비록 쟁점계약이 수탁받는 형식을 취하고 있으나 방위산업의 특수성을 감안할 때 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용함이 타당함

OOO 세무서장이 2011.8.16. 청구법인에게 한 법인세(농어촌특별세 포함) 2006사업연도분 OOO의 부과처분은 자체 연구 및 인력개발비 OOO원(2006사업연도분 240,821,998원, 2007사업연도 84,195,848원)과 OOO연구소로부터 수탁받아 지출한 연구 및 인력개발비 OOO)을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 금액으로 하여 조세특례제한법 제10조 에 따라 공제세액을 계산하여 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 1982.9.16. 설립하여 군납업 등록을 하고 1999.7.16. 기업부설연구소를 설립하여 현재까지 OOO 및 방위산업체에 무기체계 관련 시뮬레이션용 시스템을 자체개발하여 납품하고 있는 국방관련 소프트웨어개발 전문 중소 벤처기업으로서, 기업부설연구소에서 발생된 전담연구원의 연구 및 인력개발비 OOO으로 이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 신청하여 세액공제를 받았다.
• 나. OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사결과, 타인으로부터 연구개발 용역을 수탁받아 지출한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 청구법인이 공제받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제액을 불공제하여 2011.8.16. 청구법인에게 2006～2010사업연도 법인세(농어촌특별세 포함) OOO)을 각각 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 처분청이 불공제한 연구 및 인력개발비 중 자체연구개발비 OOO연구소로부터 수탁받아 지출한 연구 및 인력개발비OOO)(이하 “쟁점비용”이라 한다)에 대하여는 조세특례제한법 제10조 에 의한 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당한다고 보아 이에 불복하여 2011.10.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점비용을 살펴보면, 청구법인은 자체적으로 잠수함 체계연동 성능검증 및 해상훈련시스템 개발 프로젝트를 수행하면서 정부지원대출금 OOO만원을 받아 수행하면서 전담연구원 인건비와 재료비를 지급하였으며, 청구법인과OOO연구소의 일반용역 계약 일반조건 제7조 제1항은 청구법인이 당해 계약의 수행에 필요한 기술과 경험을 가진 근로자를 채용하여야 하며 근로자의 행위에 대하여 모든 책임을 져야 하고, 제2조는 청구법인이 채용한 근로자에 대하여 당해 계약의 수행상 적당하지 아니하다고 인정하여 OOO연구소가 이의 교체를 요구할 때에는 즉시 교체하여야 하며, OOO연구소의 승인 없이는 교체된 근로자를 당해 계약의 수행을 위하여 다시 채용할 수 없다고 하고 있는 바, 청구법인이 OOO연구소로부터 수탁받은 국방관련 프로젝트 개발관련 연구원은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인 전담연구원으로 봄이 타당하다. 청구법인의 대금수령은 원칙적으로 계약이 완료된 후 또는 계약이 완전히 이행된 후에 가능한 것이며, 예외적으로 계약체결 후 청구법인의 청구에 의하여 계약금액의 일부를 선수금으로 수령할 수 있으나 계약이 해제 또는 해지될 경우에는 선수금, 기성부분 대가지급액, 계약보증금 등의 처리는 국가기관의 지시에 따라야 하고, 각종 시험과 품질보증 기간 중 운용 및 장비관리상 개발시스템의 결함에 의하여 발생하는 인명 및 장비에 대한 피해는 전적으로 개발업체가 책임을 진다고 규정하고 있어(특수계약조건 제7조), 청구법인의 연구개발 실패로 계약을 해제 또는 해지당하면 투입되는 연구개발비는 온전히 손실로 처리된다. OOO연구소는 OOO연구소법에 의하여 국방에 필요한 병기, 장비와 그 밖의 군용물자에 관한 기술적 조사, 연구, 개발과 이에 관련된 계통공학, 인간공학, 그 밖의 과학기술의 조사, 연구 등을 목적으로 설립되었으며, 수익사업을 영위하지 아니한 비영리법인으로서 쟁점연구원 인건비에 대하여 이중으로 세액공제가 되지 아니한 점을 감안하여 쟁점비용을 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상으로 보아야 한다. 또한 연구개발에 따른 책임과 위험이 청구법인에게 귀속되는 것과 아울러 방위산업물자는 대중의 수요를 위해 개발하는 것이 아니라 국가가 요구하는 무기 등의 특정물품을 만드는 것이므로 국가의 요구에 맞추어 기술개발이 이루어질 수 밖에 없는 방위산업의 특수성을 감안할 때, 비록 계약의 형식은 위탁의 형식을 띠고 있으나 기술개발 내용을 자체기술개발로 인정하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 인정하는 것이 타당할 것이다(국심 2007서1000, 2008.8.29. 조심 2010구1325, 2010.9.13. 같은 뜻).
• 나. 처분청 의견 청구법인은 가상현실 소프트웨어 제작을 주로 하는 업체로 OOO연구소 외 일반 영리법인으로부터 다양한 수주를 받고 있는 바, 조세특례제한법 기본통칙 10-0…2에 따르면 타인으로부터 수탁받은 연구개발용역 수행을 위해 발생한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없음을 규정하고 있어 청구법인이 OOO연구소 등으로부터 수탁받아 수행한 시뮬레이터 등의 제작 및 개발 활동으로 인해 발생한 연구개발비용에 대한 세액공제는 적용받을 수 없으며, 설령 그 계약관계의 특수성에 의하여 수탁연구개발이 아닌 자체연구개발로 볼 여지가 있다 할지라도 청구법인이 세무조사시 제출한 연구개발비 발생내역을 보면, 2006년부터 2010년까지 OOO연구소 외OOO 등 다수의 영리법인으로부터 시뮬레이터 제작 및 개발을 수탁받아 오고 있어 연구 및 인력개발비 세액공제가 이중으로 적용되지 않는다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다. 청구법인이 제출한 일반용역 계약 일반조건 제14조에 따르면, 용역수행 과정에서 발생하는 산업재산권의 모든 권리는 위탁자에게 귀속됨에 따라 연구개발의 산출물에 대한 소유권이 위탁자에게 있으며, 제18조 및 선급금 지급조건에 따르면, 계약금액의 70% 범위 내에서 선급금을 지급할 수 있고, 계약을 해제 또는 해지하는 경우 선급금의 잔액을 반환하여야 한다고 규정하고 있으며, 일반적으로 청구법인은 기성에 따라 위탁자로부터 선급금을 지급받고 있고 청구법인의 책임있는 사유에 의한 계약의 해제 또는 해지 시에도 기왕에 지급받은 선급금 중에서 선급금 지급일로부터 90일 이내에 사용하지 않거나 다른 용도로 사용한 부분만을 반환하여야 한다고 되어 있어 설령 수주받은 시뮬레이터 등의 제작 및 개발에 실패하였다 하더라도 소요된 비용은 기왕에 지급받은 선급금으로 충당이 가능하고 실제 청구법인은 개업 당시부터 현재까지 수주받은 프로젝트를 실패한 사실도 없어 제작 및 개발의 실패시에 따르는 그 위험이 크지 않는 등 청구법인의 주장과 달리 OOO연구소 외 다수의 영리법인으로부터 수탁을 받아 연구 및 인력개발비 세액공제가 이중으로 적용될 수 있으며, 연구개발의 산출물에 대한 권리가 위탁자에게 있고 제작 및 개발의 실패시 따르는 위험이 크지 않아 청구법인의 수탁개발연구비용을 자체연구개발비용으로 볼 여지가 없어 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인 기업부설연구소의 연구 및 인력개발비 중에서 OOO연구소로부터 수탁받은 시뮬레이션 등 제작 및 개발에 소요된 연구 및 인력개발비와 자체연구개발에 투입된 연구원 인건비 및 재료비를 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액 (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 [별표 6]의 비용을 말한다. [별표 6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제9조제2항관련) 구분 비용

• 가. 자체기술개발

① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설(제10조제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목ⓛ에 규정된 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용

• 나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역을 위탁함에 따른비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯국·공립연구기관 ㉰정부출연연구기관 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

① 영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제1호가목에서 "전담부서"라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.

② 영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제1호가목①에서 "재정경제부령이 정하는 자"라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. (4) 국방과학연구소법 제1조 【목적】 이 법은 국방과학연구소를 설립하여 국방에 필요한 병기ㆍ장비 및 물자에 관한 기술적 조사ㆍ연구ㆍ개발 및 시험과 이에 관련되는 과학기술의 조사ㆍ연구 및 시험 등을 담당하게 하여 국방력의 강화와 자주국방의 완수에 기여함을 목적으로 한다. (5) 국방과학연구소법 제2조 【법인격】 방과학연구소(이하 “연구소” 한다)는 법인으로 한다. (6) 국방과학연구소법 제5조 【재원】

① 연구소의 설립비, 건설비, 운영비 및 연구비는 정부 출연금과 그 밖의 수입금으로 충당한다. (7) 국방과학연구소법 제7조 【사업】

① 연구소는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 국방부장관의 감독을 받아 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 병기ㆍ장비와 그 밖의 군용 물자에 관한 기술적 조사ㆍ연구ㆍ개발과 이에 관련된 계통공학, 인간공학, 그 밖의 과학기술의 조사ㆍ연구

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 기업부설연구소에서 발생된 2006년～2010년 전담연구원의 연구 및 인력개발비 OOO만원에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 신청하여 세액공제를 받았으나 OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사결과, 타인으로부터 연구개발 용역을 수탁받아 지출한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 청구법인이 공제받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제액을 불공제하여 2011.8.16. 청구법인에게 2006～2010사업 연도 법인세(농어촌특별세 포함) OOO,OOO,OOOO(OOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OO,OOO,OOOO)을 고지한 사실이 결정서 등에 나타난다. (2) OO OO 연구소는 OOO연구소법에 의하여 국방에 필요한 병기․장비 및 물자에 관한 조사, 연구 등을 목적으로 설립되었고, OOO연구소는 법인으로 한다고 되어 있으며, OOO연구소의 성격은 국가 및 지방자치단체로서 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인으로서 고유번호증OOO을 교부받은 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 자체연구개발 융자사업보고완료서, 계약서, 기업부설연구소 전담연구원 현황 등 증빙서류를 제시하면서 연구 및 인력개발비 중 자체연구개발비 및 OOO연구소로부터 수탁받아 지출한 연구 및 인력개발비는 세액공제 대상이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 당초 연구 및 인력개발비로 세액공제 받은 내역은 아래 <표>와 같이 나타난다. (나) 청구법인은 2004.6.3. 소재지 변경으로 한국산업기술진흥협회장으로부터 기술개발촉진법 제16조 및 같은 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소(1999.8.10. 최초 인정)로 인정받았고, 기업부설연구소 신고서 내용에는 아래 <표>와 같이 전담연구원의 현황이 나타나며, 프로젝트별 참여현황 및 과제별 인건비 배분 현황을 보면, 매월 과제별로 전담연구원의 투입현황을 비율로 기재하여 참여율을 집계하여 연구소장의 승인을 거쳐 관리지원부서로 통보하고, 관리지원부서에서는 월별로 근무일수를 개인별 참여율로 배분하여 연구과제 및 프로젝트별 참여일수를 산출하여 연간 단위로 집계한 후, 총 근무일수 중 해당 연구과제 및 프로젝트에 참여한 날의 비율을 산출하며, 연간 개인별 총 급여액을 해당 연구과제 및 프로젝트에 참여한 비율로 배분한 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 제출한 자체연구개발 프로젝트 현황을 보면, 아래 <표>와 같으며, 청구법인이 2007.5.29. 잠수함 체계연동 성능검증 및 해상훈련 시스템개발에 대한 융자사업 완료보고서를 OOO에게 보고한 것으로 나타난다. (라) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, OOO연구소로부터 수탁받은 연도별, 과제별 연구개발 프로젝트에 투입된 전담연구원의 연구 및 인력개발비를 지급한 내역이 아래 <표>와 같이 나타난다 (마) 청구법인이 OOO연구소로부터 수탁받은 용역 중 차기잠수함 음탐 환경분석시스템 개발 관련 주요 계약내용을 보면, 아래와 같이 나타난다.

1. 일반용역계약서에 의하면, 청구법인과 OOO연구소(제6기술연구본부)는 차기잠수함 음탐 환경분석시스템 개발 건으로 계약금액 OOO만원, 계약일 2008.8.28., 완료일 2010.12.10.로 되어 있는 것으로 나타난다.

2. 일반용역 계약 일반조건 제7조 제1항은 청구법인(이하 “을”이라 한다)이 당해 계약의 수행에 필요한 기술과 경험을 가진 근로자를 채용하여야 하며, 근로자의 행위에 대하여 모든 책임을 져야 한다고 되어 있고, 제2항은 을이 채용한 근로자에 대하여 당해 계약의 수행상 적당하지 아니하다고 인정하여 갑이 이의 교체를 요구할 때에는 즉시 교체하여야 하고, 갑의 승인 없이는 교체된 근로자를 당해 계약의 수행을 위하여 다시 채용할 수 없다고 되어 있으며, 제14조 제1항은 별도로 정한 것이 없을 때에는 용역수행 과정에서 발생하는 산업재산권의 모든 권리는 OOO연구소(이하 “갑”이라 한다)에 귀속되고, 제18조 제2항은 전항에 의하여 계약이 해제 또는 해지될 경우 선금액, 기성부분 대가지급액, 계약보증금 등의 처리는 갑의 지시에 따른다고 되어 있다.

3. 계약특수조건 제7조는 각종 시험과 품질보증 기간 중 운용 및 장비관리상 개발시스템의 결함에 의하여 발생하는 인명 및 장비에 대한 피해는 전적으로 개발업체가 책임을 진다고 되어 있고, 제12조는 개발업체가 제3자로부터 특허권 침해소송 등 납품항목에 대한 법적인 문제가 발생할 경우 모든 책임을 지며 관련 비용을 부담한다고 되어 있다.

4. 선급금 지급조건 제1조는 갑이 계약체결 후 을의 청구에 의하여 계약금액의 70% 범위 내에서 선급금을 지급할 수 있다고 규정하고 있고, 제4조는 을이 선급금을 수령한 후 계약을 해제 또는 해지하는 경우, 선급금 지급일로부터 90일 이내에 사용하지 아니하거나 선급금 지급 목적 외의 사용, 기타 선급금 지급조건을 위반한 경우에 해당하는 경우에는 지체없이 갑에게 선급금 잔액(90일 이내 사용하지 아니하거나 타 용도로 사용한 금액)을 반환하여야 한다고 되어 있다. (바) 조세특례제한법상 연구 및 인력개발비 세액공제의 기본취지는 여타의 세액공제가 대부분 일정 조건에 대한 설비투자액에 대한 공제제도인 점에 비추어 이는 비용에 대한 세액공제로서, 동일한 기술개발투자에 있어서도 설비투자는 자산의 대체성, 잔존가액의 존재 등의 특성이 있는 반면 기술개발비용은 지출과 동시에 사외로 완전히 유출된다는 점에서 오히려 설비투자보다 위험내재요인이 더욱 많을 수 있어 기술개발이 위축되지 않도록 하기 위하여 동 제도를 도입하여 시행하고 있다 할 것이다(국심 2007서1000, 2008.08.29. 참조). (사) 살피건대, 처분청은 청구법인이 당초 세액공제 받은 연구 및 인력개발비는 타인으로부터 연구개발 용역을 수탁받아 지출한 비용으로 보아 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 보았으나, 조세특례제한법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조에서 규정한 자체기술개발 비용은 기업부설연구소에서 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원의 인건비, 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비 등을 규정하고 있는바, 청구법인은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소를 운영하고 있고 전담연구원을 보유하고 있는 점, 청구법인이 정부로부터 5억OOO만원을 융자받아 잠수함 체계연동 성능검증 및 해상훈련시스템 개발을 추진하고 2007.5.29. OOO에 보고한 것으로 융자사업완료보고서에 나타나는 점 등으로 보아 청구법인은 자체연구개발 프로젝트로 잠수함 체계연동 성능검증 및 해상훈련시스템을 추진한 것으로 보여진다. 또한, 조세특례제한법상 연구 및 인력개발비 세액공제의 기본취지, 방위산업물자는 대중의 수요를 위해 개발하는 것이 아니라 국가가 요구하는 무기 등의 특정물품을 만드는 것이므로 국가의 요구에 맞춰서 기술개발이 이루어질 수밖에 없는 방위산업의 특수성, 연구개발에 따른 책임과 위험이 청구법인에게 귀속되는 점, OOO연구소가 수익사업을 영위하지 아니하여 수탁비용에 대하여 이중으로 세액공제가 되지는 아니하는 것으로 보이는 점 등을 감안하여 볼 때, 비록 청구법인과 OOO연구소가 계약의 형식이 OOO연구소로부터 수탁받는 형식을 띠고 있지만 연구개발에 소요된 쟁점비용은 청구법인의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2011부2327, 2011.11.17., 국심 2007서1000, 2008.8.29. 같은 뜻). 따라서, 처분청은 청구법인의 연구 및 인력개발비 중에서 자체 연구 및 인력개발비 OOO원(2006년 및 2007년)과 OOO연구소로부터 수탁받아 지출한 연구 및 인력개발비OOO원(2006년～2010년)을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 금액으로 하여 조세특례제한법 제10조 에 따라 공제세액을 계산하여 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.