비영리법인의 법인세과세표준에 포함되지 않았던 이자소득을 경정청구를 통하여 익금에 산입하고, 기납부한 원천징수세액을 환급할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 비영리법인으로, 2009사업연도 법인세 신고기한이 도과한 후인 2011.4.29. OOO은행 등으로부터 지급받은 이자소득 OOO원(이하 “쟁점이자소득”이라 한다)을 익금산입하고, 처분청에 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 비영리내국법인인 청구법인이 법인세 신고기한내에 쟁점이자소득을 익금에 산입하여 과세표준의 신고를 하지 아니하였으므로, 법인세법 시행령제99조 제2항에 따라 경정청구로는 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 보아, 2011.6.24. 청구법인의 경정청구를 거부통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.7.29. 이의신청을 거처 2011.9.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 법인세법제29조(고유목적사업준비금의 손금산입)에 의한 손금산입의 적용으로 당초 이자소득을 과세표준에 산입하여 신고하면서 같은 법 제62조에 의거 이자소득을 법인세과세표준에 산입하여 신고하는 방법으로 청구법인이 선택하였으며, 청구법인은 이자수입만 있는 법인이 아니므로, 추가 이자소득이 과세표준에 신고누락되어 수정신고하였다. 청구법인은 비영리내국법인으로 법인세법제3조 제3항 제2호에 해당하는 쟁점이자소득을 법인소득으로 익금산입하고 이를 이월결손금과 공제처리하였으므로, 청구법인이 기납부한 원천(법인)세를 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 수정신고한 쟁점이자소득은 법인세법제62조에 의거 법인세 과세표준에 산입하여 신고하는 방법과 과세표준 신고를 하지 않는 방법을 법인이 선택할 수 있으며, 신고하지 않은 이자소득은 원천징수로 납세의무가 종결되는 것으로서, 이는 같은 법 시행령 제99조 제2항에 의거 이를 수정신고나 경정에 의하여 과세표준에 산입할 수 없는 것이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 비영리법인의 법인세과세표준에 포함되지 않았던 쟁점이자소득을 경정청구를 통하여 익금에 산입하고, 기납부한 원천징수세액을 환급할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제3조 (세법등과의 관계) ① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법이 이 법 제2장제1절, 제3장제2절·제3절 및 제5절, 제4장제2절(조세특례제한법 제104조의7제4항 의 규정에 따른 제2차 납세의무에 한한다), 제5장제1절·제2절제45조의2·제3절(조세특례제한법 제100조의10 및 같은 법 제100조의34에 따른 가산세에 한한다), 제6장제51조 및 제52조와 제8장에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법이 정하는 바에 의한다. (2) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익 제62조 (비영리내국법인의 과세표준신고 특례) ① 비영리내국법인은 제3조제2항제2호의 규정에 따른 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조제1항제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 "이자소득"이라 한다)으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 법인세법 시행령 제99조 (비영리내국법인의 과세표준신고의 특례) ① 법 제62조제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2009사업연도 중 OOO은행 등으로부터 쟁점이자소득을 지급받았고, OOO은행 등은 이에 대한 원천(법인)세 OOO원을 원천징수하였다. (나) 청구법인은 쟁점이자소득을 2009사업연도 법인세과세표준에 포함하지 않고 법인세 신고를 하였다가, 2011.4.29. 쟁점이자소득을 익금산입하여 기납부 원천(법인)세 OOO원에 대한 환급신청과 관련하여, 처분청에 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하였다. (다) 처분청은 법인세법 시행령제99조 제2항에 따라 당초 법인세 신고시 과세표준에 포함하지 않는 쟁점이자소득은 경정청구에 의하여 과세표준에 산입할 수 없다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부처분하였다.

(2) 국세기본법제3조 단서규정에 따르면, 국세기본법제2절 제45조의2 ‘경정 등의 청구’규정은 각 세법에 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법이 정하는 바에 의하도록 하고 있고, 법인세법제62조 및 같은 법 시행령 제99조에는 ‘과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다’고 규정하고 있다.

(3) 종합하건대, 청구법인은 쟁점이자소득을 익금에 산입하고, 기납부한 원천(법인)세를 환급하여 달라고 주장하나, 법인세 신고기한이 경과한 후에는 쟁점이자소득을 익금에 산입하여 기납부한 원천(법인)세를 환급하여 달라는 경정청구를 할 수 없는 것으로 보이는 점, 법인세 신고기한 내에 쟁점이자소득을 과세표준에 포함하여 신고를 하지 아니함에 따라, 쟁점이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 종결된 것으로 볼 수 있는 점 등으로 볼 때, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.