연구개발용역을 위탁받은 수탁자가 제3자에게 재위탁하고 지급한 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상임

OOO세무서장이 2011.4.1. 청구법인에게 한 2009사업연도분 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 전산시스템 개발용역을 위탁한 OOO 주식회사와 주식회사 OOO가 재위탁하면서 지급한 OOO원 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 업체에 지급한 금액을조세특례제한법제10조에서 규정하는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 손해보험업을 영위하는 법인으로 2006.1.25. 전산시스템(방카슈랑스 시스템, 퇴직연금시스템 등) 개발과 관련하여서 연구개발전담부서를 보유한 주식회사 OOO 주식회사(이하 “수탁기관”이라 한다)에게 개발을 위탁하고 소요된 위탁비용은조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 보아 2009.4.24. 경정청구를 제기하였고 2009.7.1. 처분청이 청구법인의 경정청구를 받아들여OOO원을 공제받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 세액공제 대상으로 신고한 연구인력개발비 중에 수탁법인이 제3자에게 재위탁한 부분에 상당하는 금액은조세특례제한법제10조에서 규정하는 공제대상 비용이 아닌 것으로 보아 2011.4.1. 청구법인에게 2008사업연도 법인세OOO원(납부불성실가산세 OOO원은 직권으로 감액하여 경정)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.6.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 수탁기관의 재위탁으로 인하여 청구법인이 세제상 불이익을 당하는 것은 재위탁이 없었던 경우와 비교하여 볼 때 조세형평성의 측면에서 부당한 처분으로, 기술개발용역에 대한 책임과 위험의 부담주체인 수탁기관이 용역을 수행함에 있어 청구법인이 전혀 통제를 할 수 없었음에도 재위탁분 개발비에 대한 세액공제를 배제하는 것은 자기책임의 원리에 반하는 것이고, 수탁기관이 모든 업무를 자체적으로 수행하지 아니하고 일부 업무를 재위탁하는 것은 근본적으로 개발된 결과물의 완성도를 높이기 위한 것으로 법률적으로 개발용역 책임을 부담하는 수탁기관의 합리적인 선택이므로 세제측면에서 이를 규제하는 경우에 정상적인 기술개발을 저해하여서 연구개발에 대한 세제혜택의 취지를 침해할 소지가 있으며, 2009년 청구법인의 경정청구와 관련하여 이미 세액공제의 적정성을 검토하여 이를 인용하였던 처분청이 당해 세액공제를 재경정하는 것은국세기본법제81조의4 제2항에서 규정하는 재조사금지의 원칙을 위반한 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 전산개발용역의 경우 청구법인이 통제할 수 없는 상황에서 수탁기관의 자유의지에 따라 재위탁을 한다고 하나, 수탁기관이 재위탁할 경우 참여하는 인원에 대하여 사전승인을 받도록 통제하고 있어 위탁법인에게 재위탁에 대하여 지출하는 금액에 대하여 확인만 요청하면 파악할 수 있어서 통제할 수 없다는 주장은 설득력이 없고, 일반적인 연구개발용역의 경우에 전적으로 수탁기관이 전체를 수행할 것을 전제로 하여서 수탁기관을 선정하고 수탁기관이 연구개발용역을 직접 수행하였을 경우에는 위탁자가 연구개발비세액공제를 신청할 수 있는 것이므로 전문인력부족 등의 사유로 수탁기관이 제3자에게 재위탁하는 부분은 실제로 수탁기관이 제3자에게 재위탁하는 부분은 실제로 수탁기관이 수행한 용역이라 볼 수 없어 재위탁에 대하여 불공제하는 것은 타당하며, 기술개발용역에 대한 책임과 위험의 부담주체는 수탁 기관이며, 재위탁을 규제하는 경우 정상적 기술개발을 저해하여 연구개발에 대한 세제혜택의 취지를 침해할 소지가 있다 주장하나, 이는조세특례제한법제10조의 법리를 확대해석하는 것으로 위탁개발의 경우 법률에 정한 요건을 갖추는 경우에만 인정하도록 엄격하게 해석하여야 하므로 수탁기관이 직접 수행하지 못한 재위탁 부분에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용할 수는 없는 것이다.

• 가. 쟁 점 청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 수탁기관이 그 중에 일부를 제3자에게 재위탁하고 지급하는 비용인 경우에 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제의 적용대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제15조 [신의‧성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 제18조 [세법해석의 기준 및 소급과세의 금지] ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (2) 조세특례제한법 제10조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구‧인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (3) 조세특례제한법 시행령 제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 별표6 [연구‧인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련)] 구 분 비 용

• 나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉯ 국‧공립 연구기관 ㉰ 정부출연 연구기관 ㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉵ 국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법에 의한 연구개발업을 영위하는 기업 ㉷ 한국표준산업분류표상 기술시험‧검사 및 분석업을 영위하는 기업 (4) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 [연구 및 인력개발비의 범위] ① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2004～2007사업연도 중 전산시스템 개발에 소요된 비용은 아래 <표1>과 같으며, 처분청은 전담부서가 있는 수탁자에게 위탁하는 연구개발용역 중에 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 다시 위탁함에 따라서 지급한 금액은 연구 및 인력개발비 세액공제대상이 아니라는 의견이다. <표1> 전산시스템 개발비 지급내역

(2) 청구법인은 위탁용역 대가 중 OOO가 직접 수행한 금액은 OOO원이며, 재위탁한 금액 OOO원으로 재위탁한 법인 중 전담부서가 있는 법인이 수행한 금액은OOO원이며, 전담부서 유무가 확인되지 아니하는 경우는 OOO원이라고 주장하며 아래 <표2>와 같은 관련된 자료를 제시하였다. <표2> 재위탁분 개발비(전담부서 유무별, 청구법인 주장) (3) 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서는 세액공제 대상이 되는 비용을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있으며, 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있다.

(4) 위의 사실관계와 관련법령을 종합하여 보면, 조세특례제한법 제9조 등에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 조세특례제한법 시행령 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따르는 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상기관을 한정한 것은 동 용역을 수행하는 해당 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 것에 그 취지가 있으므로 연구기관 및 전담부서를 보유하는 기업에서 연구개발용역을 수행한 이상 위탁, 재위탁 여부에 따라서 차별하지 아니하는 것이 합리적인 점, 청구법인으로부터 전산시스템 개발을 위탁받은 주식회사OOO가 당해 용역의 일부를 제3자에게 재위탁할 것인지에 대하여 청구법인이 관여하기 어렵다고 보이는 점, 금융기관의 전산시스템 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 이용하여야 할 필요성이 있는 점 등으로 볼 때, 재위탁의 경우에도 위탁에 포함된다고 보아 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 다만, 조세특례제한법 시행령제9조 제2항 및 별표6 제1호 나목에서는 위탁 및 공동기술개발의 경우 연구기관 및 전담부서에서 수행하는 연구개발비를 세액공제 대상으로 규정하고 있으므로 재수탁자의 경우에도 연구기관 및 전담부서를 보유하는 기업에 해당되어야 하는 점, 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된조세감면규제법 시행령별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따르는 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유하는 기업”을 추가하였으며, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정당시 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행하고 있는 점, 국세청에서는 “전담부서를 보유한 기업”에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 다수 해석하였고(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참고), 처분청도 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 하면서 전담부서 이외의 부서에서 수행한 비용에 대하여도 과세하지 아니한 점,기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없고, 해당 기업은 연구전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어서 전담부서에서는 사실상 위탁업무를 수행하기 어려운 것으로 나타나는 점 등을 고려할 때, 재위탁하고 지급하는 연구개발비 중 연구기관 및 전담부서를 보유하는 기업에게 지급한 비용에 한하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 청구법인으로부터 위탁받은 수탁기관이 다시 위탁한 비용의 전체가 공제대상이라는 청구주장을 받아들이기는 어려운 반면, 적어도 그 중 전담부서(기업부설연구소 포함)를 보유한 재수탁자에게 지출한 금액에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 배제하면서 법인세를 과세하는 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.