쟁점사업장에 대한 중소기업 특별세액감면을 배제한 처분은 부당함.

○○○세무서장이 2011.2.14. 청구인에게 한 2008년 귀속 종합소득세 1,838,250원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2005.10.22.부터 ○○○가 344-4에서 ‘○○○원색인쇄사’(사업자등록번호 104-05-, 이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 인쇄제조업을, 1989.7.1.부터 ○○○동 59-11에서 부동산임대업(사업자등록번호 215-25-, 이하 “쟁점외사업장”이라 한다)을 영위하고 있는 사업자로서 2009년 5월 2008년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점사업장에 대하여조세특례제한법제7조에 의거 중소기업에 대한 특별세액감면을 신청하였다.
• 나. 처분청은 2008년 과세연도에 복식부기의무자에 해당하는 청구인이 2008.3.31.까지 쟁점외사업장에 대하여 사업용계좌를 신고하지 아니하였다 하여 쟁점사업장에 대한 중소기업 특별세액감면을 배제하여 2011.2.14. 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 1,838,250원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.4.18. 이의신청을 거쳐 2011.5.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2007.5.30. 쟁점사업장에 대한 사업용계좌를 개설하였고, 쟁점외사업장에 대하여는 2009.3.31. 사업용계좌를 개설하였는바, 사업용계좌 개설의 경우 사업장 별로 사업장 관할세무서에 신고의무를 부여한 점, 복수 사업장의 경우 어느 한 사업장이라도 계좌 미개설의 경우 나머지 전체사업장의 감면을 배제한다는 내용이 관련 규정에 없는 점 등 당해 법규정들의 취지 및 합목적성에 비추어 볼 때, 쟁점외사업장에 대한 사업용계좌를 신고하지 아니하였다고 하여 쟁점사업장에 대한 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 다수의 사업장이 있는 복식부기의무자에 해당하는 거주자가 일부 사업장에 대하여 사업용계좌를 개설·신고하지 아니한 경우 그 거주자는조세특례제한법제128조 제4항에 따라 해당 과세기간에 대하여 같은 법 제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용할 수 없는 것인바, 이를 이행하지 아니한 청구인에 대하여 중소기업특별세액감면을 배제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점외사업장의 사업용계좌가 신고되지 아니하였다 하여 쟁점사업장에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2009.5.31. 2008년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고를 하면서 총수입금액을 521,189,491원(쟁점사업장분 483,699,500원, 쟁점외사업장분 37,489,991원)으로 하고 쟁점사업장에 대한 중소기업특별세액감면액을 1,553,889원으로 하여 종합소득세를 신고하였다.

(2) 청구인은 쟁점사업장에 대한 사업용계좌(○○○은행 계좌번호 197- 910005-)를 2007.5.30., 쟁점외사업장에 대한 사업용계좌(○○○은행 계좌번호 110-237-*)를 2009.3.31. 처분청에 개설신고하였고, 이에 대하여는 다툼이 없다. (3)조세특례제한법제7조 제1항에 의하면, 중소기업 중 제조업 등 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008.12.31. 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 일정한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면하도록 규정하고 있고, 같은 법 제128조 제4항 제1호에는소득세법제160조의5 제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우 해당 과세기간에 대하여 위의조세특례제한법제7조 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다. 또한,소득세법제160조의5 제3항에 의하면, 복식부기의무자는 복식부기의무자에 해당하는 과세기간의 개시일(사업개시와 동시에 복식부기의무자에 해당되는 경우 다음 과세기간 개시일)부터 3월 이내에 사업용계좌를 개설하고 관할 세무서장에게 신고(다만, 사업용계좌가 이미 개설·신고되어 있는 경우에는 제외)하도록 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 처분청은 복수의 사업장이 있는 복식부기의무자에 해당하는 청구인이 쟁점외사업장에 대하여 사업용계좌를 개설·신고하지 아니한 경우 전체사업장에 대한 중소기업특별세액감면을 적용할 수 없다는 의견이나, 중소기업에 대한 특별세액감면규정은 국민경제의 기반이라 할 수 있는 중소기업 육성 및 발전에 그 제도의 취지가 있는 점, 사업용계좌는 사업장별로 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 하는 점을 감안하면, 사업자가 복수의 사업을 영위하는 경우에 사업용계좌를 개설하지 아니한 해당 사업장에 한하여 중소기업 특별세액감면이 배제되는 것으로 봄이 타당하다 하겠다(조심 2011부246, 2011.3.16. 외 다수 같은 뜻임). 따라서, 청구인의 사업장인 쟁점사업장에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.