매매계약서에 구분 기재된 토지와 건물 가액이 사회통념에 벗어난 가액이라고는 보이지 않음

OOO세무서장이 2011.5.30. 청구인에게 한 환급거부처분은 청구인이 2011.1.31. 취득한 서울특별시 OOO 건물 629.3㎡ 중 1/2지분 관련 매입세액으로 OOO을 공제하는 것으로 하여 그 환급세액을 경정한다. ○세무서장이 2011.7.15. 청구인에게 한 2006년 귀속 종합소득세 5,097,960원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 ‘부동산 임대업’을 주업으로 하는 사업자로 2011.1.31. 서울특별시 OOO 토지 43.79㎡ 및 건물 629.81㎡ 중 1/2지분(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신OOO(이하 “매도인”이라 한다)으로부터 매매대금 OOO에 취득한 후, 매매계약서상에 구분기재한 건물분 매입액 OOO 등을 매출세액에서 공제하여 2011년 제1기 부가가치세 신고를 하면서, 관련 매입세액OOO의 조기환급신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점부동산은 토지와 건물 가액 구분이 불분명하고 비합리적이라고 보아 토지와 건물의 기준시가 비율로 계산한 건물 관련 매입세액 OOO만 매출세액에서 공제하여 2011.5.30. 청구인에게 2011년 제1기 부가가치세OOO만 환급하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.6.23. 이의신청을 거쳐 2011.10.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부가가치세법 제13조 및 같은 법 시행령 제48조의2에서 사업자가 토지와 건물을 함께 공급하였으나 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우에는 토지와 건물의 가액을 기준시가의 비율로 계산하도록 하였으나, “가액의 구분이 불분명한 경우”의 범위를 구체적으로 정하지 아니하여 과세관청의 자의적 해석의 여지를 두었으므로 조세법률주의에 위배되고, 청구인과 매도인은 매도인의 당초취득가액, 인근 부동산의 실지거래가액이나 감정가액등을 고려하여 쟁점부동산의 실지거래가액을 토지분과 건물분으로 안분하여 이를 매매계약서에 기재하였고, 매도인이 관련 부가가치세를 성실하게 신고․납부하였는데도, 처분청은 단지 기준시가만을 비교하여 토지와 건물의 가액 구분이 불분명하다고 본 것으로, 이는 부동산 시장의 거래현실을 무시한 것으로서 부당하므로 쟁점부동산의 건물분 매입세액으로 OOO을 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 통상적으로 건물은 내용연수가 경과함에 따라 장부가액이 감가상각되는 등 그 가치가 하락한다고 보아야 하는데, 쟁점부동산의 거래가액 중 건물가액은 감가상각이 제대로 반영되지 않는 등 합리적인 근거에 의하여 정하여진 것이 아니고 단순히 계약당사자 쌍방이 합의하여 매매계약서에 기재한 것에 불과하다고 보이므로, 처분청이 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액 구분이 불분명하고 비합리적이라고 보아 기준시가의 비율로 그 가액을 안분계산하여 이에 따라 산정된 건물가액에 대하여만 매입세액을 환급한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액 구분이 불분명하다고 보아 기준시가의 비율로 안분계산한 건물가액에 대하여만 매입세액을 공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】(2010.12.27. 법률 제10409호로 개정된 것)

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 (2) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 "사업장 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우 (3) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

② 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 등기부등본 및 집합건축물관리대장 등에 의하면, 쟁점부동산은 철근콘크리트조의 판매시설로, 1997.4.1. 신축되었고, 1997.4.30. 대물변제를 원인으로 OOO명의로 소유권 이전되었다가, 2000.9.1. 매매를 원인으로 전소유자 신OOO 명의로 소유권 이전되었고, 2011.1.31. 매매를 원인으로 청구인과 주식회사 OOO에게 각 1/2 지분으로 소유권 이전된 것으로 나타난다.

(2) 청구인과 신OOO이 2011.1.4. 채결한 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면, 총매매대금은 OOO(부가가치세 포함)으로, 잔금지급일은 2011.1.31.로 기재되어 있고, 총매매대금 중 토지가액은 OOO으로, 건물가액은 OOO으로 각각 구분기재되어 있다.

(3) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인이 쟁점부동산에 대하여 관련 부가가치세 매입세액의 조기환급신고를 하자, 처분청은 2011.5.12.부터 2011.5.16.까지 현지확인조사를 실시하고, 쟁점부동산의 매매계약서상 전체 거래가액은 인정되나, 토지와 건물의 가액이 기준시가의 비율로 계산해 본 바, 합리적이라고 보기 어렵다고 보아 토지와 건물의 가액을 기준시가의 비율로 안분하여 청구인이 환급신고한 부가가치세 매입세액 중 일부만 환급한 사실이 나타난다.

(4) 이에 대하여 청구인은 신OOO과 쟁점부동산의 매매가액을 산정하면서 아래의 자료를 참고하여 토지분 및 건물분에 대한 가액구분을 하였으므로 처분청이 이를 가액구분이 불분명한 경우로 보아 청구인이 환급신청한 부가가치세 매입세액 중 일부만 환급한 것은 부당하다고 아래와 같이 주장한다. (가) 신OOO은 2000.4.21. OOO로부터 쟁점부동산을 매입하였는데, 당시 신OOO이 종전에 양도하였던 인근 부동산의 매매사례가액을 참고하여 아래 <표1>에 나타난 바와 같이 쟁점부동산의 전체 양도가액 대비 건물가액의 비율을 70%로 구분하여 거래를 하였으나, 별 문제가 없었다(청구인은 이의신청시에도 동 자료를 제출하였으나, 처분청은 사실관계만 적시하였음). (나) OOO사무소 등에서 법원의 경매목적으로 작성한 감정평가서 등에 의하면, 해당 부동산의 전체 평가액 대비 건물가액의 비율이 아래 <표2>와 같이 확인되었다. (다) 또한, 청구인이 신OOO으로부터 쟁점부동산을 취득할 당시, 신OOO의 장부가액은 아래 <표3>과 같았고, 청구인과 신OOO은 위 <표1>의 매매사례가액과 <표2>의 감정가액 및 신OOO의 장부가액 등을 참고하여 쟁점부동산의 매매계약서에 토지와 건물의 가액을 아래 <표3>과 같이 구분 기재하였으며, 거래당사자 쌍방이 이를 기초로 부가가치세 신고를 하게 된 것이다.

(5) 한편, 국세통합전산망에 의하면, 청구인과 함께 쟁점부동산의 지분 1/2을 취득하였던 OOO은 매매계약서에 구분기재한 건물분 매입세액 OOO을 공제하여 환급신고를 하여 주사업장의 총괄납부세액에서 차감된 사실이 확인되고, 매도인 신OOO은 청구인과 OOO으로부터 거래징수한 부가가치세 OOO을 신고․납부한 사실이 확인된다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, (가) 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항에서는 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급받는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의하고, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 기준시가 등에 따라 그 가액을 안분하도록 하였는바, (나) 이 건의 경우, 청구인이 신OOO으로부터 쟁점부동산을 매입하면서 인근 부동산의 매매사례가액 및 감정가액 등을 참작하여 토지와 건물의 가액을 구분하여 계약하였고, 이에 따라 공급자인 신OOO은 관련 부가가치세 매출세액을 납부하였으며, 공급받는 자인 청구인은 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고한 사실이 확인되고, 쟁점부동산이 철근콘크리트 구조물로 향후에도 장기간 사용이 가능하다고 보이는 점과 쟁점부동산과 이용현황이 유사한 인근 부동산의 매매사례가액 및 감정가액 등에 비추어 청구인과 신OOO이 매매계약서에 구분 기재한 토지와 건물 가액을 사회통념에 벗어난 가액이라고는 보이지 아니하므로 이 건 처분청이 쟁점부동산의 거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명하다고 보아 동 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호를 적용하여 기준시가의 비율로 계산한 가액을 건물가액으로 하여 관련 매입세액 중 일부만 환급한 이 건 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.