기업구조조정조합원이 부담한 조합비용, 관리 및 성과보수 등을 주식 양도소득의 필요경비로 일부 인정함

OOO세무서장이 2011.8.1. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 증권거래세 OOO1원 및 기업구조조정조합비용 및 관리보수 OOO원을 필요경비에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 2006.9.18. 산업발전법에 따라 설립․등록된 OOO 6호 기업구조조정조합(이하 “OOO”이라 한다)의 조합원으로서 OOO원(전체 지분의 10.8%)을 출자하였고, 2006년말 현재 OOO의 주요 현황은 다음 <표1>과 같다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOO (OO: OOO, O)
• 나. OOO은 주식회사 OOO 발행주식을 2006.9.21. 이봉훈 등으로부터 357,173주, 2006.10.24. 유상증자로 339,314주를 취득(총 696,487주, 취득가액 OOO원)하여 2007.2.13. OOO원에 양도하고, 2007년 3월 해산하면서 다음 <표2>와 같이 청구인을 포함한 조합원에게 OOO원(수익율 35.5%)을 현금으로 분배하였으며, 청구인은 이와 관련하여 양도소득세를 신고하지 아니하였다. OOOOOOOOOO OOOOO OOO OOOO OO (OO: O)
• 다. OOO국세청장은 2009년 12월 조사를 실시하여 OOO이 양도한 주식 696,487주 중 357,173주(51.28%)는 출자가 아닌 매입으로 취득한 것으로서 조세특례제한법상 비과세 대상이 아니므로, 청구인이 OOO을 통해 양도한 주식의 양도차익 중 51.28% 상당액은 양도소득세 과세대상이라는 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 라. 처분청은 다음 <표3>과 같이 청구인 지분 10.81%에 상당하는 증권거래세․조합관리보수 및 조합비용․조합성과보수 OOO원[OOO에서 발생한 합계액 OOO 중 과세비율(51.28%) 및 청구인 지분비율(10.81%)을 곱하여 산정한 금액이고, 이하 “쟁점금액”이라 한다]을 필요경비에 산입하지 아니하여, 2011.8.1. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원(신고불성실가산세 OOO원 및 납부불성실가산세 OOO원 포함)을 결정․고지하였다. OOOOOOOOOO OOO OOOOO OO OO (OO: O)
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2011.10.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점금액은 청구인의 양도주식 매각과 관련하여 부담한 것으로 당연히 자본적 지출액 또는 양도비로서 필요경비로 공제되어야 함에도 이를 인정하지 아니하고 과세한 처분은 부당하다.

(2) 청구인은 OOO의 일반조합원으로서 조합의 모든 업무는 업무집행조합원과 업무감독조합원에 의해 이루어졌고, 일반조합원은 업무 내용에 대하여 자세히 알 수 없었으며, 투자는 업무집행조합원인 OOO(주)의 책임하에 운영 및 청산이 이루어졌고, 조합원인 청구인은 이에 직접적으로 관여한 바가 없어 업무집행조합원이 취득하는 주식이 구조조정대상기업에 직접 출자하여 주식을 취득하는지, 아니면 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는지를 알 수가 없었으므로 양도소득세 무신고에 정당한 사유가 있어 가산세 부과는 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점금액은 소득세법 시행령제163조에 따른 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용이 아니므로 필요경비로 볼 수 없다.

(2) 청구인이 법정 신고기한 내에 양도소득세를 신고하지 아니하였으므로 가산세를 부과한 처분은 정당하다

• 가. 쟁 점

① 기업구조조정조합에 출자한 조합원이 업무집행조합원 등에게 지급한 조합비용․관리 및 성과보수 등을 양도주식의 필요경비로 볼 수 있는지 여부

② 가산세부과와 관련하여 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제14조 【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 규정에 의한 주식 또는 출자지분은 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우에 한한다)의 양도에 대하여는 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제3호 내지 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다.

5. 산업발전법제15조의 규정에 의한 기업구조조정조합(이하 “기업구조조정조합”이라 한다)이 동법 제14조 제4항의 규정에 의한 구조조정대상기업(이하 “구조조정대상기업”이라 한다)에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (2) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것 (3) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 “양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과 증권거래세법에 의하여 납부한 증권거래세 (4) 산업발전법 제14조 【기업구조조정전문회사의 등록】

① 다음 각호의 사업 중 제2호 및 제3호의 사업을 포함한 2 이상의 사업을 전업으로 영위하는 회사로서 이 법에 의한 지원을 받고자 하는 자는 산업자원부장관에게 기업구조조정전문회사로 등록을 신청하여야 한다.

1. 구조조정대상기업에 대한 투자(괄호 생략)

6. 기업구조조정조합의 결성 및 업무의 집행 (5) 산업발전법 제15조 【기업구조조정조합의 등록 등】

① 전문회사와 전문회사 외의 자가 출자하여 구조조정대상기업에 대한 투자·인수 등을 하기 위하여 기업구조조정조합을 결성하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 금융감독위원회에 등록을 신청하여야 한다.

② 금융감독위원회는 제1항의 규정에 의하여 등록을 신청한 자가 다음 각호의 요건에 적합한 때에는 지체없이 기업구조조정조합으로 등록하고 그 사실을 당해 신청인에게 통보하여야 한다. (각호 생략)

④ 기업구조조정조합은 업무집행조합원과 업무감독조합원을 두되, 업무집행조합원은 다음 각호의 자가 된다. 다만, 제2호 및 제3호의 규정에 의한 자는 제1호의 규정에 의한 전문회사와 공동으로 업무집행조합원이 되는 경우에 한하여 업무집행조합원이 될 수 있다.

2. 제15조의4 제1항의 규정에 의한 기금관리주체(괄호 생략)

3. 그 밖에 기업구조조정업무에 관하여 전문성을 가진 자로서 대통령령이 정하는 자(괄호 생략)

⑦ 조합의 조직과 운영에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 산업발전법 제15조의3【업무집행조합원의 행위준칙 등】

① 기업구조조정조합의 업무집행조합원은 기업구조조정조합에 출자되는 자금을 선량한 관리자의 주의로써 출자자의 이익을 위하여 관리하여야 한다. (5) 산업발전법 시행령 제12조【기업구조조정조합의 등록 등】

④ 제2항의 규정에 의한 기업구조조정조합규약에는 다음 각호의 사항을 기재하고 기업구조조정조합원 전원이 기명날인 또는 서명하여야 한다.

4. 존립기간 또는 해산사유를 정한 경우에는 그 내용

5. 업무집행조합원 및 업무감독조합원의 성명(법인인 경우에는 그 명칭을 말한다) 및 주소(법인인 경우에는 그 소재지를 말한다)

6. 업무집행조합원의 조합대표에 관한 사항

7. 기업구조조정조합원의 가입·탈퇴 및 지분의 양도·처분에 관한 사항

8. 출자증표의 발행·교부에 관한 사항

9. 기업구조조정조합재산운용의 기본방향

10. 기업구조조정조합원의 조합재산 및 채무 등에 관한 권리·의무와 책임범위 등에 관한 사항

12. 업무집행조합원의 보수 및 그 지급시기·방법에 관한 사항

13. 그밖에 기업구조조정조합의 운영에 관한 사항 (6) 산업발전법 시행령 제14조 【기업구조조정조합의 운영 등】

① 업무집행조합원은 다음의 업무를 행한다.

1. 기업구조조정조합 자산의 관리·운용

3. 기타 기업구조조정조합의 관리·운영에 관하여 필요한 사항

② 업무감독조합원은 기업구조조정조합의 업무 및 자산운용의 감독에 관한 업무를 행한다. (7) 국세기본법 제48조 【가산세의 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(8) 국세기본법제47조의2【무신고가산세】

① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 세법에 따른 산출세액(괄호 생략)의 100분의 20에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “일반무신고가산세액”이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. (단서 생략)

(9) 국세기본법제47조의5【납부·환급불성실가산세】

① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. (단서 생략) 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO은 주식회사 OOO 발행주식을 OOO원(2006.9.21. 이OOO 등으로부터 357,173주, OOO원 및 2006.10.24. 유상증자로 339,314주, OOO원)에 취득하여 2007.2.13. OOO원(696,487주)에 양도하였고, 2007년 3월경 ‘투자종료 후 조합원 총동의’를 해산사유로 하여 현금 OOO원(수익율 35.5%)을 분배하면서 해산신고한 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) OOO 및 업무집행조합원인 OOO(주)에 대한 감사보고서 등에 의하면, OOO이 지출한 증권거래세 OOO원은 OOO 주식 매각금액의 5%, 조합비용 OOO원(조합원 부담)은 법률․회계수수료, 증권예탁수수료, OOO은행 수탁수수료로 확인되고, 업무집행조합원인 OOO(주)에게 지급된 관리보수 OOO원은 조합 투자액을 기준으로 일정율로 지급되며, 성과보수 OOO원은 규약에서 정한 기준수익율을 넘는 초과수익에 대해 일정율로 지급되었으며, 관리보수 및 성과보수에 대해 이를 지급받은 OOO(주)가 익금에 산입하여 법인세를 납부한 사실이 확인된다.(3) OOO이 취득한 주식 중 357,173주는 조세특례제한법제14조 제1항의 요건을 갖추지 못하여 양도소득세 비과세 대상이 아님에도 청구인을 포함한 모든 일반조합원은 모두 양도소득세를 신고하지 아니하였고, OOO 해산총회(2007.3.7.) 의사록에는 조합원 24인이 모두 참석하여 조합의 결산승인(2006년)․해산승인․청산승인․잔여재산 분배를 모두 승인한 것으로 되어 있으나, 조합원별 분배내역만 첨부되어 있고 양도소득세 등에 관한 안내 등은 없는 것으로 나타난다.

(4) 쟁점①에 대하여 살펴보면, 기업구조조정대상기업에 대한 투자 등을 목적으로 그 주식에 투자하는 등의 사업을 영위하는 기업구조조정조합에 투자한 조합원의 경우 조합을 통해 분배받은 수익을 배당소득으로 하여 납세의무를 부담하는 것이 아니라,조세특례제한법제14조 제1항의 특례규정에 따라 조합원이 직접 기업구조조정대상기업의 주식을 취득․양도한 것으로 보아 양도소득세를 부담(재정경제부 재소득 46072-25, 2003.2.26. 참고)하도록 되어 있고, 산업발전법등에서는 기업구조조정조합과 관련하여 조합업무를 관리하도록 업무집행조합원을 두고 이와 관련한 관리보수의 지급을 제도화하고 있는바, 일반적인 조합비용․관리 및 성과보수는 통상 주식 양도와는 직접적인 관련이 없어 양도소득에서 공제되는 필요경비로 인정하기 어렵다고 할 것이나, 위와 같이 조합원이 양도소득세를 부담하는 특별한 납세구조가 있어 조합원이 조합비용 및 관리보수를 지출하였음에도 이러한 비용이 조합의 소득금액 계산시 차감되지 아니하게 되는 사정이 있음에도 조합원의 양도소득세 계산시에도 필요경비에서 제외되는 것은 불합리한 측면이 있는 점, 조합비용 및 관리보수는 산업발전법에 따른 기업구조조정조합의 경우 제도화되어 있어 조합원으로서 출자시 당연히 부담하게 되는 측면이 있고, 이들 비용을 지급받은 거래상대방이 모두 익금에 산입하여 법인세를 부담하였으므로 이를 필요경비로 공제하여도 세수확보 측면에서는 별다른 지장이 없어 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인이 조합원으로서 부담한 위 <표2>의 조합비용 및 관리보수 OOO원 중 과세비율 상당액은 필요경비로 공제하는 것이 타당하다고 판단된다. 또한 위 <표2>의 증권거래세OOO원은 소득세법 시행령제163조에 의한 양도비에 해당하므로 역시 과세비율 상당액을 필요경비로 공제하는 것이 타당하다고 판단된다. 한편, 업무집행조합원에 대한 성과보수의 경우 내부적인 수익분배의 성격이 강하고 이들 비용이 조합 외부로 유출된 것은 아니므로 이를 필요경비로 인정하기는 어려워 보인다.

(5) 쟁점②에 대하여 살펴보면, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는바(대법원 2005두3714, 2006.10.26. 참고), OOO이 약 7개월의 단기간만 운영되었고, 업무집행 또는 업무감독조합원이 아닌 청구인이 조합업무에 관여하기 어려워 보이는 점은 있으나, 청구인이 주식 양도와 관련하여 양도소득세를 납부하여야 하는 상황에서 단순히 조합의 업무나 주식취득 내용을 자세히 알지 못하였다고 하는 것을 정당한 사유로 보기 어려워 가산세와 관련한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.