연구ㆍ인력개발비가 최초 발생한 사업연도에는 투자액 전액을 초과발생액으로 보아 세액공제액을 계산함

OO세무서장이 2011.9.29. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 소프트웨어개발 및 방송통신장비 제조업을 영위하는 중소기업으로서 2009년 5월 기술개발촉진법에 따라 기업부설연구소를 설립하고 연구‧인력개발비를 지출한 후, 2009사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 나목에 의하여 해당 사업연도 총 발생액의 25%인 OOO원을 세액공제액으로 하여 법인세 OOO원을 신고‧납부하였다가, 과소계상한 OOO원을 추가하여 OOO원을 연구‧인력개발비로 하고, 세액공제액을 같은 호 가목에 의하여 직전 4년간 연평균발생액 초과분의 50%인 OOO원으로 하여, 2011.7.28. 2009사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 과소계상 인건비 OOO원은 인정하였으나, 연구‧인력개발비가 최초로 발생한 사업연도에는 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 가목의 연평균발생액 기준이 적용되지 않는다고 보고 경정청구를 거부하여, 2011.9.29. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원만을 환급하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.10.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인의 연구개발전담부서의 인건비 등 OOO원의 연구‧인력개발비가 2009년에 최초로 발생되었다 하더라도 조세특례제한법 및 관련기관의 유권해석에 의하면 연평균발생액 기준 세액공제방법에 의하여 그 50%인 OOO원의 세액공제를 받을 수 있다. 조세특례제한법 제10조 제1항 에 의하면 중소기업이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구‧인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액과 당해 과세연도에 발생한 연구‧인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산된 금액 중 선택하여 세액공제를 받을 수 있고, 과세관청에서는 직전 4년간 연구‧인력개발비가 지출되지 아니한 경우에도 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방법을 적용대상에서 배제하고 있지 않으므로 연구‧인력개발비가 최초로 발생한 사업연도의 경우 그 발생된 연구‧인력개발비 전액을 증액분으로 보아 세액공제액을 계산하여야 한다고 해석하고 있다. 따라서 처분청이 과소계상한 인건비 OOO원만 인정하고, 연평균발생액 기준에 의한 세액공제 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제10조 제2항 에 의하면 4년간 발생한 연구‧인력개발비의 연평균발생액은 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구‧인력개발비의 합계액의 평균으로 하고, 이 경우 최초 과세연도 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 연구‧인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 직전 4년간 발생한 연구‧인력개발비의 합계액으로 하는 것인바, 청구법인과 같이 최초 발생한 연구‧인력개발비의 경우에는 초과발생액의 비교가 되는 연평균 발생액 자체가 없어 당초 신고한 연구개발전담부서의 인건비 OOO원에 과소계상된 인건비 OOO원을 합산하고 25% 적용하여 법인세 OOO원을 환급한 것이다. 국세청 예규(법인세과-1285, 2009.11.17.)에서도 연구‧인력개발비가 최초로 발생한 사업연도에는 비교할 수 있는 직전 4년간 연평균발생액이 없으므로 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 에 따른 세액공제방식을 적용할 수 없다고 하였고, 최초 발생한 연도의 연구‧인력개발비 계산에 대한 판례와 예규가 대립되어 2011년 9월 국세청(법규과)에 질의한바, 대법원판례에도 불구하고 기획재정부와 국세청의 연구‧인력개발비 최초 발생연도 세액공제시 연평균발생액 기준을 적용할 수 없다는 답변을 받았으므로, 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방법을 적용하지 아니하고 과소계상 인건비만 합산하여 환급한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 연구‧인력개발비가 최초로 발생한 사업연도에는 직전 4년 연평균발생액이 없으므로 연평균발생액 초과 기준 세액공제를 적용할 수 없다고 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제9조 제4항에 의하면, 중소기업이 각 과세연도에 연구·인력개발을 위한 비용이 있는 경우, ‘해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과한 금액의 50%’와 ‘해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비의 25%’ 중 하나를 선택하여 세액공제를 받을 수 있고, 이 경우 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액은｛(당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액/4)×(당해 과세연도의 월수/12)}의 산식으로 계산하되, 연구·인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구·인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 합계액으로 본다고 규정되어 있다.

(2) 처분청은 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방법은 직전 4년간 연구·인력개발비가 발생하였다는 것을 전제로 그 연평균발생액을 초과하는 연구·인력개발비에 대해 적용하는 것으로서 연구·인력개발비가 최초로 발생한 경우에는 초과발생액의 비교대상 자체가 없으므로 근본적으로 연평균발생액 기준에 의한 세액공제를 적용받을 수 없고, 조세특례제한법 제10조 가 연구·인력개발비 세액공제제도를 운영함에 있어서 기업의 연구·인력개발비 증가투자를 유도하기 위하여 연구·인력개발비 지출액을 경상지출분과 증가지출분으로 나누고 증가지출분에 대해서는 상대적으로 높은 세액공제율을 적용하도록 하여 세액공제율을 차등운용하고 있는 점을 감안하면 최초로 발생한 연구·인력개발비에 대해서는 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방식을 적용할 수 없다고 주장하며, 관련 해석사례(조심 2010서276, 2010.5.6. 등)를 제시하였다.

(3) 청구법인은 연구·인력개발비가 최초로 발생한 사업연도에는 직전 4년간의 연평균발생액을 0원으로 보아 해당 사업연도에 지출한 연구·인력개발비 전액을 직전 4년간의 연평균발생액의 초과분으로 보아야 한다고 주장하며, 사단법인 한국산업기술진흥협회장으로부터 발급받은 기업부설연구소인정서(2009.5.26.), 연구인력(4명)에 대한 4대 보험(국민연금보험, 건강보험, 고용보험, 산재보험) 회사부담분이 기재된 근로소득원천징수부, 관련 해석사례(대법원 2010.4.29. 선고 2009두22454 판결, 조심 2010중1898, 2011.2.16. 등)를 제출하였다.

(4) 관련 법령 등을 종합하여 보면, 처분청은 청구법인이 2009년도에 최초로 연구·인력개발비가 발생하였기 때문에 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 에서 규정하고 있는 연평균발생액 초과 기준을 적용할 수 없다는 의견이나, 조세특례제한법상 연구·인력개발비의 세액공제 제도의 취지와 동 규정이 직전 4년간 연구·인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 그 적용대상에서 배제하고 있지 않은 점, 그 시행령에서도 이러한 비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간 중 발생한 연구·인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 합계액으로 보도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 연구·인력개발비가 해당 과세연도의 직전 4년간 지출되지 아니하고 해당 과세연도에 비로소 지출되었다 하더라도 그 투자액 전부를 초과발생액으로 보아 세액공제를 하는 것이 타당하다 할 것이다(대법원 2010.4.29. 선고 2009두22454 판결 같은 뜻, 조심 2010중1898, 2011.2.16. 및 기획재정부 조세특례제도과-237, 2008.6.4. 참고). 따라서 청구법인이 2009사업연도에 최초로 발생한 연구·인력개발비에 대한 세액공제액을 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 가목의 연평균발생액 초과 기준으로 계산하여 경정청구한 것에 대하여 처분청이 이를 부인한 처분은 잘못으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.