 청구법인은 우리 원에서 기각 결정한 사건(조심 2011서731, 2011.6.30.)에 대하여 쟁점물품에 대한 과세표준을 부가가치세법제13조 제4항의 규정에 따라 “관세의 과세가격”으로 보아야 한다고 당초 심판청구시의 쟁점을 변경하여 서울행정법원에 행정소송(2011구합32553, 2012.5.11.)을 제기하여 다음과 같은 이유로 인용판결을 받았다.

1. 동일한 수입물품에 대하여 관세법과 부가가치세법에서 거래가격을 일률적으로 규율하여 법체계 및 세수체계의 일관성․통일성을 확보할 필요가 있다. 2) 부가가치세법제19조의2에 따라 납세의무자는 수입신고를 하면서 관세와 함께 부가가치세도 납부하게 되는데, 관세의 과세표준과 부가가치세의 과세표준을 달리 규율하는 것은 형평에 맞지 않다.

3. 수입물품에 대한 관세의 과세가격은 수입물품의 대가로서 구매자가 지급하였거나 지급하여야 할 총금액을 의미한다.

• 마) 서울지방국세청장은 서울고등법원(2012누16536호)에 항소하였으나 항소를 취하하고, 다음과 같은 이유로 2012.7.4. 처분청에 행정소송 진행사건 직권취소 지시공문(송무2과-2226)을 하달하였고, 이에 대해 처분청은 2012.7.9. 결정취소하고 청구법인에게 “행정소송 진행사건 결정취소 통보” 공문(법인세과-2174)을 보낸 것이 확인된다.

1. 원심에서는 이 사건 물품의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 부가가치세법 제13조 제4항 에 따라 관세의 과세가격에 관련 조세를 합한 금액으로 해야 할 것인데, 수입물품에 대한 관세의 과세가격은 수입물품의 대가로서 구매자가 지급하였거나 지급하여야 할 총 금액을 의미하므로, 청구법인이 이 사건 물품을 수입할 당시 지급한 DP(표준공급가격)를 기준으로 부가가치세 과세표준을 산정함이 타당하다고 판결한 바 있고,

2. 부가가치세법제13조(과세표준) 제1항 및 제2항에서는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준을, 제4항에서는 재화의 수입에 대한 부가가치세 과세표준을 규정하고 있는데, 재판부에서는 부가가치세법제13조 제4항에 따라 재화의 수입에 대한 부가가치세과세표준은 관세의 과세가격에 관련 조세를 합한 금액으로 해야 한다고 판단하여 쟁점조정금액이 ‘에누리액’에 해당한다고 하더라도 재화의 수입에 있어서는 이를 과세표준에서 제외하여야 할 법 규정이 없어 항소심에서도 패소할 가능성이 매우 높고 청구법인은 이 사건 물품의 수입 시 이미 부가가치세를 세관장에게 납부한 사실이 확인되므로 더 이상 다툴 실익이 없어 납세자의 신속한 권리규제 및 행정력 낭비 등을 감안하여 직권시정함이 타당하다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 처분청에서는 당초 쟁점조정금액에 대하여 에누리로 보아 쟁점물품의 부가가치세 과세표준을 QP로 보아야 한다고 주장하나, 부가가치세의 과세표준은 부가가치세법 제13조 제4항 에 따라 관세의 과세가격에 관련조세를 합한 금액으로 해야 할 것인데 쟁점물품에 대한 관세의 과세가액은 수입물품의 대가로서 구매자가 지급하였거나 지급하여야 할 총금액을 의미하므로, 서울행정법원(2011구합32553, 2012.5.11.)에서 쟁점물품을 수입할 당시 지급한 DP를 기준으로 부가가치세 과세표준을 산정함이 타당하다고 판결한 점, 쟁점조정금액이 ‘에누리액’에 해당한다고 하더라도 재화의 수입에 있어서는 이를 과세표준에서 제외하여야 할 법 규정이 없어 청구법인은 쟁점물품 수입 시 이미 부가가치세를 세관장에게 납부한 사실이 확인되므로 더 이상 다툴 실익이 없어 서울지방국세청장이 항소를 취하하고 처분청에서 직권취소한 점 등을 종합하면 쟁점물품에 대한 부가가치세 과세표준은 수입 당시 지급한 DP(표준공급가격)를 기준으로 보아야 할 것으로 판단되므로 처분청에서 QP(견적가격)를 기준으로 한 당초처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 청구법인이 제기한 2010년 2기분과 2011년 1기 예정분은 심판청구기간 내에 제기되지 아니하여 부적법한 청구에 해당하므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정하고, 나머지 청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.