다른 사업연도에 대한 판결은 후발적 경정청구 요건에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1999.1.4. 기존의 주식회사 OOO은행(이하 “OOO은행”이라 한다)과 주식회사 OOO은행(이하 “OOO은행”이라 한다)이 합병으로 신설된 법인(2002.5.20. OOO은행에서 OOO은행으로 상호 변경)으로, 기존 OOO은행은 1997사업연도～1999사업연도 중 임차보증금이 OOO원 내지 OOO원인 OOO주택규모 이하의 주택을 임차하여 일정요건을 갖춘 무주택종업원에게 제공하고 대차대조표에 임차주택의 임차보증금을 업무용고정자산 중 임차보증금으로 계상하여 각 사업연도별 법인세를 각각 신고하였다.
• 나. 2003년 1월경 OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 1997사업연도～1999사업연도에 대한 세무조사결과 임차주택 등 관련 임차보증금을 특수관계자에 대한 업무무관가지급금으로 보아 이에 대한 인정이자 OOO원(1997사업연도 OOO원, 1998사업연도 OOO원, 1999사업연도 OOO원) 및 관련 지급이자 OOO원(1997사업연도 OOO원, 1998사업연도 OOO원, 1999사업연도 OOO원)을 각각 익금산입 또는 손금불산입하는 과세자료를 처분청에 통보하여, 처분청은 2003.3.1. 청구법인에게 1998사업연도 법인세 OOO원 및 1999사업연도 법인세 OOO원을 각각 경정․고지하였고, 청구법인은 이에 대하여 납세고지서를 받은 날로부터 90일이 경과할 때까지 불복청구를 제기하지 아니하였으며, 2005.3.31. 1999사업연도 이전 사업연도의 국세부과제척기간이 만료되었다.
• 다. 2007.1.31. 청구법인은 2004사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구에서, 종업원에게 제공한 임차주택 가운데 2000.4.3. 현재 잔여임차기간이 남아 있는 분에 대하여 주택 임차 자금을 보조한 것은 사택의 제공에 갈음하여 행해진 것으로, 실질상 사택의 제공과 동일시할 수 있어 부당행위계산 부인대상이 아니므로 이에 따라 증액되는 1997사업연도～1999사업연도의 결손금 OOO원은 경정청구 대상사업연도인 2004사업연도의 이월결손금으로 공제하여야 한다는 취지의 경정청구(이하 “1차 경정청구”라 한다)를 하였고, 2008.3.31. 임차주택 중 2000.4.3. 현재 임대차기간이 종료한 주택분도 1차 경정청구와 같은 취지로 이에 따라 증액되는 1997사업연도～1999사업연도의 결손금 OOO원은 경정청구 대상사업연도인 2004사업연도의 이월결손금으로 공제하여야 한다는 취지의 경정청구(이하 “2차 경정청구”라 한다)를 하였으며, 처분청은 2007.12.27. 및 2008.7.10. 청구법인의 위 경정청구에 대하여 청구법인이 1997～1999사업연도의 종업원에 대한 사택제공 관련 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입한 처분에 대하여 부과처분일(2003.3.31.)로부터 90일이 경과할 때까지 불복청구를 제기하지 아니한 상태에서 2005.3.31. 부과제척기간이 만료되어 청구법인의 경정청구를 받아들일 수 없다는 취지로 경정청구 거부통지를 하였다.
• 라. 처분청은 1차 및 2차 경정청구 사건과는 별개로 청구법인과의 행정소송(대법원 2008두1795, 2010.1.28. 주식평가 관련 소송)에서 패소가 확정됨에 따라 청구법인의 2000사업연도 자산수증익을 감소시키고 이월결손금을 증가시켜, 2010.2.12. 2004사업연도 법인세 과세표준 및 산출세액을 모두 “0”으로 각각 감액․경정하였다.
• 마. 청구법인의 1차 및 2차 경정청구 거부처분에 대한 심판청구에 대하여, 우리원은 1997～1999사업연도에 대하여 손금 등이 추가 확인되어 결손금이 증가된다 하더라도 이월결손금 공제기간인 5년이 경과한 1997～1998사업연도분의 경우에는 공제가 불가능하고, (청구법인이 경정청구한 2004사업연도 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도인) 1999사업연도의 경우에만 결손금이 증가될 경우 2004사업연도의 각 사업연도소득에서 공제가능한 이월결손금이 될 수 있다고 결정(조심 2008서1170, 2010.8.23, 조심 2008서3445, 2010.12.29.)하였으며, 처분청은 1차 및 2차 경정청구 거부처분에 대한 심판청구에 대한 결정에 따라 2004사업연도 감액분을 이월시켜 2005사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 감액․경정하여, OOO원 및 OOO원을 각각 환급․결정하였다.
• 바. 청구법인은 2010.3.26.(2004사업연도 법인세 경정처분일인 2010.2.12.부터 2개월 이내) 1차 및 2차 경정청구와 같은 사유로 1997사업연도 이월결손금 OOO원 및 1998사업연도 이월결손금 OOO원(이하 “쟁점결손금”이라 한다)을 각 증액․경정하여, 2005사업연도 법인세 과세표준 및 산출세액 계산에 반영하여 감액․경정하여야 한다는 취지로 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 및 제4호의 규정에 따른 후발적 경정청구를 하였으나, 처분청은 이에 대한 통지를 하지 아니하였다.
• 사. 청구법인은 이에 불복하여 2011.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 순차로 공제한다는 법인세법 제13조 제1호 및 같은 법 시행령 제10조 제1항 규정과 관련하여, 과세표준이 확정된 1997 및 1998사업연도에 발생한 이월결손금 중 미공제된 이월결손금이 확인되는 경우에는 1997～2004사업연도에 공제 가능하였던 정당한 이월결손금이 순차로 공제되었음을 전제로 1997～2004사업연도의 이월결손금 공제내역을 재계산한 후, 2005사업연도에 공제할 이월결손금을 계산하여야 하고, 이러한 이월결손금 공제방법은 청구법인의 1997～1998사업연도에 대한 최초의 법인세 경정처분에 확정력이 발생하였다거나, 1997～1998사업연도 법인세에 대한 부과제척기간이 경과하였다거나, 2005사업연도를 기준으로 할 때 1997～1998사업연도의 결손금은 5년 이내에 발생한 결손금이 아니라는 점과는 무관한 것으로, 제1차 및 제2차 경정청구 거부처분에 대한 심판청구 결정에서 1999사업연도분에 해당하는 이월결손금 부분만 인용하고 1997 및 1998사업연도분에 해당하는 쟁점결손금 부분을 기각한 조세심판원 결정도 잘못된 것이다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에서는 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때를 후발적 사유로 규정하고 있는 바, 당해 소송확정판결이 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 것이어야 함을 분명히 하고 있고, 여기서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등에 해당하기 위해서는 첫째, 민사소송일 것(형사판결은 후발적 경정청구의 사유인 확정판결에 해당하지 않음) 둘째, 과세표준 및 세액은 과세연도를 전제로 성립하는 개념이므로 후발적 경정청구의 대상연도에 관한 확정판결이어야 하는 것으로 동일한 사안에 관한 판결이라 하더라도 후발적 경정청구의 대상 연도와 다른 연도에 대한 확정판결을 갖고는 후발적 경정청구가 불가능한 것(대법 2006두10023, 2008.7.24.) 셋째, 과세표준 및 세액과 거래 및 행위는 특정 납세자를 전제로 성립하는 개념이므로 확정판결의 소송당사자에는 납세자가 포함되어야 하고 넷째, 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 확정판결이어야 하므로 당해 확정판결에서 다투는 사안이 비록 유사한 사례라 하더라도 후발적 경정청구에서 쟁점이 된 거래 또는 행위가 아닐 경우에는 동 확정판결문을 근거로 후발적 경정청구는 불가한 것이다. 청구법인은 1997～1999사업연도의 종업원에 대한 사택제공 관련 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입한 처분에 대하여 부과처분일(2003.3.31.)로부터 90일이 경과할 때까지 불복청구를 제기하지 아니하였고, 2005.3.31. 부과제척기간이 만료되었으며, 청구법인의 2010.3.26. 2005사업연도 법인세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구는 법정신고기간(2006.3.31.) 경과 후 경정청구기한인 3년 이후에 청구한 것이므로 부적법한 청구에 해당한다. 또한, 처분청은 제1차 및 제2차 경정청구 거부처분에 따른 심판청구에 대한 조세심판원의 심판결정에 따라 2004사업연도 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도인 1999사업연도에 익금산입한 인정이자상당액을 익금불산입하고, 손금불산입된 지급이자 상당액을 손금산입하여 계산된 결손금 상당액을 공제받을 수 있는 이월결손금으로 결정하였는바 각 사업연도의 개시일전 5년이 경과한 1997～1998사업연도 이월결손금을 공제해 달라는 청구는 잘못된 것이며, 5년 이내에 개시한 1999사업연도에 해당하는 이월결손금만을 인용한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점

(1) 이 건 청구가 적법한 후발적 경정청구 사유에 해당하는 적법한 청구인지 여부

(2) 1997 및 1998사업연도의 쟁점결손금을 2005사업연도 과세표준 및 세액의 계산에 있어 이월결손금으로 공제 할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 (2) 국세기본법 시행령 25조의2 【후발적 사유】법 제45조의2 제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우 (3) 법인세법 제13조 (2005.12.31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각 호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

2. 이 법 및 다른 법률에 의한 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 의한 소득공제액 제13조(법률 제9898호로 2009.12.31. 개정된 것)【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다. 부칙 제4조(법률 제9898호로 2009.12.31. 개정된 것)【과세표준에 관한 적용례】제13조, 제76조의 13 제2항 및 제91조 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다. (4) 법인세법 시행령 제10조 【결손금공제】① 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금의 공제에 있어서는 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 순차로 공제한다.

② 법 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 법 제72조 제1항의 규정에 의하여 공제받은 결손금과 법 제18조 제8호의 규정에 의하여 무상으로 받은 자산의 가액 및 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액으로 충당된 이월결손금은 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제된 것으로 본다.

③ 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금에는 제81조 제1항의 규정에 의한 승계결손금의 범위액을 포함한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 구 OOO은행이 종업원에게 대여한 임차보증금 상당액에 대하여 각 사업연도 법인소득금액 계산시 인정이자 상당액 1997사업연도 OOO원, 1998사업연도 OOO원, 1999사업연도OOO원(1차 경정청구분 OOO원, 2차 경정청구분 OOO원) 합계 OOO원을 각각 익금산입하고, 관련 지급이자 1997사업연도 OOO원, 1998사업연도 OOO원, 1999사업연도 OOO원(1차 경정청구분 OOO원, 2차 경정청구분 OOO원) 합계 OOO원을 각각 손금불산입하는 것으로 하여 1997사업연도～1999사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 각각 경정․고지하였다.

(2) 1차 및 2차 경정청구 거부처분에 대한 심판청구에 대하여, 우리원은 종업원에게 주택 임차보증금을 대여한 것의 실질은 사택을 제공한 것으로 보아 부당행위계산 부인대상에서 제외하는 것으로 결정하였는 바, 제1차 및 2차 경정청구 거부처분에 대한 결정(조심 2008서1170, 2010.8.23., 조심 2008서3445, 2010.12.29.) 내용은 다음과 같다. (가) 1차 경정청구와 관련, 2007.12.27. 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 1999사업연도에 익금산입한 인정이자상당액 중 OOO원 및 손금불산입한 지급이자상당액 중 OOO원 합계 OOO원을 각각 익금불산입 및 손금산입하여 계산된 결손금 상당액을 공제받을 수 있는 이월결손금으로 하여 2004사업연도의 과세표준 및 세액을 경정한다. 다만, 2004사업연도 개시일 전 5년이 경과한 1997 및 1998사업연도의 쟁점결손금은 공제기간 5년이 경과하였으므로 공제가 불가하다. (나) 2차 경정청구 관련, 2008.7.10. 청구법인에게 한 경정청구를 거부한 처분은 1999사업연도에 익금산입된 인정이자상당액 OOO원을 익금불산입하고, 손금불산입된 지급이자상당액 OOO원을 손금산입하여 계산된 결손금 상당액을 공제받을 수 있는 이월결손금으로 하여 2004사업연도의 과세표준 및 세액을 경정한다. 다만, 2004사업연도 개시일 전 5년이 경과한 1997 및 1998사업연도의 쟁점결손금은 공제기간인 5년이 경과하였으므로 공제가 불가하다.

(3) 처분청은 2010.2.12. 대법원의 확정판결(대법원 2008두1795, 2010.1.28.)에 근거 2004사업연도 법인세 과세표준 및 산출세액을 “0”원으로 감액 결정한 후, 1․2차 거부처분에 대한 조세심판원의 일부 인용결정에 따라, 1차 경정청구 거부처분에 대한 조세심판원 결정에 따라 2004사업연도 감액분을 이월시킨 다음 2005사업연도분 법인세 과세표준과 산출세액을 감액․경정하여, 2005사업연도 법인세 중 OOO원을 환급하였고, 2차 경정청구 거부처분에 대한 조세심판원 결정에 따라 다시 2004사업연도 감액분을 이월시킨 다음 2005사업연도분 법인세 과세표준 및 산출세액을 감액 경정하여, 2005사업연도 법인세 중 OOO원을 환급하였다.

(4) 청구법인은 1997 및 1998사업연도의 쟁점결손금을 2005사업연도의 결손금으로 인정하여야 한다는 주장으로, 연도별 결손금과 순차 이월공제 청구내역 및 주장내역은 아래와 같다. (가) 사업연도별 결손금 세부내역 및 청구내역은 아래의 〈표〉와 같다. (나) 사업연도별 이월결손금 계상방법에 대한 주요 주장내용은 아래와 같다.

(5) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 1997 및 1998사업연도의 쟁점결손금을 2005사업연도의 이월결손금으로 계상하여야 한다는 주장이나, 우리원은 1997 및 1998사업연도의 결손금을 2004사업연도의 결손금으로 인정하여야 한다는 청구법인의 심판청구에 대하여 이미 기각으로 결정(조심 2008서1170, 2010.8.23., 조심 2008서3445, 2010.12.29.)한 바 있고, 청구법인의 2010.3.26. 2005사업연도 법인세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구는 법정신고기간(2006.3.31.) 경과 후 경정청구기한인 3년 이후에 청구한 것이며, 2010.2.12. 처분청이 2004사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 모두 “0”원으로 감액․경정한 것은 제1차 및 제2차 경정청구 거부처분과는 별개의 2000사업연도를 대상으로 한 대법원의 판결(대법원 2008두1795, 2010.1.28.)에 따라 경정한 것으로, 청구법인의 2010.3.26. 경정청구는 국세기본법 제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2 각 호의 후발적 경정청구 요건에도 해당되지 아니하는 바, 청구법인의 경정청구는 적법한 후발적 경정청구 요건을 갖추지 못한 것이어서, 처분청이 청구법인의 경정청구에 대하여 별도의 회신을 하지 아니한 거부처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(6) 쟁점②는 쟁점①의 심리결과 적법한 후발적 경정청구 요건을 갖추지 못한 것으로 판단되어 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.