판결 확정일로부터 1년 이내에 위법사항을 보완하여 다시 부과한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. OOO세무서장은 의류 제조 및 수출업체인 (주)OOO(이하 “OOO”라 한다)의 2003사업연도 매입액 OOO원을 가공매입으로 확정하고, 이를 손금불산입하여 법인세를 부과하였으며, 등기부상 대표이사인 김OOO에게 상여처분 및 소득금액 변동통지하였으나, 2007.1.12. 청구인이 실질 대표자로 확인됨에 따라 청구인에게 상여처분 및 소득금액 변동통지하였다.
• 나. 처분청은 위 통보에 따라 2007.9.1. 청구인에게 2003년 귀속 종합소득세 OOO원을 고지하였으나, 청구인이 법인세를 추계과세하여야 한다는 행정소송을 제기하여 2011.1.31. 취소로 확정 판결되자, 인천세무서장은 OOO의 법인세를 추계과세하고, 청구인에 대한 상여처분금액을 OOO원으로 경정(당초보다 OOO원 감액)하여 처분청에 통보하였으며, 처분청은 당초의 2003년 귀속 종합소득세를 취소하고, 2011.6.14. 청구인에게 2003년 귀속 종합소득세 OOO원을 재결정 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.9.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 ⑴ 당초 고지처분에 대하여 청구인이 제기한 소송이 대법원에서 취소 판결되었고, 확정판결 전에 국세부과제척기간(5년)이 경과하였으므로 그 후 처분청이 당초 처분을 취소하고 2011.6.14. 청구인에게 다시 부과한 처분은 국세기본법 제26조의2 제1항 의 국세부과제척기간이 경과된 처분이므로 취소하여야 한다. ⑵ 법인세 과세표준 및 세액의 추계경정시 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 소기업이 폐업한 때에는 단순경비율을 적용하도록 규정하고 있고, OOO는 2003년 당시 상시고용인원 10인 이하의 소기업으로서 2005.5.28. 폐업하였으므로, 법인 소득금액을 단순경비율로 추계경정하여야 하고, 인정상여금액도 이에 근거하여 산정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 ⑴ 법원은 과세처분을 취소 판결하면서 그 이유를 “추계과세의 방법에 의하여 2003년 귀속 종합소득세에 관한 정당한 세액을 산출하기에 부족하므로 법원은 위법한 이 부분 처분을 전부 취소할 수밖에 없다.”라고 하였으므로, 판결은 당초 결정을 하자 등으로 무효화시키는 결정으로 볼 수 없고, 추계과세의 방법으로 산정된 인정상여 금액에 대하여 소득세를 부과한 것은 법원의 판결내용에 제시된 위법사항을 보완하여 다시 부과한 것으로서 국세기본법 제26조의2 에서 규정한 법원의 판결에 따른 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분에 해당한다(조심 2008중3125, 2010.6.7., 참조). 따라서 이 건 처분은 세액의 산출과정에서 나타난 위법사유를 보완하여 국세기본법 제26조의2 제2항 의 규정에 의하여 부과한 정당한 처분이다. ⑵ 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 에 조세특례제한법에 의한 소기업이 폐업한 때에는 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 의2의 규정을 준용하는 방법 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법으로 추계결정 및 경정하도록 규정하고 있으며, 2003년 기준 ‘법인세 무신고 법인 처리기준’상 추계결정시 명백한 탈루 혐의가 없는 폐업한 소기업에 한해 단순경비율을 적용하도록 규정하고 있는바, OOO는 가공세금계산서를 수취하여 명백한 조세탈루 혐의가 있으므로 단순경비율이 아닌 기준경비율을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 취소 판결 확정일로부터 1년 이내에 위법사항을 보완하여 다시 부과한 처분의 당부

② 법인소득금액을 기준경비율로 추계하여 과세한 처분의 당부

• 나. 관련 법령 ⑴ 국세기본법 제26조의2 (국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. (단서 생략)

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정·판결, 상호합의 또는 경정청구에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 ⑵ 법인세법 시행령 제104조 (추계결정 및 경정) ① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에 소득세법 시행령 제145조 의 규정에 의한 기준경비율(이하 “기준경비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

3. 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다)에는 수입금액에 소득세법 시행령 제145조 에 따른 단순경비율과 직전 사업연도의 소득률 중 작은 비율을 곱하여 계산한 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법 ⑶ 소득세법 시행령 제143조 (추계결정 및 경정) ③ 법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다. 1의2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법

• 다. 사실관계 및 판단 ⑴ 쟁점①에 대하여 본다. ㈎ 인천세무서장은 OOO의 2003사업연도 가공매입액 OOO원을 손금불산입하고 법인세를 경정․고지하였으며, 등기부상 대표이사인 김OOO에게 상여처분 및 소득금액변동통지를 하였으나, 2007.1.12. 김OOO이 실제 대표이사가 아닌 것으로 확인됨에 따라 김OOO에 대한 소득금액변동통지를 취소하고, 실제 대표자인 청구인에게 상여처분 및 소득금액변동통지를 하였다. ㈏ 처분청은 2007.9.1. 청구인에게 2003년 귀속 종합소득세 OOO원을 고지하였다가, 청구인이 제기한 취소소송이 2011.1.31. 대법원에서 취소로 확정됨에 따라 처분청은 당초의 부과처분을 취소하고, 2011.6.14. 청구인에게 2003년 귀속 종합소득세 OOO원을 재결정 고지하였다. ㈐ 청구인은 이 건 부과처분이 부과제척기간(5년)을 경과한 부적법한 처분이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

1. 법원은 2007.9.1.자 종합소득세 부과처분 취소소송에 대한 판결(서울고등법원 2010.11.23. 선고 2009누21088 판결, 대법원 2011.1.31. 선고 2010두28298 판결)에서, 2003사업연도 장부 및 증빙서류는 중요한 부분이 미비 또는 허위여서 실질과세의 방법을 사용할 수 없으므로 소득을 추계결정하고, 그 중 사외유출금액을 상여처분하여야 함에도 처분청은 이 방법에 의하지 아니하고 종합소득세를 부과하였으므로 위법이며, 과세처분취소소송에서 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법이라 하더라도 제출된 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 취소할 것이 아니라 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 취소하여야 하지만 당사자가 제출한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 이 사건의 경우, 원․피고가 제출한 증거 등 모든 증거자료에 의하더라도 추계과세의 방법에 의하여 정당한 세액을 산출하기에 부족하므로 법원으로서는 위법한 처분을 전부 취소할 수밖에 없다고 판단하였다.

2. 위 판결에 따라 OOO세무서장은 OOO의 법인세를 기준경비율로 추계과세하고 상여처분금액을 OOO원으로 경정(당초 OOO원)하여 통보함에 따라 처분청은 당초의 종합소득세 부과처분을 취소하고, 2011.6.14. 청구인에게 2003년 귀속 종합소득세를 재고지한 것으로 나타난다. 3) 국세기본법 제26조의2 제2항 에서는 판결이 있는 경우에는 그 판결 확정일로부터 1년 이내에 해당 판결에 따라 경정결정이나 그 밖의 필요한 처분을 할 수 있도록 규정하고 있는바, 이 건 과세처분(2011.6.14.)은 대법원의 확정판결일(2011.1.31.)로부터 1년 이내에 부과한 처분으로 나타난다.

4. 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구인은 2003년 귀속 종합소득세를 2011.6.14. 부과한 것은 국세부과제척기간(5년)을 경과(7년)한 처분이라고 주장하나, 관련 판결문에서 제출된 모든 증거자료에 의하더라도 법원이 추계과세의 방법에 의하여 종합소득세에 관한 정당한 세액을 산출하기에 부족하므로 법원으로서는 전부 취소할 수밖에 없다고 밝히고 있어 당초의 부과처분을 하자 등으로 무효화시키는 결정으로 보기 어렵고, 추계과세의 방법에 의한 상여처분금액에 대하여 소득세를 부과한 처분은 법원의 판결문에 나타난 위법사유를 보완하여 다시 부과한 처분이므로, 판결 확정일로부터 1년 이내에 부과된 이 건 처분은 국세기본법 제26조의2 제2항 의 규정에 의한 정당한 처분으로 판단된다. ⑵ 쟁점②에 대하여 본다. ㈎ 청구인은 OOO가 상시종업원수 10인 내의 소기업이며 2005.2.28. 폐업하였으므로 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 에 따라 추계결정시 단순경비율을 적용하여야 한다는 주장이다. <표> 상시종업원 계산내역 (단위: 명) 귀속 구분 1월 2월 3월 4월 5월 6월 7월 8월 9월 10월 11월 12월 합계 평균 원천신고 3 8 10 11 13 17 13 9 11 12 6 15 128 10.6 2003 차감(일용근로자) 5 7 8 10 13 9 6 8 9 3 12 90 7.5 상시종업원수 3 3 3 3 3 4 4 3 3 3 3 3 38 3.1 ㈏ 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 에서는 법인의 소득금액 추계결정시 사업수입금액에서 공제할 금액을 기준경비율을 적용하여 계산하도록 하였고, 같은 항 제2호에서는 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정하도록 규정하였으며, 2003.12.30. 신설된 같은 항 제3호에서는 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 소기업이 폐업한 때에는 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 의2의 규정을 준용하는 방법 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법으로 추계결정하도록 규정하였다. 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 의2에서는 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 추계방법을 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 의 규정은 소기업이 폐업한 때에는 조세회피의 우려가 없는 경우 소득세법의 단순경비율을 이용한 추계방법 등 국세청장이 정하는 합리적인 방법을 사용할 수 있도록 하기 위한 것이 그 입법취지임이 확인된다. ㈐ 한편 국세청장은 각 세무서에 무신고 법인의 처리와 관련하여 소득금액 추계시 단순경비율 적용은 명백한 탈루혐의가 없는 소규모 폐업법인에만 적용하고, 가공세금계산서를 수취한 경우에는 조세회피 목적이 있는 것으로 보아 기준경비율을 적용하라는 내용이 담긴 업무지침 공문을 시달한 사실이 확인되는바, 국세청장이 소기업이 폐업한 경우라 하더라도 가공세금계산서를 수취한 경우에는 조세회피 목적이 있는 것으로 보아 단순경비율의 적용을 배제한 것은 위 신설법령의 입법취지에 부합하는 것으로서 동 규정에서 위임한 범위 내에 속한다고 보아야 할 것이다. ㈑ 그렇다면, 처분청이 가공매입으로 확정된 OOO의 소득을 기준경비율로 추계결정하고, 그 소득금액에 근거하여 대표자 상여처분하고 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(국심 2007부1037, 2007.10.12. 합동회의, 참고).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.