쟁점부동산은 비영리법인인 청구교회가 양도한 것으로 보아야 한다는 청구주장은 타당하지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 재단법인 OOO 유지재단 소속 교회로 2007.5.25. 증여로 취득한 OOO동 63-6 건물 992.06㎡(주택 96.8㎡, 상가건물 905.26㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다) 및 그 부속토지 666.8㎡를 2010.5.25. 매매로 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하고 2010.7.29. OOO세무서에 양도소득세 예정신고를 하였다가, 청구인이 비영리법인임에도 개인거주자로 잘못 판단하여 양도소득세를 신고하였다 하여 양도소득세의 세액이 없는 것으로 결정하여 줄 것을 2011.7.20. 처분청에 경정청구하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 당초 2010.7.29. 신고한 양도소득세 예정신고서상의 납부세액을 무납부함에 따라 2011.2.15. 청구인에게 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였고, 청구인의 2011.7.20. 경정청구에 대해 OOO세무서장의 청구인에 대한 법인으로 보는 단체 승인일이 2010.6.24.이고, 쟁점거래가 그 이전(2010.5.25.)에 이루어졌으므로 청구인을 1거주자로 보아 양도소득세를 과세함이 타당하다고 결정하여 2011.8.11. 청구인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.9.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 당초 2007년 6월경 개인사업자와 법인사업자에 대한 개념을 알지 못하여 단지 교회로서의 사업자등록을 신청하였고, 그 사업자등록이 법인으로 사업자등록이 된 것으로 착각하였다가 뒤늦게 그것이 잘못된 사업자등록임을 알고 다시 신청하여 법인으로 사업자등록을 하게 되었는바, 청구인이 세법에 관한 지식이 없어 아무런 잘못이 없는데도 세금을 추징당하였으므로 청구인에 대한 세금부과는 부당하다. OOO는 재단법인 OOO 유지재단의 출연에 의하여 기독교 종교목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로, 제직회와 이사회에 의하여 운영되며, 교인으로 구성된 총회가 없고, 총회에 의해 해산할 수 있는 규정도 없이 단지 당초의 출연법인인 재단법인으로 복귀하는 규정만 두고 있어 세법상 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단이므로 비영리법인에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 OOO세무서장은 2010.6.24. 청구인을 법인으로 보는 단체로 승인하였고, 쟁점부동산의 양도는 그 이전인 2010.6.4.(매매계약서상 쟁점거래의 계약일은 2010.5.4.이므로 2010.5.4.의 오기인 것으로 보임. 동 계약서상 잔금 청산일은 2010.5.25.임) 이루어졌으며, 이 건 부과처분은 청구인이 쟁점부동산의 양도를 1거주자로 양도소득세 신고를 하였다가 무납부하여 경정․고지된 것으로, 국세기본법제13조 제1항은 법인격이 없는 사단․재단 기타 단체 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것과, 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것을 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있어 재단법인인 종교단체와 회계 등 모든 운영이 독립된 산하의 지역교회는 별도의 허가를 받아 설립된 재단의 경우를 제외하고 세법 적용상 개인(거주자)으로 보는 것이어서 청구인을 소득세법상 1거주자로 보아 양도소득세를 과세하는 것이 타당하므로 양도소득세의 세액이 없는 것으로 결정하여 줄 것을 요구한 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 법인으로 보는 단체의 승인일 이전에 부동산을 양도한 것에 대하여 청구인을 1거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법 제2조(납세의무) ③ 국세기본법 제13조 제4항 에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 사단·재단 및 그 밖의 단체는 거주자 또는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다.

(2) 법인세법 제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입.

(3) 국세기본법 제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 경우로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 자료에 의하면, 청구인은 당초 2007.6.12. OOO세무서에 개인사업자용 사업자등록신청서로 사업자등록을 신청하여 2007.6.19. 사업자등록번호 OOO으로 사업자등록을 하였고, 2010.6.1. OOO세무서에 법인으로 보는 단체의 승인신청서를 제출하여 2010.6.24. OOO세무서장로부터 법인으로 보는 단체 승인을 받은 것으로 나타난다.

(2) 청구인이 제출한 증여계약서에 의하면, 재단법인 OOO은 청구인(OOOOOOOOOOO OOOO, OOO OOO)에게 증여일을 2007.3.25.로 하여 쟁점부동산[OOOOO OOO OOO OO-O OO OOOOOO, OOOOO OOO OO동 63-6 철근콘크리트조 OOO 지하층 272.94㎡, 1층 312.04㎡, 2층 312.04㎡, 3층 95.04㎡]을 증여하는 계약을 체결한 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 제출한 부동산 매매계약서에 의하면, 매도인OOO은 2010.5.4. 매수인 하나님의 교회 OOO에게 쟁점부동산을 매매대금 OOO에 양도한 것으로 나타난다.

(4) 청구인이 제출한 양도소득세 신고서에 의하면, 청구인은 쟁점부동산의 양도에 대하여 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원, 납부할 세액을OOO원으로 하여 2010.7.29. OOO세무서에 양도소득세 예정신고를 하였다. OOO세무서장은 2010.11.23. 청구인의 양도소득세 신고서를 처분청에 이송하면서 OOO 양도 관련 자료로 청구인이 당초 2003.12.15. 개인사업자 고유번호(OOO-OO-OOOOO, OOO OOOO OOO, O OOOOO OOOOOOOOO OOO OOO OOOO)를 신청하여 2007.5.25.(계약서상으로는 2007.3.25.로 되어 있어 이를 오기한 것으로 보인다) OOO 유지재단으로부터 쟁점부동산을 증여받아 등기하였는바, 동 부동산의 등기부등본상 소유주가 OOO 이름으로 표기되어 있을 뿐 교회의 대표자 이OOO 개인 명의로 등기되어 있고, OOOOO OOOOOO OOOOO OOOOOOOOOO(OOOOOOOOOOO OOO OOO OOO) OOOOO으로부터 부여받아 제출한 등록번호등록증명서(등록번호 11114-0****)는 부동산등기법제41조의2 및 법인 아닌 사단, 재단 및 외국인의 부동산 등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정제8조의 규정에 의하여 증명된 것이고, 이는 단체의 실체를 증명하는 서류가 아니라 단체의 증명번호를 증명하는 서면이고 부동산등기신청용으로만 사용할 수 있다고 되어 있다는 취지의 자료를 첨부한 것으로 나타난다. 청구인이 신고한 양도소득세액를 납부하지 않자, OOO세무서장으로부터 양도소득세 신고서를 이송받은 처분청은 2011.2.15. 청구인이 신고한 양도소득세액에 납부불성실가산세를 가산하여 OOO원을 경정․고지하였다.

(5) 청구인은 2011.7.20. 처분청에 청구인 OOO 유지재단 소속 교회로 비영리법인인바, 2010.5.월경 개인 거주자로 잘못 신고한 양도소득세는 결정세액이 없는 것으로 경정하여 줄 것을 청구하였다. 이에 대해 처분청은 청구인에 대한 법인으로 보는 단체의 승인이 2010.6.24. 처리완료되어 2010.6.4.(쟁점부동산의 매매계약서상 매매계약일이 2010.5.4.이고 잔금청산일이 2010.5.25.인바, 2010.5.25.을 오기한 것으로 보인다)의 쟁점부동산 양도가 승인일 이전에 이루어졌기 때문에 교회를 1거주자로 보아 기신고한 양도소득세의 과세처분이 타당하고, 설령 청구인을 법인으로 보는 단체로서 비영리내국법인으로 본다 하더라도 법인세법에 의한 법인세 신고를 한 바 없고, 비영리내국법인이 소득세법제92조의 규정에 의하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각호의 양도소득세율을 적용하여 신고하는 방법을 선택하여 신고한 것이므로 청구인의 경정청구를 수용할 수 없어 2011.8.11. 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.

(6) 쟁점부동산 건물등기부등본에 의하면, 쟁점부동산의 건물(철근콘크리트 평슬라브 종교시설, 지하층 272.94㎡, 1층 312.04㎡, 2층 312.04㎡, 3층 95.04㎡)은 당초 1998.5.9.부터 OOOOOOOOOOOOOOO이 그 소유권을 보유하고 있다가, 2007.3.25. 증여를 원인으로 2007.5.25. OOOOOOOOOOOOOOO(11114-0**) 대표자 이OOO(480526-*)에게 소유권이 이전된 것으로 나타난다.

(7) 청구인이 제출한 OOO 정관에 의하면, 동 교회 이사회는 OOO의 예배 및 전도, 교육, 의료, 기타 자선사업에 필요한 토지, 건물 및 설비품을 소유 관리함을 목적으로 하고, 임원은 이사장 1인, 이사 2인 이상, 감사 2인을 두며, 제직회에서 3분의 2이상 찬성으로 선출되고, 이사장은 교회의 업무를 총괄하며, 동 단체의 재산은 단체 설립시 설립자가 출연한 재산과 이사회에서 정하는 기본재산과 기본재산 이외의 재산인 보통재산으로 하여 이사회가 OOO 유지재단으로 복귀하고자 할 때에는 재적 이사 3분의 2 이상의 찬성으로 의결하고, OOO 제직회 3분의 2 이상의 찬성으로 한다고 규정하고 있다.

(8) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 국세기본법 제13조 제2항 의 규정내용을 보면 “법인격 없는 단체”는 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 경우에 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용할 수 있다고 규정되어 있는 바, 청구인은 이 건 쟁점부동산을 2010.5.25. 양도한 이후인 2010.6.1.에서야 법인으로 보는 단체의 승인신청서를 관할세무서장에게 제출하였음이 확인되어 동 규정이 적용될 여지가 없다 할 것이므로 처분청이 청구인을 법인으로 보지 아니하고 양도소득세의 세액을 없는 것으로 경정하여 줄 것을 요구한 청구인의 경정청구를 거분한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.