사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분은 정당하나, 매입사실이 있으므로 손금으로 인정함이 타당함

OOO세무서장이 2011.10.10. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구법인은 중국에서 의류를 제작하여 국내의 사업자에게 공급하는 무역업자로서 2009년 제2기 부가가치세 과세기간에 “OOO”라는 상호로 같은 무역업을 영위하는 전OOO로부터 공급가액 OOO원(공급대가 OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 의류를 공급받은 것으로 하여 세금계산서 3매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 법인세 신고시 손금에 산입하였다.
• 나. OOO세무서장(이하 “조사관청”이라 한다)은 전OOO에 대하여 자료상혐의자 조사를 실시하고, OOO의 대표자인 전OOO가 소재 불명상태이며, OOO의 사업장이 2008년 이후 임대된 사실이 없었던 가공사업장으로 확인되어 전부자료상으로 고발하였고, 청구법인이 2009. 12.30.부터 2010.2.1.까지의 기간 중에 13회에 걸쳐 OOO원을 전OOO의 계좌에 입금하였으나 입금액이 입금 당일 또는 익일에 전OOO의 아들인 전OOO 명의의 계좌로 이체된 사실을 확인하고 쟁점세금계산서를 가공자료로 확정하여 처분청에 자료를 통보하였다.
• 다. 이에 처분청은 청구법인이 자료상으로 고발된 전OOO로부터 받은 쟁점세금계산서의 거래사실을 입증할 수 있는 구체적인 증빙을 제시하지 못하였다는 이유로 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하고 쟁점금액을 손금불산입하여 2011.8.16. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2009사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하고, 공급대가를 대표자를 귀속자로 하여 상여로 소득처분하고 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2011.10.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 중국에서 각종 의류를 제작하여 국내의 여러 사업자에게 공급하는 사업자로서 전OOO로부터 실제 물품을 구매하고 그 대금을 계좌로 입금한 후에 쟁점세금계산서를 정상적으로 수취하였으므로 이 건 부가가치세 및 법인세 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조사관청이 전OOO에 대하여 자료상혐의자 조사를 실시한 결과를 통보하여 왔고, 청구법인이 쟁점세금계산서 공급가액을 입금한 자료를 증빙으로 제출하였으나, 그 외에 실제 거래사실을 입증할 수 있는 증빙을 제시하지 아니한 바, 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점 실물거래없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 공급가액을 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 경정․고지한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조【납부세액】① 사업자가 납부여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받 지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조사관청의 OOO 대표자 전OOO에 대한 자료상혐의자 조사종결 보고서(2010년 10월)에 의하면, 전OOO가 제출한 사업장 임대차계약서상 건물주는 전OOO와 임대차계약서를 작성한 사실이 없다고 진술하였고, 전OOO는 조사일 현재 국외 거주중이며, 소명자료 제출 및 출석요구에 답변하지 아니하였고, 2009년 제2기 및 2010년 제1기 부가가치세 신고기간에 매입내역을 신고한 사실이 없으며, 21개 매출처의 소명내역을 보면, 5개 매출처는 수정신고를 하였고, 5개 업체는 가공거래임을 시인하였으며, 나머지 대부분의 매출처는 현금으로 지급하거나 부가가치세 상당액만 계좌입금하였다고 소명하였으나, 청구법인 등 2개 매출처는 공급가액 모두를 계좌입금한 것으로 소명하였고, 청구법인은 신원불명의 지인을 통하여 전OOO를 소개받아 거래하고 쟁점세금계산서와 관련하여 물건을 구입한 후 대금을 계좌입금하였으며, 계속적인 거래를 위하여 OOO원을 추가로 입금하였으나 물건을 받지 못하였다고 답변하였고, 금융거래내역 조사결과 청구법인이 2009. 12.30.부터 2010.2.1.까지 13회에 걸쳐 총 OOO원을 전OOO의 계좌에 입금하였으나, 대부분의 금액이 입금 당일과 익일에 전OOO의 아들인 전OOO 명의의 계좌로 이체된 후 현금으로 출금된 사실이 확인된 것을 토대로 청구법인이 한 2009년 제2기 및 2010년 제1기 매출거래분 모두를 가공거래로 확정하여 조세범칙행위자로 고발한 것으로 되어 있다.

(2) 청구인은 전OOO로부터 실제 의류를 매입하고 그 대금을 입금하였다고 주장하면서 쟁점세금계산서 사본 및 청구법인의 OOO은행계좌 거래내역 조회표 등을 증빙으로 제시한 바, 그 내역은 다음과 같다. (가) 쟁점세금계산서는 2009.11.9.부터 2009.12.10.까지 3회에 걸쳐 공급가액 OOO원 상당의 의류를 매입한 것으로 기재되어 있다. (나) OOO은행계좌(409101-01-＊＊＊＊＊＊) 거래내역 조회표 및 통장사본에 의하면, 청구법인이 2009.12.30.부터 2010.2.1.까지 13회에 걸쳐 총 OOO원이 전OOO의 OOO은행계좌에 계좌이체된 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 쟁점세금계산서 공급대가보다 많은 금액을 전OOO의 계좌에 입금한 이유에 대하여 전OOO와의 쟁점세금계산서 관련 거래가 원만히 이루어져 거래를 계속 하기위하여 전OOO의 계좌에 쟁점세금계산서 공급대가 외에 OOO원을 추가로 입금하였으나 물품을 받지 못하고 입금액도 돌려받지 못한 상태이고, 전OOO가 국외(중국 추정)에 체류하고 있어 형사고발을 하지 못하고 있으며, 물품수불부 등의 자료는 청구법인 사업장의 화재사고로 인하여 소실되어 제출하지 못하였다는 요지의 답변을 하였다.

(3) 국세통합전산망에 의거 확인한 바, 청구법인이 2007.2.1. 개업한 이래 자료상과의 거래로 인하여 제세를 추징당하거나 제세를 무납부한 사실은 없는 것으로 확인되었다.

(4) 처분청의 부가가치세 경정결의서 및 법인세 과세표준 및 세액 경정결의서에 의하면, 2009년 제2기 매입세액 OOO원 중 쟁점세금계산서 관련 매입세액은 약 5.4%에 해당되고, 청구법인의 2009사업연도 수입금액 총 OOO원 중 공급가액 OOO원은 약 1.9%에 해당되는 것으로 확인된다.

(5) 살피건대, 세금계산서는 계약상ㆍ법률상의 모든 원인에 의하여 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급받는 자에게부가가치세법제16조 제1항의 규정에 의하여 교부하는 것으로, 이 경우 재화 또는 용역을 공급하는 자와 재화 또는 용역을 공급받는 자가 누구인지에 대하여는 계약서 등 관련 자료에 따라 사실판단하여야 하는 바, 처분청이 조사관청의 조사결과 전OOO가 전부자료상으로 고발된 점, 전OOO가 사업장을 임차한 사실이 없는 것으로 확인된 점 등을 근거로 쟁점세금계산서 관련 거래를 가공거래로 보아 과세한 것에 대하여 청구법인이 전OOO와 실제 거래한 것을 입증할 만한 거래명세표 또는 물품수불부 등의 구체적인 증빙을 제시하지 못하는 바, 전OOO와 실제 거래하였다는 청구주장을 받아들이기는 어려우므로, 처분청이 청구법인이 전OOO와 실제 거래하지 아니하고 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보아 관련 매입세액을 매출세액에 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 그러나, 청구법인의 대표이사가 조사관청 조사시 신원불명의 지인을 통하여 전OOO와 거래를 개시하였다고 진술한 점, 조사관청이 전OOO를 전부자료상으로 고발하였음에도 불구하고 21개의 매출처 중 청구법인을 비롯한 2개 업체만은 거래대금을 전OOO의 계좌에 입금한 사실이 확인되는 반면, 청구법인이 입금한 금액을 다시 돌려받은 것으로 확인된 사실이 없는 점, 쟁점세금계산서 관련 매입세액 및 공급가액이 청구법인의 당해 과세기간 매입세액의 약 5%, 당해 사업연도 수입금액의 약 2%에 불과하여 청구법인이 실적을 부풀리기 위하여 허위로 금융거래를 하였다는 볼 만한 근거도 없는 점 등을 종합할 때, 청구법인은 전OOO를 통하여 제3자로부터 실제 의류를 매입한 것으로 보이므로, 처분청이 쟁점금액을 당해 사업연도 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 경정․고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.