쟁점재위탁개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구인력개발비에 대한 세액공제대상으로 보이나 연구 및 인력개발비를 재위탁받은 제3자가 연구기관 또는 전담부서가 있는지 여부 및 금액이 확인되지 아니하므로 처분청으로 하여금 쟁점재위탁개발비 중 전담부서가 있는 제3자에게 재위탁한 비용을 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당함
쟁점재위탁개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구인력개발비에 대한 세액공제대상으로 보이나 연구 및 인력개발비를 재위탁받은 제3자가 연구기관 또는 전담부서가 있는지 여부 및 금액이 확인되지 아니하므로 처분청으로 하여금 쟁점재위탁개발비 중 전담부서가 있는 제3자에게 재위탁한 비용을 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당함
OOO세무서장이 2011.6.23. 청구법인에게 한 2005.4.1.～2006.3.31.사업연도 법인세 1,776,418,480원 및 2011.9.7. 청구법인에게 한 2006.4.1.～2007.3.31.사업연도 법인세 부과처분은 처분청에서조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제대상에서 제외한 금액에서 청구법인이 전산시스템 개발용역을 위탁한 업체로부터 재위탁 받은 기업 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를 확인하여 이를 세액공제대상으로 하여 해당 사업연도 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
(1) 조세특례제한법제10조에 따르면 연구 및 인력개발비세액공제는 연구전담부서가 있는 기업에 연구개발을 위탁하여 발생하는 연구개발비를 대상으로 한다고 하고 있을 뿐, 원청업자가 재위탁한 연구개발비를 제외하라는 규정은 없고, 조세법률주의 원칙상 조세감면의 범위를 제한하기 위해서는 법령상의 근거가 있어야 하므로, 다른 제한 규정이 없는 한 원칙적으로 재위탁한 연구개발비도 세액공제대상에 포함되어야 한다.
(2) 청구법인은 원청업자와 직접 계약을 체결하였으며 제공된 용역에 하자나 문제가 발생하는 경우 원청업자에게 책임을 묻고, 원청업자는 자신의 책임 하에 문제를 해결해 주어야 하므로 용역의 품질, 위험 관리 또한 원청업자가 통제하게 되므로 재하청부분에도 원청업자가 보유한 연구개발의 기술․능력이 그대로 발현되는 것이고, 원청업자가 단독으로 용역을 수행하는 것과 다를 바가 없으므로 타법인에 재위탁한 용역을 제외하여야 할 이유가 없다.
(3) 기술개발용역비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 연구인력개발비 세액공제대상이 아니라는 예규(재조특-844, 2009.09.25.)는 기존 예규의 변경이므로 신의성실의 원칙과 소급과세금지의 원칙을 위배한 것으로서 부당하다.
(1) 청구법인은 원청업자와 용역계약을 체결하였고, 원청업자의 모든 책임하에 연구활동이 이루어졌으며, 재위탁 여부는 원청업자의 사업 고유권한으로 청구법인이 관여할 사항이 아님으로 세액공제대상에서 제외함은 부당하다는 주장하나, 국세청 예규인 법인세과-483(2010.5.
26.)에 의하면 “내국법인이 조세특례제한법 시행령 별표6 제1호 나목 ① ㉲에 따른 전담부서(이하 “수탁자”)에 위탁하는 기술개발용역(이하 “위탁용역”) 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 당사자 간의 계약유무에 불구하고조세특례제한법제10조의 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없는 것입니다“ 라고 규정하고 있으며 기획재정부 예규인 재조특-844(2009.09.25)에 의하면, “내국인이 조세특례제한법 시행령 별표6 제1호 나목 ① ㉲에 따른 전담부서(이하 “수탁자”)에 위탁하는 기술개발용역(이하 “위탁용역”) 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은조세특례제한법제9조 제1항에 따른 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용에 해당하지 않음”으로 규정하고 있으므로 청구법인이 원청업자에게 위탁한 연구․인력개발을 원청업자가 재위탁한 경우에는 연구․인력개발비는 세액공제대상에 해당되지 않는 것이다.
(2) 재위탁한 연구․인력개발비는 세액공제대상이 아니라는 예규인 재조특-844(2009.09.25)호가 기존예규의 변경이며 신의성실의 원칙과 소급과세금지의 원칙을 위반한 것이라는 주장이나, 관련예규는(서면2팀-724, 2008.04.17, 서면2팀-1480, 2007.08.09, 법규-2998, 2007.6.15)조세특례제한법제10조 및 같은 법 시행령 〔별표6〕제1호 나목 ① ㉲에서 연구개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 비용은 전담부서에 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용이라고 열거되어 있을 뿐 재위탁에 대한 공적인 견해 표명은 없었으며, 아울러 “내국인이 조세특례제한법 시행령 별표6 제1호 나목 ① ㉲에 따른 전담부서(이하 “수탁자”)에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은조세특례제한법제9조 제1항에 따른 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용에 해당하지 않음.”이라는 기획재정부의 쟁점예규는 새로운 사실에 대한 창설적 해석이 아니라 조세특례제한법의 연구개발비 세액공제와 관련하여 위탁범위를 명확히 한 해석이다.
① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액
② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 〔별표6〕 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제9조 제2항관련) 구분 비용
① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯국·공립연구기관 ㉰정부출연연구기관 ㉱과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳ 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】
① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. (4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조 【기업부설연구소 등의 준수사항】
① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원등”이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산․판매․영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다. (5) 국세기본법 제15조 【신의성실】 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. (6) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】
① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인이 2005년 4월부터 2008년 3월까지 수탁자에게 지급한 총위탁개발비와 처분청에서 총위탁개발비 중 제3자에게 재위탁하였다고 하여조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제대상에서 제외한 쟁점재위탁개발비는 아래와 같은 것으로 나타난다.
(2) 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 재위탁한 경우, 이에 해당하는 비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 볼 것인지, 아니면 세액공제대상에서 제외하여야 하는지에 대하여 살펴보면, 금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점,조세특례제한법제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점, 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된조세감면규제법 시행령별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세 이전에는 그 간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여 과세하지 아니한 점, 국세청도 세액공제대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조), 전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당 기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-1673, 2012.3.12.)하였고,기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수 밖에 없다고 보이는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발비용을 세액공제대상으로 해석하였던 점(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참조) 등을 감안할 때, 쟁점재위탁개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구․인력개발비에 대한 세액공제대상(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻)으로 보이나, 연구 및 인력개발비를 재위탁받은 제3자가 연구기관 또는 전담부서가 있는지 여부 및 금액이 확인되지 아니하므로 처분청으로 하여금 쟁점재위탁개발비 중 전담부서가 있는 제3자에게 재위탁한 비용을 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.