주식처분손실이 청구법인과 실질적인 관련성이 있는 경우 손금에 해당함

OO세무서장이 2011.5.2. 청구법인에게 한 2008.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 OOO및 2009.1.1.～12.31.사업연도 법인세 OOO부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 프랑스 소재 청구법인의 본사 OOO”라 한다)의 한국지점으로 2003년 6월 OOO는 OOO건설(주)와 공동으로 출자하여 OOO대교의 설계․건설․운영 및 유지관리를 위해 설립된 특수목적법인인 OOO대교(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)을 취득한 후, OOO대교가 완공된 2008년에 쟁점주식 처분손실 OOO천원(이하 “쟁점처분손실”이라 한다)에 대하여, 쟁점주식이 국내사업장과 실질적으로 관련된 자산으로 보아 청구법인의 2008사업연도 손익계산서상 비용으로 계상하여 법인세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 청구법인에 대한 법인제세 통합조사 결과, 쟁점처분손실이 청구법인의 업무와 관련 없는 OOO(프랑스 본점)에 귀속되는 유가증권처분손실에 해당한다고 보아 청구법인이 2008사업연도의 손금으로 계상한 쟁점처분손실액을 손금불산입하여 2008사업연도 및 2009사업연도의 법인세를 증액 경정하도록 통보함에 따라, 2011.5.2. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO및 2009사업연도 법인세 OO,OOO,OOOOO 경정 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.6.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인(국내사업장)의 공사용역 수행을 위해서는 OOO(외국본점)의 쟁점주식 취득이 필수적으로 이루어져야 하는 전제조건인 바, OOO보유한 쟁점주식은 쟁점법인 총지분의 25.5%로서, 한․프랑스 조세조약 제13조에 따른 한국내 과세 요건을 충족하며, 경상남도와 쟁점법인이 체결한 실시협약(이하 “실시협약”이라 함)에 의하면 쟁점법인에 대한 지분출자가 공사수행의 전제조건인 바, ① OOO건설은 투자․운영수익이 아니라 쟁점공사에 시공사로 참여함으로써 공사수익을 획득할 목적으로 쟁점주식을 취득하기로 경상남도와 합의한 점, ② 청구법인은 외국법인의 국내영업소에 불과하여 독립적으로 쟁점주식을 취득할 수 없어 부득이하게 외국 본점인 OOO쟁점주식을 취득하게 된 점, ③ 쟁점법인의 예상현금흐름에 따르면 2028년 6월 이후에야 배당금 수령이 가능한 바, 쟁점주식의 양수자인 OOO(이하 OOO라 한다)에 비해 국내 사회기반시설의 운영 노하우가 전무한 OOO 입장에서는 20년 이상 수익 없이 쟁점주식을 계속 보유하기 보다는 다소의 손실(공사수익은 쟁점주식 처분손실보다는 크다는 점은 고려)을 보더라도 공사완료 시점에 처분하는 것이 경제적·합리적이라는 판단에 따라 쟁점주식을 처분한 점, ④ OOOO 함께 쟁점사업에 참여한 OOO건설도 OOO마찬가지로 쟁점사업 초기에 처분손실을 감수하고 OOO에게 쟁점주식을 매각하기로 결정하였던 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점주식은 청구법인(국내사업장)과 실질적으로 관련되어 있으므로 쟁점주식 처분손실은 청구법인의 국내원천소득에 포함되어야 한다. 쟁점주식 취득은 청구법인의 공사수행을 위해 이루어진 것으로서, 쟁점처분손실은 청구법인의 공사수익에 직접 대응되는 손실로, 쟁점사업의 시공을 담당한 OOO건설은 모두 공사수익 획득을 목적으로 쟁점주식을 취득하였기 때문에 공사완료시 쟁점주식을 처분하여 투자금을 조기 회수하는 것이 쟁점사업과 관련한 총수익을 극대화할 수 있는 상황이었고, 당시 OOO건설이 보유하고 있던 쟁점주식을 양수할 수 있는 투자자는 다수의 국내 사회기반시설 투자‧운영 경험이 있던 OOO2003.4.16. OOO 간에 체결된 합의서(Heads of Agreement)에 의하면, OOO는 자금대여로 인한 이자수익과 자본출자로 인한 배당수익을 합하여 15%의 목표투자수익률을 설정하고 이를 기준으로 쟁점주식의 양수가액을 제시하였으며, 쟁점주식의 양수․양도가액(OOO투자금액)을 낮추는 방법으로 쟁점주식을 처분하였던 것으로, 쟁점법인이 시공사인 OOO건설에 지급할 공사대금을 감액함으로써 쟁점법인의 이익을 늘려 향후 100% 주주가 될 OOO배당금 수익을 증가시키는 방법이나 주식양도대금을 낮추는 방식 모두 외관상 주식처분손실과 공사수익 조정(감액)손실로 다르게 나타나나OOO쟁점공사로부터 얻는 총수익의 측면에서 보면 그 실질은 공사수익의 조정과 다를 바 없는 것이며, 2000년 3월～2003년 4월의 기간 동안 수차례 협의된 실시협약서 초안 제14조에서 이미 공사대금이 OOO백만원으로 확정되어 있었던 바(공사도급계약서 제9조의 계약금액도 OOO백만원임), 최종 실시협약 체결일(2003.5.13.) 이전인 2003.4.16.자에 합의서가 작성되었다는 점을 들어 합의서 체결 전에 실시협약을 수정할 수 있는 기회가 있었음에도 이를 수정하지 않았으므로 쟁점처분손실이 공사수익과는 무관하다는 처분청의 주장은 오랜 시간이 소요되는 사회기반시설 투자 과정에 대한 이해를 결여한데서 비롯된 잘못된 주장이다. 청구법인 및 OOO쟁점공사와 관련하여 쟁점법인으로부터 수령한 Sponsor Expenses 및 Sponsor Fee를 청구법인과의 관련성을 이유로 청구법인의 국내원천소득에 산입하여 청구법인의 수익으로 인식한 점에 비추어 볼 때, 국내사업장이 있는 외국법인의 국내발생소득이 국내사업장과 실질적으로 관련된 경우 그 소득을 모두 국내원천소득에 포함시켜 법인세를 과세하는 것에 대응하여 국내사업장과 실질적으로 관련된 자산처분손실이 발생하는 경우에도 이를 국내원천소득에 포함시키는 것이 조세형평에 부합하므로, 쟁점주식처분손실을 청구법인의 과세소득 계산시 손금에 산입함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점주식을 국내공사수익을 위하여 취득하였고 투자를 목적으로 취득한 것이 아니기 때문에 국내사업장과 실질적으로 관련된 자산이라고 하나, 쟁점주식의 소유권은 OOO에게 있으며 OOO가 쟁점주식의 취득부터 처분까지의 모든 과정에 있어 의사결정 및 계약 체결을 하였고, 청구법인은 이에 관여하거나 또는 관여할 수 있는 권리가 없었으므로 쟁점처분손실이 국내사업장과 실질적으로 관련되어 있다고 할 수 없으며, 합의서의 예상투자수익률에서도 확인되듯이 쟁점주식은 15%의 투자수익이 예상되는 주식임에도 불구하고 손실을 보고 팔 수 밖에 없었다는 것은 납득할 수 없는 상황이므로 쟁점처분손실은 결국 주식처분의 의사결정주체이며 주식의 소유자인 OOO에게 귀속되어야 할 것이다. 실시협약에는 쟁점공사의 공사도급금액 및 운영수익률이 정해져 있고, 이것은 수년에 걸쳐 전문기관을 통해 검증된 것으로 이를 토대로 OOO대교의 통행료가 산정되는 것이므로, 청구법인은 실시협약에 따라 공사에 대한 합리적인 대가를 수령한 것이고, 운영자도 합리적으로 산정된 수익률을 보장받는 것이므로 청구법인이 OOO의 수익률을 보전해줘야 할 이유가 없으며, 청구법인은 공사수익이 감액되는 대신 쟁점처분손실을 통하여 OOO의 투자수익률을 보전했다고 하면서 당초 OOO의 투자의사결정이 청구법인의 공사도급금액이 결정되기 전에 이루어졌다면 공사도급금액을 감액하고 OOO의 목표수익률을 만족시키는 방향으로 실시협약을 수정했을 거라고 주장하나, 합의서는 실시협약이 체결되기 이전에 작성된 것으로서 실시협약을 수정할 수 있는 기회가 있었음에도 수정하지 않았으며, 이는 쟁점처분손실이 공사수익과는 무관하다는 반증으로 청구법인은 실시협약에서 명시한 합당한 공사수익을 수취하였으므로 쟁점처분손실은 청구법인의 공사수익의 감액조정으로 볼 수 없다. 쟁점법인으로부터 수령하기로 되어 있었던 Sponsor Expenses 및 Sponsor fee는 쟁점법인을 대신하여 수행한 용역에 대한 대가이며 특히 2008년 지급받은 Sponsor Expenses 및 Sponsor fee는 OOO대교의 완공을 전제조건으로 지급된 금액으로서 이는 청구법인이 쟁점공사를 차질 없이 진행해야만 가능한 것이고, 그에 상당하는 비용도 모두 청구법인이 부담하였기 때문에 Sponsor Expenses 및 Sponsor fee는 청구법인의 수익으로 인식되어야 함이 타당하며, 쟁점처분손실을 국내사업장에 귀속시키는 것과는 별개의 문제이므로 쟁점처분손실은 청구법인과 실질적으로 관련된 것이 아니며 청구법인의 손금으로 인정될 수 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점주식처분손실이 청구법인(외국법인의 국내사업장)과 실질적인 관련성이 있으므로 청구법인의 손금에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제91조【과세표준】① 국내사업장을 가진 외국법인과 제93조 제3호의 규정에 따른 소득이 있는 외국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 국내원천소득의 총합계액(제98조 제1항의 규정에 따라 원천징수되는 국내원천소득금액을 제외한다)에서 다음 각 호의 규정에 따른 금액 또는 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업년도의 개시일전 5년이내에 개시한 사업년도에 발생한 결손금(국내에서 발생한 결손금에 한한다)으로서 그 후의 각 사업년도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

2. 이 법 및 다른 법률에 의한 비과세소득

3. 선박 또는 항공기의 외국항행으로 인하여 발생하는 소득. 다만, 그 외국법인의 본점 또는 주사무소가 있는 외국이 우리나라의 법인이 운용하는 선박 또는 항공기에 대하여 동일한 면제를 하는 경우에 한한다. 제92조【국내원천소득금액의 계산】① 제91조 제1항의 규정에 해당하는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득의 총합계액은 대통령령이 정하는 바에 따라 제14조 내지 제54조와 조세특례제한법 제104조 및 같은 법 제138조의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제93조【국내원천소득】외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

10. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식·출자증권(주식·출자증권을 기초로 하여 발행한 예탁증서를 포함한다. 이하 이 장에서 같다) 또는 기타의 유가증권(소득세법 제94조 제1항 제4호 의 규정에 의한 기타 자산을 제외하되, 당해 기타자산이 주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 주식 또는 출자증권인 경우에는 이를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 양도로 인하여 발생하는 소득으로서 대통령령이 정하는 소득

• 가. 내국법인이 발행한 주식 또는 출자증권과 기타의 유가증권
• 나. 외국법인이 발행한 주식 또는 출자증권(증권거래법에 의한 유가증권시장에 상장되거나 코스닥시장에 등록된 것에 한한다)과 외국법인의 국내사업장이 발행한 기타의 유가증권 제98조【외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례】① 외국법인에 대하여 제93조제1호·제2호·제4호 내지 제7호 및 제9호 내지 제11호의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조제7호에 규정된 소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자를 제외한다)는 제97조의 규정에 불구하고 그 지급하는 때에 다음 각 호의 금액을 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다. 다만, 제93조제5호의 규정에 따른 소득 중 조세조약에 따라 국내원천사업소득으로 과세할 수 있는 소득을 제외한다. 제98조의2【외국법인의 유가증권 양도소득에 대한 신고·납부 등의 특례】① 국내사업장이 없는 외국법인은 동일한 내국법인의 주식 또는 출자증권을 동일한 사업연도(당해 주식 또는 출자증권을 발행한 내국법인의 사업연도를 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 2회 이상 양도함으로써 조세조약에서 정한 과세기준을 충족하게 된 때에는 양도당시 원천징수되지 아니한 소득(이하 이 조에서 "소득"이라 한다)에 대한 원천징수세액 상당액을 양도일이 속하는 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신고·납부하여야 한다.

② 국내사업장이 있는 외국법인의 소득으로서 그 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니한 소득에 대하여도 제1항의 규정을 준용한다.

③ 국내사업장이 없는 외국법인은 주식·출자증권 또는 그 밖의 유가증권(이하 이 항에서 "주식 등"이라 한다)을 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 양도하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 제98조제1항 제4호에 따른 비율을 곱하여 산출한 금액을 지급받은 날이 속하는 달의 다음다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신고·납부하여야 한다. 다만, 주식 등 양도에 따른 소득의 금액을 지급하는 자가 제98조에 따라 해당 주식 등의 양도로 발생한 국내원천소득에 대한 법인세를 원천징수하여 납부한 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 납세지 관할세무서장은 외국법인이 제1항부터 제3항까지의 규정에 의한 신고·납부를 하지 아니하거나 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우 또는 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 제66조의 규정을 준용하여 징수하여야 한다.

(2) 한국․프랑스 조세협약 제13조【양도소득】① 제6조 제2항에 규정된 부동산의 양도, 또는 부동산회사 또는 자산이 주로 부동산으로 구성되어 있는 회사의 주식이나 이와 유사한 권리의 양도로부터 얻는 양도소득은 그 재산이 소재하는 국에서 과세할 수 있다.

② 일방국의 기업이 타방국내에 가지고 있는 고정사업장의 사업용 재산의 일부를 형성하는 동산의 양도 또는 전문직업적 용역의 수행목적상 일방국의 거주자가 이용할 수 있는 타방국내의 고정시설에 속하는 동산의 양도로부터 발생하는 양도소득 및 그러한 고정사업장(단독으로부터 또는 기업체와 함께) 또는 고정시설을 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 그 타방국에서 과세할 수 있다. 그러나 국제운수상 운행되는 선박이나 항공기와 그러한 선박이나 항공기의 운행에 부수되는 동산의 양도로부터 취득되는 이득에 대하여는 그 기업이 거주자인 국에서만 과세할 수 있다.

③ 일방국의 거주자인 법인의 자본에 대한 실질적 관리의 일부분을 형성하는 주식의 양도로부터 발생하는 양도소득에 대하여는 동국에서 동국의 법에 따라 과세할 수 있다. 본항의 목적상, 실질적 관리는 양도자가, 단독 또는 그와 특수관계에 있는 인과, 함께 회사이윤의 25퍼센트 이상에 대한 참가권을 가지는 주식을 직접적 또는 간접적으로 소유하는 때에 존속하는 것으로 간주된다.

④ 제1항, 제2항 및 제3항에 규정된 재산이외의 재산의 양도로부터 발생하는 양도소득에 대하여는 그 양도인이 거주자인 국에서만 과세한다.

⑤ 본조 제4항의 규정은 타방국의 거주자로서 그 재산의 양도 직전 5년 중 어느 때에 일방국의 거주자이었던 개인에게 발생되는 동산의 양도소득에 대하여 자국법에 따라 과세하는 일방국의 권리에 영향을 미치지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 법인등기부등본, 주식등변동상황명세서 및 국세통합전산망 조회에 의하면, 청구법인은 프랑스국 법인인 OOOO 국내 영업소로서 2003.7.28. 토목․건축공사 건설업을 개업하여 현재 계속사업자 상태인 것으로 나타나며, 쟁점법인은 2003.6.24. OOO대교 건설사업에 대한 금융, 설계, 건설, 운영 및 유지관리를 목적으로 설립되어 2008년말 현재 OOO가 11,365,400주(지분율: 100%)를 보유한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 쟁점주식 취득 및 양도 경위는 아래와 같다. (가) 쟁점사업(OOO대교 민간투자사업)과 관련하여 쟁점법인, OOO가 경상남도와 2003.5.13. 체결한 실시협약의 주요내용은 아래와 같으며, 동 실시협약에 따라 2003.6월～2008.7월에 걸쳐 OOO건설은 쟁점법인에 대한 총출자예정금액 OOO백만원 중 각자 25.5%의 지분비율에 해당하는 OOO백만원을, OOO는 나머지 49%의 지분비율에 해당하는 OOO백만원을 출자하였다. (나) 2003.4.16. OOO건설 및 OOO사이에 체결된 OOO대교 민간투자사업의 재무적 사항에 관한 합의서(Heads of Agreement)에 의하면, 쟁점공사의 완료시점에 OOO에게 각자 보유한 쟁점법인의 지분 전부를 각각 취득가액에서 25% 할인된 가액인OOO백만원에 양도하기로 하였으며, OOO순수투자자로서 쟁점법인에게 자본출자 및 대여를 하고, 쟁점공사 완료 시점에 OOO건설의 각자 보유지분을 약정가액에 매입하기로 약정하였고, 청구법인이 제출한 재무모델(Machang Bridge Project Financial Model)에 의하면, 쟁점사업에 따른 기간별 현금흐름[OOO의 당초 지분투자(지분율 49%), 대여금 투자, OOO건설로부터의 추가지분취득에 따른 투자(지분율 51%)별 구분]이 아래 <표1>와 같이 나타나며, 동 양도금액은 OOO투자수익률 15%(경상남도가 가정한 교통량 100% 기준)에 맞추어 산정한 것으로 나타난다. (다) 2004.3.12. 쟁점법인과 OOO O OO건설 사이에 체결된 쟁점사업 설계 및 공사도급계약서의 내용은 아래와 같으며, 국세통합전산망에 의하면, OOO2가 공동으로 설립한 OOO는 비법인 공동사업체로서 OOOOOOOO OOOOOOO 상호로 하여 토목공사 건설업을 2004.4.15. 개업하여 2009.4.1. 폐업한 것으로 나타난다. (라) 2004.3.12. OOO O OOOOO OOO 사이에 체결된 양수․양도계약서에 의하면, 쟁점공사의 완료시점에 OOO건설이 아래 <표2>와 같이 보유하게 되는 쟁점법인의 지분 51%를 총 OOO백만원에 OOO에게 양도하기로 한 것(즉 OOO건설은 각자의 보유지분을 OOO백만원에 취득하여 OOO백만원에 양도하기로 함)으로 나타난다. (마) 2008.7.23. OOO건설 및 OOO사이에 체결된 수정양수․양도계약서(Amendment Agreement)에 의하면, 정부보조금 OOO억원의 감소로 인하여 기존에 체결된 2004.3.12.자 양수도계약서상 OOO건설 보유지분의 Take-out Price(양수도금액)가 당초 총 OOO백만원에서 총 OOO백만원(OOO가 보유한 쟁점주식의 대가는 OOO백만원)으로 변경되었다는 내용이 나타난다. (바) 쟁점법인의 2008.7.31.자 이사회의사록 및 2008사업연도 감사보고서 각 사본에 의하면, OOO2008.7.31. 회사의 주주간 거래로 인하여 OOO건설로부터 총 5,796,400주를 양수하여 쟁점법인의 100% 주주가 되었다는 내용이 나타난다. (사) 청구법인의 2008사업연도 손익계산서 및 법인세 신고서 각 사본에 의하면, 청구법인은 쟁점처분손실 OOO백만원을 손익계산서상 비용(MCB PROJECT 수수료)으로 계상하였고, 법인세 신고시 별도의 세무조정을 하지 아니한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 국내 사회간접자본시설 건설의 대부분의 경우, 시공을 담당한 건설회사가 사업시행자인 특수목적법인의 주주사가 되어야 하는 것이 사실상 사회간접자본시설과 관련한 계약입찰 및 수주의 전제조건이 되고 있다는 점을 입증하는 취지로 아래 <표3>과 같이 국내 주요 대형 건설업체의 민간투자사업 출자현황을 제출하였다.

(4) OOO, OOOO O OOO 사이에 체결된 2004.3.12.자 주주협약서(Shareholders' Agreement) 사본, 매출세금계산서합계표 등 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, OOO건설은 쟁점법인으로부터 서류상의 회사(Paper company)인 쟁점법인의 기본적 관리업무 및 프로젝트 시행자로서의 주요업무(사업타당성 검토, 경상남도와의 쟁점사업 실시협약 체결, 공사진행을 위한 외부자금조달 등)를 대신 수행함에 따라 소요된 비용에 대한 보상인 Sponsor Expenses와 공사완공시 지급되는 성공보수인 Sponsor Fee를 받기로 한 바, 청구법인은 아래 <표4>와 같이 동 금액을 청구법인의 수익으로 계상한 것으로 나타난다.

(5) 조사관서의 청구법인에 대한 법인사업자 조사종결보고서(조사기간: 2010.10.20.～2010.12.15.) 및 세무조사결과통지서에 의하면, 쟁점처분손실이 청구법인(한국지점)의 업무와 관련 없는 OOO(프랑스 본점)에 귀속되는 유가증권처분손실에 해당한다고 보아 청구법인이 2008사업연도의 손금으로 계상한 OOO백만원을 손금불산입하여 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO및 2009사업연도 법인세 OOO(지점세) 합계 OOO고지하겠다는 세무조사결과를 통지한 것으로 나타난다.

(6) 청구법인이 제출한 OOO대한 OOO회계법인 작성의 2008사업연도 재무제표에 대한 감사보고서 사본에 의하면, 쟁점공사와 관련한 청구법인의 각 연도별 공사수익 및 공사원가가 아래 <표5>와 같이 나타난다.

(7) 살피건대, 실시협약에 의하면 쟁점법인에 대한 지분출자가 공사수주의 전제조건이며, 이에 청구법인의 본사 OOO건설은 공사수주 및 사업투자비 조달 목적으로 쟁점법인의 주식 취득을 경상남도와 합의하였고, 다른 국내 사회간접자본시설 건설의 경우처럼 OOO건설과 함께 쟁점사업의 시공사로서 당초 투자․운영수익이 아닌 공사수익의 획득을 목적으로 쟁점주식을 취득한 것으로 보이는 점, 청구법인은 외국법인의 국내영업소에 불과하여 독립적으로 쟁점주식을 취득할 수 없어 부득이하게 본사인 OOO쟁점주식을 취득한 것으로 보이고, OOO공사완공 이후 쟁점주식을 더 이상 보유할 필요가 없었던 것으로 보이는 점, 쟁점법인의 예상현금흐름을 보면 쟁점공사 완공예상시점(2008.6월) 이후 2038년까지 자금을 회수하되, 2028.6월 이후에야 배당지급이 가능한 바, OOO비해 국내 사회간접자본시설의 운영경험이나 전문성이 없던 OOO일부 주식처분손실에도 불구하고 20년 이상 수익 없이 투자금액을 계속 유지함으로 인해 상실되는 기회비용 등을 회피하기 위해 쟁점주식을 처분한 것은 합리적 판단에 의한 것으로 보이는 점, 국내 대형건설사인 OOO마찬가지로 주식처분손실을 감수하고 쟁점법인의 주식을 처분하였고, OOO건설의 보유지분 매각은 쟁점사업 초기부터 쟁점사업에 대한 투자 및 운영을 담당한 OOO와의 합의서 등에 의해 이미 예정되어 있었으며, 재무적 투자자로서 OOO자신의 목표투자수익률을 충족시키지 못하는 가액으로 쟁점주식을 매입할 이유가 없는 점, OOO의 목표투자수익률을 충족시키기 위하여 실시협약(공사대금)을 수정하기 보다는 기존 협약을 유지하면서 주식양수도가액을 조정하는 것이 원만한 사업진행 및 거래비용을 고려할 때 보다 합리적으로 보이고, 청구법인은 OOO직접 수령한 Sponsor fee를 청구법인과의 실질적 관련성을 이유로 청구법인의 수익으로 인식한 점 등을 종합하여 보면, 쟁점주식은 청구법인과 실질적으로 관련되어 있다고 볼 수 있으며, 쟁점처분손실은 그 처분경위 및 효과에 비추어 볼 때 실질적으로 쟁점사업에 따른 공사수익의 감액조정에 해당한다 할 것이므로 법인세법상 청구법인의 손금에 해당된다고 보는 것이 타당할 것이다. 그렇다면 쟁점처분손실이 청구법인의 업무와 관련없는 OOO에 귀속되는 유가증권처분손실에 해당한다고 보아 이를 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장은 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.