매매계약 당시 건물이 존재하였던 점, 매매계약서상 매매목적물에 대한 기재내용, 양도대금에 쟁점건물에 대한 대금도 포함되어 있는 것으로 보이는 점 등을 종합할 때, 처분청이 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 공제하지 아니한 것은 잘못임
매매계약 당시 건물이 존재하였던 점, 매매계약서상 매매목적물에 대한 기재내용, 양도대금에 쟁점건물에 대한 대금도 포함되어 있는 것으로 보이는 점 등을 종합할 때, 처분청이 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 공제하지 아니한 것은 잘못임
OOO세무서장이 2011.1.18. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
2010. 10.26.) 중에는 제출하지 아니하여 그 진위를 신뢰할 수 없고, 실지계약서의 기재내용(2005.12.30. 잔금청산)과는 달리 2008년에 잔금청산 및 등기이전이 되었으며, 쟁점토지와 인접하여 주유소 건물이 자리하고 있는 OOO 27 소재 토지의 경우 매수인 승OOO이 이미 2003년에 취득한 바, ‘잔금지급시까지 해당 건물을 철거한다’는 특약은 인정될 수 없고 단순히 토지만을 양도한 것으로 볼 수 있으며, 국세통합전산망 자료에 의하면 청구인은 2003.11.26. 부동산임대업으로 사업자등록을 하고 2008.1.1. 폐업시까지 관련 부가가치세 신고를 하였고, 청구이유에서도 토지와 쟁점건물을 취득한 것은 임대목적이었다고 밝히고 있어 청구인이 취득당시 쟁점건물을 사용․수익할 목적이 있었다고 보는 것이 타당한 바, 청구인이 토지만을 이용할 목적은 아니었던 것으로 보이므로 잔금청산일에 건물이 존재하는 것으로 의제하여 건물의 취득가액을 양도소득에서 공제하는 필요경비로 인정할 수 없으며, 토지를 양도하는 경우 토지의 양도가액에 대응하는 취득가액 및 필요경비는 당해 토지에 대한 것으로 한정되어야 하고, 예외적으로 건물이 존재하였던 토지에 대하여 그 건물을 멸실한 후 토지만을 양도하는 경우 취득당시부터 토지만을 이용할 목적이 인정되는 때에 한하여 멸실 건물의 취득가액을 필요경비인 자본적 지출항목으로서 공제하는 것이 법령 및 해석사례에 비추어 마땅한 것임에도 불구하고, 청구인이 토지만을 이용할 목적으로 쟁점부동산을 취득하지 아니한 이 건의 쟁점건물 취득가액은 쟁점부동산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로도 보기 어려운 바, 토지를 양도하기 위해 직접 건물을 철거한 것이므로 건물의 취득가액을 양도비용으로 공제하여야 한다는 청구주장 또한 관련 법령의 법리를 오해한 것이어서 청구인의 주장을 받아들일 수 없다.
2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것
4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것
⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제67조【즉시상각의 의제】① 사업자가 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 필요경비로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.
② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.
1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조
2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치
3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치
4. 재해 등으로 인하여 건물·기계·설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구
5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제89조【자산의 취득가액 등】① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 제163조【양도자산의 필요경비】③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것
⑤ 법 제97조제1항제4호에서 "양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과증권거래세법에 의하여 납부한 증권거래세 제166조【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는부가 가치세법 시행령제48조의2제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한
2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용
6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용 (4) 소득세법 기본통칙 97-10【철거되는 건물의 필요경비 산입】토지와 건물을 함께 취득한 후 토지의 이용편의를 위하여 당해 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우로서 그 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우 철거된 건물의 취득가액과 철거비용의 합계액에서 철거된 잔설처분가액을 차감한 잔액을 양도자산의 필요경비로 산입한다. 다만, 그 양도차익을 기준시가로 산정하는 경우에는 철거된 건물의 취득당시의 기준시가에 영 제163조 제6항 제1호의 금액을 가산한 금액을 양도자산의 필요경비로 산입한다. (5) 부가가치세법 시행규칙 제48조의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.
1. 토지와 건물등에 대한 소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.
2. 토지와 건물등중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있
(1) 처분청의 과세근거는 다음과 같다. (가)소득세법기본통칙97-10에서 “토지와 건물을 함께 취득한 후 토지의 이용편의를 위하여 당해 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우”의 의미는 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정되는 때를 말하는 것으로서, 청구인이 2003.12.1.이후 2008.1.1. 폐업신고일 전까지 임대업을 영위한 사실로 볼 때, 쟁점부동산 취득시 토지만을 이용하려는 목적이 아닌 것으로 확인되므로 쟁점건물의 취득가액 및 취득․등록세를 양도가액에서 공제하는 필요경비로 인정할 수 없다. (나) 처분청의 조사복명서(2010년 10월)를 보면, 청구인이 2003년 쟁점건물을 취득하여 음식점으로 임차하는 등 임대사업 등에 사용하다가 청구인이 멸실하고 2008년 4월에 건축물대장에 등기한 후 양도하였으며, 이후 쟁점토지와 연접한 대로변 토지에서 주유소를 운영하고 있는 매수인이 쟁점토지상에 주유소 건물을 신축한 것으로 기재되어 있다.
(2) 쟁점부동산의 취득 및 양도와 관련된 사실관계 등은 다음과 같
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. (나) 쟁점부동산의 매매계약은 2005.11.17. 체결되어 계약금 및 중도금은 각 지급일에 매수인의 계좌로 입금되었으나, 잔금은 계약서상의 지급일(2005.12.30.)과는 달리 실제로는 2008.6.23.에 지급된 바, 청구인은 매수인이 작성한 부동산거래확인서(2011.3.2.) 등을 들어 진출입로 문제와 쟁점건물 철거지연으로 잔금지급이 늦어졌다고 주장하고 있다. (다) OOO시청 건축과의 공문서(2008.4.7.)에 의하면, 쟁점건물에 대한 건축물대장 말소신청이 처리된 것으로 나타나고, 일반건축물대장에는 쟁점건물이 1994.9.29. 사용승인되었고 2008.4.7. 철거가 완료되어 등재말소된 것으로 나타난다. (라) 청구인이 쟁점부동산 취득시 작성한 부동산매매계약서(2003.7. 3.)상의 매대대금은 OOO원, 부동산의 표시내용 및 특약사항에는 쟁점부동산 양도시 매매계약서의 기재내용과 마찬가지로 토지와 건물이 구분되어 있고, 쟁점건물을 포함한 미등록 건축물 등 지 상물 전체가 매대대상에 포함된 것으로 기재되어 있다.
(3) 청구인은 쟁점토지가 맹지이고, 쟁점토지와 도로변 사이의 토지상에서 주유소를 운영하는 매수인이 쟁점토지를 주유소 용도로 사용하기 위하여 쟁점부동산을 매수하고자 하였기 때문에 경제적인 부담 및 번거로운 철거절차에도 불구하고 청구인이 부득이 매수인의 요구(부동산매매계약서상의 특약사항)대로 쟁점건물을 철거한 후 양도할 수 밖에 없었던 바, 쟁점건물의 취득가액 및 취득․등록세를 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하면서 쟁점토지의 지적도 등본 등을 증빙으로 제출하였다. (가) 쟁점부동산의 지적도 등본에 의하면, 쟁점토지와 도로(올림픽대로) 사이에 매수인이 기 취득하여 주유소를 운영하고 있는 토지가 있으며, 쟁점토지에서 올림픽대로 사이에는 타인 소유의 토지 외에 출입로가 없는 것으로 나타난다. (나) 청구인은 쟁점토지에서 올림픽대로까지의 출입로가 없는 맹지임을 모르고 쟁점부동산을 취득하였다가 임대하였으나, 출입로 문제로 분쟁이 발생하여 쟁점부동산 임차인은 청구인을 상대로, 청구인은 전소유자와 관습상 통행로가 있는 연접토지 소유자를 상대로 각각 손해배상청구소송을 제기한 사실이 있다고 주장한 바, OOO지방법원의 조정조서(2004.7. 5.)에 의하면 청구인은 임차인에게 OOO원을 지급하는 것으로 조정이 성립된 것으로 나타나며,OOO지방법원 OOO지원의 결정서(2004.12.20.)에 의하면 청구인이 쟁점토지의 전소유자백OOO에게 OOO원의 손해배상을 청구하면서 백OOO의 부동산에 대하여 가압류 신청한 것을 법원이 이유있다고 결정한 것으로 나타난다. (다) 쟁점부동산의 양도가액 OOO원에서 취득가액 OOO원을 차감하면 양도차익은 OOO원인데, 쟁점건물의 취득가액 등이 부인되면 청구인이 부담하는 세액은 양도차익의 81.7%에 해당하는 OOO원에 이른다.
(4) 관련 법령 및 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 이 건은 청구인이 맹지에 가까운 쟁점토지를 취득한 사실이 쟁점토지의 지적도 등본, 법원의 조정조서 및 결정서 등에 나타나고, 쟁점토지 매수인이 쟁점토지와 연접한 토지상에서 주유소업을 영위하는 자로서 쟁점부동산 매매계약서상의 특약사항에 따라 쟁점건물의 철거가 이루어지지 아니하자 잔금청산일이 지연된 점 등의 여러 정황에 비추어, 쟁점토지를 양도하기 위해서는 부득이 매수인의 요구를 수용할 수 밖에 없었다는 청구인의 주장을 수긍할 수 있고, 처분청이 이 건 과세근거로 들고 있는 소득세법 기본통칙97
• 10(철거되는 건물의 필요경비 산입)은 토지와 건물을 함께 취득하였다가 건물을 사용하지 아니하고 토지만을 양도하기 위하여 건물을 철거한 경우에 건물분 취득가액 등을 양도자산의 필요경비로 인정한다는 취지인데 반하여, 이 건은 청구인이 쟁점부동산 취득 후 약 4년여 기간동안 쟁점건물을 임대사업에 사용하다가 양수인의 요구에 따라 부득히 건물을 철거한 후 양도한 것이므로 청구인이 당초부터 토지만을 양도하기 위하여 건물을 철거한 경우에 적용되는 위 통칙을 이 건에 직접 적용하기는 어렵다 할 것이며, 토지와 건물은 특별한 사정이 없는 한 일괄적으로 거래되는 것이 통상적이고, 이 건은 청구인이 2003년도에 쟁점부동산을 취득할 당시의 부동산 매매계약서(2003.7. 3.)와 이 건 쟁점부동산의 양도시 매매계약서(2005.11.17.)에는 매매목적물인 부동산의 표시내용에 쟁점토지와 쟁점건물이 구분되어 있고, 그 매매대금도 총액으로 기재되어 있는 바, 이 건과 같이 쟁점부동산의 양도를 위한 매매계약 당시에 토지와 건물을 함께 양도하는 것으로 하고, 그 매매대금은 토지와 건물의 가액을 합한 총액으로 계약하였다면, 비록 계약 후 매수인의 요구에 의하여 건물이 철거되었다고 하더라도 이는 쟁점부동산 전부를 양도한 것으로 보아야 하고, 양도자인 청구인이 쟁점건물을 멸실하고 쟁점부동산을 양도한 경우나 양수자가 쟁점부동산을 양수 후 쟁점건물을 멸실하는 경우에 매매가액에 변동이 없다고 할 것인 바, 쟁점부동산의 양도소득금액을 계산함에 있어서는 양도가액에 포함된 쟁점건물의 가액에 대응되는 동건물의 취득가액을 필요경비로 인정하는 것이 합리적이라 할 것이므로, 처분청이 쟁점부동산의 양도소득금액 계산에 있어서 청구인이 신고한 실지취득가액을 부인하고 기준시가에 의하여 안분계산한 쟁점건물의 취득가액 및 필요경비 공제를 부인하여 청구인에게 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.