청구법인의 주요사업이 한국표준산업분류에 의한 상품중개업 또는 전자상거래업의 정의에 부합하고, 청구법인의 수익은 상품거래를 중개하고 판매자로부터 받는 중개수수료인 점 등으로 보아 청구법인의 업종이 부가통신업이 아닌 것으로 보아 세액감면을 배제한 처분은 잘못이 없음
청구법인의 주요사업이 한국표준산업분류에 의한 상품중개업 또는 전자상거래업의 정의에 부합하고, 청구법인의 수익은 상품거래를 중개하고 판매자로부터 받는 중개수수료인 점 등으로 보아 청구법인의 업종이 부가통신업이 아닌 것으로 보아 세액감면을 배제한 처분은 잘못이 없음
심판청구를 기각한다.
(1) 청구법인의 주된 사업은 온라인상에 OOO이라는 시장공간(open market)을 제공하여 다수의 판매자와 구매자가 다양한 방식으로 상품을 거래할 수 있도록 시스템을 제공하고 수수료, 광고료 등의 수입을 얻는 것인 바, 오픈마켓 사업은 ㉠ 판매자로부터 수집한 상품․판매자․가격 등에 대한 모든 정보에 관한 데이터베이스를 구축하여 온라인 통신망을 통하여 구매자에게 제공하고, ㉡ 구매자는 청구법인이 제공하는 온라인 검색망을 통하여 자신의 선호에 맞는 상품 및 판매자에 대한 정보를 검색하며, ㉢ 상품 및 판매자에 대한 정보의 비교 등을 거쳐 구매의사를 결정하고 이를 청구법인이 제공하는 온라인 통신망을 통하여 판매자에게 전달하는 서비스를 제공하는 것이 본질이며, 청구법인은 2002.9.9.전기통신사업법제21조에 따라 부가통신사업자로 신고하여 신고필증을 교부받았고 그에 따라 전기통신사업 중 부가통신업을 영위하고 있으며, 사업자등록증상의 사업의 종류도 부가통신사업이다. 조세특례제한법은 부가통신업에 대하여 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따라야 하는 바, 청구법인은 오픈마켓 사업에서 상품정보를 검색할 수 있는 검색망 및 판매자와 구매자 간에 정보를 송수신할 수 있는 온라인 통신망을 운영하고 있으므로 한국표준산업분류상의 부가통신업에 포함되고, 개념을 동일하게 사용하고 있는전기통신사업법상으로도 같은 업종에 해당하며, 청구법인과 판매자 간의 회원약관에 의하더라도 청구법인은 판매자가 거래를 할 수 있는 시스템을 제공하고 이에 대한 대가로 서비스이용료를 지급받으므로 동일한 업종이다. 가사, 청구법인의 사업이 부가통신업에 해당하지 아니한다 하더라도, 판매자로부터 수집하여 데이터베이스화한 상품 및 판매자 등에 대한 정보를 구매자에게 온라인 검색망과 함께 제공하고 있는 바, 이는 데이터베이스 및 온라인 정보제공업으로서조세특례제한법제6조 제3항에서 조세감면대상으로 규정하고 있다. 청구법인의 오픈마켓 사업은 개별적인 계약의 체결을 위하여 노력하는 것이 아니라 거래의 장소만을 제공할 뿐이므로 상품중개업과는 구분되며, 이 건 처분은 컴퓨터 및 정보통신 관련 산업을 정책적으로 육성하고자 하는조세특례제한법제6조의 입법취지에도 반하는 것이므로 청구법인의 사업에 대하여 창업중소기업에 대한 세액감면 규정을 적용하는 것이 타당하다.
(2) 처분청 의견과 같이 청구법인이 상품중개업자에 해당하여조세특례제한법제6조의 창업벤처중소기업에 해당하지 아니한다 할지라도, 이 건 부과처분 중 2005사업연도분 농어촌특별세는 부과제척기간인 5년이 만료(2011.3.31.)되어 과세권이 없는 상태인 2011.8.5.에야 비로소 이루어진 것이므로 위법하다.
(3) 청구법인은 처분청으로부터 부가통신업자로 확인을 받았는 바, 처분청이조세특례제한법의 부가통신업을 이와 달리 해석할 것까지 예상할 수는 없었으며, 처분청은 청구법인이 같은 법 제6조의 부가통신업자임을 확인하여 주었고, 또한 처분청도 2011년 8월에야 이 건 처분을 하였으므로 청구법인은 같은 법 제6조에 해당하는 것으로 인식할 수밖에 없었음은 물론 오픈마켓 사업이 부가통신업이 아니라고 해석하는 것은 사실상 불가능하였으며, 한편 청구법인의 입장에서는 법인세 신고 당시 같은 법 제24조의 생산성향상시설투자에 대한 세액공제 규정에 따라 감면받을 것을 예상하기도 어려웠던 점 등을 볼 때, 청구법인에게 이 건 처분에 따른 농어촌특별세 납부의무가 있다 하더라도 청구법인이 이를 이행하지 못한 데에는 위와 같이 정당한 사유가 존재하므로 가산세를 부과한 처분은 부당하다.
(2) 조세는 부가되는지 여부에 따라 독립세와 부가세로 구분되는데, 농어촌특별세는 본세(법인세)의 과세표준이나 세액을 대상으로 하는 부가세(종속세)에 해당되고, 그 부과․징수 및 환급은 본세의 예에 따르는 것이므로 법인세의 과세처분이 부과제척기간 내에 적법하게 이루어진 만큼, 이에 부수하는 농어촌특별세도 마찬가지이다.
(3) 농어촌특별세의 부과․징수 및 환급은 본세의 예에 따르는 것이므로 세무조사를 통하여조세특례제한법상의 세액공제가 취소되어 법인세가 추징되는 경우에는 관련 농어촌특별세는 환급하는 것이고, 재조사를 통하여 직권으로 같은 법상의 다른 세액공제를 적용하는 경우에는 관련 농어촌특별세를 부과․징수하는 것이다. 법인은 동일한 과세연도에 창업중소기업에 대한 세액감면과 생산성향상시설투자에 대한 세액공제가 동시에 적용될 수 있는 경우 그 중 하나만을 선택하여야 하는 바, 청구법인은 특정 과세연도에 양자가 동시에 적용된다고 판단하여 그 중 전자를 선택한 것이므로 후자가 적용되는 경우 당연히 농어촌특별세가 부과․징수되어야 하는 점에서 동 세액의 미납부에 대한 책임은 청구법인에게 있다고 판단되므로 가산세를 감면하여야 한다는 청구주장은 이유가 없다.
① 청구법인이 영위하는 업종이조세특례제한법상 창업중소기업에 대한 세액감면의 적용대상 업종인지 여부
② 2005사업연도분 농어촌특별세(OOO원)의 부과처분이 부과제척기간이 만료된 이후의 것이라 위법한지 여부
③ 청구법인이 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용한 것에 정당한 사유가 있는 것으로 보아 가산세를 감면할 수 있는지 여부
③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제17조 의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다. (2) 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】
② 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.
③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업，연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송법에 의한 방송사업, 방송프로그램제작업，대통령령이 정하는 엔지니어링사업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업, 대통령령이 정하는 물류산업, 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업，영화배급업에 한한다), 공연산업(자영예술가를 제외한다),관광진흥법에 의한 관광숙박업ㆍ대통령령이 정하는 관광객이용시설업ㆍ국제회의업ㆍ유원시설업, 광고업, 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업，무역거래 기반조성에 관한 법률에 의한 무역전시산업,학원의 설립ㆍ운영 및 과외교습에 관한 법률에 의한 직업기술분야를 교습하는 학원을 영위하는 중소기업으로 한다. (3) 조세특례제한법 제24조 【생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제】
① 내국인이 생산성향상을 도모하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2009년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
(4) 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】
④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항，제33조의 2, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조，제121조의 8, 제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제4항의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제11조，제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다. (5) 조세특례제한법 시행령 제5조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】
④ 법 제6조 제2항에서 "대통령령이 정하는 기업"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다. 1.벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(동조 제1항 제3호 나목에 해당하는 중소기업을 제외한다) (6) 국세기본법 제26조의2 【국세부과의 제척기간】
① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는국제조세조정에 관한 법률제25조에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간
2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간
② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결，상호합의 또는 경정청구에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
1. 제7장의 규정에 의한 이의신청ㆍ심사청구ㆍ심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 (7) 농어촌특별세법 제4조 【비과세】 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다. 3.조세특례제한법제6조, 제119조 제3항, 또는 제120조 제3항의 규정에 의한 세액감면 및 동법 제7조의 규정에 의한 중소기업에 대한 특별세액 감면 (8) 농어촌특별세법 제5조 【과세표준과 세율】
① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호별 과세표준 세율 1 조세특례제한법·관세법·지방세법 및 지방세특례제한법에 따라 감면을 받는 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면세액(제2호이 경우는 제외한다) 100분의 20 (9) 농어촌특별세법 제8조 【부과ㆍ징수】
② 제7조의 규정에 의하여 농어촌특별세의 신고ㆍ납부 및 원천징수 등을 하여야 할 자가 신고를 하지 아니하거나 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우와 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 다음 각호의 규정에 의한다.
1. 제3조 제1호의 납세의무자 중 소득세 또는 법인세의 감면을 받는 자와 제3조 제2호 내지 제4호 및 제6호의 납세의무자(동조 제3호의 납세의무자 중 물품을 수입하는 자를 제외한다)에 대하여는 세무서장이 당해 본세의 결정ㆍ경정 및 징수의 예에 따라 결정ㆍ경정 및 징수한다.
(1) 법인세 경정결의서, 조사복명서, 답변서, 심판결정문, 국세통합전산망 조회자료 등의 심리자료에 의하여 과세근거 등의 내용을 보면, 청구법인은 인터넷사이트에서 OOO을 운영하고 있고, 2005～2008사업연도분 법인세 신고시조세특례제한법제6조의 창업중소기업에 대한 세액감면의 적용대상 업종으로 하여 법인세를 감면하였고, 처분청은 청구법인이 영위하는 업종이 부가통신업이 아니라 상품중개업 또는 전자상거래업이라 하여 창업중소기업에 대한 세액감면의 적용을 배제하여 2005～2008사업연도분 법인세를 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 청구법인이 영위하는 업종은조세특례제한법상 창업중소기업에 대한 세액감면의 대상인 부가통신업에 해당하지 아니하지만 세액감면 등의 중복적용 배제에 따라 설비 등의 실제 구입 여부 등을 재조사하여 생산성향상시설투자에 대한 세액공제를 적용하라고 결정(조심 2010서1538, 2011.5.17.)하였고, 처분청은 현장조사를 실시하여 생산성향상시설투자에 대한 세액공제를 적용하며 법인세를 감액경정하는 한편 가산세를 포함하여 농어촌특별세를 부과하였다.
(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가)조세특례제한법제6조의 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상은중소기업기본법제2조에 따른 중소기업의 요건을 갖춘 벤처기업으로서 창업후 2년 이내에 벤처기업으로 확인받은 기업을 말하며 그 범위는 부가통신업 등을 영위하는 기업으로 한정하고 있다. (나) 청구법인은 2000.4.7. 설립하여 2년 이내인 2001.3.17. 벤처기업으로 확인받은 중소기업에 해당하고, 부가통신업을 영위하는 것으로 보아 2005～2008사업연도에 창업중소기업 등에 대한 세액감면신고를 하였으나, 처분청은 청구법인의 업종이 배제업종인 상품중개업 또는 전자상거래업인 것으로 보아 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제하고 법인세를 부과하였으며, 청구법인이 이에 불복하여 심판청구를 제기하였으나 기각결정을 받았다. (다) 청구법인의 주된 사업내용은 OOO이라는 온라인상의 시장공간(open market)을 제공하여 다수의 구매자와 판매자가 그 공간에서 1: 1 거래, 공동구매, 경매 등 다양한 방식으로 거래할 수 있도록 하면서, 상품의 등록, 검색, 주문, 결제, 결제대금 예치, 배송추적, 주문취소, 반품, 환불, 증빙 발급 등 거래에 필요한 제반 시스템과 서비스를 제공하고 판매자로부터 일정 금액의 수수료를 포함한 서비스이용료를 지급받고 있으며, 또한 청구법인은 판매자 또는 광고주에게 배너, 키워드 검색 등의 광고활동과 마케팅 활동을 수행할 수 있는 온라인상의 공간(플랫폼)을 제공하는 바, 청구법인은 이와 같은 사업활동이 한국표준산업분류에서 정의하는 부가통신업(‘컴퓨터에 의하여 데이터베이스 및 기타 정보를 검색 및 송수신할 수 있는 온라인 통신 및 검색망을 운영하는 산업활동’)의 요건, 또는 데이터베이스 및 온라인 정보제공업(‘1차 자료를 수집 및 조합하여 일정 포맷에 따라 가공된 정보를 컴퓨터에 수록하여 주문에 따라 자동응답전화, 온라인, 디스켓 등의 전자매체로 제공하는 산업활동’)의 요건에 맞으므로 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. (라) 먼저, 청구법인의 업종 분류와 관련한 법률을 살펴보면, 청구법인은 부가통신업에 대하여조세특례제한법에서 별도의 정의를 두고 있지 아니하므로 근거법률인전기통신사업법상의 기준을 적용하여야 한다고 주장하나,조세특례제한법제2조 제3항에서 ‘이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는통계법에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다’고 규정하고 있고, 같은 법에 부가통신업 또는 상품중개업, 전자상거래업에 대한 규정이 없으므로 청구법인의 업종은 위와 같이 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하여야 한다고 해석된다. (마) 다음으로, 청구법인의 업종이 한국표준산업분류상의 부가통신업인지 아니면 상품중개업 또는 전자상거래업 등인지를 본다.
1. 한국표준산업분류에서는 부가통신업을 ‘컴퓨터에 의하여 데이터베이스 및 기타 정보를 검색 및 송수신할 수 있는 온라인 통신 및 검색망을 운영하는 산업활동’으로 정의하면서 온라인 통신망을 통하여 데이터베이스 및 기타 정보를 제공하는 경우에는 제외한다고 규정하고 있고, 또한 상품중개업은 ‘상품에 대한 소유권을 갖지 않고 수수료 또는 계약에 의하여 타인을 대신하거나 타인을 위해 상품을 중개하는 상품중개인 등’으로 하며 한편, 전자상거래업은 ‘일반 대중을 대상으로 온라인 통신망을 통하여 각종 상품(유형재)을 소매하는 산업활동’으로 정의하면서 각종 정보 및 기타 서비스를 전자상거래 방식으로 제공하는 경우에는 서비스 유형별로 분류하고 있고, 데이터베이스 및 온라인 정보제공업은 ‘1차 자료를 수집 및 조합하여 일정 포맷에 따라 가공된 정보를 컴퓨터에 수록하여 주문에 따라 자동응답전화, 온라인, 디스켓 등의 전자매체로 제공하는 산업활동이며, 신용조사, 광고대리, 주식시세작성, 여행정보작성 등의 특정산업 활동을 주로 수행하는 사업체가 관련정보를 온라인으로 서비스할 경우에는 그 본질적인 활동에 따라 분류된다’고 규정하고 있다.
2. 청구법인은 2002.9.9. 최초로 부가통신사업자로 신고한 이후, 2006.3.7. 서울체신청장으로부터 부가통신사업 신고필증을 교부받은 뒤 2010.1.26. 서울전파관리소장으로부터 부가통신사업 신고증명서를 교부받았으나, 실제 제공하고 있는 서비스는 전자상거래임이 부가통신사업 신고필증에 의하여 구체적으로 확인된다.
3. 청구법인은 기업회계기준서 제4호(2002.12.31. 이후 최초로 개시하는 회계연도부터 적용)의 ‘제품공급자로부터 받은 제품을 인터넷상에서 중개판매하거나 경매하고 수수료만을 수취하는 전자쇼핑몰 운영회사는 관련 수수료만을 수익으로 인식한다’는 내용에 따라, 2002사업연도까지는 상품매출액에서 상품매출원가를 차감하는 총액방식에서, 2003사업연도부터는 순액방식으로 변경하여 수수료 매출액만을 인식고 있고, 매출시점을 판매자가 상품배송을 완료하는 때로 하고 있음이 처분청이 제시하고 있는 심리자료에 나타난다.
4. 청구법인의 판매회원약관 등에 의하면, 전자상거래와 관련하여 각종 서비스를 제공하면 그 이용대가로 판매회원은 판매금액의 일정요율을 수수료로 지불하도록 되어 있고, 그 수입이 청구법인 총 수입의 55.4%～84.5%를 점유하고 있다. 5)전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한 법률제2조에 ‘전자상거래’라 함은 전자거래의 방법으로 상행위를 하는 것으로, ‘통신판매중개’라 함은 사이버몰(컴퓨터 등과 정보통신설비를 이용하여 재화 등을 거래할 수 있도록 설정된 가상의 영업장)의 이용을 허락하거나 거래당사자 간의 통신판매를 알선하는 행위로 각각 규정하고 있다.
6. 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 청구법인의 주요사업은 온라인 통신망을 통하여 상품에 대한 소유권을 갖지 아니하고 타인을 대신하거나 또는 위하여 상품을 중개하면서 판매자로부터 수수료를 받는 것이므로 한국표준산업분류에 의한 상품중개업 또는 전자상거래업의 정의와 부합하는 점, 청구법인의 주된 수익은 온라인 상품거래에 필요한 제반 시스템을 통하여 판매회원과 구매자 간의 상품거래를 중개하고 전자로부터 지급받는 중개수수료이지 그 밖에 데이타베이스 및 기타 정보 등을 제공한 대가로 수령한 수수료는 아닌 것으로 보이는 점, 회계처리에서도 전자쇼핑몰 운영회사의 일반적인 형태에 따라 수수료만을 수익으로 인식하고 있는 점, 한국표준산업분류상 온라인 통신망을 통하여 데이터베이스 및 기타 정보를 제공하는 경우 부가통신업에서 제외하고 있고, 각종 정보 및 기타 서비스를 전자상거래의 방식으로 제공하는 경우 유형별로 분류하도록 되어 있는 점 등에 비추어, 비록 청구법인이 한국표준산업분류상 부가통신업이나 데이터베이스 및 온라인 정보제공업과 유사한 업종을 영위하는 부분이 일부 있다 하더라도 이는 주요 사업인 상품중개업 또는 전자상거래업 등을 행하는 수단 또는 부수적 활동에 불과하다 할 수 있으므로, 청구법인의 업종이 부가통신업 등에 해당하지 아니하는 것으로 보아 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제하고 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2010서1538, 2011.5.17. 같은 뜻임).
(3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 이 건 부과처분 중 2005사업연도 농어촌특별세는 부과제척기간인 5년이 만료(2011.3.31.)되어 과세권이 없는 2011.8.5.에야 이루어진 것이므로 위법하다고 주장하는 반면, 처분청은 농어촌특별세는 법인세 감면세액을 과세표준으로 하는 부가세에 해당하고 법인세의 과세처분이 부과제척기간 내에 적법하게 행한 것인 만큼, 이 건 농어촌특별세 부과처분도 동일하다는 의견이다. (나) 살피건대, 조세는 부가되는지 여부에 따라 독립세와 부가세로 구분되는데, 농어촌특별세는 본세(법인세)의 감면세액을 과세표준으로 하는 부가세(종속세)에 해당되고, 그 부과․징수 및 환급은 본세의 예에 따르는 것이므로 법인세 과세처분이 부과제척기간 내에 적법하게 이루어진 만큼, 이에 부수하여 처분한 농어촌특별세도 마찬가지라고 판단된다.
(4) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 청구법인은 처분청으로부터 부가통신업자로 확인받은 이상, 조세특례제한법의 부가통신업을 달리 해석할 것까지 예상할 수는 없었으며, 처분청은 2011년 8월에야 신고한 내용에 반하는 처분을 하였고, 오픈마켓 사업이 부가통신업이 아니라 해석하는 것이 사실상 불가능한 청구법인이 같은 법 제24조의 생산성향상시설투자에 대한 세액공제규정을 적용받을 것을 예상하기도 어려웠던 점 등을 볼 때, 청구법인에게 이 건 법인세의 경정처분에 따른 농어촌특별세 납부의무가 있다 하더라도 이를 이행하지 못한 데에는 정당한 사유가 존재하므로 가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. (나) 살피건대, 세법에서 규정한 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법령에 규정된 신고, 납세 등의 각종 의무를 위반한 경우 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재라 할 것이므로 납세의무자가 정당한 사유로 신고, 납세 등의 의무를 이행하지 못한 경우에는 이를 과세할 수 없는 것으로 판단되고, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 하겠다(대법원 2001두403, 2003.9.5. 외 다수 같은 뜻임). 농어촌특별세의 부과․징수 및 환급은 본세의 예에 따르는 것이므로 세무조사를 통하여조세특례제한법상의 세액감면이 취소되어 법인세가 추징되는 경우에는 관련 농어촌특별세를 환급하는 것이고, 재조사를 통하여 직권으로 같은 법상의 다른 세액공제를 적용하는 경우에는 관련 같은 세액을 부과․징수하는 것인 바, 청구법인은 동일한 사업연도에 창업중소기업에 대한 세액감면과 생산성향상시설투자에 대한 세액공제가 동시에 적용될 수 있어 그 중 하나만을 선택하여야 하기 때문에전기통신사업법상 부가통신사업자로 신고하였으나, 그와 같은 사정이 있다고 하여 부가통신업을 영위한 것으로 인정할 수는 없으며, 청구법인의 이 건 법인세 신고 당시에도 업종분류에 대한 관련 규정이 이미 존재하고 있었고, 청구법인이 영위하였다고 주장하는 부가통신업에 대하여 과세관청에서 해석 등을 달리한 사실이 없으며, 위와 같이 청구법인은 특정 사업연도에 창업중소기업에 대한 세액감면과 생산성향상시설투자에 대한 세액공제가 동시에 적용된다고 판단하여 그 중 전자를 선택한 것이므로 후자가 적용되는 경우에는 농어촌특별세가 부과․징수되어야 하고, 청구법인이 영위하는 업종이 창업중소기업에 대한 세액감면대상이 아닌 것으로 확인된 이상, 이에 근거한 농어촌특별세의 미납부에 대한 책임은 청구법인에게 있으므로 정당한 사유가 있어서 가산세를 감면하여야 한다는 주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.