연구기관 및 전담부서를 보유한 업체에 재위탁하고 지급한 비용은 ‘연구 및 인력개발비 세액공제’ 적용대상임

OOO의 환급거부처분은 청구법인으로부터 전산시스템의 연구개발용역을 위탁받은 주식회사OOO을조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 포함하는 것으로 하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 2002.10.11.부터 자동차 보험업을 영위하고 있는 법인으로서, 2008.5.30. 주식회사OOO 한다)와 일반보험시스템 구축 용역계약을 체결하고, 동 용역으로 발생한 비용인OOO(이하 “쟁점①금액”이라 한다)을 2009.4.1.∼2010.3.31.사업연도 법인세 신고시에는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 신청하지 아니하였다가, 2010.10.26. 쟁점①금액을조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 하여 2009.4.1.∼2010.3.31.사업연도 법인세OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2010.12.29. 쟁점①금액 중 개발수탁자인 인스웨이브가 재위탁한 개발비 상당액인 OOO을 환급하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.25. 이의신청을 거쳐 2011.10.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 건 처분은 재위탁분 개발비에 대한 세액공제 대상여부를 조세법률주의(엄격해석의 원칙)에 위반하여 처분청이 자의적으로 판단한 것인 점, 수탁자가 발주용역을 수행함에 있어 발주자(청구법인)가 전혀 통제를 할 수 없었음에도 재위탁분 개발비에 대한 세액공제를 배제하는 것은 자기책임의 원리에 반하는 위헌적 처분인 점, 청구법인이 수탁업체의 재위탁으로 인해 세제상 불이익을 당하는 것은 재위탁이 없는 경우 등과 비교하여 볼 때, 조세형평성 측면에서 부당한 처분인 점, 발주자에 대한 기술개발용역에 대한 책임과 위험의 부담 주체는 수탁업체이므로 이 건 세액공제의 적용에 있어 재위탁분 개발비를 공제대상에서 제외하는 것은 타당하지 않은 점, 수탁업체가 모든 업무를 자체적으로 수행하지 않고 일부 업무를 재위탁하는 것은 근본적으로 개발결과물의 완성도를 높이기 위한 것으로 법률적으로 개발용역의 책임을 부담하는 수탁업체의 합리적인 선택이므로, 세제측면에서 이를 규제하는 경우 정상적인 기술개발을 저해하여 연구개발에 대한 세제혜택의 취지를 침해할 소지가 있는 점 등을 보면, 재위탁분 개발비를 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제10조 및 예규(법인세과-1306, 2009.11.25.)에 따라 금융보험업을 영위하는 내국법인이 연구개발 전담부서를 보유한 법인에게 전산시스템 개발을 위탁하고 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하지 않음이 타당하고, 청구법인은 조특법 제10조의 입법취지가 기술 및 인력개발비 투자에 대하여 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 부여하여 기술 및 연구개발을 촉진하려는 데 있는 것이므로 재위탁비용을 제외하는 것은 입법취지에 위배된다고 주장하나, 이는 법 의미를 확대해석한 것으로 받아들일 수 없으며, 예규인 기획재정부 조세특례제도과-844(2009.9.25.)호 및 법인세과-438(2010.5.26.)호에서 제3자에게 재위탁한 부분에 상당하는 금액은 연구 및 인력개발에 필요한 비용에 해당하지 않는다고 해석하고 있으므로 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 다시 위탁한 경우, 이에 상당하는 금액이 조특법 제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금 액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비"라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용을 말한다. 〔별표6〕 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련) 구분 비용

• 가. 자체기술개발

① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비

• 나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁 함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯ 국·공립연구기관 ㉰ 정부출연연구기관 ㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳ 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2008.5.30. OOO와 일반보험시스템 구축 용역계약〔계약기간: 2008.6.2.∼2009.1.31., 계약금액: OOO 포함)〕을 체결하였다.

(2) 청구법인의 2009.4.1.∼2010.3.31.사업연도 법인세 경정청구서의 주요내용, 위탁개발용역과 관련하여 발생한 비용, 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용한 내역이 아래 <표1>․<표2>와 같이 심리자료에 나타난다.

(3) 청구법인의 위탁개발용역 및 재위탁개발용역과 관련된 비용 명세는 아래 <표3>과 같다.

(4) 위의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면, 조특법 시행령 제9조 제2항에서 세액공제 대상을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있는바, 이 건의 경우 청구법인이 인스웨이브가 일부의 용역를 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대하여 관여하기 어렵다고 보이는 점, 조특법 제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합 한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 인스웨이브가 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 위 (3)에서 본 바와 같이 OOO에게 재위탁한 비용인 OOO을 조특법 제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 포함하여 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다 (조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.