청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 다시 위탁한 경우 다른업체에게 재위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당함
청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 다시 위탁한 경우 다른업체에게 재위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당함
OOO세무서장이 2011.3.17. 청구법인에게 한 법인세 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도분 OOO원 및 2008.4.1.～2009.3.31.사업연도분 OOO,OOO,OOO원의 부과처분은 청구법인이 전산시스템 개발용역을 위탁한 주식회사 OOO 등이 재위탁하고 지급한 OOO원 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 업체에 지급한 금액은조세특례제한법제10조에서 규정한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 하여 해당 사업연도의 세액을 경정한다.
(1) 처분청은 당초 청구법인의 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도 법인세에 대한 경정청구를 채택하여 법인세를 환급하였는 바, 이는 위탁개발업체가 제3자에게 재위탁한 금액도조세특례제한법제10조의 세액공제 적용대상이 된다는 과세관청의 공적인 견해표명에 해당한다 할 것이고, 또한 개발용역비용 중 제3자 재위탁 개발비는 위 규정의 세액공제의 적용대상이 아니라는 과세관청의 해석(국세청 법인-1306, 2009.11.25.)은 기존 예규의 입장을 변경한 것이어서 예규변경일 이후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용하는 것이 타당하다 할 것이어서 청구법인의 위탁연구개발비 중 수탁법인이 제3자에게 재위탁한 부분에 대하여 세액공제를 부인하여 과세한 처분은 신의성실 원칙 및 소급과세금지의 원칙 등에 반하는 위법한 처분이다.
(2) 또한, 처분청이 과세근거로 들고 있는 기획재정부 예규(재조특-844, 2009.9.25.)의 취지는 재위탁 여부와는 상관없이 “전담부서의 유무”에 따라 세액공제 적용 여부를 판단하여야 하는 것으로 이해되므로 처분청이 재위탁 개발비 전체를 세액공제 적용대상에서 제외한 것은 조세법률주의 원칙 등에도 반하는 위법한 처분이다.
(1) 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 국가정책적으로 조세측면에서 특별히 지원하는 제도인 바, 이와 같이 납세자에게 혜택을 주는 세법규정은 변칙거래 등을 방지하기 위하여 법률에 정한 요건을 갖춘 경웨만 인정하도록 엄격하게 해석하여야 하므로 위탁개발용역 등을 수탁법인이 아닌 자체적으로 영리활동을 수행하는 독립기관인 제3자에게 재위탁하였을 경우 그에 상당하는 금액은 전담부서 및 계약 여부를 불문하고 세액공제를 적용받을 수 없다 할 것이고, 처분청은 제3자에 대한 재위탁 개발비에 대한 세액공제 여부에 대하여 어떠한 공적인 견해를 표명한 사실이 없으므로 단순히 경정청구에 대하여 환급을 하였다는 사정만으로 신의성실의 원칙 등에 위배된다고 볼 수 없으며, 이 건의 경우 납세자가 임의로 확대해석하고 있었던 부분을 예규 등을 통하여 명확히 해석한 것으로 소급과세 금지의 원칙에 반한다고 보기도 어려우므로 청구주장은 이유없다.
① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액
② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 〔별표6〕 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제9조 제2항관련) 구분 비용
① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯국·공립연구기관 ㉰정부출연연구기관 ㉱과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳ 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】
① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.
(1) 청구법인의조세특례제한법제10조에 의한 세액공제 신청 및 처분청의 경정내역은 아래 <표>와 같다. (2) 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서는 세액공제 대상이 되는 비용을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있다.
(3) 살피건대,조세특례제한법제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 않은 점, 조세특례제한법 시행령별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 해당 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 것에 그 취지가 있으므로 연구기관 및 전담부서를 보유한 기업에서 연구개발용역을 수행한 이상 위탁, 재위탁 여부에 따라 차별하지 않는 것이 합리적인 점, 청구법인으로부터 전산시스템 개발을 위탁받은 주식회사 OOO 등이 동 용역의 일부를 제3자에게 재위탁할 것인지에 대하여 청구법인이 관여하기 어렵다고 보이는 점, 금융기관의 전산시스템 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 이용하여야 할 필요성이 있는 점 등으로 볼 때, 재위탁의 경우에도 위탁에 포함된다고 보아 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다 하겠다.
(4) 다만, 조세특례제한법 시행령제9조 제2항 및 별표6 제1호 나목에서 위탁 및 공동기술개발의 경우 연구기관 및 전담부서에서 수행하는 연구개발비를 세액공제 대상으로 규정하고 있으므로 재수탁자의 경우에도 연구기관 및 전담부서를 보유한 기업에 해당되어야 하는 점, 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된조세감면규제법 시행령별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행하고 있는 점, 국세청에서는 “전담부서를 보유한 기업”에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 다수 해석하였고(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참고), 처분청도 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여도 과세하지 아니한 점,기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없고, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점 등으로 볼 때, 재위탁하고 지급한 연구개발비 중 연구기관 및 전담부서를 보유한 기업에 지급한 비용에 한하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다 하겠다.
(5) 따라서, 주식회사 OO OOO 등이 재위탁하고 지급한 연구개발용역비 중 연구기관 및 전담부서를 보유한 업체에 지급한 비용의 경우 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보아 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다(조심 2011서1923, 2012.6.8.합동회의 참고).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.