신축주택 취득자에 대한 감면은 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 감면하는 것이며 그 비율은 기준시가를 기준으로 계산함

심판청구를 기각한다

• 가. 청구인은 1994.3.18. 서울특별시 OOO OOO OOO OOOO O OOOO OOO-OOO(23평형이고, 이하 “종전주택”이라 한다)을 매매대금 119,000,000원에 취득하여 거주하다가, 재건축사업이 시행되자, 조합원자격 으로 참여하여 2001.8.6. OOOO OOOOO 재건축조합으로부터 분 양대금 496,870,000원(종전주택 평가금액 412,600,000원, 추가부담금 84,270,000원)에 서울특별시 OOO OOO OOO OOOOOO OOO-OOO (45평형, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 대체주택으로 분양받았다.
• 나. 청구인은 2005.1.28. 사용승인 받은 쟁점주택을 2010.2.3. 매매대 금 1,940,000,000원에 양도하고,조세특례제한법제99조의3에 의하여 쟁 점주택의 양도소득세 전부에 대하여 세액의 감면을 적용하여 2010.3.31. 양도소득 과세표준예정신고를 이행하였다.
• 다. 처분청은 쟁점주택의 취득일(2005.1.28.)부터 양도일까지의 양도소득만 감면대상에 해당한다고 보고 그 나머지는 부인하여 2011.1.10. 청 구인에게 2010년 귀속 양도소득세 41,318,850원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2011.2.21. 이의신청을 거쳐 2011.5.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식의소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이 경과하여 양도하는 경우 당해 신축주택을 양도함으로 인하여 발생한 소득금액을 의미하고, 분자와 분모에 ‘취득당시의 기준시가’를 동일하 게 규정하고 있음에도, 처분청이 분자는 ‘쟁점주택 취득당시의 기준시가’로, 분모는 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’로 하여 각각 다르게 해석 ․적용하여 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 것은 부당하다. 또한, 2007.1.1. 이후부터 양도하는 부동산에 대하여는 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하도록소득세법이 개정되었으므로 위 감면대상 소득금액 계산식을 적용함에 있어서도 기준시가 대신 실지거래가액을 적용하는 것이 일관성이 있고 또한 보다 합리적이다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 감면대상 양도소득금액 의 계산식은 종전주택의 취득일부터 쟁점주택 양도일까지의 전체 양도 소득금액 중 쟁점주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대 한 양도소득세를 감면하려는 취지에서 규정한 것이므로 동 계산식 분모 의 ‘취득당시의 기준시가’는 종전주택의 그것을 의미한다. 또한, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산식에서 분자 와 분모 모두를 기준시가에 의하여 계산하여야 한다고 명문으로 규정하 고 있는 이상, 이와 달리 실지거래가액을 적용할 수는 없다.

• 가. 쟁 점 종전주택이 재건축됨에 따라서 취득한 신축주택을 취득일로부터 5 년이 경과한 이후에 양도하는 경우에조세특례제한법제99조의3에 의한 감면대상 소득금액의 계산방법 (계산식의 분모를 신축주택 취득당시의 기준시가가 아니라 종전주택 의 그것으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부)
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에 는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택 취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받 은 신축주택

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자 에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가)

• (취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가)

• (취득당시의 기준시가) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의 3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (3) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금 액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (4) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제시하고 있는 종전주택의 매매계약서, 쟁점주택 공급계약서 및 매매계약서 등의 심리자료에 의하여 청구인이 종전주택을 취득하는 때부터 쟁점주택을 양도할 때까지의 경과, 각 주택의 실지거래가액 및 기준시가 등을 요약하여 보면 아래와 같다. (OO: OO)

(2) 청구인은조세특례제한법제99조의3에 의하여 신축주택 취득자에 대한 감면대상 양도소득금액을 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에 의하여 계산함에 있어서 동 산식의 분모에 있는 ‘취득당시의 기준시가’를 ‘쟁점주택 취득당시의 기준시가’로 하여야 하며, 2007.1.1. 이후에 양도하는 부동산은 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하 도록소득세법이 개정된 이상, 기준시가 대신 실지거래가액으로 하는 것이 보다 합리적이라 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(3) 청구인은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세 특례규정의 적용대상이라 주장하고 있으나,조세특례제한법제99조 의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴에 따른 건설경기의 활성화”가 입법 취지인 점,조세특례제한법제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득 일 부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상인 양도소득금액 을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있는 점에 비추어 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기는 어렵다 하겠다(조심 2010서2935, 2011.6.30. 같은 뜻임).

(4) 또한, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항에서조세특례 제한법제99조의3 제1항을 적용함에 있어 양도소득세 감면대상소득 인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 규정에서 취득일로부터 5년이 경과하여 양도한 쟁점주택의 양도소득 금액에 대하여 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 비율을 실 지거래가액이 아니라 기준시가를 기준으로 하여 계산하도록 규정하고 있는 점 등을 감안할 때, 동 산식에 있어 ‘취득당시의 기준시가’ 중 분자는 ‘신축주택(쟁점주택)의 취득당시 기준시가’를, 분모는 ‘구주택(종전주택)의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것이다(조심 2011서1349, 2011.6.30., 2010중2363, 2011.4.19. 같은 뜻임).

(5) 그렇다면, 위와 같은 방법으로 쟁점주택의 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.