청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 제3자에게 재위탁한 경우, 세액공제대상에 해당하는 것임

OOO세무서장이 2011.3.11. 청구법인에게 한 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도 법인세 O,OOO,OOO,OOOO O OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO OOO O,OOO,OOO,OOO원의 부과처분은 처분청에서조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제대상에서 제외한 금액에서 청구법인이 전산시스템 개발용역을 위탁한 업체로부터 재위탁 받은 기업 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를 확인하여 이를 세액공제대상으로 하여 해당 사업연도 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 보험업을 영위하는 법인으로, 2007년 4월부터 2009년 3월까지 보험관련 전산시스템 구축을 위하여 시스템개발업자(이하 “수탁자”라 한다)에게OOO원의 위탁개발비(이하 “총위탁개발비”라 한다)를 지급한 후, 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도(이하 “2007사업연도”라 한다) 및 2008.4.1.～2009.3.31.사업연도(이하 “2008사업연도”라 한다) 법인세 신고 시 총위탁개발비를조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 계산하여 OOO원을 납부할 세액에서 공제하였다.
• 나. 처분청은 총위탁개발비 중 수탁자가 제3자에게 다시 위탁한 금액인 OOO원(이하 “쟁점재위탁개발비”라 한다)은조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상이 아니라고 보아 세액공제를 재계산하여 2011.3.11. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 OOO경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.6.2. 이의신청을 거쳐 2011.9.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청이 이 건 처분의 근거로 삼은조세특례제한법제10조에는 위탁한 연구개발용역 중 수탁자가 그 일부를 제3자에게 재위탁할 경우 그 관련세액을 공제하지 아니한다는 명문의 규정이 없음에도 관련규정에 대한 기획재정부의 해석(조세특례제도과-844, 2009.9.25.)은 현대의 사회·경제적 현상이 복잡다기하여 그 입법상의 흠을 법령의 해석으로 일정부분 보완할 수 밖에 없다는 점을 인정하더라도 조세법의 엄격해석의 원칙에 비추어 타당성이 없고, 이러한 타당성이 없는 해석에 기초한 처분청의 이건 세액공제 배제처분은 위법하다. 이는 조세법의 엄격해석의 원칙은 과세관청의 입장에서 과세에 유리하도록 관련규정을 해석하라는 의미가 아니라, 그 대상이 납세자든 과세관청이든, 또한 과세에 있어서 유리하든 불리하든 그 어느 경우라도 오직 법문에 따라 관련규정을 충실하게 해석하여야 한다는 의미이기 때문이다. 청구법인은 수탁자의 하도급을 통제하거나 하도급업체선정, 하도급액 결정 등에 관여할 수 없음에도 수탁업체의 제3자 재위탁으로 인해 위탁업체에게 세제상 불이익을 부담토록 한 것은 헌법상의 자기책임의 원칙에 반하는 처분(헌재2004.6.24. 선고 2002헌가27 결정 참고)으로써 부당하며, 또한 수탁자의 재위탁은 해당 개발용역의 완성을 위한 구체적인 개발용역수행을 위해 필수적이고 통상적인 것인데, 세제측면에서 이를 규제하는 경우 정상적인 기술개발을 저해하여 연구개발에 대한 세제혜택의 취지를 침해할 소지가 있다. 수탁자가 제3자에게 재위탁한 부분에 해당하는 연구·인력개발비라 하더라도 위탁한 그 연구개발생산물에 연구개발의 결과가 들어 있다면 관련세액의 공제를 허용하도록 해석하는 것이 연구개발을 활성화시키고자 하는 조세지원의 취지에 부합하므로 이러한 견지에서 수탁자가 제3자에게 재위탁한 부분에 해당하는 연구·인력개발비에 대하여 관련세액을 공제함이 타당하다. 조세특례제한법 시행령제2항 제7호에 의하면, “위탁 받아 수행하는 연구활동”에 따라 지출한 비용은 조세혜택이 주어지는 연구·인력개발비로 보지 아니하도록 규정되어 있어 그 용역을 수행한 수탁자는 어떠한 경우에도 조세지원혜택을 받을 수 없는 바, 만약 연구용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 재위탁한 본 사안과 같은 경우 그 위탁자(청구법인)가 세액공제를 받을 수 없다면 이에 대하여는 연구개발용역의 위탁자와 수탁자 그 누구도 연구·인력개발비 세액공제를 받지 못하는 사각지대가 발생하여 불합리하고, 이로써 연구개발을 활성화하기 위하여 연구·인력개발비에 조세지원 하는 취지를 달성할 수가 없게 되므로 재위탁한 부분에 해당하는 연구·인력개발비에 대하여는 세액공제를 허용하는 것으로 해석하는 것이 관련규정을 둔 취지에 부합하다. 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용 받는 비용은 조세특례제한법 시행령별표6에서 열거하여 규정하고 있으나, 시스템개발을 위한 위탁비용에 대해서는 명확한 규정이 없고, 위탁 연구개발비용의 일종으로 일관되게 해석 한 기존예규(서면2팀-724, 2008.4.17.) 및 유사한 사례로 경정청구를 통해 공제세액을 환급 받은 실지사례 등을 참조하여 쟁점재위탁개발비를 포함하여 세액공제 받은 것인바, 이를 사후적으로 부인하여 부과처분 한 것은 신의성실의 원칙에 반하는 것이다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용으로 규정하고 있으며, 시행령 별표 6에서 국내외기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있다. 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 국가 정책적으로 조세측면에서 특별히 지원하는 제도인 바, 이와 같이 납세자에게 혜택을 주는 세법규정은 변칙거래 등을 방지하기 위하여 법률에 정한 요건을 갖춘 경우에만 인정하도록 엄격하게 해석 하여야하므로 쟁점재위탁개발비를 수탁자가 아닌 자체적으로 영리 활동을 하는 독립기관인 제3자에게 재위탁하였을 경우 그에 상당하는 금액은 연구 및 인력개발비 세액공제를 받을 수 없다. 세액공제대상이 되는 위탁개발비는 수탁받은 업체에 전담부서가 있어야 하고, 전담부서 내에서 수탁받은 연구활동이 이루어져야 하는 바, 수탁자가 재위탁을 하였다는 것은 결국 수탁자의 연구전담부서 내에 연구원 및 연구기술이 없는 등 수탁받은 연구활동이 이루어지지 않았다는 결과가 되는 것이므로 조세특례제한법제10조의 입법취지가 제3자에게 위탁한 부분까지도 인정한다고 해석하는 것은 지나친 확대 해석이다. 또한, 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 특혜규정으로 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합(같은 뜻 대법97누20090, 1998.3.27.)하는 것으로 위탁의 본질은 재위탁을 포함하지 않는 것인바, 전담부서에 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용이라고 열거되어 있을 뿐 재위탁에 대한 공적인 견해 표명은 없으므로, 제3자에게 다시 위탁한 연구개발비용을 연구 및 인력개발비 세액공제 계산시 제외하여 과세함이 타당하다. 청구법인은 수탁자가 재위탁 할 경우 참여하는 인원에 대하여 사전승인을 받도록 통제하고 있어 위탁법인에게 재위탁에 대하여 지출하는 금액에 대하여 확인만 요청하면 파악할 수 있으며 수탁받은 업체가 재위탁할 경우 재위탁 비용으로 일정부분 마진을 차감하고 지급하는 것이 일반적이므로 수탁업체가 개발능력도 없이 무분별하게 위탁용역을 수행받고 이를 재위탁하는 경우 해당 비용은 인력개발비 세액공제 계산시 제외함이 타당하다. 청구법인은 처분청이 새로운 해석을 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되는 것이라 주장하고 있으나,국세기본법에서 정하는 소급과세 금지는 새로운 새법의 해석 이전에 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법해석이 명백히 존재하는 경우에 한하여 적용되는 것으로, 쟁점재위탁개발비는 세법을 납세자가 임의로 확대해석하고 있었던 부분을 명확히 예규로 해석한 것으로 납세자의 질의에 대한 과세관청의 회신 또는 견해표명의 내용이 불분명하거나 합리적인 근거에 입각하지 아니하여 납세자의 일정한 행위 또는 계산의 원인이 되지 아니하는 경우로서 보호할 만한 가치 있는 신뢰의 대상이 없는 때에는 적용되지 아니하는 것이다.

• 가. 쟁 점 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 경우, 이에 상당하는 금액이조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구 및 인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비 외의 연구 및 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비 외의 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 〔별표6〕 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항관련) 구분 비용

• 나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯국·공립연구기관 ㉰정부출연연구기관 ㉱과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. (4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조 【기업부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원등”이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산․판매․영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다. (5) 국세기본법 제15조 【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 청구법인이 2007년 4월부터 2009년 3월까지 수탁자에게 지급한 총위탁개발비와 처분청에서 총위탁개발비 중 제3자에게 재위탁하였다고 하여조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제대상에서 제외한 쟁점재위탁개발비는 아래와 같은 것으로 나타난다.

(2) 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 재위탁한 경우, 이에 해당하는 비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 볼 것인지, 아니면 세액공제대상에서 제외하여야 하는지에 대하여 살펴보면, 금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점,조세특례제한법제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점, 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된조세감면규제법 시행령별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세 이전에는 그 간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여 과세하지 아니한 점, 국세청 도 세액공제대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조), 전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당 기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-1673, 2012.3.12.)하였고,기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수 밖에 없다고 보이는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발비용을 세액공제대상으로 해석하였던 점(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참조) 등을 감안할 때, 쟁점재위탁개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구․인력개발비에 대한 세액공제대상(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻)으로 보이나, 연구 및 인력개발비를 재위탁받은 제3자가 연구기관 또는 전담부서가 있는지 여부 및 금액이 확인되지 아니하므로 처분청으로 하여금 쟁점재위탁개발비 중 전담부서가 있는 제3자에게 재위탁한 비용을 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구의 심리결과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.