임대인과 별도의 임대차계약을 체결하지 아니하고 손금에 산입한 쟁점임차료를 임의의 비용으로 보아 손금불산입한 처분은 잘못임

OOO세무서장이 2011.4.15. 청구법인에게 한 법인세 2005사업연도분 OO,OOO,OOO원, 2006사업연도분 OOO원, 2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2005사업연도부터 2009사업연도까지 매년 청구법인의 사업장에 대한 임차료로 계상한 OOO원을 해당 사업연도의 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 1999.12.11. 설립되어 OOO 소재 OOO상가 10층(이 하 “쟁점사업장”이라 한다)에 사업장을 두고 동 상가의 상가운영관리업을 영위하는 법인으로, 쟁점사업장의 임차료로 2005사업연도부터 2009사업연도까지 매년 OOO원 (월 OO,OOO,OOOO O OOO, O O,OOO,OOO,OOO원, 이하 “쟁점임차료”라 한다)을 손금에 산입하여 법인세를 신고하였
• 다. 나. 처분청은 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여 쟁점임차료를 임대차계약 없이 임의로 계상된 비용으로 보아 손금불산입하여 2011.4.15. 청구법인에게 법인세 2005사업연도분 OOO원, 2006사업연도분 OOO원, 2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.5.16. 이의신청을 거쳐 2011.7.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 쟁점임차료를 청구법인이 쟁점사업장의 소유자인 OOO상가개발조합(이하 “OOO상가조합”이라 한다)과 합의없이 임의로 계상하여, 지급할 근거와 의무가 없는 비용으로 보아 해당 사업연도 법인세 계산시 손금불산입하였으나, 쟁점임차료는 건물 관리업체의 특성상 청구법인의 수입금액과 비용에 동시에 계상되는 것이어서 청구법인이 이를 과대계상할 이유가 없고, 오히려 거래상대방이 세금계산서를 교부해 주지 않아 부가가치세만 추가로 부담하고 있으며, 법원에서도 청구법인과 OOO상가조합사이에 차임의 지급여부와 액수는 정하지 아니한 임대차 또는 사용대차와 유사한 무명계약이 묵시적으로 성립되었다고 판결(대법원 2005다39020, 2007.7.13. 선고 같은 뜻)한 바 있다. OOO상가조합과 청구법인간에 임대차에 대한 합의가 있었는지 여부는 OOO상가조합이 청구법인을 상대로 부당이득반환청구소송을 제기할 당시 조합원들이 합의하에 동 소송을 제기한 것인지 여부를 조사하여야 하는데 처분청은 당시 조합원 23명 중 2008.9.30. 현재 8명만 조합원 자격이 있는 상황에서 7년 지난 현재 2004년 10월 당시 조합원을 상대로 조사하여 7명이 합의사실을 부인했다고만 할 뿐 어느 조합원이 부인했는지 확인되지 않아 이를 인정할 수 없고, 7년 전 공식적으로 제기한 소장을 지금 와서 부인하는 것은 부당하며, 청구법인이 조사당시 제출한 합의서는 당초 합의서를 2010.8.5.로 재작성하여 제출한 것일 뿐 2004.10.29. 작성한 당초 합의서의 내용과 같이 OOO상가조합과 청구법인이 합의한 사실을 인정하고 있는 것이고, 쟁점임차료는 당초 OOO상가조합이 2004.10.22. 청구법인을 상대로 제기한 위 소송에서 청구한 임대료를 청구법인이 인정하여 장부에 계상한 것이다. 처분청은 쟁점임차료의 공급시기가 도래하지 않았다는 의견이나, 청구법인은 7년 이상 계속하여 쟁점사업장를 사업장으로 임차하여 사용하고 있으며, 매 사업연도 결산을 확정함에 있어서 경과한 기간에 대한 임차료를 비용으로 계상함과 동시에 동 금액을 수입금액에 계상하여 법인세 및 부가가치세를 신고하였으므로 쟁점임차료의 손익 귀속시기는 법인세법 시행령제71조 제1항 단서규정에 따라 각 사업연도 단위로 계상한 때에 확정된 것으로 공급시기가 도래하지 아니하였다 하여 쟁점임차료를 손금불산입하는 것은 부당하다. 처분청은 OOO상가조합이 쟁점임차료에 대하여 전혀 알지 못하고, 임대료에 대한 부가가치세 및 종합소득세를 신고한 사실도 없다고 하나, 2004.7.16. 쟁점사업장 소유자인 조합원 유진희 외 22명에 대한 반포세무서장의 세무조사로 쟁점임차료에 대한 신고를 누락하였다 하여 기 과세한 바 있고, OOO상가조합이 2004.10.22. 청구법인을 상대로 부당이득금반환청구소송을 제기하여 OOO상가조합이 쟁점임차료에 대해 전혀 알지 못한다고 할 수 없고, 설령, 임대인이 임대료에 대해 모르고 신고를 하지 아니하였다 하여 임차인에게 임차료를 손금불산입하는 것은 부당하다. 또한, 처분청은 청구법인이 쟁점임차료를 지급하지 아니하였다고 하나, 청구법인이 OOO상가조합으로부터 2009년 3월까지의 용역비 및 관리비를 받지 못한 채권이 OOO만원에 이르고, 이에 대하여 OOO상가조합이 OOO상가 7층, 8층 및 10층에 대한 대물변제예약계약 및 가등기조치 등을 하는 상황에서 청구법인이 쟁점임차료를 지급하지 아니하는 것은 당연하고, 이미 발생한 손금을 단순히 미지급하였다고 하여 손금불산입하는 것은 부당하다. 설령 쟁점임차료를 임의계상되었다 하여 손금불산입한다면, 쟁점임차료를 근거로 계상한 수입금액 또한 임의로 계상된 것이라 할 것이므로 동 금액을 청구법인의 수입금액에서 차감하여 법인세 및 부가가치세를 경정하여야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점임차료가 손금에 산입한 것이 익금에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 임차료 수준이고, 수익․비용 대응의 원칙에도 부합하므로 이를 손금부인한 것은 부당하다는 주장이나, 청구법인이 OOO상가조합과 부동산임대차계약서를 작성하거나, 임차료와 관련한 합의서를 작성한 사실도 없고, OOO상가조합은 청구법인이 2005 ～ 2009사업연도까지 쟁점임차료를 계상한 사실을 알지 못하며, OOO상가 10층 사무실 임대료에 대해 부가가치세 및 종합소득세를 신고한 사실이 없다. 법인세법 시행령제71조에서는 자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속 사업연도를 계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여진 경우에는 그 지급일, 계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여지지 아니한 경우에는 그 지급을 받는 날로 규정하고 있는바, 쟁점임차료의 귀속시기는 지급의무가 확정되는 날이 속하는 사업연도이므로 임차료에 대한 권리․의무를 확정시킬 수 있는 OOO상가조합과의 임대차계약서나 임차료 관련 합의서 작성없이 손금계상한 쟁점임차료는 손금귀속시기가 도래하지 않아 객관적인 근거없이 임의로 계상된 쟁점임차료를 손금불산입한 처분은 정당 하다.

• 가. 쟁 점 ⓛ 임대인과 별도의 임대차계약을 체결하지 아니하고 손금에 산입한 쟁점임차료를 임의의 비용으로 보아 손금불산입한 처분의 당부

② 쟁점임차료를 손금불산입한다면, 동일한 금액의 수입금액을 익금불산입할 것인지 여부

• 나. 관련법령

(1) 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

17. 제1호 내지 제16호외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 제71조(임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만, 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료상당액과 이에 대응하는 비용을 당해 사업연도의 수익과 손비로 계상한 경우 및 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용은 이를 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다.

1. 계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여진 경우에는 그 지급일

2. 계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여지지 아니한 경우에는 그 지급을 받은 날

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1999.12.11. OOO상가에 대한 영업지원서비스의 제공 및 OOO상가의 관리를 위하여 수분양자, OOO상가조합의 임원, 청구법인의 상근임원이 60%, 18%, 22%를 각 출자하여 설립되었으며, 설립 당시부터 OOO상가의 10층 전체를 점유․사용하고 있는바, 2004.10.22. OOO상가조합이 청구법인을 상대로 부당이득금반환청구소송을 제기하기 전까지는 조합에 임차료를 지급한 바가 없고, 상호간에 임대료에 대한 언급이 전혀 없는 사실이 OOO상가조합이 제기한 부당이득금반환청구소송의 OOO고등법원 판결문에 나타난다.

(2) 청구법인이 제출한 소장(2004.10.22.)에 의하면, OOO상가조합은 청구법인을 상대로 청구법인이 아무런 권한없이 쟁점사업장을 무단점유하면서 입주시부터 소 제기일까지 임대료 상당액 OOO원의 부당이득을 취하고 있다는 취지로 OOO중앙지방법원에 부당이득금반환청구의 소를 제기하였고, 동 소송에서 OOO상가조합은 평당 전세보증금(OOO만원)에 10층 전체평수(528,069평)와 월세전환율(18%)을 곱한 값을 12로 나누어 월임대료 OOO원을 산출한 후 이를 청구법인의 사용기간(1999.12.11. ～ 2004.10.11., 58개월)을 곱한 OOO원을 쟁점사업장의 임대료로 산정한 것으로 나타 난다. 동 소송은 OOO상가조합이 위 소송을 진행하면서 법원에 2회 불출석하여 2007.9.28. 소취하 간주로 종결되었다.

(3) 청구법인은 OOO상가조합이 제기한 위 부당이득금반환청구소송의 임대료 산출근거를 기준으로 2005 ～ 2009사업연도 기간동안 각 사업연도마다 OOO원을 손금산입하였고, 동 임차료를 조합 및 수분양자들로부터 각 건물의 면적비율(조합 4.63%, 수분양자들 95.37%)로 안분하여 관리비로 징수하고 동일한 금액을 수입금액으로 계상하였다고 주장하고 있다.

(4) OOO상가조합은 2004.2.10. 청구법인이 무단으로 점용하여 사용하고 있는 쟁점사업장을 반환하라는 건물명도 소송을 OOO중앙지방법원에 제기하였는바, 청구법인이 제출한 판결문에 의하면, 동 소송은 2007.7.13. 대법원에서 OOO상가조합의 원고패소 판결로 확정된 것으로 나타난다. 위 소송에 대한 OOO고등법원 판결문(OOO고법 2004나66324)에 의하면, OOO고등법원은 OOO상가조합이 청구법인에게 OOO상가의 관리업무의 위임을 할 때는 쟁점사업장 건물부분을 사용할 것을 당연한 전제로 하였다고 볼 것이고, OOO상가의 관리업무수행과 쟁점사업장 의 점유사용은 불가분의 관계에 있다고 할 것이므로 청구법인이 쟁점사업장의 점유시 OOO상가조합과 청구법인 사이에 청구법인이 OOO상가의 관리업무를 수행하는 한 쟁점사업장을 계속 사용하기로 하되, 차임의 지급여부와 액수는 정하지 아니한 임대차 또는 사용대차와 유사한 무명계약이 묵시적으로 성립되었다는 취지의 판결을 하였다. 청구법인은 동 소송에서 무상의 사용대차관계가 성립되었다고 주장하였으나, OOO지방법원은 쟁점사업장의 무상사용을 예정하였거나 묵시적인 약정이 있었다고 보기는 어렵고, 다만 유․무상에 관하여 상호간에 협의를 하지 않았다고 보았다.

(5) OOO세무서장은 2004.3.29. ～ 2004.6.30. OOO상가조합의 조합원들에 대한 개인제세통합조사를 실시하여 동 조합에서 작성한 특수점포 및 층별 분양계획서 상 쟁점사업장의 평당 임대분양가액이 OOO만원인 점과 동 조합이 제기한 2004가합19390 소송 관련 준비서면에 “OOO상가에서 상가의 평당 전세보증금이 OOO만원이며, 이를 기준으로 쟁점사업장에 대한 전세보증금은 OOO만원(OOO만원 × 528평)입니다”라고 기재되어 있는 점을 근거로 조합원들이 2000년 ～ 2003년 귀속 과세연도 중 쟁점사업장에 대한 임대료를 누락한 것으로 보아 전세보증금 OOO만원에 대한 이자 OOO만원을 총수입금액으로 하여 종합소득세를 결정하였고, 조합원들은 2004년 이후로도 제세신 고를 하지 아니하였음이 이의신청 결정문에 나타난다.

(6) 청구법인 대표이사 강OOO과 OOO상가조합의 조합장 강OOO이 2004.10.29. 서명날인한 OOO상가 관리규정 중 관리비에 대한 부분은 다음과 같다. 제36조(관리비 등의 내용)

1. 구분소유자 등은 전유부분에 소요되는 전기료, 상하수료, 냉난방비 및 전공용부분 등의 관리에 소요되는 일체의 비용(이하 “관리비”라 한다)을 부과기준에 따라 부담하여야 하며, 관리비의 내용은 아래 각호에 기재하는 바와 같다.

• 가. 냉난방, 청소, 시설보수, 점검 및 공용부분 등의 수선, 개조, 복구, 제거 등 유지관리에 소요되는 제비용 및 구분소유자 등의 개별구분이 가능한 제비 용
• 다. 공용부분 등에 대한 각종 조세공과금, 보험료, 교통유발 부담금, 수도광열비 등의 비용
• 라. 법인의 운용에 소요되는 비용
• 마. 기타 공용부분 등의 일상관리에 소요되는 일체의 공동부담 비용

(7) 청구법인이 처분청의 조사를 받던 중 2010.8.5. OOO상가조합 조합장 강OOO과 청구법인 대표이사 강OOO의 합의서를 처분청에 제출하였는바, 청구법인은 동 합의서의 작성일자가 2010.8.5.자로 되어 있으나 당초 2004.10.29. 작성한 합의서와 내용이 동일하다고 주장하며, 다음과 같은 내용의 2004.10.29.자 합의서를 제출하고 있다. 『“갑”(OOO상가조합)과 “을”(청구법인)은 상기 기재된 OOO빌딩 10층 임대료와 관련하여 쌍방간에 의견차이로 원만한 합의를 못하고 있는 실정이므로 임대료의 유․무상 또는 금원에 대하여는 추후 대법원의 확정 판결에 따르기로 하고, 2005.1.1.～2009.12.31.까지의 잠정 임대료 산정은 ”갑“이 2004.10월에 제기한 부당이득금반환청구의소(2004가단341328)에서 청구한 금원인 월 OOO원으로 한다』

(8) 처분청이 제출한 부분조사 종결보고서에 의하면, 청구법인이 제기한 과세전적부심사청구에 대해 처분청은 2010.10.28. OOO 상가조합이 위 부당이득금반환청구소송을 진행하면서 쟁점사업장에 대한 임차료를 감정하고 그 감정결과에 의하여 청구취지 및 청구원인을 변경한 내용의 임차료가 상이하고, 청구법인이 2007.7.16. OOO상가조합과 청구법인의 임차료(2004년 11월 ～ 2009년 12월 기간분)와 OOO상가조합의 미납관리비(1999년 12월 ～ 2004년 12월 기간분)를 서로 상계하기로 합의한 이후에도 청구법인이 미지급임차료를 계상하였으므로 동 합의서에 대해 조합원들의 확인을 거쳐 과세표준과 세액을 재산정하도록 결정함에 따라 처분청이 2010.11.9. ～ 2010.12.13. 동안 재조사를 실시하였으나, 2007년 7월 현재 조합원 23명 중 3명이 합의사실 인정, 7명은 불인정, 12명은 의견을 표명하지 아니하거나 연락이 불가능하고, 1명은 사망한 것으로 조사되어 청구법인과 OOO상가조합이 위와 같이 합의한 내용 및 금액 등이 확인되지 않아 합의가 있었는지 불분명하다 하여 당초 세무조사결과 통지 내용대로 결정하기로 하고 조사종결하였다.

(9) 청구법인은 OOO상가조합으로부터 받지 못한 용역비와 관리비에 대하여 법원에 수차례 소송을 제기하여 법원을 통해 확정된 채권이 다음과 같다고 주장하고 있다. <청구법인이 OOO상가조합으로부터 받을 채권내역> 청구법인은 위와 같이 확정된 채권에 대하여 OOO상가조합과 2회에 걸쳐 대물변제예약계약을 체결하였는데, 위 표의 관리비③의 채권금 OOO원 중 OOO만원에 대하여 채무자 OOO상가조합은 소유부동산 OOO상가 7층과 8층 135개 점포를 대물변제 대금 OOO만원(1점포당 OOO백만원)으로 하여 계약당일 상계하고 채권자인 청구법인에게 이전할 것을 예약하였다고 주장하며, 청구법인과 OOO상가조합이 2008.8.12. 체결한 대물변제예약계약서 사본과 동 대물변제 예약을 원인으로 한 부동산가등기가처분에 대하여 소유권이전등기청구권보전의 가등기를 명한다고 결정한 OOO중앙지방법원 결정문(2008비합331, 2008.8.27.)을 제출하였다. 또한 청구법인은 위 표의 관리비④ 채권에 대하여 채무자 OOO상가조합이 소유부동산인 OOO상가 10층 7개 점포(건물번호 10-1, 10-2, 10-3, 10-4, 10-6, 10-7, OOO원) 및 별도의 부동산 가압류등기상 청구금액 OOO원의 합계금액(OOO원)을 대물변제 대금으로 하여 채권자인 청구법인에게 대물변제하기로 약정하였다고 주장하며, 2008.7.10. 청구법인과 OOO상가조합이 체결한 대물변제예약계약서를 제출하였는바, 동 대물변제예약계약서에 의하면, 청구법인과 OOO상가조합은 2008.6.30. 현재 OOO종합상가가 청구법인에 대하여 부담하는 관리비 채무금 중 금 OOO원의 채무의 대물변제로서 OOO상가조합 소유의 OOO빌딩 10-1～10-7의 소유권을 청구법인에게 이전하기로 한 것으로 나타난다.

(10) 이상의 사실관계 등을 종합하여 쟁점ⓛ에 대하여 살펴보면, OOO상가조합이 2004.10.22. OOO중앙지방법원에 청구법인을 상대로 임대료 상당액 OOO원을 청구하는 부당이득금반환청구의 소를 제기한 점, OOO상가조합이 2004.2.10. 청구법인을 상대로 건물명도소송을 제기하였고 이에 고등법원 및 대법원이 OOO상가조합과 청구법인 사이에 차임의 지급여부와 액수는 정하지 아니하였지만 쟁점사업장에 대한 임대차 또는 사용대차와 유사한 무명계약이 묵시적으로 성립되었다는 취지의 판결을 한 점, 청구법인과 OOO상가조합은 OOO상가조합이 청구법인에게 지급하여야 할 미납 용역비 및 관리비와 청구법인이 OOO상가조합에게 지급하여야 할 미납 임차료를 상계하여 상계하기로 합의한 사실이 있어 청구법인과 OOO상가조합이 쟁점사업장에 대한 임대차 또는 사용대차의 대가에 관한 채권․채무관계의 존재를 확인하고 있는 점 등에 비추어 청구법인에게 쟁점사업장의 임차료에 관한 채무가 있는 것으로 보이므로 청구법인이 법인세 신고시 쟁점사업장에 대한 임차료를 손금으로 계상하는 것은 타당한 것으로 보인다. 또한, 처분청은 임대차계약서나 임차료 관련 합의서의 작성없이 손금계상된 쟁점임차료의 손금 귀속시기가 도래하지 아니하였다는 의견이나, 청구법인이 쟁점임차료에 상당하는 금액을 수분양자 등으로부터 관리비로 징수하여 이미 각 사업연도 수입금액으로 계상하였으므로 이에 대응하는 쟁점임차료의 손금 귀속시기는 청구법인이 쟁점임차료 상당액을 관리비로 수입금액에 계상한 사업연도로 보인다. 따라서 처분청이 쟁점임차료를 임의의 비용으로 보아 손금불산입한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(11) 쟁점②는 쟁점ⓛ이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다