사업자가 복수의 사업장을 영위하는 경우에는 사업용 계좌를 개설하지 아니한 해당 사업장에 대하여만 중소기업 특별세액감면이 배제되는 것임

OO세무서장이 2011.5.6. 청구인에게 한 2008년 귀속 종합소득세 4,023,940원의 부과처분은 조세특례제한법 제7조 의 중소기업에 대한 특별세액감면 규정을 적용 하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 1970.5.1. OOO OOO OOO OO리 514-5(이하 “제조 사업장”이라 한다)에서 “OO과학사”(제조업/서적출판)를 개업하여 영업하면서 1994.4.1.부터 OOOOO OOO OO동 105-87(이하 “부동산임대 사업장”이라 한다)에서 부동산임대업을 하는 사업자로서, 2008년 귀속 종합소득세 신고시 조세특례제한법 제7조 의 중소기업 특별세액 감면 세액(3,679,130원)을 적용하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 2008년 귀속 복식부기의무자에 해당하는 청구인의 사업용계좌 신고기한인 2008.3.31.까지 제조 사업장(2007.6.29. 개설신고) 외에 부동산임대 사업장(2009.3.27. 개설신고)에 대하여도 사업용계좌를 개설․신고하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였다 하여, 제조 사업장에 대하여도 조세특례제한법 제128조 제4항 규정에 의거 같은 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 규정의 적용을 배제하고, 2011.5.6. 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 4,023,940원 을 경정 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.7.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부동산임대 사업장의 사업용계좌를 개설․신고하지 아니하여 2010.3.31. 가산세 88,030원을 납부하였음에도 중소기업 특별세액감면과 관련없는 별개의 사업장인 부동산임대 사업장에 대하여 사업용계좌 개설․신고를 미이행하였다 하여 정상적으로 신고된 제조업에 대하여 중소기업 특별세액 감면을 배제하고 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 다수의 사업장이 있는 복식부기의무자에 해당하는 거주자가 일부 사업장에 대하여 사업용계좌를 개설․신고하지 아니한 경우 그 거주자는 조세특례제한법 제128조 제4항 의 해당 과세기간에 대하여 같은 법 제7조에 의거 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용할 수 없으므로, 이를 이행하지 아니한 청구인에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하고 종합소득세를 고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 다수의 사업을 영위하는 청구인이 일부 사업장에 대한 사업용계좌를 아니하였다 하여 청구인의 다른 사업장에 대해서도 “중소기업 특별세액 감면” 규정의 적용을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제160조의5 【사업용계좌의 개설ㆍ사용의무 등】① 복식부기의무자는 사업과 관련하여 재화 또는 용역을 공급받거나 공급하는 거래의 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 대통령 령이 정하는 사업용계좌(이하 “사업용계좌”라 한다)를 사용하여야 한다.

1. 거래의 대금을 금융기관을 통하여 결제하거나 결제받는 때

2. 인건비 및 임차료를 지급하거나 지급받는 때. 다만, 인건비를 지급 하거나 지급받는 거래 중에서 거래상대방의 사정으로 사업용계좌를 사용하기 어려운 것으로서 대통령령으로 정하는 거래는 제외한다.

③ 복식부기의무자는 복식부기의무자에 해당하는 과세기간의 개시일(사업개시와 동시에 복식부기의무자에 해당되는 경우에는 사업자등록증 교부일)부터 3개월 이내에 사업용계좌를 개설하고 해당 사업자의 사업장관할세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 사업용계좌가 이미 개설ㆍ신고되어 있는 경우에는 그러하지 아니하다. (2) 소득세법 시행령 제208조의5 【사업용계좌의 개설 등】① 법 제160조의 5 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업용계좌”란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것을 말한다.

1. 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률 제2조 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금융기관(이하 이 조에서 “금융기관”이라 한 다)에 개설한 계좌일 것

2. 사업에 관련되지 아니한 용도로 사용되지 아니할 것

② 사업용계좌는 사업장별로 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 1개의 계좌를 2 이상의 사업장에 대한 사업용계좌로 신고할 수 있다.

③ 사업용계좌는 사업장별로 2 이상 개설할 수 있다. (3) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

• 아. 도매 및 소매업

• 가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 영위하는 사업장: 100분의 10 (4) 조세특례제한법 제128조 【추계과세시 등의 감면배제】④ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간에 대하여 제6조, 제7조, 제12조의2，제31조 제4항ㆍ제5항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조，제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항을 적용하지 아니한다. 다만，사업자가 제1호 또는 제2호의 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 소득세법 제160조의5 제3항 의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우 (5) 조세특례제한법 시행령 제6조 【중소기업에 대한 특별세액감면】⑦ 법 제7조에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (6) 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】 ① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2008년 귀속 종합소득세 신고시 조세특례제한법 제7조 의 중소기업 특별세액 감면 신청을 하고 사업용계좌의 신고기한(2008.3.31.) 이전인 2007.6.29. 제조 사업장에 대하여는 사업용계좌를 개설․신고하였으나, 부동산임대 사업장에 대하여는 기한이 경과된 2009.3.27. 사업용계좌를 개설․신고한 사실이 국세청 전산자료 등에 나타나고, 청구인은 부동산임대 사업장의 사업용계좌를 개설․신고하지 아니하였다 하여 관련 가산세를 부과하여 2010.3.31 가산세 88,030원을 납부하였으며, 별개의 사업장인 부동산임대 사업장에 대하여 사업용계좌 개설․신고를 미이행한 사실이 납부영수증 등에 나타난다. (2) 처분청은 2008년 귀속 복식부기의무자에 해당하는 청구인의 사업용계좌의 신고기한인 2008.3.31.까지 제조 사업장 외에 부동산임대업 사업장에 대하여도 사업용계좌를 개설․신고하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였다 하여, 제조 사업장에 대하여도 조세특례제한법 제128조 제4항 규정에 의거 같은 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 규정의 적용을 배제하여 청구인에게 이 건 종합소득세를 경정 고지한 사실이 경정 결의서에 나타난다.

(3) 청구인은 중소기업 특별세액감면과 관련없는 별개의 사업장인 부동산임대 사업장에 대하여 사업용계좌 개설․신고를 미이행하였다 하여 정상적으로 신고된 제조업에 대하여 중소기업 특별세액 감면을 배제하고 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

(4) 청구인의 사업장별 사업현황은 다음 <표>와 같으며, 제조 사업장인 “OO과학사”만 사업용계좌를 신고기한 내 개설․신고하고 2008년 귀속 종합소득세 신고시 중소기업특별세액 감면신청을하였으며, 나머지 부동산 임대 사업장은 사업용계좌의 신고기한(과세기한개시일부터 3개월 이내, 신규사업자는 사업자등록증 교부일로부터 3개월이내)을 경과하여 개설․신고한 사실이 국세청전산자료에 의하여 확인된다. OOOOOOOOO OOOO OOOO (OO: OO) (5)조세특례제한법제128조 제4항 규정에 의하면, 소득세법제160조의5 제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우에는 조세특례제한법제7조 규정(중소기업에 대한 특별세액감면)을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.

(6) 살피건대, 처분청은 청구인의 사업용계좌의 신고기한까지 제조 사업장 외에 부동산임대 사업장에 대하여도 사업용계좌를 개설․신고하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였다 하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하였으나, 중소기업에 대한 특별세액감면 규정은 국민경제의 기반이라 할 수 있는 중소기업 육성 및 발전에 그 제도의 취지가 있는 점, 사업용계좌는 사업장별로 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 하는 점을 감안하면, 사업자가 복수의 사업장을 영위하는 경우에는 사업용계좌를 개설하지 아니한 해당 사업장에 대하여 중소기업 특별세액감면이 배제되는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다.(조심 2010중3168, 2010.12.30. 같은 뜻임). 따라서, 청구인이 일부 사업장에 대한 사업용계좌를 개설하지 아니하였다 하여 청구인의 다른 사업장에 대해서도 중소기업 특별세액감면을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단되므로 제조 사업장에 대하여 조세특례제한법 제7조 의 중소기업에 대한 특별세액감면 규정을 적용 하는 것으로 하여 그 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유가 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.