선량한 관리자로서 주의의무를 다한 경우 사실과 다른 세금계산서의 매입세액 공제가능함

OOO세무서장이 2011.6.10. 청구인들에게 한 부가가치세 2006년 제1기분 OOO원 및 2006년 제2기분 OOO원의 부과처분은 이를 각각 취소한다.

• 가. 청구인들은 2006.6.6.부터 OOO동 161 소재 상가건물 5층 745.31㎡에서 OOO빌딩이라는 상호로 부동산임대업을 영위하고 있는 사업자로서, OOO빌딩의 신축공사와 관련하여 OOO동 659-26에 사업장을 둔 OOO 주식회사(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 2006년 제1기 과세기간 중 공급가액 OOO원 및 2006년 제2기 과세기간 중 공급가액 OOO원 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 이에 대한 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은, 쟁점거래처를 관할하는 OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)이 쟁점거래처를 자료상으로 확정하고 과세자료를 통보함에 따라 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제하여 2011.6.10. 청구인들에게 부가가치세 2006년 제1기분 OOO원 및 2006년 제2기분 OOO원을 각각 경정․고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2011.6.21. 이의신청을 거쳐 2011.9.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 청구인들은 거래 당시 쟁점거래처가 자료상임을 알지 못한 선의의 거래당사자로서 쟁점매입세액은 공제되어야 하는바, ① 청구인들은 쟁점거래처의 건설사업팀 이사 민OOO 및 관리팀 이사 박OOO을 OOO동 소재 다방에서 만나 명함을 받아 확인하고, 쟁점거래처의 법인연혁, 건설업등록증, 사업자등록증 사본, 법인등기부등본, 법인인감증명, 국세 및 지방세 완납증명서, 법인의 기구표, 기술자 보유현황, 공사도급현황이 있는 ‘공사지명원’을 제시받아, 상가건축 시공능력 및 부도가능 여부 등에 대한 모든 사실관계를 확인하여 계약을 체결하였고, ② 쟁점거래처 계좌에 현금 OOO억원을 송금하거나 수표로 OOO만원을 지급하였던바, 수표거래는 2007.1.1. 이후 사업용계좌를 사용하도록 법이 개정되기 전 당시의 거래관행이었고, 단지 9차례에 걸쳐 소액수표 및 소액현금으로 지급한 이유는 잔금지급시 자금부족으로 자금이 마련될 때마다 지급한 것으로, 대금지급시마다 쟁점매입처의 입금증과 세금계산서를 수취하여 부가가치세를 신고하였으며, ③ 조사청이 조사한 자금의 흐름에서 보듯 이사 민OOO에게 수표로 지급한 금액 중 OOO만원은 쟁점거래처에 다시 입금되었고, 착공신고서와 건축물관리대장상 공사시공자가 쟁점거래처로 등재되어 있으며, 약정된 공사계약에 의하여 공사가 순조롭게 진행되었고, 건물준공시 쟁점거래처로부터 공사비수령완납확인용 공문을 수령하여 건물사용승인을 받아 정상적으로 사용하였으며, ④ 당초 처분청이 쟁점세금계산서에 의하여 매입세액을 환급해 준 점, 조사청이 쟁점거래처에 정상납세자임을 확인해 준 점, 조사청은 이사 박OOO을 실사업자로 보고, 처분청은 이사 민OOO을 실사업자로 보는 등 실사업자 확인에 어려움이 있는 점 등을 고려하면, 쟁점거래처가 자료상으로 확인되었다는 이유만으로 거래 당시 전혀 의심없이 공사를 발주한 청구인들에게 불이익을 주는 것은 부당하다. 처분청은 저가계약, 민OOO의 독자적인 회사운영, 보증서 없이 한 송금, 청구인들과 민OOO의 계약장소에 관한 상이한 진술 등을 들어 선의의 거래당사자가 아니라는 의견이나, ① 다른 사업자보다 1억원이 저렴한 OOO억원으로 쟁점거래처와 계약한 것은 상관행상 정당한 공개입찰 결과로서, 위장거래의 근거로 볼 수 없고, ② 청구인들은 민OOO과 계약당시 쟁점거래처의 명함을 가지고 와 쟁점거래처의 이사인 줄 알았고, 민OOO이 OOO건축을 운영한 사실을 알 수 있는 위치에 있지도 않았으며, ③ 청구인들은 건설공제조합 및 신용보증기금의 보증서를 받지 않았으나, 이는 건물신축에 대한 경험이 없어 공사비 선금에 대하여 보증금을 받는 제도를 몰랐던 것일 뿐이며, ④ 계약장소가 다르다고 하여 계약서 효력이 달라지는 것이 아님에도 5년이 지난 지금 계약 장소를 착각에 의하여 다르게 답변할 수도 있는 상황에서 이를 위장거래의 근거로 볼 수는 없다.
• 나. 처분청 의견 쟁점거래처는 2006년 공사실적이 전혀 없고, 건설면허가 필요한 공사현장으로부터 면허대여 제의를 받으면, 수수료를 받고 건설허가에 필요한 서류들과 법인통장을 실시공자에게 건네주고 가공의 매출세금계산서를 발행한 것으로 확인되고, 민OOO은 1990.3.15.부터 2007.11.19.까지 OOO동 인근에서 OOO건축을 운영하였고 같은 동 161에 소재한 OOO빌딩을 실제 공사한 것으로 확인되었으며, 민OOO은 2007.11.20.부터 현재까지 같은 동 인근에서 OOO건설을 운영하고 있는 것으로 확인되었다. 청구인들은 쟁점거래처의 사업자등록증, 납세증명서, 명함 등을 확인하여 선의의 거래당사자라고 주장하나, ① 타사보다 OOO억원 가량이나 저렴한 OOO억원에 쟁점거래처와 공사도급계약을 체결하고 민OOO이 공사를 총괄하여 진행한 점, ② OOO빌딩 신축건으로 처음 알게 되었다는 쟁점거래처 직원 민OOO에게 공사대금 중 선금의 명목으로 OOO만원이라는 고액을 수표로 건넨 점, ③ 총공사대금 중 OOO억원을 제외한 나머지 금액을 법인 통장으로 직접 송금한 것이 아니라 수표 및 현금으로 민OOO에게 직접 건넨 점, ④ 청구인 송OOO이 조사 과정에서 민OOO의 존재를 밝히려 하지 않은 점, ⑤ 계약서 작성 당시의 상황에 대해 청구인 송OOO은 ‘OOO동 인근 다방에서 이사 박OOO, 이사 민OOO과 함께 계약서를 작성하였다’라고 진술하고, 민OOO은 ‘OOO빌딩측으로부터 계약서에 도장을 찍어 쟁점거래처 사무실로 가져가 이사 박OOO이 계약서를 작성하였다’고 구체적으로 진술한 후 ‘OOO가 인근 OOO빌딩측 사무실에서 계약서를 작성했다’고 번복하는 등, 양측의 계약서 작성 당시의 진술에 신빙성이 없는 점 등을 고려하면 선의의 거래자로서의 의무를 다하였다고 볼 수 없으므로, 쟁점세금계산서는 실물거래없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로서 쟁점매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서에 의한 거래를 선의의 거래당사자에 해당되는 것으로 보아 매입세액공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 부가가치세법 제17조 (납부세액) ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료에 의하면, 청구인들은 2006.6.16. OOO동 161에서 OOO빌딩을 상호로 개업하여 부동산임대업을 운영하고 있고, 쟁점거래처로부터 2006년 제1기 과세기간에 OOO만원, 2006년 제2기 과세기간에 OOO만원, 합계 OOO억원 상당의 세금계산서를 수취하여 합계 OOO만원의 매입세액을 공제받은 것으로 나타난다.

(2) 조사청의 거래질서 관련 조사종결보고서(2010.12.6.)에 의하면, 쟁점거래처는 건설/일반건축공사를 업종으로 2002.9.5. 개업하여 2006.12.31. 폐업한 사업자인바, 대표자는 이OOO이나 실사업자인 박OOO의 주도하에 실제 공사를 시공하지 않고 소규모 공사현장의 건물주 또는 무면허 건축업자에게 명의만 빌려주고 일정액의 수수료를 받은 후 가공의 세금계산서를 발행하였음이 확인되었고, 조사청은 자료상 실행위자를 박OOO으로 확정한 사실이 나타난다.

(3) 처분청 심리자료에 의하면, 처분청이 2011.3.16.부터 2011.5.9.까지 청구인들에 대하여 실시한 세무조사 내용은 아래와 같이 나타난다. (가) 청구인들이 OOO빌딩 공사와 관련하여 지출한 OOO만원 중 부가가치세 부분 OOO만원은 소명되지 못하였고, 그 외에 선금으로 지급한 OOO만원은 민OOO을 거쳐 민OOO의 처 박OOO의 계좌로 입금되었고, 1차 중도금 OOO만원과 2차 중도금 OOO만원은 민OOO을 거쳐 쟁점거래처 계좌에 입금되었으며, 3차 중도금 OOO억원은 쟁점거래처 계좌로 직접 송금되었고, 부가가치세 명목으로 지급한 총 OOO만원은 박OOO 계좌로 입금되었으며, 나머지 OOO억원은 소액현금과 소액수표 등으로 수차례 민OOO에게 지급되었다. (나) 민OOO은 1990년부터 2007년말까지 OOO동 인근에서 OOO건축을 운영하였고, 민OOO은 같은 동 인근에서 OOO건설을 운영하고 있다. (다) 처분청은 세무조사 결과 민OOO에 대해서 OOO빌딩 신축당시 시공자로 판단하고 매출누락에 관하여 과세자료를 통보하였다.

(4) 처분청 소속공무원이 청구인 송OOO과의 문답을 기재한 문답서(2011.5.6.)에 의하면, 아래와 같이 나타난다. (가) 송OOO은 2005년 말경 부동산중개업자의 소개로 쟁점거래처의 이사로 있다는 민OOO을 소개받아 2006년 4월부터 OOO빌딩 신축을 시작하였고, 납세완납증명서를 제출했기 때문에 쟁점거래처가 자료상인지 전혀 알지 못했으며, 공사도급계약서는 와룡동 인근 다방에서 쟁점거래처 이사와 민OOO과 함께 계약서를 작성하였고, OOO빌딩 공사대금은 대부분 민OOO에게 전달하였으며, 일부는 쟁점거래처 통장으로 계좌이체하였고, 공사대금 지급 후 입금표와 세금계산서는 민OOO으로부터 받았다고 진술하였다. (나) 송OOO은 세무조사 착수 당시 공사대금을 쟁점거래처 또는 하도급업체에 파견 온 현장소장에게 전달하였다고 하였다가, 조사일에 출석하여서는 민OOO에게 대금을 지불하였다고 진술한 점에 관하여, 하도급업체는 업계관행이어서 말한 것이고 실제로는 민OOO에게 공사대금을 지불하였다고 답변하였다.

(5) 처분청 소속공무원의 민OOO에 대한 문답서(2011.5.17.)에 의하면, 민OOO은 OOO건설회사 직원인바, 쟁점거래처의 직원으로서 계좌이체, 수표, 또는 현금의 방법으로 총 OOO만원을 받았고, 조사공무원이 2011.3.15. 오후 15시경 유OOO으로 문의하였을 때 ‘OOO빌딩측으로부터 계약서에 도장을 받아서 쟁점거래처 사무실로 가져가 박OOO 이사가 계약서를 작성했다’고 답변하였다가 추후 유OOO으로 ‘OOO가 인근 OOO빌딩측 사무실에서 계약서를 작성했다’고 진술을 바꾼 것은 갑자기 물어봐서 답변을 했던 것이고, 다시 생각해 보니 애초에 말한 것이 잘못돼서 다시 말한 것이라고 진술하였다.

(6) 청구인들은 쟁점거래처의 건설사업팀 이사로 기재된 민OOO의 명함, 쟁점거래처의 관리이사로 기재된 박OOO의 명함, 쟁점거래처의 건설업등록증, 사업자등록증, 납세증명서(2006.1.26.), 지방세납세증명서(2006.1.26.) 및 정관을 제출하였고, 전산자료상 박OOO은 2006.1.19.부터 2009.9.5.까지 쟁점거래처로부터 근로소득 OOO원을 지급받은 것으로 나타난다.

(7) 청구인들이 제출한 도급계약서(2006.4.25.), OOO빌딩 건축물관리대장, 착공신고서(2006.5.17.) 및 사용승인신청(2007.1.26.)의 각 시공자란에는 쟁점매입처가 기재되어 있는 사실이 나타난다.

(8) 살피건대, 청구인들이 민OOO 및 박OOO으로부터 쟁점거래처의 소속으로 인쇄된 명함, 쟁점거래처의 건설업등록증, 사업자등록증 사본, 납세증명서 및 지방세납세증명서 등을 제시받고 쟁점거래처와 공사도급계약서를 체결한 것으로 보이는 점, 청구인들이 명함을 받은 박OOO이 쟁점거래처로부터 급여를 받은 것으로 나타나고, 조사청의 조사결과 쟁점거래처의 실사업자로서 확인된 점, 청구인들이 공사대금 중 OOO억원을 쟁점거래처의 계좌로 직접 입금하고, 공사대금 중 OOO만원이 쟁점거래처로 송금된 점 등에 비추어 보아, 민OOO이 도급공사의 실지사업자임을 스스로 밝히지 아니한 이상 청구인들은 쟁점거래처가 도급공사의 상대방으로 인식할 수밖에 없었고, 민OOO이 실사업자라는 사실을 알기 어려울 뿐만 아니라, 청구인들로 하여금 도급공사계약을 하면서 쟁점거래처가 면허를 대여할 뿐, 실지사업자가 따로 있는지 여부까지 확인하도록 의무를 지우는 것은 사회통념상 기대하기 어려운 점(조심2008서3698, 2009.3.12. 참고) 등을 종합적으로 고려할 때, 청구인들이 쟁점거래처와의 공사도급계약에 있어서 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 공제하지 아니하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.