청구인의 쟁점아파트 양도에 대하여 1세대 3주택에 대한 중과세율을 적용하여 과세한 처분은 부당함

OOO세무서장이 2011.7.6. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은

1. 소득세법제104조 제1항 제1호의 세율을 적용하고, 청구인이 2009.3.2.자 고지처분에 따라 납부한 세액 OOO원에 대하여는 미납일수를 확정신고기한의 다음 날부터 2009.3.2.까지로 하여 납부 불성실가산세를 계산하여 그 세액을 경정하되, 2010.1.12. 청구 인에게 이미 환급한 국세환급가산금 OOO원은 회수하며,

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1986.4.18. 취득한 OOOOO OOO OOO OO OO OOOO OOOO OOOO호(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2008.6.30. OOO만원에 양도하고 2008.7.31. 1세대 1주택 비과세 대상인 고가주택으로 보아 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점아파트를 양도하기 전인 2008.5.14. OOO주택 12세대(그 중 1호는 청구인 세대의 거주용 주택이고, 나머지 11호는 등록된 장기임대주택이며, 이하 “OOO주택”이라 한다)를 취득한 사실을 확인하고, 쟁점아파트 양도당시 청구인이 1세대 3주택 이상 소유자에 해당한다 하여 장 기 보유특별공제를 배제하고, 중과세율(60%)을 적용하여 2009.3.31.납기 로 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지(이하 “1차 경정” 또는 “당초 고지”라 한다)하였다.
• 다. 청구인은 쟁점아파트를 양도하고 OOO주택을 대체취득하는 과정에서 일시적으로 1세대 3주택 이상 소유자에 해당하게 되었음을 주장하며 2009.12.10. 고충신청을 하였고, 처분청 납세자보호위원회의 심의결과 인용결정이 나자 처분청은 2010.1.6. 당초 부과처분을 취소(이하 “2차 경정”이라 한다)하였다가 납세자보호위원회의 인용결정은 법률에 명백히 위반되는 결정에 해당한다는 국세청장의 감사지적에 따라 2011.7.6. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원(확정 신고‧납부기한의 다음 날인 2009.6.1.부터 납세고지일인 2011.7.1.까지 의 납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정‧고지(이하 “3차 경정” 또는 “재고지”라 한다)하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2011.7.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 IMF로 실직 후 시작한 택시운전을 지병(천식)으 로 그만두면서 안정적으로 월세가 보장되는 주택임대사업을 하기 위하여 22년간 보유하던 쟁점아파트를 양도하고 OOO주택을 대체 취득한 것일 뿐 투기목적으로 취득한 것이 아닌 점, 다세대주택과 다가구주택을 세무상 다르게 취급하는 것을 알지 못하여 취득후 1년 이내에 종전주택을 양도하면 비과세되는 것으로 알고 OOO주택을 구입한 것이고, 외견상 일시적(40여일에 불과)으로 3주택을 보유하게 되었을 뿐 실질적으로 3주택을 보유하고 있던 것으로 볼 수 없는 경우에는 1세대 3주택 중과대상으로 볼 수 없는 점, 1세대 1주택의 양도소득에 대하여 양도소득세를 비과세하는 취지는 주택은 국민의 주거생활의 기초가 되는 것이므로 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하여 주려는 데에 있는 것으로서 청구인이 쟁점아파트의 양도대금으로 OOO주택을 취득하던 과정이었음이 금융자료에 의해 명백하게 확인되는 점 등에 비추어 볼 때, 당초 신고한 것과 같이 1세대 1주택 비과세대상으로 인정하여야 한다.

(2) 국세청장의 감사시 지적된 사항은 납세자보호사무처리규정에 근거한 납세자보호귀원회의 고충민원처리 심의완료분에 대한 것으로 이미 확정적으로 취소된 당초 고지처분을 변경할 만한 후발적 사유나 특별한 사정이 전혀 없음에도 재조사를 실시하여 당초 고지처분 과 동일하게 재고지처분한 것은 세무조사권을 남용한 것으로서 중복조사금지 규정에 반하는 처분이다.

(3) 처분청은 당초 고지처분을 2010.1.6. 결정취소하였다가 2011.7.6. 동일한 내용으로 재경정하면서 산출세액 OOO원에 확정신고 ‧납부기한의 다음 날(2009.6.1.)부터 재고지처분의 납세고지일(2011.7.1.)까지의 기간에 대한 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 고지하였는바, 청구인에게 귀책사유가 없는 기간에 대한 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 감면규정 등 특례규정은 엄격하게 해석하여야 하는바, 쟁점아파 트의 양도당시 청구인의 세대가 3주택 이상을 소유하고 있다는 사실 에 대하여는 청구인과 과세관청 간에 다툼이 없고, 청구인이 제시한 판 례 등의 경우는 매매계약서대로 이행하였을 경우에는 1세대3주택에 해당되지 아니하나, 양수인의 절박한 사정에 따라 선의에 의하여 계약서상의 잔금일보다 미리 양수대금을 지급하는 등으로 인해 부득이하게 1세대 3주택이 된 건으로 당초 계약내용대로 이행된 이 건과는 사실관계에 차이가 있으므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 처분청은 세무조사를 실시하여 재고지처분을 한 것이 아니라 납세자보호위원회의 인용결정에 따른 당초 고지처분의 취소가 위법하 다는 국세청장의 감사지적에 따라 고지한 것이므로 중복조사금 지 규정을 위반한 것이 아니고, 고충민원에 대한 납세자보호위원회 의 인용결정에 따라 부과처분을 취소하였다가 이에 반하는 새로운 부과 처분을 하더라도 국세기본법상 하자있는 처분에 해당하지 않는다.

(3) 청구인은 불복이유서에서 세법무지로 인하여 불가피하게 1세대 3주택이 되었다고 주장하고 있으나, 주택을 매매할 경우 먼저 양 도계약을 체결한 후 취득계약을 체결함이 사회통념임에도 양도계약을 취득계약보다 약 4개월이나 늦게 계약한 점 등을 감안할 때 청구인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우로 볼 수 없으므로 이 부분에 대한 청구인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점

① 청구인이 1세대 3주택 이상 소유자에 해당하는지 여 부

② 중복조사금지 규정에 위배된 처분인 지 여부

③ 당초 부과처분을 취소하였다가 동일한 내용으로 다시 부과처분하는 경우의 납부불성실가산세

• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제104조 [양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세 는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하 여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상 의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 8천만원 초과 1천710만원 ＋ 8천만을 초과하는 금액의 100분의 3 6 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60 (2) 소득세법 시행령 제167조의3 [1세대 3주택 이상에 해당하 는 주택의 범위] ① 법 제104조제1항제2호의3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로 서 다음 각 호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 수도권정비계획법 제2조제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그 밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

• 가. 광역시에 소속된 군 및 지방자치법 제3조제3항·제4항의 규정에 의한 읍·면
• 나. 수도권중 당해 지역의 주택보급률·주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 지역

2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 임대 주택법 제6조 에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다.

• 가. 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다)·군에서 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 10년 이상 임대한 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

10. 1세대가 제1호 내지 제8호 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다) (3) 국세기본법 제81조의4 [세무조사권 남용 금지] ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (4) 국세기본법 시행령 제63조의2 [중복조사의 금지] 법 제81조의4 제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어 느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 법 제81조의5 및 제81조의12에 따른 부과처분을 위한 실지조사를 하지 아니하고 재경정하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점아파트의 양도당시 청구인의 세대원이 보유한 주택의 현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구인 세대의 주택보유 현황 구 분 소유자 소 재 지 취득일 양도일 쟁점아파트 청구인 OOOOO OOO OOO OO OOOOOO 114동 2102호 1986.4.18. (재건축) 2008.6.30. OOO주택 501호 청구인 이OOO (배우자) OOO

• 501호: 청구인 거주용

• 11세대: 임대사업자 등록 2008.5.16. 보유중 OOO주택 11세대 (나) 쟁점아파트의 양도와 관련한 양도소득세 신고 및 경정내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 양도소득세 신고 및 경정내역 (다) 청구인과 청구인의 배우자 이OOO은 이OOO과 최OOO로부터 OOO주택을 OOO만원에 취득하는 것으로 2008.1.25. 매매계약을 체결하였고, 계약금 OOO억원은 계약시, 중도금 OOO억원은 2008.2.29., 잔금 OOO만원은 2008.5.20.에 지급하며, 잔금에는 임대보증금 OOO억원이 포함되어 있고, 청구인의 지분은 100분의 71, 이OOO의 지분은 100분 의 29로 기재되어 있음이 OOO주택의 매매계약서에 의해 확인된다. (라) 쟁점아파트의 매매계약서에 의하면, 청구인은 윤OOO에게 쟁 점아파트를 OOO만원에 양도하는 것으로 2008.5.8. 매매계약을 체결하였고, 계약금 OOO억원은 계약시, 중도금 OOO억원은 2008.5.9., 잔금 OOO만원은 2008.6.30.에 지급하는 것으로 기재되어 있다. (마) 등기부등본에 의하면, OOO주택은 2008.1.25.자 매매 를 원인으로 2008.5.14. 이OOO과 최OOO에서 청구인(지분 100분의71)과 이OOO(지분 100분의 29)에게 소유권이전등기되었고, 쟁점아파트는 2008.5.8.자 매매를 원인으로 2008.6.30. 청구인에서 윤OOO으로 소유권이전등기된 것으로 나타난다. (바) 집합건축물대장에 의하면, OOO주택은 다세대주택으로 서 2층과 3층에 각 4세대, 4층에 3세대, 5층에 1세대, 총 12세대인 것으로 나타난다. (사) 임대사업자등록증 사본과 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구인은 OOO주택 중 거주목적의 501호를 제외한 나머지 11세대에 대하여 2008.5.27. OOO구청에 주택임대사업자로 신청하였고, 2008.5.28. 처분청에 주택임사업자로 사업자등록을 신청한 것으로 나타난다. (아) 주민등록표 등본에 의하면, 청구인의 세대는 쟁점아파트에서 거주하다가 2008.6.30. OOO주택 501호로 전입한 것으로 나타난다. (자) OOO병원의 의사 오OOO의 소견서에 의하면, 청구인은 천식으로 2007.9.5.과 2008.12.1. 응급실에서 치료를 받았고, 2008.12.1.부터 2008.12.4.까지 입원하여 치료를 받았으며, 2007년 9월부터 2009.1.22.까지 외래 진료를 받은 사실이 있고, 향후 정기적인 외래 진료가 필요하다는 소견이 기재되어 있다. (차) 위 사실관계와 관련 법령을 종합하여 보면, 소득세법제104조 제1항 제2호의3에 따른 1세대 3주택 이상 소유자에 대한 양도소득세 중과규정의 취지는 주택을 부동산 투기의 수단으로 사용하는 것을 차단하고 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하기 위한 것이나, 청구인은 쟁점아파트의 매매계약 체결당시 쟁점아파트만을 보유하고 있었고, 쟁점아파트를 22년 이상 보유하다 양도하였으며, 쟁점아파트 양도대금의 일부가 OOO주택의 취득자금으로 사용되었고, 취득 후 OOO주택으로 주소를 이전 한 점으로 볼 때, 쟁점아파트의 대체목적으로 OOO주택을 취득한 것일 뿐 부동산투기 목적이 있었다고 보기 어려운 점, 대체취득 과정에서 결과적으 로 청구인이 3주택 이상을 보유한 기간은 40여일에 불과하여 청구인이 실질적으로 3주택을 보유하고 있었던 것으로 보기 어렵고, 청구인이 OOO주택 12세대 전부를 임대사업용으로 등록하였다면 쟁점아파트는 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 에 규정된 유일한 일반주택에 해당하여 중과세율 적용대상에 해당하지 않는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 쟁점아파트의 양도소득에 대하여 소득세법제104조 제1항 제1호의 세율을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 처분청은 과세자료처리를 위한 서면조사를 통해 청구인의 2008년 귀속 양도분에 대하여 1차 경정을 하였고, 고충신청의 인용결정에 따라 2차 경정을 하였으며, 국세청의 감사지적에 따라 3차 경정을 한 것으로 나타나는바, 국세기본법 제81조의2 제2항 제2호에 규정된 부과처분을 위한 실지조사를 한 사실은 없는 것으로 나타나므로 중복조사에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 국세통합전산망의 조회자료에 의하면, 청구인은 2009.9.29. 당초 고지세액 중 OOO억원을 납부하였고, 처분청은 당초 고지처분을 취소함에 따라 청구인이 기납부한 양도소득세 OOO억원을 2010.1.12. 환급하면서 환급가산금 OOO원을 가산하여 환급한 것으로 나타난다. (나) 결의서 사본에 의하면, 처분청은 3차 경정시 산출세액 OOO원에 확정신고기한의 다음 날인 2009.6.1.부터 납세고지일인 2011.7.1.까지의 기간에 대한 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 고지한 것으로 나타난다. (다) 위 사실관계와 관련 법령을 종합하여 보면, 처분청에서는 2010.1.6. 당초 고지처분을 취소하였다가 2011.7.6. 동일한 내용으로 재고지처분을 하면서 확정신고기한의 다음 날(2009.6.1.)부터 재고지처분의 납세고지일(2011.7.1.)까지의 기간에 대하여 납부불성실가산세를 가산하였는바, 청구인은 당초 고지처분의 납세고지일(2009.3.2.)부터 재고지처분의 납세고지일까지의 기간에 대하여는 청구인에게 귀책사유가 없으므로 동 가산세는 취소되어야 한다고 주장하나, 청구인은 당초 고지된 세액 중 OOO억원만을 납부하였으므로 동 OOO억원에 대하여는 미납일수를 확정신고기한의 다음 날부터 당초 고지처분의 납세고지일까지로 하여 납부불성실가산세를 과세하되, 처분청이 청구인에게 이미 환급한 국세환급가산금 OOO원은 회수하는 것으로 하여 세액을 경정하는 것이 합리적이라고 판단된다(국심 2005서2974, 2006.4.17. 합동회의, 국심 2005서1598, 2006.5.3. 참고).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.