연구기관 및 전담부서를 보유한 업체에 재위탁하고 지급한 비용에 대하여는 세액공제하는 것임.

OOO세무서장이 2011.6.7. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 O,OOO,OOO,OOO원의 부과처분은 청구법인이 전산시스템 개발용역 을 위탁한 OOO주식주식회사, OOO주식회사, OOO주식회사, 주식회사 OOO가 재위탁하고 지급한 금액 중 연구기 관 또는 전담부서를 보유한 업체에 지급한 금액은 조세특례제한법 제10조에서 규정한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으 로 하여 2006사업연도의 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 2009.6.4. 2001사업연도부터 2006사업연도 법인세 신고시 누락한 전산시스템 개발비 OOO원에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제액 OOO원을 2006사업연도 법인세에서 공제하여 줄 것을 경정청구하였고, 처분청은 청구내용을 인정하여 2009.7.1. 법인세 OOO원(국세환급가산금 포함)을 환급하였다가 재위탁분 개발비는 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당하지 않는다는 감사원의 감사지적에 따라 청구법인이 2005, 2006사업연도에 지출한 재위탁분 전산시스템 개발비 각 OOO원과 OOO원, 합계 OOO원에 대한 세액공제를 배제하여 2011.6.7. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2011.8.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) [주위적 청구] 아래와 같은 이유로 재위탁분 전산시스템 개발비에 대하여도 연구 및 인력개발비 세액공제를 하여야 한다. 첫째, 조세특례제한법 제10조 제1항 과 같은 법 시행령 제9조 제2항 및 별표 6에서는 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용을 연구 및 인력개발비 로 규정하고 있는바, 재위탁분 연구 및 인력개발비의 경우 세액공제가 불가능하다는 내용을 규정하고 있지 않다. 둘째, 위탁자는 수탁자가 위탁받은 용역을 제3자에게 재위탁하는지 여부 및 금액을 알 수 없고, 재위탁 여부를 확인할 수 있는 자료를 요구할 수 있는 법적 근거가 없을 뿐만 아니라 수탁자의 원가 등은 영업기밀에 해당하여 위탁자에게 자료제공이 사실상 불가하며, 연구 및 인력개발비 세액공제의 취지가 기술 및 인력개발비 투자에 대해 세제상의 혜택을 줌으로써 기술 및 인력개발을 촉진하는데 있으므로 재위탁된 비용을 제외하는 것은 동 취지에 맞지 않고, 전담부서가 있 는 다수의 사업자와 각각 계약 체결하는 경우와 전담부서가 있는 단일의 사업자와 계약을 체결하고 동 사업자가 전담부서가 있는 다수의 사업자와 다시 계약을 체결하는 경우를 비교해 보면, 계약형태만 다를 뿐 연구 및 인력개발에 소요되는 비용 및 투입인력은 동일함에도 전자의 경우에는 세액공제가 가능하고 후자의 경우에는 세액공제가 불가능한 불형평의 문제가 발생한다. 셋째, 재위탁 관련 부분은 세액공제대상에 해당하지 않는다고 해석 (기획재정부 조특-844, 2009.9.25. 참고)하기 전에 기획재정부와 국세 청에서는 전산시스템 개발을 위탁하고 당해 개발비용을 지출하는 경우 연구 및 인력개발비에 해당한다고 해석하였고(재조예-36, 2005.1.13., 서면2팀-1480, 2007.8.9. 참고), 과세관청에서도 연구 및 인력개발비 세액공제 조항 제정이후 수 십년간 재위탁 여부를 세액공제대상여부 판정시 고려하지 않음으로써 재위탁분 개발비도 세액공제대상에 해당한다는 국세행정의 관행이 성립되었는바, 기존 국세행정의 관행에 반하는 위 기획재정부 해석을 근거로 이 건 부과처분을 한 것은 국세기본법 제18조 제3항 에 규정된 소급과세금지원칙에 반하는 처분에 해당한다.

(2) [예비적 청구] 조세특례제한법제10조 및 같은 법 시행령 제9조와 별표6에서 연구기관 및 전담부서를 보유한 업체에 개발을 위 탁하고 지급한 비용을 세액공제 대상으로 규정하고 있으므로 재위탁분 전액에 대하여 세액공제를 적용할 수는 없다 하더라도 연구기관 및 전담부서를 보유한 업체에 재위탁하고 지급한 개발비에 대하여는 세액공제를 하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 정책적으로 조세측면에서 특별히 지원하는 제도인 바, 이와 같이 납세자에게 혜택을 주는 세법규정은 변칙거래 등을 방지하기 위하여 법률에 정한 요건을 갖춘 경우에만 인정하도록 엄격하게 해석하여야 하므로 수탁자가 자체적으로 영리활동을 수행하는 독립기관인 제3자에게 재위탁하였을 경우 그에 상당하는 금액은 전담부서 및 계약 여부를 불문하고 세액공제 대상이 아니라고 할 것이고, 과세관청에서 재위탁분 개발비에 대한 세액공제 여부에 대하여 어떠한 공적인 견해를 표명한 사실이 없으므로 단순히 경정청구에 대하여 환급을 하였다는 사정만으로 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없으며, 이 건의 경우 납세자가 임의로 확대해석하 고 있었던 부분을 예규 등을 통하여 명확히 해석한 것이므로 소급과세 금지의 원칙에 반한다고 보기도 어렵다.

• 가. 쟁 점

① [주위적 청구] 청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 수탁자가 그 중 일부를 제3자에게 재위탁하고 지급한 비용의 경우 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는지 여부

② [예비적 청구] 수탁자가 위탁받은 연구개발용역의 일부를 연구기관 및 연구개발 전담부서를 보유한 제3자에게 재위탁하고 지급한 비용의 경우 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제15조 [신의‧성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 제18조 [세법해석의 기준 및 소급과세의 금지] ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (2) 조세특례제한법 제10조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구‧인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (3) 조세특례제한법 시행령 제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 별표6 [연구‧인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련) ] 구 분 비 용

• 나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉯ 국‧공립 연구기관 ㉰ 정부출연 연구기관 ㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉵ 국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법에 의한 연구개발업을 영위하는 기업 ㉷ 한국표준산업분류표상 기술시험‧검사 및 분석업을 영위하는 기업 (4) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 [연구 및 인력개발비의 범위] ① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 감사원의 감사지적에 따라 청구법인이 지출한 전산시스템 개발비에 대하여 2011년 2월 현지확인을 실시하였는바, 현지확인 결과보고서에 의하면 청구법인의 2005, 2006사업연도 전산시스템 개발비 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 전산시스템 개발비 내역(처분청 현지확인보고서)

(2) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 청구법인의 2005, 2006사업연도 전산시스템 개발비 중 재위탁분의 내역은 아래 <표2>, <표3>과 같다. <표2> 재위탁분 개발비(전담부서 유무별, 청구법인 주장) <표3> 재위탁분 개발비(재수탁자별, 청구법인 주장) (4) 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서는 세액공제 대상이 되는 비용을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있다.

(5) 위 사실관계와 관련 법령을 종합하여 보면, 조세특례제한법 제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 않은 점, 조세특례제한법 시행령 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 해당 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 것에 그 취지가 있으므로 연구기관 및 전담부서를 보유한 기업에서 연구개발용역을 수행한 이상 위탁, 재위탁 여부에 따라 차별하지 않는 것이 합리적인 점, 청구법인으로부터 전산시스템 개발을 위탁받은 주식회사 OOO 등이 동 용역의 일부를 제3자에게 재위탁할 것인지에 대하여 청구법인이 관여하기 어렵다고 보이는 점, 금융기관의 전산시스템 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 이용하여야 할 필요성이 있는 점 등으로 볼 때, 재위탁의 경우에도 위탁에 포함된다고 보아 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 다만, 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 및 별표6 제1호 나목에서 위탁 및 공동기술개발의 경우 연구기관 및 전담부서에서 수행하는 연구개발비를 세액공제 대상으로 규정하고 있으므로 재수탁자의 경우에도 연구기관 및 전담부서를 보유한 기업에 해당되어야 하는 점, 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된조세감면규제법 시행령별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행하고 있는 점, 국세청에서는 “전담부서를 보유한 기업”에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 다수 해석하였고(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참고), 처분청도 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여도 과세하지 아니한 점, 기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없고, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점 등으로 볼 때, 재위탁하고 지급한 연구개발비 중 연구기관 및 전담부서를 보유한 기업에 지급한 비용에 한하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 청구법인으로부터 전산시스템 개발용역을 위탁받은 주 식회사 OOO 등이 그 중 일부를 재위탁하였더라도 전액을 세액공제하여야 한다는 주위적 청구(쟁점ⓛ)는 받아들이기 어려우나, 적어도 연구기관 및 전담부서를 보유한 업체에 재위탁하고 지급한 비용에 대하여는 세액공제하여야 한다는 예비적 청구(쟁점②)는 이유 있으므로 주식회사 OOO 등이 재위탁하고 지급한 연구개발용역비 중 연구기관 및 전담부서를 보유한 업체에 지급한 비용의 경우 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보아 2006사업연도의 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다(조심 2011서1923, 2012.6.8.합동회의 참고).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.