비거주자에 대하여 표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구인은 2009.9.25. OOO 555 OOO동 326호를 양도하고 2010년 5월 소득세법제95조 제2항 표1의 장기보유특별공제율 12%를 적용하여 양도소득세 OOO원을 확정신고 및 납부하였다가, 2011.8.2. 처분청에 같은 항 표2의 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율 32%를 적용하여 양도소득세 OOO원을 환급해 달라는 경정청구를 하였다. 나.처분청은 2011.9.10. 청구인이 비거주자이므로 1세대 1주택에 적용하는 장기보유특별공제율(32%)을 적용할 수 없다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.9.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 장기보유특별공제는 그 성격상 물가상승에 대한 공제의 의미가 강하므로 거주자·비거주자를 차별하여 적용할 여지가 없으며, 2009년말에 소득세법이 개정되어 2010.1.1. 이후 양도분부터 비거주자에 대하여는 1세대 1주택 장기보유특별공제율을 배제한다고 하였으므로 법 개정전의 양도분에 대하여 1세대 1주택 장기보유특별공제율을 적용하지 않고 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 비거주자는 1세대 1주택 장기보유특별공제율이 적용되지 아니하므로 경정청구 거부는 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 비거주자가 국내의 1세대 1주택을 양도시 소득세법제95조 제2항 표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 일부개정되기 전의 것) 제89조【비과세양도소득】① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표1 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 7년 이상 8년 미만 100분의 21 4년 이상 5년 미만 100분의 12 8년 이상 9년 미만 100분의 24 5년 이상 6년 미만 100분의 15 9년 이상 10년 미만 100분의 27 6년 이상 7년 미만 100분의 18 10년 이상 100분의 30 표2 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 7년 이상 8년 미만 100분의 56 4년 이상 5년 미만 100분의 32 8년 이상 9년 미만 100분의 64 5년 이상 6년 미만 100분의 40 9년 이상 10년 미만 100분의 72 6년 이상 7년 미만 100분의 48 10년 이상 100분의 80

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생략) 제119조【비거주자의 국내원천소득】비거주자의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산ㆍ권리의 양도소득. 다만, 그 소득을 발생하게 하는 자산ㆍ권리가 국내에 있는 경우에 한정한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 같은 항 제4호가목ㆍ나목에 따른 자산 또는 권리 제121조【비거주자에 대한 과세방법】① 비거주자에 대하여 과세하는 소득세는 당해 국내원천소득을 종합하여 과세하는 경우와 당해 국내원천소득을 분리하여 과세하는 경우로 구분하여 계산한다.

② 제120조의 규정에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제11호부터 제13호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의3부터 제156조의5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득을 제외한다)을 종합하여 과세하고,제119조제8호 및제9호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다.

(2) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 일부개정된 것) 제121조【비거주자에 대한 과세방법】① 비거주자에 대하여 과세하는 소득세는 해당 국내원천소득을 종합하여 과세하는 경우와 그 국내원천소득을 분리하여 과세하는 경우로 구분하여 계산한다.

② 제120조에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자에 대해서는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제10호부터 제12호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의3부터 제156조의5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득은 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 과세한다. 다만, 제119조 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조 제1항 제3호 및 제95조제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

(3) 소득세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22034호로 일부개정되기 전의 것) 제154조【1세대 1주택의 범위】①법 제89조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. (단서 생략)

⑥ 제1항에서 "가족"이라 함은 거주자와 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학·질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소를 일시퇴거한 자를 포함한다. 제159조의2【장기보유특별공제】법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 OOO 326호를 2004.10.8. 임OOO으로부터 OOO원에 매수하여 2009.9.25. 유OOO에게 OOO원에 양도한 것으로 부동산매매계약서 및 등기부등본에 나타난다.

(2) 청구인은 2010년 5월 양도소득세 신고시 장기보유특별공제액으로 양도차익 OOO원의 12%인 OOO원을 공제하였고, 경정청구시에는 양도차익의 32%인 OOO원을 적용하였음이 양도소득과세표준 신고 및 자진납부계산서 등에 나타난다.

(3) 처분청은 기획재정부 예규(재산세과-962, 2008.12.10.)에 따라 비거주자인 청구인에 대해서소득세법제95조 제2항 표2의 장기보유특별공제율 적용을 배제하였음이 양도소득세 경정청구 거부통지서(2011.9.8.)에 나타난다.

(4) 기획재정부의 2009년 간추린 개정세법에 의하면, 1세대 1주택 비과세 등은 국민의 주거생활 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 취지인 점을 감안하여, 비거주자에 대해서는 최대 80%의 장기보유특별공제를 배제하고 최대 30%의 일반 장기보유특별공제만 허용(2010.1.1.이후 양도하는 분부터 적용)함을 법령에 명확화한다고 되어 있다.

(5) 살피건대, 청구인은 비거주자도 거주자와 같이 1세대 1주택에 적용하는 장기보유특별공제율(소득세법제95조 제2항 단서의 표2의 공제율로서 2009.12.31. 법률 제9897호로 일부개정되기 전의 것)을 적용받아야 한다고 주장하나, 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세특례 및 장기보유특별공제 등은 거주자의 주거생활안정 등을 위한 것으로서 그 성질상 비거주자에게까지 적용된다고 보기 어렵고, 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 소득세법 규정에 따르면 제95조 제2항 표2의 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제의 배제가 2010.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용되는 것으로 되어 있으나 이는 종전부터 적용되던 내용을 명확화한 것에 불과하다고 할 것이므로 처분청이 비거주자인 청구인에 대하여 1세대 1주택 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 심리결과청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.